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JSE
doi: 10.1111/JSE.12248

Evolución de la clorofita: Perspectivas de los

análisis filogenómicos del cloroplasto

Las plantas Abstract Green comprenden dos grupos principales: la Streptophyta, que incluye algas verdes
charofíticas y plantas terrestres embrionarias, y la Chlorophyta, que incluye una amplia diversidad de algas verdes
marinas, de agua dulce y terrestres. El establecimiento de una filogenia sólida es importante para proporcionar un
marco evolutivo para los estudios comparativos y funcionales. Durante las últimas dos décadas nuestra comprensión
de la evolución de las algas verdes ha cambiado profundamente, first por los análisis filogenéticos de los datos de la
secuencia ribosómica nuclear (principalmente 18S), y más recientemente por los análisis de los datos genómicos
multigenéticos y del cloroplasto. Las relaciones filogenéticas entre los principales linajes de estreptofitas han sido
ampliamente estudiadas y ahora están relativamente bien resueltas. Aunque se han hecho muchos progresos en los
últimos años, las relaciones filogenéticas en la clorofita están aún menos establecidas. Aquí revisamos cómo los
datos genómicos del cloroplasto han contribuido a abordar las relaciones entre los principales linajes del clorofito.
Destacamos los avances recientes y conflicts entre diferentes estudios, y discutimos las futuras direcciones en la
filogenómica del cloroplasto de las algas verdes.
Palabras clave: Clorofito, genoma del cloroplasto, algas verdes, evaluación de modelos, filogenómica.

1 Introducción La era neoproterozoica, donde las algas planctónicas

Las algas verdes son morfológica y ecológicamente diversas y
ubicuas en los hábitats marinos, de agua dulce y terrestres
(Graham et al., 2009). No son un grupo monofilético, sino que
pertenecen a las plantas verdes, un antiguo linaje de
eucariontes que comprende dos clados principales. Un clado,
el Streptophyta, incluye principalmente algas verdes de agua
dulce (conocidas como charofitas) y las plantas terrestres. El
otro clado, la clorofita, incluye algas verdes marinas, de agua
dulce y terrestres con una amplia diversidad morfológica, que
van desde organismos unicelulares planctónicos hasta algas
coloniales, multicelulares y sifónicas. Se estima que la
divergencia entre la Streptophyta y la Chlorophyta tuvo lugar
hace más de mil millones de años (Leliaert et al., 2011;
Moczydłowska et al., 2011). Las relaciones filogenéticas entre
los principales clados charofíticos, y especialmente la relación
con las plantas terrestres, han sido ampliamente investigadas y
revisadas (por ejemplo, Cooper, 2014; Delwiche & Cooper, 2015;
ZHONG et al., 2015). Ahora está bien establecido que las
Zygnematophyceae son el clade hermano de las plantas
terrestres (Timme & Delwiche, 2010; WODNIOK et al., 2011; Timme
et al., 2012; ZHONG et al., 2013; WICKETT et al., 2014).
La clorofita incluye algas verdes ecológicamente,
morfológicamente y citológicamente diversas. La historia
evolutiva temprana del clado probablemente tuvo lugar en el
Mesoamérica.
unicelulares (conocidas como prasinófitas) diversified en los
océanos, y más tarde dio lugar a los núcleos clorofitos que
irradiaban en ambientes costeros, de agua dulce y terrestres,
y que hoy en día contienen la mayoría de las especies (Leliaert
et al., 2011, 2012). Los prasinófitos existentes forman un
conjunto para-filético de algas verdes unicelulares
planctónicas con una amplia variedad de formas celulares,
números y comportamiento, morfologías de escala corporal,
procesos mitóticos y pigmentos fotosintéticos, y viven tanto
en ambientes oceánicos como de agua dulce. Esta amplia
diversidad de características fenotípicas conservadas apoya la
noción de que los prasinófitos son linajes antiguos. El núcleo de
Chlorophyta incluye tres clases principales, Chlor- ophyceae,
Ulvophyceae, y Trebouxiophyceae, además de los dos linajes
más pequeños, el Chlorodendrophyceae, que comprende el
escamoso quadriflagellates Tetraselmis y Scherffelia de agua
dulce, agua salobre, agua marina, y hábitats hipersalinos
(Norris et al. 1980; Arora et al., 2013) y Pedinophyceae, que
incluyen las asimétricas, uniflagellate, en su mayoría algas
verdes desnudas de hábitats marinos, de agua dulce o del
suelo (Marin, 2012) (Fig. 1). Las clases Chlorophyceae,
Ulvophyceae y Trebouxiophyceae son ricas en especies y
morfológica y ecológicamente diversaLas clorofíceas incluyen
algas verdes terrestres y de agua dulce que muestran diversas
organizaciones celulares y la estructura variable del aparato
flagellar (Lewis & McCourt, 2004). Las Ulvophyceae

2017 Instituto de Botánica, Academia China de Ciencias Julio de 2017 | Volumen 55 | Número 4 | 322-332
 Filogenómica del cloroplasto de la clorofita 323

Clorofíceas

Ulvophyceas

Ulvophyceas
Trebouxiophyceae
Núcleo

Trebouxiophyceae

Cloropyhta
Chlorellales

Cloropyhta
Núcleo
Chlorodendrophyceae

Pedinophyceae

Prasinofitos
Algas Charophyte Green
y plantas terrestres

Fig. 1. Filogenia de la clorofita inferida a partir de datos genómicos del cloroplasto. Las líneas discontinuas y sólidas indican
relaciones inciertas y establecidas, respectivamente.

incluyen principalmente especies macroscópicas, inducir a error la inferencia filogenética. Otra ventaja es que los genes del
multicelulares o sifónicas de hábitats costeros, pero también cloroplasto carecen de los múltiples y a menudo largos intrones que se
muchas especies unicelulares o multicelulares microscópicas encuentran típicamente en los genes nucleares. Los datos genómicos del
de ambientes marinos, de agua dulce y terrestres (Cocquyt et cloroplasto se están expandiendo dramáticamente debido a la disponibilidad de
al., 2010). Las Trebouxiophyceae, una clase que se tecnología de secuenciación de alto rendimiento, y se han utilizado ampliamente
circunscribió principalmente en base a características en
ultraestructurales y datos de secuenciación de ADN ribosomal
nuclear (Mattox & Stewart, 1984; Kantz et al. (1990), abarcan
algas verdes móviles y no móviles unicelulares, coloniales y
multicelulares procedentes de hábitats de agua dulce,
terrestres y a veces marinos, con varias especies en simbiosis
con una diversidad de eucariotas (Lewis & McCourt, 2004;
Leliaert et al., 2012).
Un árbol filogenético fiable de clorofita es importante para
entender la evolución temprana de las algas verdes. Sin
embargo, la resolución de las relaciones filogenéticas entre los
principales clados de la clorofita ha demostrado ser una tarea
de difficult, porque estos antiguos linajes irradiaban
rápidamente, y los posibles eventos de extinción múltiple
ocurrían a partir de los antiguos linajes (Cocquyt et al., 2010).
LOS datos ultraestructurales y los datos de la secuencia nuclear
ribosomal, cloroplasto y mitocondrial han arrojado resultados
ambivalentes (revisados en Leliaert et al., 2012). Además de la
complejidad, se ha cuestionado la monofilia de las Ulvophyceae
y Trebouxiophyceae. Los estudios filogenéticos moleculares
iniciales investigaron las relaciones entre los linajes de las algas
verdes utilizando un solo gen, principalmente el gen nuclear de
la subunidad pequeña del ARN ribosomal (18S) (Fawley et al.,
2000; Krienitz et al., 2001;Mu
€leret al., 2004; Bock et al., 2013). Ahora
es evidente que múltiples genes de muchas especies son la
premisa para resolver completamente las antiguas relaciones
filogenéticas (Philippe & Telford, 2006; Philippe et al., 2011).
Los genomas de cloroplasto son particularmente útiles para
la reconstrucción filogenética debido a su contenido de genes
altamente conservados y condensados y a su modo típico de
herencia uniparental. Además, los genes del cloroplasto son
típicamente de una sola copia, en contraste con los genes
nucleares que son de naturaleza multicopia, lo que puede
www.jse.ac.cn J. Syst. Evol. 55 (4): 322-332, 2017
estudios324 filogenómicos con el objetivo de Fang et al.
resolver relaciones antiguas en plantas
terrestres (Wu et al., 2013; Ruhfel et al., 2014;
Lu et al., 2015). Además, se aplican modelos
de sustitución más realistas de evolución de
secuencias para los análisis filogenéticos del
cloroplasto. Por ejemplo, en el linaje de los
estreptofitos, Cox et al. (2014) reportaron la
filogenia monofilética de los briofitos (un
linaje temprano de plantas terrestres
divergentes) usando los genomas del
cloroplasto corrigiendo los artefactos
filogenéticos, lo cual es causado por sesgos
compositivos causados por mutaciones y
sustituciones sinónimas. Zhong et al. (2014)
analizaron los genomas de cloroplastos de
plantas terrestres y charofitos, y los análisis
filogenómicos apoyaron que las
Zygnematophyceae son los parientes más
cercanos de las plantas terrestres, lo cual es
congruente con los recientes análisis filo
transcriptómicos a gran escala (Wodniok et
al., 2011; Timme et al., 2012; Wickett et al.,
2014).
En esta revisión, se resumen los avances
recientes en los análisis filogenómicos del
cloroplasto de la clorofita, se discuten los
posibles errores o sesgos que limitan la
resolución de la inferencia filogenómica, y se
proporcionan instrucciones adicionales
para mejorar la precisión filogenética de la
clorofita, tanto mediante la adición de
taxones críticos como mediante el uso de
modelos evolutivos más apropiados.

2 Cloroplasto Filogenómica
del Cloro-foto
2.1 La relación filogenética de los
prasinofitos Aproximadamente 10 clados
de los prasinofitos han sido identified
basados en secuencias de 18S rDNA
(Leliaert et al., 2011). Aunque los datos de la
18S mostraron claramente que los
prasinofitos comprenden los primeros
linajes divergentes de la clorofita, la
affinities entre los clados de prasinofitos es
difficult para resolver (Fawley et al., 2000;
Guillou et al., 2004; Marin & Melkonian,
2010).
Los datos genómicos del cloroplasto y el
aumento del muestreo de taxones de
prasinofitos han mejorado
considerablemente nuestra comprensión de
las relaciones tempranas de clorofito
(Turmel et al., 2009A; Lemieux et al., 2014A;
Leliaert et al., 2016). En la Fig. 2 se resume
la comprensión actual de las relaciones
filogenéticas y las incertidumbres. Aunque
estos recientes análisis filogenómicos de
cloroplasto proporcionaron un alto apoyo
estadístico para

J. Syst. Evol. 55 (4): 322-332, 2017 www.jse.ac.cn

 Filogenómica del cloroplasto de la clorofita 325

Núcleo Chlorophyta

Prasinophyceae sp. CCMP 1205 Prasinofito clado VIIA

Picocystis salinarum Prasinofito clado VIIC

Pycnococcus provasolii Pycnococcaceae (clado V)

Nephroselmis astigmatica Nephroselmidophyceae

(clade III)
Nephroselmis olivacea

Micromonas sp. RCC 299

Mamiellophyceae
Ostreococcus tauri
(clade II)
Monomastix sp. OKE-1

Pyramimonas parkeae Pyramiminadales (clade I)

Verdigellas peltata Palmophyllales

Palmophyllophyceae
Prasinocococcus capsulatus

Prasinocococcus sp. CCMP

Prasinocococcal
1194 Prasinoderma coloniale es (clado VI)

Prasinophyceae sp. MBIC 10622

Fig. 2. Filogenia de prasinofitos inferida a partir de datos genómicos del cloroplasto. Las líneas discontinuas y sólidas
indican relaciones inciertas y establecidas, respectivamente.

muchas ramas, las posiciones filogenéticas de varios linajes 2009; Shi et al., 2009). Aclarando la filogenética affinities de estos (y
siguen siendo inciertas debido al escaso apoyo y/o a las aún por descubrir)
relaciones contradictorias en diferentes análisis. En general,
los Prasinocococcales (clado VI) junto con los Palmophyl-lales
(Palmophyllophyceae) ocuparon la rama más profunda de los
prasinófitos, y los Pyramimonadales (clado I) þ
Mamiellophyceae (clado II) formaron el segundo clado más
profundo. Los grupos más recientemente divergentes
incluyeron a los Nephrosel-midophyceae (clado III),
Pycnococcaceae (clado V) y otros linajes (clados VIIA y VIIC)
(Fig. 2). Las Pycnococcaceae (clade V) divergieron ante
Prasinophyceae sp. CCMP 1205 (clade VIIA) y Picocystis (clade
VIIC) (Lemieux et al., 2014A, 2014B; Turmel et al., 2016). La
posición de los Nephroselmidophyceae (clade III) es inestable
Varios conjuntos de datos genómicos cloro-plast apoyan que
los Nephroselmido-phceae (clade III) emergieron después de
las Pycnococcaceae (clade V) (Lemieux et al., 2014A, 2014B;
Leliaert et al., 2016). Sin embargo, Turmel et al (2016),
utilizando los conjuntos de datos de nucleo-mareas del
cloroplasto, apoyó una relación hermana entre los
Nephroselmidophyceae (clado III) y las Pycnococcaceae (clado
V). Es probable que la diversidad de los prasinófitos todavía
esté subestimada, y que aún queden por descubrir los linajes
ramificados profundos. Por ejemplo, los Palmophyllales, un
grupo de algas macroscópicas que viven en hábitats poco
iluminados, sólo recientemente han sido reconocidos como un
linaje temprano divergente de prasinófitos, affiliated a los
Prasinocococcales (Leliaert et al., 2016). Además, la
secuenciación ambiental 18S de las comunidades foto-
sintéticas picoeukarióticas tiene identified linajes prasino-fito
con incertidumbre affinities (Viprey et al., 2008; Lepe`re et al.,
www.jse.ac.cn J. Syst. Evol. 55 (4): 322-332, 2017
pueden
326proporcionar nuevos conocimientos sobre la Fang et al.
evolución temprana de la clorofita.

2.2 Relaciones filogenéticas del núcleo de la clorofita

El núcleo de Chlorophyta comprende las clases ricas en
especies, Chlorophyceae, Ulvophyceae, y
Trebouxiophyceae, y dos clases más pequeñas,
Pedinophyceae y Chlorodendrophy- ceae (Fig. 1).
Los análisis filogenómicos del cloroplasto son
concordantes con los datos del ADN ribosómico nuclear
para recuperar la clase Chlor- ophyceae como un grupo
monofilético con un fuerte apoyo. La no monofilia de las
Trebouxiophyceae ya fue sugerida con base en datos de
18S (Krienitz et al., 2010; Luo et al., 2010) y esto es ahora
confirmed por datos genómicos del cloroplasto (Lemieux
et al., 2014B). Aunque los datos de la 18S no pudieron
resolver las relaciones entre los principales linajes de
trebouxiofísicos, los datos genómicos del cloroplasto
recuperaron dos clados bien soportados: los Clorellales, y
el resto de los linajes de treboux-iofísicos (denominados
Trebouxiofísicos núcleo). Los clorellales se resolvieron
cerca de las Pedinophyceae, mientras que los
Trebouxiophyceae se relacionaron con las Chlorophy-
ceae y Ulvophyceae (Lemieux et al., 2014A, 2014B, 2015;
Melton et al., 2015) (Fig. 1).
La monofilia de los Ulvophyceae ha sido durante
mucho tiempo cuestionable debido a la falta de
caracteres sinapomorfos. Aunque la mayoría de los
estudios 18S no fueron capaces de proporcionar un
fuerte apoyo para un clado de Ulvophyceae, una filogenia
inferida a partir de ocho genes nucleares y dos
plastiformes recuperó la clase como monofilética con un
alto apoyo y resolvió muchas de las primeras divergencias
dentro del clado (Cocquyt et al., 2010). Como se discutirá
más adelante, los datos filogenómicos del cloroplasto
están impugnando el

J. Syst. Evol. 55 (4): 322-332, 2017 www.jse.ac.cn

 Filogenómica del cloroplasto de la clorofita 327
importantes sistemas modelo para entender la evolución de la multicelularidad.
monofilia de la clase Ulvophyceae (Fuˇc´ıkov´a et al., 2014;
Leliaert & Lopez-Bautista, 20 15; MELTON et al., 2015).
La posición filogenética de las clases Pedinophyceae y
Chlorodendrophyceae ha sido inestable en análisis
filogenéticos anteriores. El estudio filogenómico inicial del
cloroplasto alió a las Pedinophyceae con los Chlorellales
(Turmel et al., 2009B). En estudios posteriores con muestreo
de taxones más ricos, se dedujo que las Pedinophyceae son el
linaje divergente más temprano del núcleo de la clorofita
(Fuˇc´ıkov´a et al., 2014; Melton et al., 2015), o como un grupo
hermano con el orden de los Chlorellales (Trebouxiophyceae)
(Lemieux et al., 2014A, 2014B, 2015; Leliaert & Lopez-Bautista,
2015; LELIAERT et al., 2016). La relación que apoya a las
Pedinophyceae cercanas a Chlorellales, sin embargo, puede ser
un resultado de artificial debido al sesgo composicional similar
y al muestreo de taxones bajos de los dos grupos (Turmel et al.,
2016). Las clorodendrofíceas se han inferido como un clado
divergente temprano del núcleo de la clorofita, pero la posición
filogenética precisa sigue siendo ambigua (Marin, 2012; Leliaert
& Lopez-Bautista, 2015; Melton et al., 2015). Incluso en el
análisis filogenómico más reciente del cloroplasto con un
muestreo rico en taxones, la posición filogenética de las
clorodendrofíceas era inestable y recibió poco apoyo en los
análisis que utilizaban diferentes conjuntos de datos y métodos
(Turmel et al., 2016).

2.3 Las relaciones filogenéticas dentro de las clorofíceas

Los datos moleculares y ultraestructurales (principalmente la
orientación del sistema radicular flagellar) tienen identified
five Los principales pedidos de clorofíceas son:
Chlamydomonadales, Sphaeropleales, Chaetophorales,
Chaetopeltidales y Oedogoniales (Buch-heim et al., 2002; Wolf
et al., 2002; Turmel et al., 2008; Brouard et al., 2010). (Fig. 3).
La relación filogenética entre las órdenes principales de five
ha demostrado que difficult se resuelve basándose en análisis
de un solo gen. Los análisis filogenéticos de los datos de ADNr
18S han sugerido una relación hermana entre los Chlamydo-
monadales y Sphaeropleales, con los edogoniales,
Chaetophorales, Chaetopeltidales (clade OCC) formando
clades tempranos divergentes de clorofíceas pero con
interrelaciones inciertas (Booton et al., 1998; Shoup & Lewis,
2003; MU€LLER et al., 2004; Brouard et al., 2010). Estas
interrelaciones también se resolvieron utilizando datos cloro-
plásticos genómicos con muestreo taxonómico limitado
(Turmel et al., 2008).
Recientes análisis filogenómicos de cloroplastos con
muestras de taxones más ricas recuperaron que los
Chlamydomonadales eran hermanos de los Sphaeropleales con
un fuerte apoyo y que el clado de Chlamydomonadales-
Sphaeropleales estaba aliado con el clado de OCC (Lemieux et
al., 2015; Fǔćıkov́a et al., 2016; Turmel et al., 2016). Un resultado
filogenético intrigante fue que recientemente se reconoció un
nuevo linaje compuesto por los géneros JENUFA, Golenkinia y
TREUBARINIA. Este grupo fue inferido como hermana de los
Sphaeropleales, pero el affinity de "TREUBARINIA" dentro de este
linaje no fue totalmente apoyado (Lemieux et al., 2015) (Fig. 3).
Los Chlamydomonadales son el orden más rico en especies
de las Clorofíceas e incluyen una amplia diversidad de flagellate
y no-flagellate algas unicelulares, colonias y filaments La
diversidad filogenética y las relaciones dentro de la orden han
sido investigadas principalmente en base a datos de 18S
(Nakada et al., 2008). Varios miembros de la orden son
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y diferenciación
328 celular, y los genomas tubulares
Fang et gigantes
al. con miles de núcleos y cloroplastos que son
completos de dos especies de los transportados a través del sifón por flujo citoplásmico (tipo de
Chlamydomonadales: el célula sifónica) (McNaughton & Goff, 1990; Nakayama et al.
Chlamydomonadales unicelular - domonas 1996; Vroom & Smith, 2001; Friedl & O'Kelly, 2002; Watanabe
reinhardtii P. A. Dangeard y el colonial & Nakayama, 2007). Un análisis filogenético de 10 genes (ocho
Volvox carteri nucleares y dos plásticas) proporcionó un marco filogenético
F. Stein han sido secuenciados (Merchant et relativamente robusto para interpretar la evolución
al., 2007; Prochnik et al., 2010). Por lo tanto, morfológica y citológica en este grupo (Cocquyt et al., 2010). El
un marco filogenético sólido es importante ulvófito ancestral era probablemente un organismo unicelular
para interpretar los caracteres genómicos a uninucleado y los linajes descendientes pueden haber
la luz de la evolución de la multicelularidad. evolucionado en tipos multicelulares, sifonoclonales y sifónicos
El muestreo de taxones en estudios de forma independiente. Es importante destacar que Cocquyt
filogenómicos de cloroplastos es todavía et al. (2010) sugirieron una Ulvophyletic UlvophyceaeSin
relativamente bajo comparado con la vasta embargo, análisis filogenómicos recientes de cloroplastos han
diversidad del grupo, pero estos análisis mostrado significant conflict con el estudio de Cocquyt et al.
muestran una gran promesa en la resolución (2010), indicando posible no monofilia de los Ulvophyceae, por
de las relaciones dentro de los lo que potencialmente se requiere una reevaluación de la
Chlamydomonadales. Chlamydomonas es un interpretación de la evolución citomorfológica en este grupo.
género rico en especies y no monofilético (al Un segundo aspecto evolutivo importante en las Ulvophyceae
menos 450 especies) con varias formas de son las múltiples transiciones aparentes entre los hábitats
células y cloroplastos, y posiciones y marinos, de agua dulce y terrestres. Un clado interesante en
números de pirenoides (Buchheim et al., este contexto son los Trentepohliales, un clado
1996; Nakada et al., 2008; Nakada & Tomita, ultraestructuralmente atípico que está totalmente restringido
2011). En los análisis de ADNr 18S y 26S con a los hábitats terrestres.
muestreo de taxones densos (más de 40
especies de Chlamydomonas), se
recuperaron 21 clados principales
fuertemente apoyados de
Chlamydomonadales, apareciendo
Chlamydomonas en nueve de estos clados
(Nakada et al., 2008). Análisis filogenómicos
recientes de cloroplastos (incluyendo cuatro
especies de Chlamydo- monas) mostraron
que las especies de Chlamydomonas estaban
distribuidas en los clados CAUDIVOLVOXA,
Xenovolvoxa, y Reinhardti- nia (Lemieux et
al., 2015). Las relaciones de los linajes
clamidomonadaleanos divergentes
tempranos (CRUCICARTERIA, Haf- niomonas,
Radicarteria y Cloromonadinia) inferidos a
partir de los datos genómicos del cloroplasto
no estaban bien apoyados, pero eran en
gran medida congruentes con las filogenias
anteriores de tres genes (18S rDNA, atpB, y
psaB) (Matsuzaki et al., 2010; Nozaki et al.,
2010).

2.4 Relaciones filogenéticas entre los

principales clados de Ulvophyceae
La evolución de las Ulvophyceae es
interesante desde el punto de vista
morfológico y ecológico. Morfológicamente,
la clase es muy diversa y comprende una
amplia gama de organizaciones de tálos y
tipos citológicos. Las arquitecturas del talo
van desde los talos unicelulares
microscópicos hasta los talos macroscópicos
multicelulares o sifónicos (Leliaert et al.,
2015). La organización celular es igualmente
diversa, desde células con un solo núcleo y
cloroplasto, hasta células multinucleadas
con núcleos espaciados regularmente y sin
flujo citoplasmático (tipos de células
sifonoclonales), pasando por células
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 Filogenómica del cloroplasto de la clorofita
Fig. 3. Filogenia de las clorofíceas inferida a partir de datos genómicos del cloroplasto. Las líneas discontinuas y sólidas
indican relaciones inciertas y establecidas, respectivamente.
(Chapman et al., 2001). Una posición filogenética de los
Trentepohliales incrustados en los clados marinos sugeriría una
transición evolutiva de mar a tierra (Cocquyt et al., 2010). Sin
embargo, la posición filogenética de los Trentepohliales en los
datos filogenómicos del cloroplasto es incierta, posiblemente
debido al artefacto de "atracción de ramas largas"
(Felsenstein, 1978; Fuˇc´ıkov´a et al., 2014).
Aunque las relaciones filogenéticas entre los principales
grupos de Ulvophyceae eran incongruentes entre los
diferentes análisis filogenéticos, han surgido algunos patrones
comunes. Los dos clados principales de las Ulvophyceae: el
clado Oltmannsiellopsidales
þ Ulvales-Ulotrichales, y un clado
que consiste en los Trentepohliales, Cladophorales,
Bryopsidales, y Dasycladales (clado TCBD) han sido
recuperados en análisis filogenéticos inferidos a partir de
genes nucleares y cloroplastos (Cocquyt et al., 2010; Skaloud et
al., 2013) (Fig. 4). En contraste con el estudio de Cocquyt et al
(2010), en el que las relaciones dentro del clado TCBD se
resolvieron con un apoyo moderado, los análisis filogenómicos
de cloroplastos, hasta ahora, no han logrado recuperar
relaciones bien resueltas entre estos clados. Por ejemplo, la
relación hermana entre Dasycladales y Trentepohliales se
recuperó en algunos análisis filogenómicos de cloroplastos
(Fuˇc´ıkov´a et al., 2014; Melton et al., 2015), mientras que otro
análisis apoyó débilmente a los Dasycladales cerca del clado de
Oltmannsiellopsidales þUlvales-Ulotrichales (Leliaert & Lopez-
Bautista, 2015). La posición filogenética de Bryop- sidales
también era incierta, ya sea apoyada como grupo hermano de
las clorofíceas (Smith et al., 2011; Leliaert & Lopez-Bautista, 2015;
LELIAERT et al., 2016), O las Bryopsidales
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329
Caudivolvoxa
Xenovolvoxa
Reinhardtinia
Clamidomonadales
Oogamochlamydinia
Chloromonadinia
Radicarteria
Crucicarteria
Hafniomonas
Clorofíceas
Sphaeropleales
Jenufa
Golenkinia
Treubarinia
Chaetophorales
Chaetopeltidales
Oedogoniales
þ Dasycladales þTrentepohliales clade close to the core
Trebouxiophyceae (Fuˇc´ıkov´a et al., 2014).
Curiosamente, los Cladophorales, que incluyen una amplia
diversidad de especies de hábitats marinos y de agua dulce,
hasta ahora no han sido incluidos en los análisis filogenéticos de
cloroplastos (Fuˇc´ıkov´a et al., 2014; Boedeker et al., 2016). En
general, los datos genéticos del cloroplasto de este grupo no
se encuentran en las bases de datos públicas sobre secuencias
de ADN. La única secuencia fiable de rbcL publicada hasta
ahora es altamente divergente de las de otras algas verdes, lo
que dificulta la reconstrucción precisa de la posición
filogenética de los Cladophorales basada en este gen (Deng et
al., 2014). Aunque el genoma del cloroplasto en Cladophorales
sigue siendo esquivo, La Claire et al. (1998) sugirieron que
abundantes moléculas de ADN similares a plásmidos, que se
han encontrado en varias especies de Cladophorales, podrían
haberse originado a partir del ADN del cloroplasto. Otros
clados más pequeños en los Ulvophyceae, como los
Scotinosphaerales, IGNATIUS y Blastophysa (Cocquyt et al., 2010;
Skaloud et al., 2013), y un muestreo más denso en los principales
clados de los ulvófitos, pueden aportar importantes
conocimientos sobre las relaciones filogenéticas de los
Ulvophy- ceae; sin embargo, sus genomas del cloroplasto no
han sido secuenciados.
2.5 Relaciones filogenéticas entre los principales clados
de Trebouxiophyceae
Las Trebouxiophyceae incluyen flagellate y no flagellate algas
verdes unicelulares, así como algunas especies coloniales y
multicelulares, desde agua dulce hasta hábitats terrestres, con
J. Syst. Evol. 55 (4): 322-332, 2017
algunos
330miembros penetrando en ambientes salobres e Fang et al.
incluso marinos.

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 Filogenómica del cloroplasto de la clorofita 331

Chlorophyceae

Bryopsidales

Clado de la
Cladophorales

TCBD
Dasycladales

Trentepohliales

Ulvophyceae
Scotinosphaerales

Ignatius clade

Blastophysa clade

Ulotrichales

Ulvales

Oltmannsiellopsidales

Trebouxiophyceae

Fig. 4. Filogenia de Ulvophyceae inferida a partir de datos genómicos del cloroplasto. Las líneas discontinuas y sólidas indican
relaciones inciertas y establecidas, respectivamente.

aguas. Varias especies son conocidas como simbiontes con una (Somogyi et al..,
diversa gama de eucariontes, más notablemente con hongos
para formar líquenes, y algunas especies son de vida libre
heterótrofa o parasitarias (Leliaert et al., 2012). Un árbol
filogenético fiable mejoraría nuestra comprensión de la
evolución morfológica y ecológica en este grupo y, en
particular, proporcionaría pistas sobre los orígenes de los
estilos de vida simbióticos. Estudios previos basados en datos
de la secuencia 18S no fueron capaces de apoyar fuertemente
la monofilia de las Trebouxiophyceae, y las relaciones entre los
clados principales han permanecido en gran medida sin
resolver (Darienko et al., 2010; Krienitz et al., 2010; Neustupa et
al., 2011, 2013; Bock et al., 2013). Los datos genómicos del
cloroplasto resolvieron parcialmente las relaciones entre los
principales linajes de trebouxiofitos, y el muestreo adicional de
taxones probablemente mejorará nuestra comprensión de la
diversidad filogenética y las relaciones dentro del grupo.
Las filogenias basadas en 18S tienen identified múltiples
clados dentro de las Trebouxiophyceae, incluyendo los
Clorellales, Geminella, Oocystis, Prasiola, Microthamniales,
Trebouxiales, Watanabea, Choricystis, y Ellipotochloris clades,
así como varios otros linajes que consisten en una sola especie
o género (por ejemplo, PLEURASTROSARCINA, Xylochloris, y
Lobosphaera). Sin embargo, la relación entre estos clades, en
gran medida, no se resolvió con base en datos de 18S (Karsten
et al., 2005; ELI´AˇS et al., 2008; Darienko et al., 2010; Neustupa
et al., 2011, 2013; Bock et al., 2013).
Los datos filogenómicos del cloroplasto y el aumento del
muestreo de taxones han mejorado el apoyo a las relaciones
entre los treboux y los iofÃceos (Lemieux et al., 2014B). Las
Treboux-iophyceae fueron recuperadas como un conjunto no
monofilético que incluye dos clados no relacionados, los
Clorellales y el núcleo de Trebouxiophyceae (Fuˇćıkov́a et al., 2014;
Lemieux et al., 2014B) (Fig. 5). Se descubrieron tres clados
distintos de los Chlorellales utilizando 79 genes del cloroplasto
y 18S rDNA: los clados Parachlorella, Chlorella y Marvania
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2011; Lemieux
332 et al., 2014B). Sin embargo, las Fang et al.
relaciones filogenéticas entre los tres clados
no son claras (Lemieux et al., 2014B, 2015;
Turmel et al., 2016). En cuanto a la relación
dentro del núcleo de Trebouxiophyceae, el
Oocystis está cerca del clado Geminella, y
Neocystis fue recuperado como una relación
hermana con el clado Prasiola (Lemieux et
al., 2014B, 2015; Turmel et al., 2016). Las
relaciones filogenéticas de otros clados
restantes (por ejemplo, Xylochloris,
Microthamniales, Trebouxiales,
Lobosphaera, Watanabea, Choricystis y Elli-
potochloris) se establecieron básicamente
como se muestra en la Fig. 5 (Lemieux et al.,
2014B, 2015; Turmel et al., 2016). La posición
filogenética del clado de Parietocloris era
ambigua. Era hermana del clado Prasiola-
Neocystis basado en datos de nucleótidos de
cloroplasto o cerca del linaje monofilético
incluyendo el linaje Ellipotochloris Choricystis
Watana- bea Lobosphaera Trebouxiales
Microthamniales Xylo- chloris clades usando
los mismos datos de aminoácidos (Lemieux
et al., 2014B; Turmel et al., 2016). Los
posibles factores que causan las señales þ þ
filogenéticas entre los datos de nucleótidos þþþþþ þ
y aminoácidos pueden ser la saturación
sustitutiva (Jeffroy et al., 2006; Philippe et
al., 2011), LA heterogeneidad compositiva
entre linajes (Foster, 2004; Inagaki & Roger,
2006; ROTA- Stabelli et al., 2013), O el sesgo de
uso de codones (Gouy & Gautier, 1982;
Stenøien, 2005). Los enfoques para mitigar
estos problemas se discutirán en la próxima
sección.

3 La promesa de aplicar
modelos evolutivos realistas
para resolver relaciones
antiguas
La clorofita probablemente se originó en el
Neoproterozoico (1000-540 Mya), y tales
relaciones filogenéticas antiguas son
difficult para resolver. Los modelos de
sustitución de Markov son

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 Filogenómica del cloroplasto de la clorofita 333

Chlorophyceae

Ulvophyceae

Elliptochloris clado

Clado de Choricystis

clado de Watanabea

Lobosphaera clado

Trebouxiales

Microthamniales clad
o
Xylochloris clade Núcleo Trebouxiophyceae

Parietochloris clado

Prasiola clade

Neocystis

Pleurastrosarcina clado

Oocystis clade

Geminella clade

Chlorella clade

Marvania clad Clorellales

o

Clado de Paraclorella

Fig. 5. Filogenia de Trebouxiophyceae inferida a partir de datos genómicos del cloroplasto. Las líneas discontinuas y sólidas indican
relaciones inciertas y establecidas, respectivamente.

comúnmente usados para describir procesos de sustitución
que generan secuencias de ADN y proteínas en la inferencia
filogenética, pero se espera que los modelos de Markov
pierdan información en las antiguas divergencias (Mossel &
Steel, 2004). LAS ramas antiguas tienden a ser largas debido a
las múltiples sustituciones, que los modelos de sustitución de
Markov tienen difficulty que describen con precisión. Las
relaciones filogenéticas inexactas se infieren a menudo cuando
los datos de nucleótidos o aminoácidos son deficientes en
relación con el modelo de sustitución (Philippe et al., 2011;
Whelan et al., 2015).
Hay varias razones que causan que el modelo sea deficiente
y una serie de enfoques pueden mejorar la bondad de fit entre
el modelo y los datos.
Una tasa de sustitución rápida podría causar saturación de
sustitución. La saturación es una función del tiempo y de la tasa de
mutación que ha demostrado afectar la reconstrucción de antiguas
relaciones filogenéticas de animales y plantas terrestres (por
ejemplo, Philippe et al., 2011; Liu et al., 2014). La tasa de saturación
sustitutiva en la tercera posición del codón es típicamente más alta
que en la posición first y/o segunda posición del codón (Cox et al.,
2014; Liu et al., 2014). Con el fin de reducir la influence de la saturación
de la sustitución, un enfoque común es eliminar las terceras
posiciones de codones.

3.1 Rápida tasa de sustitución de la evolución de la

secuencia

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de genes
334 que codifican proteínas. Sin embargo, se Fang et al.
conservan algunas posiciones del tercer codón, mientras
que algunas posiciones del segundo codón y de first
pueden estar evolucionando rápidamente (Goremykin et
al., 2009; Cocquyt et al., 2010). Se han sugerido varios
enfoques de eliminación rápida para reducir el impacto
de la saturación en los estudios filogenómicos de las
plantas, tales como la resolución de la raíz de las plantas
flowering (Goremykin et al., 2013), la posición
filogenética de Gnetales (Zhong et al., 2011), y la filogenia
de Chlorophyta (Fuˇc´ıkov´a et al., 2014). Estos análisis
mostraron que la eliminación de los sitios de evolución
más rápida mejora drásticamente la precisión de las
antiguas relaciones filogenéticas.

3.2 Sesgo de uso de codones

Se han observado sesgos de uso de codones en muchos
grupos (Liu et al., 2004; Wang et al., 2010; Plotkin & Kudla,
2011), y tienen efectos importantes sobre las
inferencias filogenéticas (Foster, 2004; INAGAKI & Roger,
2006; REGIER et al., 2010). Las familias de codones
ambiguos sinónimos de nucleótidos se utilizan a menudo
para realizar análisis filogenéticos degenerados en
codones. Por ejemplo, los codones sinónimos AAA y AAG
que codifican la lisina se recodificaron como AAR; de
manera similar, seis codones synony-mouse para la serina
(es decir, TCT, TCC, TCA, TCG, AGT y AGC) fueron todos
reemplazados por WSN (por ejemplo, Cox et al., 2014; Liu
et al., 2014; Fuˇc´ıkov´a et al., 2016). Inferencia
filogenética usando

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 Filogenómica del cloroplasto de la clorofita 335

se han encontrado secuencias de nucleótidos con codones proceso de sustitución, y eliminando/registrando los datos asociados con la tasa
ambiguos reducidos congruentes con el análisis de datos de de evolución rápida y la heterogeneidad de composición tendrán mejor fitness
aminoácidos en dinoflagellates (Inagaki & Roger, 2006), plantas entre el modelo evolutivo y los datos, y mejorarán aún más la precisión de la
terrestres tempranas divergentes (Liu et al., 2014), ARTRÓPODOS inferencia filogenética.
(R egi er et al., 20 10), Y Pancrustacea (Rota-Sta-Stabelli et al.,
2013). La secuencia de nucleótidos evoluciona relativamente
más rápido que las secuencias de proteínas en los linajes
antiguos, por lo que los datos de aminoácidos pueden
considerarse menos afectados por los sesgos de composición
derivados de la convergencia de secuencias o mutaciones
similares (Cox et al., 2014).

3.3 Heterogeneidad de composición

La heterogeneidad composicional entre el sitio de Among-site
y la rama amontonada son factores importantes para causar
una deficiencia entre los datos y el modelo, ya que viola el
supuesto de estacionariedad a lo largo del tiempo para los
modelos de sustitución comúnmente utilizados (Foster, 2004).
Liu et al. (2014) reportaron que en los genes de codificación de
proteínas mitocondriales, el contenido de GC entre plantas
vasculares y no vasculares es diferente, y el modelo de
composición no estacionaria (por ejemplo, el modelo NDCH)
puede resolver parcialmente la incongruencia de las
inferencias de los modelos de composición estacionaria entre
los conjuntos de datos de nucleótidos y aminoácidos. Sun et
al (2016) investigaron datos genómicos cloro-plast de 53 algas
verdes que mostraban una fuerte heterogeneidad entre ramas
y composición del sitio, y mostraron que la aplicación de un
modelo evolutivo heterogéneo del sitio (modelo CAT) puede
reducir el efecto de la heterogeneidad de la composición. Más
importante aún, informaron que las tasas de evolución rápida
están positivamente correlacionadas con una fuerte
heterogeneidad compositiva entre sitios, y que los sitios de
rápida evolución también tienen modelos evolutivos
deficientes, lo que lleva al problema del modelo
misspecification Esta correlación ayudará a evaluar e identificar
los errores potenciales para los análisis filogenómicos de las
relaciones de las algas verdes.

4 Perspectivas
Los datos del genoma del cloroplasto han avanzado mucho en
nuestra comprensión de la historia evolutiva de las algas
verdes. Hay 20 genomas de cloroplastos completos de algas
verdes charofitas publicados hasta ahora, pero más de 100
genomas de cloroplastos completos de clorofita han sido
secuenciados (Tabla S1). Estos datos han demostrado ser
valiosos para resolver las relaciones entre los rangos
taxonómicos más bajos (familias, géneros y especies), pero su
uso para resolver los niveles taxonómicos más altos (clase y
orden) de la clorofita ha sido menos explorado. A niveles
taxonómicos más bajos, los factores que afectan la precisión de
la reconstrucción filogenética se reducirían sustancialmente
(particularmente la saturación sustitutiva y el sesgo
composicional), pero se exacerbarán a niveles taxonómicos
más altos. Estos problemas son las barreras para resolver las
antiguas relaciones filogenéticas. El bajo apoyo estadístico
actual de algunas relaciones y las hipótesis filogenéticas de
varios estudios impiden nuestra comprensión de la evolución
de las antiguas algas verdes. Aplicando mejor-fi tting (más
realista) los modelos que incorporan la heterogeneidad del
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 El aumento
336 del muestreo de taxones
también puede aumentar la precisión de la
inferencia filogenética. Muestrear más
taxones puede romper ramas largas para
aliviar el artefacto de atracción de ramas
largas (Hillis, 1998), y puede mejorar la
precisión de la estimación de parámetros
para los enfoques filogenéticos basados en
modelos (Sullivan et al., 1999; Pollock &
Bruno, 2000). Nuevos linajes de algas
verdes están siendo descubiertos
regularmente (por ejemplo, Caisov´a et al.,
2015; Watanabe et al., 2016). Estos
descubrimientos son a menudo fortuitos,
por lo que es difficult para prever qué
taxones críticos faltan todavía para la
reconstrucción de una filogenia completa de
clorofitos. Con el aumento de los datos
genómicos del cloroplasto, el mejor modelo
heterogéneo del sitio fitting (modelo CAT de
Phylobayes; Lartillot et al., 2009) y modelos
heterogéneos de rama (modelo NDCH de p4
J. Syst. Evol. 55 (4): 322-332, 2017
(Foster,
Fang et2004)
al. y módulo PhyloCTMC de RevBayes (H o
aet al.,
n
€h
2014))) mejorará dramáticamente la resolución filogenética y la
precisión en los análisis filogenéticos de nivel profundo.
Usando más datos a escala de genoma y mejor-fitting modelos
evolutivos heterogéneos, los errores filogenéticos pueden ser
ampliamente mitigados, y las relaciones filogenéticas de
Chlorophyta serán actualizadas más adelante y clarified
Agradecimientos
Este trabajo fue apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias
Naturales de China (Subvención No. 31570219), la Fundación de
Ciencias Naturales de la Provincia de Jiangsu (BK20150971), el
Proyecto Clave de la Provincia de Jiangsu para la Investigación
Scientific (16KJA180002), el Proyecto de los Seis Picos de
Talento de la Provincia de Jiangsu (2016-XNY-035), el Programa
de Desarrollo Académico Prioritario de las Instituciones de
Enseñanza Superior de Jiangsu (PAPD), y el Proyecto Qing Lan.
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