Tipos de moléculas

Las moléculas se pueden clasificar en:

Moléculas discretas: constituidas por un número bien definido de átomos, sean estos del mismo
elemento (moléculas homonucleares, como el dinitrógeno o el fullereno) o de elementos
distintos (moléculas heteronucleares, como el agua).

Molécula de dinitrógeno, el gas que es el componente mayoritario del aire

Molécula de fullereno, tercera forma estable del carbono tras el diamante y el grafito

Molécula de agua, "disolvente universal", de importancia fundamental en innumerables

procesos bioquímicos e industriales

Representación poliédrica del anión de Keggin, un polianión molecular

Macromoléculas o polímeros: constituidas por la repetición de una unidad comparativamente

simple -o un conjunto limitado de dichas unidades- y que alcanzan pesos moleculares
relativamente altos.

Representación de un fragmento de ADN, un polímero de importancia fundamental en la

genética
Enlace peptídico que une los péptidos para formar proteínas

Representación de un fragmento lineal de polietileno, el plástico más usado

Primera generación de un dendrímero, un tipo especial de polímero que crece de forma fractal

Descripción

La estructura molecular puede ser descrita de diferentes formas. La fórmula molecular es útil
para moléculas sencillas, como H2O para el agua o NH3 para el amoníaco. Contiene los símbolos
de los elementos presentes en la molécula, así como su proporción indicada por los subíndices.

Para moléculas más complejas, como las que se encuentran comúnmente en química orgánica,
la fórmula química no es suficiente, y vale la pena usar una fórmula estructural o una fórmula
esqueletal, las que indican gráficamente la disposición espacial de los distintos grupos
funcionales.

Cuando se quieren mostrar variadas propiedades moleculares, o se trata de sistemas muy

complejos como proteínas, ADN o polímeros, se utilizan representaciones especiales, como los
modelos tridimensionales (físicos o representados por ordenador). En proteínas, por ejemplo,
cabe distinguir entre estructura primaria (orden de los aminoácidos), secundaria (primer
plegamiento en hélices, hojas, giros…), terciaria (plegamiento de las estructuras tipo
hélice/hoja/giro para dar glóbulos) y cuaternaria (organización espacial entre los diferentes
glóbulos).
Figura 1. Representaciones de la terpenoide, atisano, 3D (centro izquierda) y 2D (derecha). En el
modelo 3D de la izquierda, los átomos de carbono están representados por esferas azules; las
blancas representan a los átomos de hidrógeno y los cilindros representan los enlaces. El modelo
es una representación de la superficies molecular, coloreada por áreas de carga eléctrica positiva
(rojo) o negativa (azul). En el modelo 3D del centro, las esferas azul claro representan átomos de
carbono, las blancas de hidrógeno y los cilindros entre los átomos son los enlaces simples.

Moléculas en la teoría cuántica

La mecánica clásica y el electromagnetismo clásico no podían explicar la existencia y estabilidad

de las moléculas ya que de acuerdo con sus ecuaciones una carga eléctrica acelerada emitiría
radiación por lo que los electrones necesariamente perderían energía cinética por radiación
hasta caer sobre el núcleo atómico. La mecánica cuántica proveyó el primer modelo
cualitativamente correcto que además predecía la existencia de átomos estables y
proporcionaba explicación cuantitativa muy aproximada para fenómenos empíricos como los
espectros de emisión característicos de cada elemento químico.

En mecánica cuántica una molécula o un ion poliatómico se describe como un sistema formado
por {\displaystyle N} N electrones de masa {\displaystyle m} m y {\displaystyle M} M núcleos de
masas {\displaystyle m_{j}} {\displaystyle m_{j}}. En mecánica cuántica las interacciones físicas de
estos elementos se presentan por un hamiltoniano cuántico, cuyos autovalores serán las
energías permitidas del sistema y cuyas autofunciones describirán los orbitales moleculares de la
molécula, y de esos objetos se podrán deducir las propiedades químicas de la molécula. En lo
que sigue se designará mediante e, la carga de cada electrón, mientras que la de cada núcleo,
con {\displaystyle Z_{j}} {\displaystyle Z_{j}} protones, será {\displaystyle Z_{j}e} {\displaystyle
Z_{j}e}. Para estudiar este sistema es necesario analizar el siguiente hamiltoniano cuántico:

(1) {\displaystyle {\hat {H}}_{mol}=-\sum _{j=1}^{N}{\frac {\hbar ^{2}}{2m}}\nabla

_{x_{j}}^{2}-\sum _{j=1}^{M}{\frac {\hbar ^{2}}{2m_{j}}}\nabla _{y_{j}}^{2}+V(x,y)}