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Se basa en la conversión de la forma leuco del colorante (marrón-naranja) a una
de color intensamente azul cuando los grupos aniónicos del colorante
interaccionan con los grupos amino de las proteínas. Dicha reacción se mide por
absorbancia a 595nm y también existe una relación lineal dentro de determinadas
concentraciones de proteínas.
Entre las ventajas de este método se encuentran su compatibilidad con agentes
reductores utilizados para estabilizar las proteínas en solución, los cuales no son
compatibles con el ensayo de Lowry y en algún grado con el ensayo de BCA, y la
posibilidad de medir proteínas de alto peso molecular ya que el colorante no se
une a péptidos de bajo peso molecular
La principal limitación del ensayo de Bradford es su incompatibilidad con
detergentes, los cuales se utilizan de rutina para solubilizar proteínas de
membrana. Sólo un nivel de detergente no iónico muy bajo, tal como Tritón X-100
a una concentración final de 0,008 % (v/v), puede mejorar la sensibilidad y
variabilidad del ensayo de Bradford. Los detergentes pueden ser eliminados por
cromatografía de exclusión molecular o por diálisis, lo que lleva a la dilución de la
muestra; o por precipitación con fosfato de calcio o acetona, ambos métodos que
permiten recuperar como mucho el 70 % de la cantidad inicial de proteína. En una
publicación reciente Cheng et al describen un método basado en el ensayo de
Bradford que permite la cuantificación de proteínas de manera rápida incluso
cuando la solución de proteínas contiene substancias interferentes. El método
demuestra una tasa de recuperación de proteínas mejorada después de tan sólo 1
hora de precipitación en acetona posterior a la adición de sacarosa, un componente que
no interfiere con el ensayo de Bradford.