Seeman, N. C., & Belcher, A. M. (2002).

Emulating biology: Building

nanostructures from the bottom up. Proceedings of the National Academy of
Sciences, 99(Supplement 2), 6451–6455.doi:10.1073/pnas.221458298

Emulando biología: construyendo nanoestructuras de abajo hacia arriba.

Nadrian C. Seeman † ‡ y Angela M. Belcher §

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RESUMEN
Escuchamos continuamente que la nanociencia y la nanotecnología son áreas
fronterizas. Todos somos conscientes de que la nanotecnología y la nanociencia implican
la construcción y el análisis de objetos y dispositivos que son muy pequeños en la escala
macroscópica. Sin embargo, si los tamaños de las características finales de los objetos a
nanoescala son aproximadamente de un nanómetro, estamos hablando de dimensiones un
orden de magnitud más grande que la escala explotada por los químicos durante más de
un siglo. Los químicos sintéticos han manipulado los constituyentes, los enlaces y la
estereoquímica de un gran número de moléculas en la escala de angstrom, y los químicos
físicos y analíticos han examinado las propiedades de estas moléculas. Entonces, ¿qué
tiene de especial la nanoescala?
Hay muchas respuestas a esta pregunta, posiblemente tantas como personas que se llaman
nanocientíficos o nanotecnólogos. Una característica particularmente interesante de la
nanoescala es que esta es la escala en la que los sistemas biológicos construyen sus
componentes estructurales, como microtúbulos, microfilamentos y cromatina. Las
asociaciones que mantienen estos y las asociaciones de otros componentes celulares
parecen relativamente simples cuando se examinan mediante métodos estructurales de
alta resolución, como cristalografía o RMN: complementariedad de la forma,
neutralización de la carga, enlaces de hidrógeno e interacciones hidrófobas.
Una propiedad clave de las nanoestructuras biológicas es el reconocimiento molecular,
que conduce al autoensamblaje ya la creación de plantillas de estructuras atómicas y
moleculares. Por ejemplo, es bien sabido que dos cadenas complementarias de ADN se
emparejarán para formar una doble hélice. El ADN ilustra dos características del
autoensamblaje. Las moléculas tienen una fuerte afinidad entre sí y forman una estructura
predecible cuando se asocian. Quienes deseen crear nanoestructuras definidas desearían
desarrollar sistemas que emulen este comportamiento. Por lo tanto, en lugar de reducirse
del nivel macroscópico, utilizando herramientas de mayor y mayor precisión (y
probablemente costo), les gustaría construir nanoconstrucciones desde abajo hacia arriba,
comenzando con sistemas químicos.
¿Cuáles son las ventajas de construir de abajo hacia arriba? La variedad química densa es
una ventaja. Al igual que las superficies de los componentes celulares contienen muchas
características por unidad de área, una superficie química compleja se puede usar como
un bloque de construcción y, en principio, su orientación y posición se pueden
controlar. Por el contrario, los métodos de arriba hacia abajo funcionan con materiales
con poca diversidad química. Una segunda ventaja es la inmensidad de la escala
química. Incluso un picomole de material es casi 10 12 copias. Por lo tanto, uno puede
imaginar producir componentes complejos que forman motivos estructurales bien
definidos organizados en grandes áreas en dos dimensiones o volúmenes en tres
dimensiones.
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ADN NANOTECNOLOGÍA
Hasta la fecha, el componente biomimético más exitoso utilizado para el autoensamblaje
ha sido el propio ADN ( 1 ). Las dobles hélices de ADN lineal parecen tener una utilidad
limitada, pero se pueden diseñar moléculas sintéticas que formen estructuras ramificadas
estables, lo que lleva a una mayor complejidad estructural. Moléculas de ADN
ramificados se pueden combinar por cohesión “pegajosa de composición” ( 2 ), como se
muestra en la Fig. Fig.1.1 . En sistemas sintéticos, los extremos adhesivos pueden
programarse con una gran diversidad; Los extremos pegajosos de N- nucleótidos
conducen a 4 N de posibles secuencias diferentes. Los extremos pegajosos de longitud
suficiente se unen por emparejamiento de bases solo, pero se pueden ligar a la
covalencia. Los extremos pegajosos forman el B-ADN clásico cuando se unen ( 3); por
lo tanto, además de la afinidad inherente a la complementariedad, los extremos pegajosos
también conducen a la previsibilidad estructural. Si las posiciones de los átomos en un
componente se conocen cerca del extremo pegajoso, los átomos del otro componente
también se conocen. Esta situación se contrasta de manera útil con, por ejemplo, un
anticuerpo y su antígeno. Aunque el sitio de combinación de antígeno puede ser conocido,
la orientación del antígeno dentro de él no se puede predecir; Debe determinarse
experimentalmente en cada caso.

Figura 1
Formación de una red 2D a partir de una unión con extremos pegajosos. X e Y son
extremos pegajosos y X 'e Y' son sus complementos. Cuatro de los monómeros de la
izquierda están complejados para producir la estructura de la derecha. La ADN ligasa
puede cerrar los huecos que quedan en el complejo, que pueden extenderse mediante la
adición de más monómeros.
Los objetivos estáticos clave de la nanotecnología del ADN son utilizar el ADN como
andamiaje para cristalizar macromoléculas biológicas artificialmente para cristalografía
( 2 ) y organizar los componentes de la nanoelectrónica ( 4 ). La primera, y
probablemente la segunda, de estas aplicaciones implica el ensamblaje del ADN en redes
periódicas. Por lo tanto, el cuadrilátero de la Fig. Fig.11 sería más útil si se extiende para
formar una de dos dimensiones (2D) o red tridimensional. Las uniones ramificadas que
se muestran en la Fig. Fig.11 no son lo suficientemente rígido para su uso como bloques
de construcción para una celosía ( 5). Este problema se resolvió combinando dos uniones
ramificadas para producir moléculas de doble cruce (DX) de ADN ( 6 , 7 ), que consisten
en dos hélices dobles unidas por hebras que se cruzan entre sí para unirlas.
Fig. Fig.22 ilustra dos matrices 2D diferentes que han sido producidos por las moléculas
de DX ( 8 ). En la Fig. Fig.22 una , la unidad de repetición es de 2 unidades DX, y en la
Fig. Fig.22 b , que es de 4 unidades DX. La unidad B * en la Fig. Fig.22 una y la unidad
D * en la Fig. Fig.22 btienen círculos en sus centros, representando otra hélice que se
dirige desde el plano. Esta hélice adicional puede servir como un marcador topográfico
para microscopía de fuerza atómica. Las dimensiones de cada componente son
aproximadamente 4 × 16 nm. Por lo tanto, las hélices adicionales producen características
similares a bandas cada 32 nm en la matriz AB *, y cada 64 nm en la matriz ABCD *
( 8 ).

Figura 2
Arreglos ensamblados a partir de moléculas DX. ( a ) Una matriz de dos
componentes. Dos moléculas DX (A y B *) se ilustran esquemáticamente ( una parte
superior ). Las dos hélices se dibujan como rectángulos y los extremos adhesivos
complementarios están representados por formas geométricas. A es una molécula DX
convencional, pero B * contiene una horquilla de ADN que sobresale del plano. Debajo
de estas moléculas hay una matriz que muestra los dos componentes que se unen para
formar un plano. ( b ) Una matriz de cuatro componentes. Las mismas convenciones se
aplican como en a . Esta matriz utiliza cuatro mosaicos, A, B, C y D *, donde A, B y C
son moléculas DX convencionales y D * contiene una horquilla. Las rayas están
separadas por dos veces la distancia vista en a .
Otros motivos de ADN se han utilizado para producir patrones a nanoescala en
2D. Aunque la unión ramificada individual es flexible, se pueden preparar
paralelogramos de ADN bien estructurados a partir de cuatro de ellos. Los
paralelogramos de ADN se han utilizado para producir mallas con cavidades
sintonizables ( 9 ). Asimismo, se pueden preparar motivos de triple cruce (TX), que
contienen tres hélices dobles fusionadas con ejes coplanares. Estas moléculas forman
matrices 2D que pueden incluir componentes de TX rotados fuera del plano ( 10 ).
Hay varias formas de incorporar complejidad en las matrices de ADN. Una forma se
muestra en la Fig. Fig.22 b, donde cuatro unidades diferentes comprenden la unidad
asimétrica de la estructura de repetición; la extensión de este enfoque conlleva el gasto
de producir tantos componentes como sea necesario para producir un patrón complejo
particular en dos o tres dimensiones. Winfree ( 11) sugirió que es posible programar
extremos adhesivos para producir ensamblajes algorítmicos, al igual que los bordes de
colores de los azulejos de Wang; estos azulejos forman un mosaico en el que cada borde
de azulejo se apoya en otro con el mismo color. Los conjuntos apropiados de mosaicos
Wang se pueden ensamblar para realizar operaciones computacionales y definir patrones
con una complejidad mucho mayor que su número total, ahorrando así el costo de
producir un gran número de mosaicos diferentes. Recientemente, la viabilidad de este
enfoque ha sido demostrada en una dimensión con moléculas de triple cruce, en el que se
ejecutó un prototipo acumulativo O exclusiva de cálculo ( 12 ), como se muestra en la
Fig. Fig.3.3. Los valores booleanos de entrada y salida de cada paso de este cálculo están
representados por los extremos adhesivos, por lo que esta es una prueba más estricta del
autoensamblaje que la formación de una red periódica. El mismo extremo adhesivo en un
lado de los cuadros de respuesta rojos representa 0, independientemente de si está en un
cuadro correcto o incorrecto para una posición particular. A pesar de la buena fidelidad
general, se detectaron algunos errores en este experimento.
figura 3
Un cálculo XOR acumulativo. La operación XOR toma dos entradas booleanas y produce
un 0 si son iguales y un 1 si son diferentes. Se muestra en una son azulejos de entrada
azul, X i que representan 0 o 1, de acuerdo con la presencia de un sitio de enzima de
restricción particular. Estos han sido ensamblados en un orden particular en b . Los
azulejos rojos en un contienen las cuatro posibilidades booleanas como extremos
pegajosos en sus hélices inferiores. La entrada está conectada a la salida a través de los
mosaicos verdes C1 y C2. Al final del autoensamblaje, una hebra que recorre todo el
sistema se liga, conectando así la entrada a la salida. Se lee por restricción parcial, seguida
de un gel desnaturalizante, muy parecido a una reacción de secuenciación.
Además de las estructuras estáticas, el ADN se puede utilizar para producir dispositivos
nanomecánicos. Un dispositivo temprano (Fig. (Fig.4)4 ) se basó en la transición entre B-
DNA diestro y Z-ADN zurdo ( 13 ). El sistema consta de dos moléculas DX rígidas
unidas por una hélice de ADN que contiene un estiramiento que puede sufrir la transición
B – Z. Yurke et al. ( 14) han informado sobre un dispositivo de ADN dependiente de la
secuencia que utiliza la migración de ramificaciones para eliminar las hebras de una
construcción tipo pinza, lo que le permite sufrir una transición de apertura. Este enfoque
se ha utilizado para producir un dispositivo rotatorio dependiente de secuencia robusto
(H. Yan, X. Zhang, Z. Shen y NCS, datos no publicados). El desarrollo de dispositivos
nanomecánicos de ADN dependientes de la secuencia sugiere un futuro para el ADN
como elemento controlador en nanorobóticos: N diferentes dispositivos de 2 estados
incorporados en una superestructura nanorobótica podrían conducir a 2 N de estados
estructurales distintos que podrían programarse en serie para ejecutar tareas mecánicas.

Figura 4
Un dispositivo nanomecánico de ADN basado en la transición B – Z. El dispositivo consta
de dos moléculas DX conectadas por una hélice (sección amarilla) que pueden sufrir la
transición BZ. Cuando esto ocurre, el dominio inferior de la molécula DX derecha oscila
de abajo hacia arriba a través de un movimiento giratorio.
El control sobre los sistemas de ADN parece ser relativamente robusto. Sin embargo,
¿para qué fines se puede utilizar? Las propiedades físicas del ADN son importantes para
comprender los sistemas biológicos, pero su utilidad en dispositivos nanoelectrónicos no
está probada. Para obtener el máximo uso de las capacidades organizativas del ADN, será
necesario combinar el ADN con otros sistemas a nanoescala, en particular los sistemas
inorgánicos, cuyas propiedades físicas se prestan para aplicaciones directas. Estos
materiales incluyen nanocristales inorgánicos y nanotubos de carbono, que representan
las especies potenciales más emocionantes de organizar en dos o tres dimensiones. Los
tamaños grandes y los abundantes grupos funcionales en las losas de ADN sugieren que
se podrían unir múltiples funcionalidades a una sola pieza.
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LA INTERFAZ BIOLÓGICA-INORGÁNICA
Como se señaló anteriormente, el uso de materiales biológicos ofrece muchas ventajas
sobre los métodos de procesamiento tradicionales para construir la próxima generación
de dispositivos electrónicos miniaturizados, que incluyen particularmente el control
espacial en la escala nanométrica, el autoensamblaje paralelo de múltiples componentes
electrónicos en un solo dispositivo y la capacidad de corrección . Los factores críticos en
el desarrollo de un enfoque de autoensamblaje dirigido biológicamente son la
identificación de las compatibilidades y combinaciones apropiadas de materiales
biológico-inorgánicos, la síntesis de los bloques de construcción apropiados y la
comprensión y el control de los procesos de autoensamblaje de los bloques de
construcción.
En los sistemas biológicos naturales, las macromoléculas ejercen un control excepcional
sobre la nucleación inorgánica, la estabilización de fase, el ensamblaje y la formación de
patrones ( 15 , 16). Los sistemas biológicos ensamblan bloques de construcción a
nanoescala en estructuras complejas y funcionalmente sofisticadas con alta perfección,
tamaño controlado y uniformidad compositiva. Estos materiales son típicamente blandos
y consisten en una colección sorprendentemente simple de bloques de construcción
moleculares (es decir, lípidos, péptidos y ácidos nucleicos) dispuestos en arquitecturas
complejas. Por ejemplo, las proteínas de los huesos, las conchas, las diatomeas y las
bacterias magnéticas pueden nuclear espacial y temporalmente estructuras inorgánicas
desde la escala nanoscópica a la macroscópica. Además, la selectividad y el
reconocimiento a escala molecular es una característica crítica de los sistemas
vivos. Entre los ejemplos más conocidos se encuentran las interacciones anticuerpo-
antígeno. A diferencia de la industria de los semiconductores,
La exquisita selectividad de las moléculas biológicas complementarias ofrece una posible
vía para controlar la formación de estructuras complejas basadas en bloques de
construcción inorgánicos, como las nanopartículas metálicas o semiconductoras. Los
complejos de ADN oligómero-nanocristal, por ejemplo, se han examinado como bloques
de construcción para estructuras más complejas de dos y tres dimensiones ( 17 , 18 ). Las
proteínas marcadas con nanocristales también se han utilizado para marcar sustratos
biomoleculares con mayor sensibilidad ( 19 , 20 ). Las monocapas autoensambladas se
han utilizado para moldear la organización de los nanocristales y, en algunos casos, unir
covalentemente los nanocristales semiconductores a las superficies metálicas ( 21). Las
"nanonetworks" se han formado con nanoclusters de oro mediante el uso de conectores
de ditiol ( 22 ) y con óxido de hierro, utilizando conectores de biotina-estreptavidina
( 23 ). También se ha demostrado la agregación específica dirigida por enlaces de
hidrógeno entre nanocristales, utilizando pares de bases de ADN modificados con
alcanotiol, uracilo y 2,6 diaminopiridina ( 24). Sólo se puede lograr una especificidad de
unión muy modesta entre la molécula biológica y el sustrato inorgánico a través de estas
químicas de injerto. Estos enfoques muestran potencial para el control y la colocación de
nanopartículas, pero no han explotado la composición atómica y el reconocimiento
específico del plano que una biomolécula puede exhibir para una fase inorgánica o el
control y regularidad nanoestructurales que las biomoléculas imponen típicamente en las
fases cristalinas y orientaciones cristalográficas.
En principio, las moléculas biológicas se pueden usar para controlar el ensamblaje de
nanoestructuras inorgánicas y estructuras híbridas inorgánicas / orgánicas, mientras que
las dirigen a autoensamblarse de la manera deseada. Por lo tanto, las moléculas biológicas
y un número ilimitado de diferentes tipos de bloques de construcción de nanocristales se
pueden mezclar en la "olla" y luego activarse para autoensamblarse en sus
superestructuras.
Para desarrollar las interacciones de las moléculas biológicas para los materiales
inorgánicos, la selección biológica se ha utilizado con el objetivo de sintetizar materiales
inorgánicos tecnológicamente importantes para servir como bloques de construcción para
nuevos materiales. Debido a que la naturaleza no ha tenido la oportunidad de producir
interacciones biomoleculares con algunos de los materiales deseados, AMB y sus
colaboradores ( 25 ) utilizaron la visualización de fagos para seleccionar secuencias
peptídicas, y Brown ( 26 ) usó polipéptidos repetitivos mostrados en la superficie de la
bacteria Escherichia colipara unir selectivamente a partículas metálicas. Para identificar
las compatibilidades y combinaciones de materiales biológicos-inorgánico apropiado,
una biblioteca combinatoria de bacteriófago M13 ingeniería genética se utilizó para
seleccionar péptidos rápidamente que no sólo podían reconocer sino también controlar el
crecimiento de materiales inorgánicos específicos (Fig. (Fig.5) .5 ).

Figura 5
Selección de péptidos para materiales electrónicos. Las secuencias peptídicas aleatorias
de 1.9 × 10 9 se exponen a los diferentes sustratos de cristal; Las interacciones peptídicas
inespecíficas se eliminan con lavados extensos. Los fagos que se unen se eluyen bajando
el pH e interrumpiendo la interacción de la superficie. Los fagos eluidos se amplifican
infectando la E. coliEl huésped ER2537, que produce poblaciones enriquecidas de fagos,
muestra péptidos que interactúan con el sustrato cristalino específico. Los fagos
amplificados se aíslan, se titulan y se vuelven a exponer a una superficie de sustrato recién
preparada, enriqueciendo así la población de fagos con fagos de unión específicos al
sustrato. Este procedimiento se repite de tres a cinco veces para seleccionar el fago con
la unión más precisa y específica. El ADN del fago que muestra especificidad se
secuencia para determinar la secuencia de unión al péptido.
La biblioteca de presentación de fagos se basa en una biblioteca combinatoria de péptidos
aleatorios de una longitud dada (p. Ej., De 7 o 12 mers) que se fusionan con la proteína
de la capa menor pIII del colifago filamentoso M13 (New England Biolabs, www.neb).
com ). Cinco copias de la proteína de la cubierta pIII aleatoria fusionada están ubicadas
en un extremo de la partícula del fago y representan 10–16 nm de la partícula viral de 1
μm. La biblioteca utilizada para la selección consta de 1.9 × 10 9.secuencias
aleatorias Este enfoque combinatorio de péptidos se utilizó para identificar proteínas que
se unen específicamente a nanopartículas inorgánicas como los nanocristales
semiconductores. Por lo tanto, este es un enfoque prometedor para la selección de
péptidos que pueden reconocer cristales inorgánicos específicos y orientaciones
cristalográficas de origen no biológico, incluyendo InP, GaAs, y Si (ref. 25 ;
Fig. Fig.6),6 ), y puede controlar II -VI (ZnS, CdS, CdSe, ZnSe y PbS; AMB, datos no
publicados) tamaño de nanocristales de semiconductores, estructura cristalina, forma y
propiedades ópticas.

Figura 6
Selectividad peptídica para GaAs estampados. Los fagos marcados por fluorescencia que
muestran un péptido seleccionado específicamente para unirse a GaAs se unen solo al
patrón cuadrado anidado de GaAs modelado en una oblea. Las líneas rojas (1 μm de
ancho) corresponden a GaAs y los espacios negros (4 μm de ancho) son SiO 2 . Esta unión
específica de péptido también podría usarse para entregar nanocristales a ubicaciones
específicas.
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PROBLEMAS Y PERSPECTIVAS
La nanotecnología biomimética es una gran promesa como vehículo para lograr avances
en las áreas de cristalografía macromolecular, nanoelectrónica y nanorobótica. Los
problemas clave en el área actualmente incluyen lo siguiente: ( i ) ¿Se puede obtener el
control sobre los tamaños de arreglos cristalinos o aperiódicos? ¿Pueden los cristales 2D
ser más grandes que sus dimensiones actuales en el orden de un micrómetro o dos? ( ii )
¿Se pueden producir cristales que estén casi libres de errores? Las aplicaciones en
nanoelectrónica requerirán altos grados de perfección, aunque las técnicas tolerantes a
errores ( 27 ) pueden aliviar este problema. ( iii ) ¿Pueden los dispositivos nanomecánicos
transmitir fuerzas de la misma manera que lo hacen los dispositivos más grandes en el
mundo macroscópico? ( iv) ¿Pueden los sistemas descritos aquí y en los experimentos
relacionados iniciados por Alivisatos et al. ( 17 ), Mirkin et al. ( 18 ), y Mallouk y
colaboradores ( 28 ) pueden utilizarse para relacionar la destreza arquitectónica de la
nanotecnología biomimética "húmeda" con la potencia funcional de la nanotecnología
"seca" de los nanotubos ( 29 ) y los componentes nanoelectrónicos ( 30 , 31 ).
Los éxitos disfrutados por Whitesides y sus compañeros de trabajo ( 32) el trabajo en una
escala ligeramente mayor puede tomarse como una indicación de que el ensamblaje y la
organización de abajo hacia arriba se pueden extender convenientemente a través de la
nanoescala. Se puede esperar que los esfuerzos actuales para extender la nanotecnología
del ADN de arrays de dos a tres dimensiones (3D) produzcan una verdadera integración
en 3D de los componentes nanoelectrónicos, aunque este éxito, cuando llegue, llevará a
otros problemas de direccionamiento y disipación de calor. El reconocimiento
biomolecular y la evolución de péptidos se utilizarán para desarrollar kits de herramientas
moleculares para el diseño y síntesis de nanocristales inorgánicos con el potencial de
ofrecer una flexibilidad aún mayor en la síntesis y el ensamblaje de materiales que con
las rutas sintéticas actuales. La nanotecnología biomimética está empezando a florecer:
la inflorescencia total promete ser espectacular.
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EXPRESIONES DE GRATITUD
Este trabajo ha sido apoyado por el Instituto Nacional de Ciencias Médicas Generales
Subvención GM-29554 (a NCS), la Oficina de Investigación Naval Subvenciones
N00014-98-1-0093 (a NCS), la Agencia de Planificación de Investigación Avanzada de
la Defensa / National Science Foundation Concesión CCR-97-25021 (a NCS),
Subvenciones de la Fundación Nacional de Ciencia CTS-9986512, EIA0086015, y CTS-
0103002 (a NCS), Subvención de la Oficina de Investigación del Ejército DADD19–99-
0155 (a AMB), y por la Fundación Welch (AMB).
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ABREVIATURAS

DX doble cruce

2D bidimensional