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ESTRUCTURA PRIMARIA
ESTRUCTURA SECUNDARIA
ESTRUCTURA TERCIARIA
La estructura 3D de una proteína depende de su
secuencia de aminoácidos (estructura primaria)
ESTRUCTURA CUATERNARIA
La función de una proteína depende
de su estructura 3D, que en
ocasiones conlleva la
interconversión entre dos formas
estructurales
TEMA 4.1 Aminoácidos: estructura y función.
20 AMINOACIDOS COMUNES
Tienen una estructura general que consiste en un grupo carboxilo y un grupo amino unidos a un
mismo carbono al que denominamos CARBONO ALPHA. Los aminoácidos difieren entre sí, por su
cadena lateral o grupo R.
ESTRUCTURA GENERAL
Reduce la flexibilidad
estructural de algunas
regiones polipeptídicas
Grupo Indol
Grupo Tioéter
Ala, Val, Leu e Ile tienden a agruparse dentro de la proteína, estabilizando la estructura de
la misma mediante interacciones hidrofóbicas.
Pro, su estructura cíclica es rígida y reduce la flexibilidad en la cadena polipeptídica.
Phe, Tyr, Trp son aminoácidos aromáticos.
TEMA 4.1 Aminoácidos: estructura y función.
CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS
Los aminoácidos se clasifican en base a las propiedades de su grupo R, en particular, su
polaridad
Grupo sulfhidrilo
Puentes de disulfuro
ESPECTRO DE ABSORCIÓN
ESPECTROFOTÓMETRO
Grupo
Imidazol
pH= 7 - - + +
Grupo
+ Neutral
Guanidinio pKa ≈ 7
TEMA 4.1 Aminoácidos: estructura y función.
CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS
Los aminoácidos se clasifican en base a las propiedades de su grupo R, en particular, su
polaridad
Tienden a agruparse y
estabilizan la estructura de
proteínas por interacciones
hidrofóbicas
Reduce la flexibilidad
estructural de algunas
regiones polipeptídicas
pH≈ 7
Actúa como una BASE Actúa como un ÁCIDO
Forma Zwitterion
pKa1 pKa2
pKa: Es la medida de la tendencia de un grupo para donar un protón. Cuanto menor es el pKa, mayor
es la Ka, mayor es la tendencia a ceder protones.
TEMA 4.1 Aminoácidos: estructura y función.
CURVAS DE TITULACIÓN DE AMINOÁCIDOS Titulación de un grupo amino
Concentraciones equimolares
Concentraciones equimolares
Forma Zwiterion
Concentraciones equimolares
Concentraciones equimolares Carga -
Carga +
SIN CARGA NETA
Punto isoeléctrico
Forma Zwiterion
Concentraciones equimolares
Concentraciones equimolares Carga -
Carga +
SIN CARGA NETA
Punto isoeléctrico
Forma Zwiterion
Ácido Base
Lys (K)
Arg (R)
His (H)
Cys (C)
Tyr (Y)
Asp (D)
Glu (E)
-COOH
TEMA 4.1 Aminoácidos: estructura y función.
CURVAS DE TITULACIÓN DE AMINOÁCIDOS
pI= 7.59
pI= 3.22
Las variaciones de los valores de pKa para grupos α-COOH (pKa: 1.8-2.4) y grupos α-NH3 (pKa: 8.8-
11.0) en aminoácidos son debidos a interacciones intramoleculares que dependen de la cadena
lateral R
Si tenemos ácidos o bases adicionales que aparecen en la cadena lateral de los aa…
… EL PI ES LA MEDIA DE LOS PKA'S DE LOS DOS ÁCIDOS O BASES MÁS SIMILARES.
TEMA 4.1 Aminoácidos: estructura y función.
Colágeno Protrombina
Colágeno
Elastina
R-
Acil-AMP
TEMA 4.1 Aminoácidos: estructura y función.
Urea cycle
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
ESTRUCTURA PRIMARIA
ESTRUCTURA SECUNDARIA
ESTRUCTURA TERCIARIA
La estructura 3D de una proteína depende de su
secuencia de aminoácidos (estructura primaria)
ESTRUCTURA CUATERNARIA
La función de una proteína depende
de su estructura 3D, que en
ocasiones conlleva la
interconversión entre dos formas
estructurales
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PÉPTIDOS Y ENLACE PEPTÍDICO
La formación del ENLACE PEPTÍDICO es un
OLIGOPÉPTIDO: Unos pocos aminoácidos se
ejemplo de reacción de condensación.
unen mediante enlace peptídico
POLIPÉPTIDO/PROTEINA: Miles de amino
acids unidos por enlaces peptídicos
Nt Ct
ACID general, el extremo amino libre de
Por consenso
la cadena peptídica (N-terminal) se escribe a la
dehydratation
izquierda y el extremo carboxilo libre (C-terminal)
se coloca a la derecha.
Reduce la flexibilidad
estructural de algunas
regiones polipeptídicas
Totalmente
protonado
Totalmente
desprotonado
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PÉPTIDOS Y ENLACE PEPTÍDICO
3 ROTACIÓN LIBRE
2 Los 6 átomos asociados Entre N-Cα y Cα-C.
en el enlace peptídico son ÁNGULO DIHÉDRICOS:
coplanares Ф (phi) ψ (psi)
Ct
Cα
Nt
FORMAS RESONANTES
El átomo de oxígeno ENLACES C-N CON
está en trans con el
1 CARÁCTER PARCIAL DOBLE
átomo de hidrógeno No tiene rotación libre
El esqueleto de una cadena polipeptídica es una serie de planos rígidos que comparten un punto
en común de rotación en el Cα, limitado el rango de conformaciones posibles.
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PÉPTIDOS Y ENLACE PEPTÍDICO
DIAGRAMAS DE RAMACHANDRAN
ÁNGULOS DIHÉDRICOS:
En principio Ф (phi) y ψ (psi) pueden tener
cualquier valor entre -180º y +180º, pero
muchos de estos valores están prohibidos por
impedimento estérico entre los átomos
31
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
ESTRUCTURA SECUNDARIA
Se refiere a la disposición espacial local de segmentos dentro de un polipéptido, sin tener en
consideración la conformación de sus cadenas laterales. Las estructuras secundarias se deben a la
formación de puentes de hidrógenos entre el grupo N-H de aa1 (dentro del enlace peptídico) y el
grupo C=O del aa4.
α-HELICE LAZOS y β-TURNS
LÁMINA-β
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
ESTRUCTURA SECUNDARIA: α-HÉLICE (dextrógira)
En cada vuelta de hélice, entre 3-4 puentes de hidrógeno Los cuatro residuos aa en los
estabilizan la estructura. los puentes de hidrógeno ocurren extremos de la α-hélice no
entre los grupos C=O y N-H del enlace peptídico. participan en los puentes de
hidrógeno de la hélice.
ÁNGULOS DIHÉDRICOS:
Ф (phi)= -57°
ψ (psi)= -47°
Non-hydrogen
bonded groups
Ct Ct
Nt Nt
Nt Nt Ct
Ct
Ct Nt Ct
Nt
Interacciones iónicas
Interacciones
hidrofóbicas
Puentes Disulfuro
Puentes de hidrógeno
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
FORMACIÓN DE LA KERATINA
1.-Dímeros compuestos por α-hélice girando a derecha
organizados como subunidades unidas cola-cola.
2.-Dos dímeros asociados para formar unos superenrollamientos
cola-cola a izquierdas denominados protofilamentos.
3.-Varios protofilamentos organizados para formar un complejo
supramolecular grande denominado protofibrillas. 7 RESIDUOS QUE SE REPITEN (ABCDEFG) DENTRO DE
4.-Las protofibrillas forman tetrámeros denominados LA REGIÓN CENTRAL DE LA SUBUNIDAD.
microfibrillas. Los residuos a y d son hidrofóbicos y responsables de
5.- Las microfibrillas se asocian en macrofibrillas. las interacciones dentro del dímero.
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PROTEÍNA FIBROSA: COLÁGENO (tendones, cartílago, córnea…)
La seda consiste en dos proteínas principals, sericina y La fibroína consiste en una secuencia recurrente de
fibroina, con una capa de secreción similar al aminoácidos (G-S-G-A-G-A) dispuesta en capas de
pegamento de sericina recubriendo dos filamentos láminas beta antiparalelas.
individuales de fibrina.
LAS LÁMINAS BETA SE MANTIENEN UNIDAS MEDIANTE
PUENTES DE HIDRÓGENO E INTERACCIONES DE VAN DER WAALS
LAS SUBUNIDADES SE MANTIENEN UNIDADES MEDIANTE: Cada subunidad contiene un grupo prostético hemo
-INTERACCIONES HIDROFÓBICAS (principalmente en las con un átomo de hierro en su estado ferroso Fe2+, que
interfases) es coordinado con un residuo de histidina en la
-PUENTES DE HIDRÓGENO proteína.
-PUENTES SALINOS
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PROTEÍNAS GLOBULARES: HEMOGLOBINA (Hb)
La hemoglobina cambia de conformación con la unión del oxígeno: estatados R y T. Cada transición
de estado conlleva un cambio desde el estado de baja afinidad (estado T) hasta el estado de alta
afinidad (estado R) a medida que las siguientes moléculas de oxígeno se van uniendo.
ESTADO T ESTADO R
Baja afinidad por oxígeno Alta afinidad por oxígeno
EL OXÍGENO SE PUEDE UNIR A LA HEMOGLOBINA EN CUALQUIER
ESTADO PERO….
EL ESTADO R TIENE MÁS AFINIDAD POR EL O2 QUE EL ESTADO T.
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PROTEÍNAS GLOBULARES: HEMOGLOBINA (Hb)
La hemoglobin debe unir oxígeno de manera eficiente en los pulmones (p O2 = 13.3 kPa) y
liberarlo en los tejidos (p O2 =4 kPa). La hemoglobina une oxígeno cooperativamente, uniendo la
primera molécula de O2 afectamos a la unión de la siguiente molécula de O2 en otro sitio.
DOMINIO 1
DOMINIO 2
DOMINIO 3
PIRUVATO QUINASA
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PROTEÍNAS GLOBULARES: PROCESO DE PLEGAMIENTO
Generamente las proteínas tienen un núcleo central de residuos hidrofóbicos rodeados por una capa
de residuos hidrofíliocos. El plegamiento es conducido por el entierro de las cadenas hidrofóbicas en el
interior de la molécula para evitar el contacto con el ambiente acuoso.
Núcleo hidrofóbico
(blanco)
Residuos cargados
(rojo/azul)
Conformación nativa
Las proteínas de la
membrana
plasmática siguen la
regla opuesta
Canal de Potasio
KcsA
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS
Chaperoninas
Las proteínas sin plegar entran en el
bolsillo GroEL, suceden cambios
conformacionales GroEL/GroES
facilitando el plegamiento por un
proceso desconocido.
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PLEGAMIENTO PROTEICO, DESNATURALIZACIÓN Y RENATURALIZACIÓN
Miogoblina: Hemoglobina:
Hemoproteína monomérica. Hemoproteína tetramérica.
Función: almacenamiento de O2 en el músculo Función: Transporte de O2 y CO2 entre los
pulmones y los tejidos,
Peso molecular de 45000 daltons
MIOGLOBINA HEMOGLOBINA
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
ANEMIA FALCIFORME
Es un desorden hereditario de la sangre, caracterizado por la presencia de la molécula de
hemoglobina mutada. Los eritrocitos afectados se asocian y se pegan en las pareces de los vasos
sanguíneos bloqueando el flujo sanguíneo. Pueden causar dolores severos y daños permanentes en el
cerebro, corazón, pulmones, riñones, hígado y bazo. Esta enfermedad se asocia con infecciones
severas, tienen crisis vaso-oclusivas, y se incrementa el riesgo de muerte.
TEMA 4.2 : Proteínas: estructura y función.
PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS
En las células vivas, las proteínas se pliegan desde su secuencia primaria de aminoácidos a unas
tasas muy elevadas. No es posible la existencia de un proceso aleatorio en el que todas las
posibles conformaciones son probadas en un proceso de ensayo-error hasta que se encuentra su
estructura nativa.
TERMODINÁMICA DEL PLEGAMIENTO PROTEICO
Alta energía, alta entropía de
estados desplegados
EMBUDO
1.- Forma con estructuras secundarias locales. DE
2.-Ensamblaje de estructuras seguida por tasas de interacciones mas altas para ENERGÍA
formar estructuras supersecundarias o motivos. LIBRE
2b.- “colapso hidrofóbico”, interacciones hidrofóbicos que conducen el proceso
de plegamiento.
3.- El plegamiento continua hasta completar la formación del dominio.
4.- Se consigue la conformación nativa.
La purificación de una
proteína es el primer
paso para comprender
su función 56