Adaptação de altitude em tibetanos causados por introgressão de DNA de

Denisovianos
Huerta-Sánchez et al. 2014
O platô tibetano (acima de 4,000 m) é inóspito para estabelecimento humano por causa
da baixa pressão oxigênica atmosférica (~40% mais baixa do que ao nível do mar), clima
frio e recursos limitados (por exemplo, vegetação esparsa). Apesar dessas condições
extremas, os tibetanos se estabeleceram com sucesso no platô, em parte devido a
adaptações que conferem menor mortalidade infantil e maior fertilidade do que mulheres
aclimatadas de origem de altitude baixa. As últimas tendem a ter dificuldade de gerar (?)
crianças em altas altitudes, e sua prole tipicamente tem baixos pesos de nascimento
comparado a proles de mulheres de ancestralidade de alta altitude. Uma complicação
relacionada a gravidez bem documentada devido à alta altitude é a incidência mais alta
de pré-eclâmpsia (hipertensão durante gravidez). Em adição, a resposta fisiológica ao
baixo oxigênio difere entre tibetanos e indivíduos de origem de baixa altitude. Para a
maioria dos indivíduos, aclimatização a baixa oxigenação envolve um aumento nos níveis
de hemoglobina sanguínea. Contudo, em tibetanos, o aumento nos níveis de hemoglobina
é limitado, presumivelmente porque altas concentrações de hemoglobina estão associadas
com viscosidade sanguínea elevada e risco elevado de eventos cardíacos, assim
resultando em uma rede na redução da aptidão.
Recentemente, a base genética subjacente a adaptação para altas altitudes em tibetanos
foi elucidada usando arranjos de dados de exoma e polimorfismo de nucleotídeo único
(SNP). Muitos genes parecem estar envolvidos na resposta, mas muitos estudos
identificaram o EPAS1, um fator transcriptômico induzido sob condições hipóxicas,
como o gene com o sinal mais forte da seleção especifica tibetana. Além disso, variantes
de SNP no EPAS1 mostraram associações significativas com níveis de hemoglobina na
direção esperada em muitos desses estudos; indivíduos carregando o alelo derivado têm
níveis de hemoglobina mais baixos do que indivíduos homozigotos para o alelo ancestral.
Aqui, re-sequenciamos o gene EPAS1 completo em 40 tibetanos e 40 indivíduos de Han
em mais de 200X cobertura (?) para melhorar caracterizar esse exemplo impressivo de
adaptação humana. Extraordinariamente, encontramos que a fonte de adaptação ocorreu
provavelmente devido à introdução de variantes genéticas de indivíduos do tipo
Denisovianos arcaicos (indivíduos proximamente relacionados aos indivíduos
Denisovianos das montanhas Altai) no pool gênico do ancestral tibetano.
Após aplicar filtros de sequenciamento de nova geração padrões, chamamos um total de
477 SNPs em uma região de aproximadamente 129 kilobases (kb) nas amostras
combinadas de Han e de tibetanos. Computamos um índice de fixação (FST) entre Han e
tibetanos, e confirmamos que é altamente elevado na região do EPAS1 como esperado
sob forte seleção local. De fato, por comparação com 26 populações do Painel de
Diversidade do Genoma Humano é claro que as variantes nessa região são muito mais
diferenciadas do que o esperado dada a diferenciação genômica média entre os Han e
tibetanos (FST ~ 0.02). Os únicos outros genes com diferenças comparativamente grandes
na frequência entre qualquer população proximamente relacionada são os loci
previamente identificados associados com pigmentação de pele mais clara em europeus,
SLCA45A2 e HERC2, embora nesses exemplos as populações comparadas (por exemplo,
Hazara e França, Brahui e Russos) sejam geneticamente mais diferenciadas do que Han
e Tibetanos. Em populações tão proximamente relacionadas como Han e tibetanos, não
encontramos exemplos de SNPs com tanta diferenciação como visto no EPAS1,
ilustrando a excepcionalidade de seu sinal de seleção.
O FST é particularmente elevado em uma região de 32.7 kb contendo os 32 SNPs mais
diferenciados, que é a melhor região candidata para mutações vantajosas. Portanto
focamos as análises subsequentes primariamente nessa região. Faseando os dados para
identificar haplótipos do Han e tibetanos nessa região, descobrimos que os tibetanos
carregam um padrão de alta frequência haplotípica que é notavelmente diferente de sua
minoria de haplótipos e do haplótipo comum observado no Han chinês. Por exemplo, a
região abriga um motivo haplotípico altamente diferenciado de 5 SNP (AGGAA) dentro
de uma janela de 2.5 kb que é somente visto em amostras tibetanas e em nenhuma das
amostras de Han. O padrão de variação genética dentro dos tibetanos parece ainda mais
incomum porque nenhuma das variantes nos motivos de cinco SNPs está presente em
nenhuma das minorias haplotípicas dos tibetanos. Mesmo quando sujeitos a seleção
sweep, geralmente não esperaríamos que um único haplótipo contenha tantas mutações
excepcionais não encontradas em outros haplótipos.
Investigamos se um modelo de seleção em uma mutação de novo (SDN) ou seleção em
variação permanente (SSV) poderia possivelmente levar a tantas diferenças fixadas entre
classes haplotípicas em uma região tão curta dentro de uma única população. Para tanto,
simulamos que uma região de 32.7 kb sob estes modelos assuma diferentes forças de
seleção e condicionantes na frequência alélica atual na amostragem. Descobrimos que o
número observado de diferenças fixadas entre as classes haplotípicas é significativamente
mais alto do que é esperado por simulações sob qualquer um dos modelos explorados.
Assim o grau de diferenciação entre haplótipos é significativamente maior do que o
esperado de mutação, deriva genética e seleção direcional somente. Em outras palavras,
é improvável (P < 0.02 sob um cenário SSV ou sob um cenário SDN) que o alto grau de
diferenciação haplotípica poderia ser causado por uma única mutação benéfica
aterrissando por acaso em um background de SNPs raros, que são em seguida conduzidos
a alta frequência por seleção. As explicações remanescentes são a presença de epistasia
forte entre muitas mutações, ou que uma população divergente introduziu o haplótipo
dentro dos tibetanos por fluxo gênico ou através de seleção de linhagem ancestral.
Procuramos por potenciais populações doadoras em dois conjuntos de dados diferentes:
o Projeto 1000 Genomas e os dados de genoma completo da ref. 14. Originalmente
definimos os limites da região de 32.7 kb do EPAS1 pelo nível de diferenciação observada
entre os tibetanos e Han somente como descrito na seção anterior. Nessa região, o
haplótipo mais comum nos tibetanos está marcado pelo motivo distintivo de cinco SNP
(AGGAA: os cinco primeiros SNPs), não encontrados em nenhuma de nossas 40
amostras Han. Primeiro focamos neste motivo de cinco SNP e determinamos se é
excepcional aos tibetanos ou se é encontrado em outras populações.
Intrigantemente, quando examinamos o conjunto de dados do Projeto 1000 Genomas,
descobrimos que o motivo de cinco SNP tibetano (AGGAA) não está presente em
nenhuma dessas populações, exceto por um único CHS (Han chinês do Sul) e um único
individuo CHB (Han chinês de Beijing). A Fig. 3 dos Dados Estendidos contem as
frequências de todos os haplótipos presentes nas 14 populações dos 1000 Genomas nessas
cinco posições de SNP. Além disso, quando examinamos o conjunto de dados da ref. 14
contendo genomas humanos modernos e arcaicos, descobrimos que o motivo de cinco
SNP está completamente ausente em todas as amostras de populações humanas modernas.
Portanto, além de um indivíduo CHS e um CHB, nenhuma das outras populações
humanas existentes amostradas até o momento carregam esse haplótipo de cinco SNP.
Notavelmente, o haplótipo de Denisoviano nesses cinco sítios (AGGAA) corresponde
exatamente ao motivo dos cinco SNP tibetano.
Observamos o mesmo padrão quando focamos na região de 32.7 kb inteira e não apenas
no motivo de cinco SNP. Vinte SNPs nessa região têm diferenças de alta frequência
incomuns de pelo menos 0.65 entre tibetanos e todas as outras populações do Projeto
1000 Genomas. Contudo, nos tibetanos, 15 desses 20 SNPs são idênticos ao haplótipo
Denisoviano gerando um padrão geral de alta similaridade haplotípica entre o haplótipo
tibetano selecionado e o haplótipo Denisoviano. Interessantemente, cinco destes SNPs na
região são SNPs privados compartilhados entre tibetanos e os Denisovianos, mas não
compartilhados com qualquer outra população ao longo do mundo, exceto para dois SNPs
em baixa frequência em Han chinês.
Se consideramos todos os SNPs (não apenas os mais diferenciados) na região de 32.7 kb
anotados em humanos, para construir uma rede de haplótipos usando os 40 haplótipos
mais comuns, observamos um claro padrão no qual o haplótipo tibetano é muito mais
próximo do haplótipo Denisoviano do que qualquer haplótipo humano moderno. Além
disso, descobrimos que o haplótipo tibetano é ligeiramente mais divergente de outras
populações humanas modernas do que o haplótipo Denisoviano, um padrão esperado sob
introgressão. Divergência de sequências brutas para todos os sítios e todos os haplótipos
mostram um padrão similar. Além disso, a divergência entre o haplótipo tibetano comum
e os haplótipos de Han é maior do que o esperado para comparações entre humanos
modernos, mas bem dentro da distribuição esperada de comparações humano-
Denisovianos. Notavelmente, divergência de sequência entre o haplótipo tibetano mais
comum e Denisovianos é significativamente mais baixa (P = 0.0028) do que esperado de
comparações humano-Denisovianos. Também descobrimos que o número de diferenças
par-a-par entre o haplótipo tibetano comum e o haplótipo Denisoviano (n = 12) é
compatível com os níveis que se esperaria de acumulo de mutação desde o evento de
introgressão. Finalmente, se computamos D e S*, duas estatísticas que têm sido usadas
para detectar introgressão arcaica dentro de humanos modernos, obtivemos valores
significativos (estatística D, P < 0.001, e S* P </= 0.035) para a região de 32.7 kb usando
modelos nulos múltiplos de nenhum fluxo gênico.
Assim, concluímos que o haplótipo associado com adaptação a alta altitude em tibetanos
é provavelmente um produto de introgressão de Denisovianos ou populações
relacionadas. A única outra possível explicação é polimorfismo ancestral. Contudo, essa
explicação é muito improvável porque não pode explicar os valores significativos de D e
S* e porque isso iria requerer que um grande haplótipo fosse mantido sem recombinação
desde o tempo de divergência entre Denisovianos e humanos (estimado de ser de pelo
menos 200,000 anos). A chance de manter um fragmento de 32.7 kb em ambas as
linhagens ao longo de 200,000 anos é conservativamente estimado a P = 0.0012
assumindo uma recombinação constante de 2.3 X 10^-8 por par de base (pb) por geração.
Além disso, o haplótipo teria que ter sido perdido independentemente em todas as
populações africanas e não africanas, exceto em tibetanos e em Han chineses.
Re-sequenciamos a região EPAS1 e descobrimos que os tibetanos abrigam um haplótipo
altamente diferenciado que é somente encontrado em frequências muito baixas na
população Han entre todas as populações do 1000 Genomas, e de outro modo somente
observado em um indivíduo Denisoviano previamente sequenciado. Como o haplótipo é
observado em um único indivíduo em ambas as amostras CHS e CHB, isso sugere que
foi introduzido em humanos antes da separação das populações de Han e tibetanos, mas
sujeito a seleção em tibetanos após o platô tibetano ser colonizado. Alternativamente,
mistura recente de tibetanos aos Hans pode ter introduzido o haplótipo em populações
Han circundantes fora do Tibet. Os indivíduos CHS e CHB carregando o haplótipo de
cinco SNP tibetano-Denisoviano não mostram evidências de serem migrantes recentes do
Tibete, sugerindo que se o haplótipo foi carregado do Tibete para a China por migrantes,
essa migração não ocorreu dentro das últimas poucas gerações.
Estudos anteriores examinando as contribuições genéticas de Denisovianos aos humanos
modernos sugerem que Melanésios têm um componente Denisoviano muito maior do que
de Han ou de Mongolianos, mesmo que as últimas populações sejam geograficamente
muito mais próximas às montanhas Altai. Interessantemente, o haplótipo EPAS1
supostamente benéfico Denisoviano não é observado em Melanésios modernos ou na alta
cobertura de Neandertais Altai. Evidências foram encontradas para mistura Denisoviana
ao longo do sudeste da Ásia (assim como nos Melanésios) baseado em uma análise global
do arranjo de dados de SNP de 1,600 indivíduos de um conjunto diverso de populações,
e essa descoberta foi recentemente confirmada pela ref. 26. Portanto, parece que mistura
arcaica suficiente em populações próximas à região tibetana ocorreu para explicar a
presença desse haplótipo Denisoviano fora da Melanésia. Além disso, o haplótipo pode
ter sido mantido em algumas populações humanas, incluindo os tibetanos e seus
ancestrais, através da ação de seleção natural.
Recentemente, alguns estudos apoiaram a ideia de introgressão adaptativa de humanos
arcaicos aos humanos modernos tendo como um papel na evolução de genes relacionados
à imunidade (HLA e STAT2) e na evolução de genes de pigmentação de pele (BNC2).
Nossas descobertas implicam que um dos exemplos mais nítidos de adaptação humana
ocorre provavelmente devido a um mecanismo similar de fluxo gênico de homonineos
arcaicos em humanos modernos. Com a nossa compreensão elevada de que a evolução
humana envolveu uma quantidade substancial de fluxo gênico de várias espécies arcaicas,
agora também começamos a compreender que adaptação a ambientes locais pode ter sido
facilitada pelo fluxo gênico de outros hominineos que já teriam se adaptados aqueles
ambientes.