Innovaciones tecnológicas en diagnóstico microbiológico.

Mejores técnicas, mejores cuidados?

PCR Múltiple en infecciones gastrointestinales

Dra. Paulette Legarraga

Departamento de Laboratorios Clínicos
Escuela de Medicina
Pontificia Universidad Católica de Chile
 Temario

1. Introducción
2. Experiencia en nuestro centro
3. Presentación de resultados:casos clínicos
– Ventajas del filmarray: rendimiento, sensibilidad,
detección de co-infecciones, menú de patógenos
– Problemas: interpretación de resultados, costo
4. Conclusiones
 Consideraciones del síndrome diarreico
Consideraciones del Síndrome diarreico

• 1,7 billones de casos de diarrea reportadas al año

• Segunda causa de muerte en <5 años en el mundo
• 2,2 millones de muertes/año
• Asociado a una amplia gama de patógenos
Definición ≥ 3 deposiciones líquidas al día
Clasificación según Aguda ≤14 días
duración Persistente >14 y <30 días
Crónica >30 días
Clasificación según Infecciosa Bacterias, Virus, parásitos
etiología No infecciosa Intolerancia alimentaria, reacciones
medicamentosas, síndrome de intestino irritable,
Enfermedades inflamatorias intestinales

IDSA, American College of Gastroenterology

 Diagnóstico microbiológico “tradicional”

Bacteriológico:
• Hektoen (Salmonella, Shigella)
• Mc Conkey Sorbitol (E. coli O157)
• TCBS (Vibrio spp)
• Cultivo de Campylobacter
• CNI Yersinia • Diagnóstico tradicional engorroso,
• AS Plesiomonas shigelloides puede ser de alto costo requiere una
• PCR específicos Salmonella, Yersinia,
sospecha diagnóstica
Verotoxina
• Bajo rendimiento: 3 a 5%
(coprocultivo)
Virus:
• Inmunoensayos/Detección antígenos
• (PCR)

Parasitológico:
• Observación microscópica
• Inmunoensayos
• (PCR)

Consenso Síndrome diarreico agudo: recomendaciones para el

diagnóstico microbiológico. Rev. Chil. Infectol, 2002; 19(2)
 Rol de los NAAT en
el diagnóstico de diarrea

Infectious Diseases Society of America (IDSA). 2013. A guide to utilization of the

microbiology Laboratory for Diagnosis of Infectious Diseases. Clin Infect
Dis;57(4):e22-e121
 Paneles moleculares disponibles
(Aprobados FDA)

FilmArray® GI xTAG ®GPP Verigene® EP

(Biofire) (Luminex) (Nanosphere)

Bacterias 13 8 7
N° Patógenos
Virus 5 3 2
detectados
Parásitos 4 3 -
TOTAL 22 14 9

24 muestras en 5
Tiempo procesamiento 1 muestra en 80 min 1 muestra en 2 horas
horas

PCR anidado + PCR+ detección por PCR+ hibridación

Tecnología curva de melting hibridación perlas nanopartículas
Equipo
Cerrado/ Abierto/ semi- Cerrado/
Sistema automatizado automatizado automatizado

Otros paneles disponibles no aprobados por FDA: Seeplex® Diarrhea ACE detection;
EntericBio Panel ®, RIDA®GENE GI, otros
Gray et al. Epidemiol Infect. (2014)
 “Caracterización etiológica del síndrome diarreico agudo en
adultos en un hospital universitario mediante un PCR múltiple”
Legarraga P1,3, Valenzuela C2, Miranda C3, García P1,3 y C. Alvarez2
Departamento de Laboratorios clínicos, Departamento de Gastroenterología, P. Universidad Católica de Chile,
Laboratorio Microbiología, Red de Salud UC-CHRISTUS

• Estudio prospectivo desde diciembre 2014-Marzo

2016
• Caracterización clínica y etiológica del síndrome
diarreico agudo en adultos ambulatorios que
consultan al servicio de urgencia mediante un PCR
múltiple (FilmArray, Biofire)

Diarrea aguda: 3 o más deposiciones líquidas por día, > 24

horas y < 14 días de duración
IDSA Guidelines for the management of infectious diarrhea. Clin Infect Dis 2001; 32: 331-351
Patógenos detectados por FilmArray
 Nuestro estudio

1. Recopilación datos 2. Coprocultivo 3. FilmArray

Salmonella/Shigella Vibrio
Agar Hecktoen Agar TCBS

Discordancias

Búsqueda en coprocultivo o medio especial (Salmonella, Shigella,

BACTERIAS
Campylobacter, Yersinia, Plesiomonas)

Clostridium difficile o cultivo PCR específico ( C. difficile, Salmonella, Campylobacter, Shigella,

negativo verotoxina 1 y 2)

PARÁSITOS Observación microscópica y tinción de Zielh-Neelsen

Resultados
 Caso clínico 1

• Paciente 20 años, sexo masculino, estudiante

• Sin antecedentes mórbidos
• MC:
– Diarrea 12 días evolución, (promedio 14 dep/día), con
sangre, acompañado de fiebre, dolor abdominal,
deshidratación
– Recibe tratamiento con ciprofloxacino ambulatorio,
con respuesta parcial
• Hospitalización:
– Hidratación y estudio
– Obs: EII, ¿colitis pseudomembranosa?
 Caso clínico 1

• Exámenes:
• Coprocultivo: NEGATIVO
• Cultivo Campylobacter: NEGATIVO
• Parasitológico: NEGATIVO

• Plan: Pendiente Colonoscopía ….

• Panel GI FilmArray: Campylobacter sp.

• Manejo: tratamiento con Azitromicina

• Evolución: buena respuesta, disminución de los síntomas
 Rendimiento coprocultivo

Total muestras procesadas: 174

% de Resultados (+) por FilmArray % de Resultados (+) por coprocultivo

6,3%

Positivos
37% Negativos Positivos
Negativos
63%

93,7%
 Resultado FilmArray:
 111 muestras (+)  Obtuvimos un total de 9 muestras (+) por
 60 (-) por FilmArray Coprocultivo
 3 Inhibidas

 Mejor rendimiento global del FilmArray

 Mejor rendimiento

Clin Microbiol Infect 2014; 20: O460–O467

• Aumento del número de muestras positivas de 12% por

metodología convencional a 22% mediante PCR múltiple
 Sensibilidad cultivos tradicionales

83 Bacterias
detectadas por FilmArray
 Todas las muestras de
Campylobacter y Salmonella
17 (+) para fueron confirmadas por PCR o
23 (+)
Shigella/
Campylobacter
cultivo
Salmonella/Vibrio
 De los 60 FilmArray negativos
no se obtuvieron cultivos (+)
70%
100% 61% cultivo
Cultivo
Cultivo Vibrio Campylobacter (+)
Salmonella

 Mejor sensibilidad que cultivo tradicional

 Buena especificidad
 Ventajas y Desventajas FilmArray

VENTAJAS DESVENTAJAS
 Mejor rendimiento y
sensibilidad
 Permite cambios en el
manejo: Inicio de
tratamiento ATB
 Caso clínico 2
• Paciente sexo femenino 21 años.
• Sin antecedentes mórbidos, estudiante.
• MC: dolor abdominal intenso 10/10, asociado a
diarrea aguda 2 días evolución, 8 episodios/día sin
elementos patológicos, vómitos y con fiebre hasta
38ºC.
• Examen físico: deshidratación moderada.
• Manejo:
• Hospitalización
• Hidratación parenteral
• Inicio tratamiento antibiótico empírico
 Caso clínico 2

• Coprocultivo: NEGATIVO
• Parasitológico: NEGATIVO
• Panel VIRAL Gastrointestinal : NEGATIVO (Adenovirus,
Astrovirus, Norovirus GI, Norovirus GII y/o Rotavirus)

• Panel GI FilmArray:…
 Caso clínico 2

• Coprocultivo: NEGATIVO
• Parasitológico: NEGATIVO
• Panel VIRAL Gastrointestinal : NEGATIVO (Adenovirus,
Astrovirus, Norovirus GI, Norovirus GII y/o Rotavirus)

• Panel GI FilmArray: SAPOVIRUS

• Manejo: Suspensión de tratamiento antibiótico
 Agentes etiológicos encontrados

30%
Bacterias 74,7%
25%
% de enteropatógenos identificados por PCR

Virus 24,3%
20%
Parásitos 12,6%
15%

10%

5%

0%

 Resultados (+) para 19 de los 22 patógenos buscados

 Número importante de infecciones por Sapovirus
 Ventajas y Desventajas FilmArray

VENTAJAS DESVENTAJAS
 Mejor rendimiento y sensibilidad
 Permite cambios en el manejo: Inicio
de tratamiento ATB
 FilmArray presenta un
menú extenso con
detección de patógenos no
buscados previamente
 Permite cambios en el
manejo: Suspensión
tratamiento ATB
 Caso clínico 3

• Paciente 49 años, sexo masculino (paciente número 5

reclutado)
• Sin antecedentes mórbidos ni antecedentes de viaje
• MC:
– Diarrea 10 días evolución, promedio de 10
deposiciones/día, sin elementos patológicos, sin fiebre, sin
dolor abdominal ni deshidratación.
• Manejo:
– Hidratación en servicio de urgencia
– Alta con indicación de hidratación oral y régimen liviano
 Caso clínico 3

• Coprocultivo: NEGATIVO

• FilmArray: …
 Caso clínico 3

• Coprocultivo: NEGATIVO

• FilmArray:
• ECEA, ECEP, Shigella/ECEI, Astrovirus, Norovirus,
Sapovirus
 Caso clínico 3

• Coprocultivo: NEGATIVO

• FilmArray:
• ECEA, ECEP, Shigella/ECEI, Astrovirus, Norovirus,
Sapovirus

Dra… su equipo se les contaminó!!!!

 Co-infecciones
• El 37% de la muestras positivas (41/111) presenta dos
o más microorganismos
Porcentaje de infecciones según número de
microorganismos
70
63
60

50

40 37%
30
21,6
20
10,8
10
1,8 1,8 0,9
0
1 2 3 4 5 6
 Porcentaje de de co-infecciones
según país

• Presencia de co-
infecciones varía según
país
• Porcentaje varía:
• EEUU 31,5%
• Europa 30%
• Chile 48%

Spina et al. Clin Microbiol Infect 2015; 21: 719–728

 Comparación características clínicas entre positivos vs
negativos y monomicrobianos vs polimicrobiano

Características clínicas Positivos Negativos P value Mono-microbiano Poli-microbiano P value

N 133 N 66 N 79 N 54 NS
Sexo femenino (%) 56 67 NS 58 52 NS
Edad promedio (años) 40 47 0,024 42 39 NS
Días de diarrea al consultar 4,9 7,3 0,0005 5,3 4,6 NS
Frecuencia deposiciones/día 8,6 6,7 0,017 8,4 8,9 NS
Disentería (%) 31 38 NS 18 30 NS
Fiebre (%) 44 21 0,0017 28 41 NS
Vómitos (%) 39 29 NS 26 35 NS

Náuseas (%) 56 52 NS 32 50 0,046

Dolor abdominal (%) 88 82 NS 44 87 <0,0001
Deshidratación (%) 64 64 NS 63 65 NS
Leve (%) 41 44 NS 44 37 NS
Moderada (%) 20 20 NS 16 24 NS
Severa (%) 3 0 NS 3 4 NS
Necesidad hospitalización (%) 44 51 NS 47 39 NS

Antecedente de viaje (%) 11 7 NS 5 20 0,0102

 Los cuadros polimicrobianos no presentan diferencias con cuadros monomicrobianos

salvo por presencia de dolor abdominal y naúseas
 Ventajas y Desventajas FilmArray

VENTAJAS DESVENTAJAS
 Mejor rendimiento y sensibilidad • ¿Relevancia clínica de las
 Permite cambios en el manejo: Inicio de
tratamiento ATB co-infecciones?
 FilmArray presenta un menú extenso con
detección de patógenos no buscados
previamente
 Permite cambios en el manejo:
Suspensión tratamiento ATB

 Cambio en el conocimiento
de la etiopatogenia del SDA
 Caso 4

• Paciente 45 años, sexo femenino

• Sin antecedentes mórbidos ni antecedentes de viaje
• Vive en una zona rural al sur de Chile
• MC:
– Diarrea crónica ( 4 meses de duración), sin elementos
patológicos, sin fiebre ni baja de peso, coprocultivo y
parasitológico (-)
– Colopatía funcional pero paciente vuelve a consultar por
persistencia de síntomas

• FilmArray:
 Caso 4
• Paciente 45 años, sexo femenino
• Sin antecedentes mórbidos ni antecedentes de viaje
• Vive en el campo al sur de Chile
• MC:
– Diarrea crónica ( 4 meses de duración), sin elementos
patológicos, sin fiebre ni baja de peso
– Colopatía funcional pero paciente vuelve a consultar por
persistencia de síntomas

• FilmArray: ECEP
• Se inicia tratamiento antibiótico
 Agentes etiológicos encontrados

30%

25%
% de enteropatógenos identificados por PCR

Bacterias
20%
Virus
15%
Parásitos
10%

5%

0%

 EPEC fue el patógeno más prevalente en nuestra serie

 Distribución de microorganismos
según co-infecciones
120%

100%
Porcentaje total y de co-nfección

80%

60%

40%

20%
89% 88% 88% 82% 78% 57% 55% 50% 44% 44% 42% 39% 38% 33%
0%

% Co-infección Total

• EPEC está frecuentemente asociada

a otros microorganismos

Spina et al. Clin Microbiol Infect 2015; 21: 719–728

 Presencia de enteropatógenos
en población asintomática

• No hubo diferencias estadísticamente significativa en el número de casos y controles

positivos para EPEC, STEC
Bruijinesteiin Van Coppenraet et al.clin Microbiolo Infect 2015 ;21(6(592
 Ventajas y Desventajas FilmArray

VENTAJAS DESVENTAJAS
 Mejor rendimiento y sensibilidad • ¿Relevancia clínica de las co-
 Permite cambios en el manejo: Inicio infecciones?
de tratamiento ATB • ¿Relevancia clínica de los
 FilmArray presenta un menú extenso
con detección de patógenos no
patógenos encontrados?
buscados previamente • Necesidad de una
 Permite cambios en el manejo: interpretación juiciosa
Suspensión tratamiento ATB
 Cambio en el conocimiento de la
etiopatogenia del SDA
 Caso clínico 5

• Paciente 23 años, sexo femenino.

• Antecedente psoriasis
• Tratamiento empíricio con ciprofloxacino y metronidazol
• MC:
– Diarrea 10 días de evolución, con sangre y mucosidad,
promedio de 7 deposiciones/día, acompañado de dolor
abdominal
• Examen físico: deshidratación leve
• Manejo: Hospitalización
 Caso clínico 5

• Resultados exámenes:
– Coprocultivo: NEGATIVO
– Parasitológico: NEGATIVO
– Panel GI FilmArray…
 Caso clínico 5

• Resultados exámenes:
– Coprocultivo: NEGATIVO
– Parasitológico: NEGATIVO
– Panel GI FilmArray: NEGATIVO
Caso clínico 6: COLONOSCOPÍA
 Utilidad clínica:
Buen valor predictivo negativo
• 66 muestras (-) por FilmArray → todas negativas por
coprocultivos

• En el 44% de los pacientes con FilmArray (-) se

identificó una causa no infecciosa
• Colitis isquémica, EII, Amiloidosis, Enteropatía diabética,
cáncer, etc.

 Resultado (-) Pensar en causa no infecciosa de

diarrea
 Ventajas y Desventajas FilmArray

VENTAJAS DESVENTAJAS
 Mejor rendimiento y sensibilidad • ¿Relevancia clínica de las co-
 Permite cambios en el manejo: Inicio de infecciones?
tratamiento ATB • ¿Relevancia clínica de los patógenos
 FilmArray presenta un menú extenso encontrados?
con detección de patógenos no • Necesidad de una interpretación
buscados previamente juiciosa
 Permite cambios en el manejo:
Suspensión tratamiento ATB
 Cambio en el conocimiento de la
etiopatogenia del SDA
 Buen valor predictivo
negativo
 Caso clínico Final
• Paciente 28 años.
• Sin antecedentes mórbidos
• MC:
– Diarrea de 3 días de evolución, 4 deposiciones por días,
con estrías sanguinolentas, dolor abdominal intenso
10/10, fiebre hasta 39ºC
• Exámenes en SU:
– Coprocultivo: pendiente
– Parámetros inflamatorios elevados
– TAC abdomen y pelvis: engrosamiento difuso colon
descendente y sigmoides, colitis colon izquierdo.
• Hospitalización para continuar el estudio:
• Colonoscopía
 Caso clínico Final

• Colonoscopía:
– Perdida transparencia vascular, eritema y erosiones colon
izquierdo, biopsias
– Colitis izquierda inespecífica
• Biopsia:
– Elementos de inflamación aguda inespecífica. Sin hallazgos
de cronicidad

• Panel GI FilmArray (a las 48 hrs de hospitalización):

– Salmonella sp.
 Caso clínico Final

• Colonoscopía:
– Perdida transparencia vascular, eritema y erosiones colon
izquierdo, biopsias
– Colitis izquierda inespecífica
• Biopsia:
– Elementos de inflamación aguda inespecífica. Sin hallazgos
de cronicidad

• Panel GI FilmArray (a las 48 hrs de hospitalización):

– Salmonella sp.
• Coprocultivo: Salmonella spp
 Conclusiones
• Fácil y rápido
• Resultados en <2 horas
• Muchas ventajas técnicas
– Mejor sensibilidad que los métodos tradicionales y buena especificidad
– Mejor rendimiento
– Puede requerir más de un equipo
– Alto costo

• Su uso requiere un conocimiento de sus características

– ¿Cómo interpretar resultados?
– Rol de las E. coli?
– Rol de las co-infecciones
– Es costo efectivo?
–
• No dejar de lado nuestros exámenes tradicionales
Muchas Gracias