cladistics

Cladistics (2014) 1-9

10,1111 / cla.12095

Taxonomia na era eletrônica e um e-monografia da papaia

família (Caricaceae) como um exemplo

Fernanda Antunes Carvalho uma,*, Denis Filer b e Susanne S. Renner uma

uma Botânica sistemática e Micologia, Universidade de Munique (LMU), Menzinger Strasse 67, 80638, Munique, Alemanha; b Departamento de Ciências Vegetais,

Universidade de Oxford, Sul Parks Road, Oxford, 3RB OX1, UK

Aceito julho 2014 5

Abstrato

A necessidade de taxonomistas para tirar o máximo proveito de informática de biodiversidade tem sido claro para pelo menos 10 anos. Signi fi cativa progresso tem sido feito em fornecer acesso aos recursos taxonômicos

on-line, incluindo imagens de espécimes (especialmente tipos), descrições de espécies originais, e coleta de dados georreferenciados. No entanto, apesar das chamadas persuasivos para e-monografia, há poucos, se houver,

completou projeto, embora a pesquisa monográfica é o único mecanismo para reduzir sinónimos deste, que são estimados para compor 50% de todos os nomes publicados. Caricaceae é uma família economicamente

importante de fl owering plantas de África e da região neotropical, mais conhecido pelo mamão fruticultura. Há uma grande quantidade de informações sobre a família, especialmente na química, melhoramento de plantas,

genômica e os cromossomos sexuais de mamão, mas up-to-date informações sobre os 230 nomes e quais as espécies que poderiam pertencer a não estava disponível. Um atualizado dinamicamente e-monografia da

Caricaceae agora reúne todas as informações sobre esta família, incluindo chaves, descrições de espécies e dados de amostras referentes as 230 nomes de 34 espécies e um híbrido. Esta pode ser a fi monografia taxonômica

primeiro de uma família de plantas completamente publicado online. As informações curadoria será atualizado continuamente para melhorar a abrangência e utilidade da monografia. Esta pode ser a fi monografia taxonômica

primeiro de uma família de plantas completamente publicado online. As informações curadoria será atualizado continuamente para melhorar a abrangência e utilidade da monografia. Esta pode ser a fi monografia taxonômica

primeiro de uma família de plantas completamente publicado online. As informações curadoria será atualizado continuamente para melhorar a abrangência e utilidade da monografia.

© A Sociedade Willi Hennig 2014.

Introdução significa restrito a plantas, embora estimativas fiáveis ​para todos os

A Lista de Plantas (2010) mostra 1 040 426 nomes publicados para
plantas, das quais 29% são aceitos, 25% do estado incerto, e 46%
considerada sinônimo de outros nomes de espécies. O problema dos
nomes sinônimo surge porque taxonomistas inadvertidamente o nome da
mesma espécie várias vezes, geralmente porque é generalizada e foi
coletado em regiões remotas de intervalo e / ou porque espécie difundida
muitas vezes são morfologicamente variável, por vezes, em correlação
com o seu ambiente, tornando-o difícil de avaliar o estado de espécies até
que uma série coleção densa pode ser estudada. No fl owering plantas,
pode haver três - 4 sinônimos para cada nome aceito (Escócia e Wortley,
2003; Wortley e Escócia, 2004; Paton et al, 2008;. A lista de plantas,
eucariotas são difíceis de obter (Alroy, 2002;. Mora et al, 2011). nomes
sinimos não são um incómodo inofensivo, e a sua taxa parece estar a
aumentar rapidamente com a taxa a que as novas espécies são descritas
(Fig. 1). Quando se trata de conservação das espécies ou com espécies
de médico ou de qualquer outro tipo de finalidade, nomes sinônimo irá
resultar em dois tipos de erros: eles resultar em errado, normalmente mais
estreito, as espécies variam estimativas do que o permitido, porque cada
nome será associado com o seu próprio “espécies” gama; e torná-lo difícil
de fi material de nd de, ou informações publicadas, uma entidade biológica
particular, porque os usuários não podem saber quais nomes se referem a
quais boa espécie.

A avaliação e reavaliação, do estado de um nome ou como um

sinônimo ou uma boa espécie é feito durante a pesquisa monográfica.
2010). O problema dos nomes sinônimo não é de pesquisa monográfica é baseado em reunir as informações relativas a
todos os nomes que já foram publicados por algum grupo, tipicamente um
gênero ou uma família. Isso vai
* Autor correspondente:
Endereço de e-mail: antunesfc@gmail.com

© A Sociedade Willi Hennig 2014

 FA Carvalho et al. / Cladistics (2014) 1-9
Fig. 1. Relação entre a percentagem sinonimia e número de espécies de Wortley e da Escócia (2004), reproduzida com permissão dos autores. 2
incluem a publicação em que um nome foi primeiro proposto (o chamado
protologue), todos os espécimes para o qual foi aplicado o nome (com ou
sem razão), os nomes aceitos e seus sinônimos, descrições morfológicas
de cada espécie, coordenadas geográficas relevantes colecções, números
de cromossomas, traços de produtos químicos, fl owering ou frutificação
vezes, e as sequências de ADN a partir de amostras de dados de um ou
vários dos nomes em questão. Um monógrafo vai estudar amostras,
muitas vezes fazer algum trabalho filogenética com base em sequências
de ADN de um subconjunto representativo, e chegar a uma conclusão
sobre o qual nomes referem-se as espécies. Ele / ela próxima constrói
uma chave para identificar as espécies aceitas e prepara uma lista oficial
dos nomes aceitos e sinonimizadas.
Porque taxonomia é o portal para toda a informação disponível sobre as
espécies, a necessidade de pesquisa taxonômica para “mover-se na era
eletrônica” tem sido clara (Bisby et al, 2002;. Godfray, 2002; Wilson, 2003;
Kress, 2004; Wheeler, 2004; Escócia e Madeira,
2012). Na verdade, descrições de espécies de animais e plantas estão
agora cada vez mais sendo publicado online (Blagoderov et al, 2010;.
Knapp, 2010; Penev et al, 2010;.. Knapp et al, 2011). Monografia, no
entanto, não seguiu o exemplo, apesar da disponibilidade de enormes
bancos de dados online de literatura e espécimes digitalizados, wikis, cada
vez mais barato fotografia digital e microscopia (essencial para o estudo de
espécimes de herbário) e plataformas dedicadas para taxonomia, como a
pesquisa botânica e Herbário Gestão Sys
TEM (Brahms, http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/) e Scratchpads
(http://scratchpads.eu/). O novo “cyber-taxonomia” ou “e-taxonomia”
(Zauner, 2009; Wheeler e Valdecasas, 2010) é uma realidade apenas para
descrições e listas de nomes de espécies, mas ainda não para a pesquisa
monográfica (Escócia e Wood, 2012). Embora existam várias iniciativas
centradas no táxon em curso (Anexo 1), para o nosso conhecimento tenha
sido concluída sem revisão ou monografia de qualquer grande grupo. As
vantagens da monografia on-line, tais como a possibilidade de incluir
imagens coloridas quase ilimitadas e a opção de atualização de
informações, têm, portanto, não foi realizado.
Visão geral da monografia eletrônica de Caricaceae e seu banco de
dados subjacente
Aqui apresentamos uma monografia eletrônica recentemente concluído
de uma família de plantas (Caricaceae), o resultado da pesquisa que
reuniu as coleções disponíveis com bibliotecas digitais, dados de amostras
digitalizadas e outras ferramentas taxonômicas e metodológicos
disponíveis, incluindo seqüenciamento de DNA para barcoding as espécies
reconhecidas (Carvalho e Renner, 2012, 2013).
Caricaceae é uma pequena família de fl owering plantas de África e da
região neotropical, mais conhecido por colheita da fruta Carica papaya. importância
económica da família não reside apenas no mamão, mas também na
produção de papaína, uma proteinase cisteína amplamente utilizado nas
indústrias alimentícias e farmacêuticas. A pesquisa para o tópicos
“mamão” e “papaína” em Web of Knowledge recupera cerca de 20 823 e
42 100 citações, respectivamente (ReutersISI, 2013). Vários Caricaceae
são consideradas como culturas não exploradas por causa de sua nutri-
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frutas tivos, alta concentração de enzimas papaína-semelhantes, e a (Http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol) desenvolvido na Universidade de

resistência aos agentes patogénicos (Kyndt et al, 2007;. Ramos-Mart Inez Oxford. Para a realização desta pesquisa sobre o Caricaceae, nós
et al., 2012). Entre estes estão os chamados papaias terras altas, espécies adicionamos uma série de novos recursos para BRAHMS que facilitam
de Vasconcellea, um gênero pensado para ser sinônimo de Carica até cyber-monografia, portanto

Badillo (2000) esclareceu sua distinção morfológica. dados moleculares
revelaram que o parente mais próximo de mamão é um clado de quatro
espécies no México e na Guatemala totalmente negligenciado por
ecologistas e criadores (Carvalho e Renner, 2012). A falta de
conhecimento antes de 2012 sobre os parentes mais próximos verdadeira
de mamão resultou na suposição de que as papaias Highland ( Vasconcellea
espécies) foram o melhor grupo para usar na melhoria da papaia
(Scheldeman et al, 2011;.. Coppens d'Eeckenbrugge et al, 2014).
Conforme necessário numa monografia taxonómico,
e-monografia de Caricaceae (http:. //herbaria.plants.ox
ac.uk/bol/caricaceae) atribui todos os nomes (aqui 230) para espécies
reconhecidas (aqui 34 e um híbridos), fornecendo uma infra-estrutura de
dados abrangente para cientistas e não-cientistas. O banco de dados está
sendo desenvolvido, gerenciado e publicado on-line usando BRAHMS
enfatizando a importância de colaborações estreitas entre os taxonomistas
e bioinformatas (Stein, 2008).
O e-monografia de Caricaceae e sua loja de banco de dados subjacente
(e disponibilizar) de dados e imagens em coleções, espécimes de herbário,
literatura, ea nomenclatura revista (incluindo nomes aceitos, sinônimos, nomina
nuda,
nomes ilegítimos, e
nomes excluídos). A pesquisa monográfica resultou em circunscrições
atualizada das espécies reconhecidas, incluindo placas detalhadas (Fig.
2), e distribuição geográfica exacta de todas as coleções relevantes.
Ligações a literatura de suporte e de alta resolução de imagens de
a espécimes tipo são fornecidos para cada espécie como são referências
cruzadas às bases de dados, tais como a lista de Flora, TROPICOS, IPNI,
e GBIF. Informações gerais sobre a família, incluindo sua ecologia,
cromossomos sexuais, e filogenia molecular, é fornecido, juntamente com
as chaves de identi fi cação para todos os gêneros e espécies.

Fig. 2. Exemplos de placas espécies utilizados para descrever espécies no site. À esquerda são imagens de detalhes de fl ores do sexo masculino e em orescences fl com base em espécimes de herbário de Vasconcellea
longi fl ora; à direita, as imagens de material vivo de cnidoscoloides Horovitzia, um dos quatro parentes mais próximos pouco conhecidas de mamão.
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Todos esses dados são acessíveis através BRAHMS online e
resumidos na Tabela 1. Pesquisas por taxon, coletor, nome de lugar
geográfico, e mapa da área (Fig. 3) gerar tabelas que também podem ser
apresentados em formato de texto. As imagens podem ser agrupadas e
filtradas, e visto em diferentes resoluções. Os mapas estão disponíveis
usando agrupado Google Maps ou Google Earth, tanto con fi gurable com
recursos de zoom. Uma descrição detalhada dos métodos utilizados para
construir o e-monografia é dado no Apêndice 2.
Discussão
Entre os desafios para a taxonomia de hoje são para incorporar os
resultados e insights de trabalho filogenética molecular e para resolver o
problema dos 46 - 50%
sinónimos deste já publicados (Escócia e Wortley, 2003; Wortley e
Escócia, 2004; A Lista de plantas, 2010). Ambos os desafios só podem ser
resolvidos através de um trabalho monográfico no qual espécies e
circunscrições gênero são analisados ​e atualizados, com base no estudo
de espécimes e consideração dos resultados filogenéticos relevantes
sobre relacionamentos.
De forma fiável espécies circunscritas e nomeados também são necessários
para ful fi l a promessa de códigos de barras de ADN, pelo menos, se essa
promessa é nomes nding fi para espécimes fi cados unidenti via correspondente
de sequências curtas de DNA (obviamente, também se pode combinar com o
material não identificado a sequências sem nome). Simplesmente aumentar a
taxa de descoberta de espécies, embora importante, não contempla qualquer um
desses desafios, porque nomear uma espécie recém-descobertas não requer
uma avaliação completa de todos os nomes existentes que podem ser aplicadas
(o que muitas vezes

tabela 1
Resumo dos dados Caricaceae e-monografias disponíveis on-line de 13 de fevereiro de 2014. inválido, ilegítima, Excluídas e nomes incertos não estão incluídos nesta tabela

As amostras coleções
Sinónimos Colecções examinados examinadas georreferenciados Imagens
Géneros (6) Espécies (34 + 1 híbrido) (160) (2950) (4337) (2204) (10 988)

Cylicomorpha C. parvi fl ora Urb. 1 36 57 28 246

C. solmsii Urb. 1 18 27 12 158
Carica C. papaya EU. 21 590 773 30 1911
Horovitzia cnidoscoloides Horovitzia 1 97 26 19 68
Jarilla Jarilla chocola Standl. 1 37 52 36 136
Jarilla caudata ( Brandegee) Standl. 4 50 62 48 159
heterophylla Jarilla ( Cerv. ex La Llave) Rusby 4 71 85 69 219
Jacaratia J. digitata ( Poepp. & Endl.) Solms-Laub. 3 178 251 167 512
(7) espécies J. spinosa ( Aubl.) A.DC. 8 209 329 190 849
J. chocoensis AHGentry & Forero 0 15 21 15 31
J. corumbensis Kuntze 3 41 86 34 281
J. dolichaula ( Donn.Sm.) Woodson 1 128 172 120 450
J. mexicana A. DC. 7 142 158 132 500
J. heptaphylla ( Vell.) A.DC. 1 30 37 26 134
Vasconcellea V. candicans ( A.Gray) A.DC. 3 26 38 19 141
(21 espécies e um V. cauli fl ora ( Jacq.) A.DC. 8 111 159 87 452
híbrido) V. crassipetala ( VMBadillo) VMBadillo 1 6 16 5 55
V. glandulosa A.DC 9 80 153 71 419
V. goudotiana Triana & Planch. 4 20 35 11 107
V. horovitziana ( VMBadillo) VMBadillo 1 13 34 3 125
V. longi fl ora ( VMBadillo) VMBadillo 1 6 10 2 26
V. microcarpa ( Jacq.) A.DC. 22 401 774 336 1508
V. monoica ( Desf.) A.DC. 7 32 70 14 156
V. Omnilingua ( VMBadillo) VMBadillo 1 2 3 1 16
Vasconcellea V. palandensis ( VMBadillo, Van den Eynden & Van Damme) 1 3 6 3 27
(21 espécies e um VMBadillo
híbrido) V. ora parvi fl A.DC. 5 61 109 46 323
V. pubescens A.DC. 10 102 230 68 501
V. pulchra ( VMBadillo) VMBadillo 1 13 36 10 98
V. quercifolia A.St.-Hil. 14 157 253 114 675
V. sphaerocarpa ( Garc Ia-Barr. & Hern.Cam.) 1 13 25 12 60
VMBadillo
V. sprucei ( VMBadillo) VMBadillo 1 27 57 7 184
V. stipulata ( VMBadillo) VMBadillo 1 19 40 15 115
V. weberbaueri ( Harms) VMBadillo 1 8 31 7 82
V. chilensis Planch. ex A.DC. 3 16 38 6 86
V. 9 heilbornii ( VMBadillo) VMBadillo 9 31 84 13 188

Os valores entre parênteses são os números totais disponíveis no banco de dados. 4

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Fig. 3. busca Mapa no BRAHMS. A figura da esquerda mostra um polígono que pode ser tirada pelo usuário para delimitar a área de interesse, neste caso, o Andes do norte do Peru até o norte da
Colômbia. Para a esquerda é um resumo dos resultados, que inclui número de gêneros, coleções, amostras e imagens disponíveis no banco de dados. Ele também fornece as coordenadas dos
polígonos, que podem ser utilizados para criar uma forma fi cheiro.

(uma) (B)

Fig. 4. (a) Número de estudos publicados com a busca tópico fi campos “Caricaceae” e “genoma”; um total de 168 discos foram encontrados. (B) Número de estudos publicados sobre modelagem
bioclimática por ano; no total 1002 foram encontrados registos. (Web of Knowledge, acessado em 18 de novembro de 2013.)

demorar muito tempo). É, portanto, provável que, como o número de
espécies descrições aumenta (Costello et al., 2013), o mesmo acontece
com o número de sinónimos recém-criadas (Fig. 1).
A, nomenclatura vetado-expert bem-resolvido e informações detalhadas
sobre a distribuição das espécies são de grande importância para muitos
campos de pesquisa (Yesson et al, 2007;. Bortolus, 2008; Patterson et al,
2010;. Lis e Lis 2011 ; Santos e Branco, 2012). No entanto, dados de alta
qualidade produzidos por taxonomistas em revisões e monografias são de
pouca utilidade a menos que eles são amplamente acessíveis (Kress,
2004). Isto é especialmente importante para os grupos economicamente
importantes, os quais muitas vezes são também grupos com uma alta taxa
de mudanças de nomenclatura (como é o caso para Caricaceae).
informações OpenAccess a este conjunto altamente organizada de dados e
imagens on-line para o bene fi Caricaceae ts a comunidade fi c cientí
amplamente, bem como aqueles que trabalham
sobre os aspectos alimentos e medicinais da família. Isto inclui a
comunidade de curadores de herbários, pesquisadores com foco em
genômica mamão (Fig. 4a), criadores e não-científica c pública. Além
disso, as amostras georreferenciados são a base para o crescimento
campo de modelagem bioclimatic (Fig. 4b) e para uma linha de base fiável
para documentar os efeitos de alterações climáticas em curso na planta
varia.
No caso da família papaya, as mais recentes contas taxonômicos foram
por Victor Manuel Badillo (1920 - 2008;
http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/carica ceae # badillo) um taxonomista
venezuelano que tratou
c. 200 nomes descritos na família, 64 destes basionyms (o que significa
que a parte restante resultar alterem conceitos genéricos). O trabalho de
Badillo (1971,
1993, 2000) é de difícil acesso, e desde a sua última publicação há 13
anos (Badillo, 2001) não mais trabalho taxonômico na Caricaceae foi
publicado.
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Enquanto isso, o trabalho molecular sobre a família tirou (Van
Droogenbroeck et al, 2002;.. Kyndt et ai, 2005a, b; Carvalho e Renner,
2012). Lista Vermelha da IUCN de espécies ameaçadas (IUCN, 2013)
enumera seis espécies ameaçadas de Caricaceae, nenhum sob o nome
correto; o novo e-monografia disponível em http: // herbários.
plants.ox.ac.uk/bol/caricaceae agora inclui informações atualizadas sobre
a vulnerabilidade das espécies que, juntamente com a informação
geográfica e ecológica devem ajudar nos esforços de conservação.
Um dos principais problemas na construção do banco de dados
Caricaceae foi reunir dados de diferentes herbários que usam diferentes
padrões e campo de Definições. Isto ocorre apesar das propostas para
padronizar as bases de dados de biodiversidade, como Hispid (padrões e
protocolos para Intercâmbio de Dados Herbário de Informação; Conn,
1995) (. Wieczorek et al, 2012), Darwin Core e ABCD (TDWG, 2013). Os
dois últimos são recomendados pelo Banco de Dados taxonômica Grupo
de Trabalho (TDWG). Novo software e plataformas estão sendo
desenvolvidos a cada ano por diferentes instituições, mas a comunicação
entre eles não está sendo melhorado no mesmo ritmo. mapeamento de
banco de dados pode ser usado para integrar dois modelos de dados
distintos. No entanto, se o mesmo pedaço de informação é digitalizada
ligeiramente diferente entre institutos, consultas que abordam várias bases
de dados não podem ser adequadamente resolvido (Willemse et al.,
2008). Padronização na entrada de dados aumentaria o valor dos dados
de biodiversidade disponíveis gratuitamente, facilitando a utilização e
re-uso, distribuição e integração de informações. Iniciativas, como
speciesLink (http: // splink.cria.org.br/), que integra dados primários de
coleções biológicas depositados em diferentes coleções científicas
utilizando padrões Darwin Core, são louváveis ​e devem ser ligados a
programas em todo o mundo, tais como a Enciclopédia of Life (EOL,
http://eol.org/) e do global Biodiversity Information Facility (GBIF,
http://www.gbif.org/).
Com o desenvolvimento da tecnologia de fotografia digital, fotógrafos
profissionais e amadores estão sem saber descobrir e informalmente
documentar novas espécies, colocando imagens de plantas e animais em
bancos de dados de imagens online (Winterton et al., 2012). Espécies
identi fi cação por meio de imagens está se tornando cada vez mais
importante, e livremente disponíveis e-monografias que combinam
imagens (que vai ser pego, por exemplo, por “google images”) com nomes
e descrições profissionalmente curadoria pode suportar tal ciência do
cidadão. Sistematistas, no entanto, ainda não estão produzindo
monografias taxonômicos livremente acessíveis (ou oras FL), apesar da
pena de advertências mais de 10 anos (Bisby et al, 2002;. Godfray, 2002;
Wilson, 2003; Kress, 2004;. Wheeler et al, 2004; Escócia e Wood,
2012). Isso provavelmente tem dois motivos (relacionados): o pequeno
número de pessoas em uma posição para preencher o ciber-infra-estrutura
existente com dados e a pressão
para publicar em revistas citáveis ​ou séries monografia. Superar o
segundo problema vai exigir citação de publicações on-line, tem sido
padrão em física, matemática, ciência da computação e química.
O e-monografia de Caricaceae inclui todas as funcionalidades de uma
monografia tradicional (Marhold et al., 2013), e é um único portal para
acessar informações sobre todos os nomes táxon, facilitando assim a
comunicação entre os diferentes grupos de pesquisadores. Diferente de
qualquer trabalho em papel, no entanto, é rapidamente pesquisável e liga
espécimes e espécies a outros tipos de dados e conhecimento; por exemplo,
as amostras utilizadas no isolamento de ADN estão ligadas às respectivas
entradas de GenBank. Outra vantagem óbvia de monografia online é a
facilidade de atualização. Uma espécie recém-descobertas, uma expansão
de gama, ou um conjunto recentemente disponível de imagens podem ser
facilmente adicionados a um banco de dados on-line, mas não para uma
monografia impressa. E-monografias vai melhorar muito o acesso ao
conhecimento sobre as espécies, enquanto ao mesmo tempo alimentando
outras bases de dados com informações de valor inestimável para a
pesquisa cientí fi c, da sociedade e da indústria. Como John Kress (2004, p.
2152 e 2127) previa: “Com a comunicação sem fio remoto do campo
botânico fi será capaz de comparar imediatamente as plantas
recém-coletados com tipo espécimes e coleções de referência arquivados e
digitalizados em museus milhares de milhas de distância. . . . [O
e-monografias] do futuro, incluindo baseado na web, baseado em
computador, imagebased, e até mesmo produtos baseados em DNA, são. . .
ful preenchendo novas funções que baseados em papel e palavra-base oras
fl do passado nunca poderia atingir “.
Agradecimentos
Agradecemos a todos os herbários que estão fornecendo acesso aberto
às imagens de espécimes, indispensáveis ​para o desenvolvimento de
e-taxonomia; todos os curadores de herbários visitado por FAC durante o
desenvolvimento da monografia; Andrew Liddell em Ciências Vegetais,
Oxford, pelo seu trabalho sobre o sistema on-line BRAHMS; Carmen Ben ıtez
para obter informações úteis sobre Victor Badillo e para dar acesso FAC
toda a sua literatura, incluindo mão-escritos originais; Theodor CH Cole
forneceu apoio editorial na revisão do e-monografia.
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 8

Apêndice 1
Weblinks e breves descrições de projetos de e-taxonomia

Somente sites com o objetivo de ser uma monografia taxonômica e já contendo informações consideráveis ​estão incluídos. Todos os weblinks foram acessados ​em 6 de Abril de 2014.

Nome do site e weblink Pequena descrição

sistemática himenóptero Informações detalhadas sobre os principais grupos de Hymenoptera e uma chave dicotômica para identificação de gêneros eulofideo
http://hymenoptera.ucr.edu/mx-database norte-americano. Faltando dados de distribuição e imagens de espécimes
Euphorbia Informações gerais sobre o gênero Euphorbia. chaves ausentes identificação, mapas de distribuição, e as descrições das espécies. Além disso,
http://www.euphorbiaceae.org/pages/data_portal.html não há nenhuma informação ou imagens de espécimes eo projeto parece não ter avançado desde 2010

Milichiidae on-line Revisão de Milichiidae ou “freeloader” fl ies incluindo descrições, chaves dicotômicas, lista de espécimes, e mapas de distribuição para a maioria
http://milichiidae.info/content/milichiella-online-revision da taxa.
Bombus Bumblebees do mundo A revisão taxonômica do grupo, incluindo uma visão geral de todas as espécies zangões com chaves interativas, mapas de distribuição e
http://www.nhm.ac.uk/research-curation/research/projects/bombus/ descrições para a maioria da taxa
lacistemataceae Um breve resumo da família da planta lacistemataceae incluindo nomenclatura para todos os táxons. descrições de espécies detalhadas com
http://tolweb.org/Lacistemataceae imagens, informações sobre os vales e mapas de distribuição estão faltando para a maioria da taxa

Solanaceae Source. Um recurso taxonômico global para a família das solanáceas Uma introdução, incluindo a morfologia geral, a distribuição, e outros dados. Também informações sobre a situação taxonômica de gêneros e
espécies. mapas de distribuição e imagens de muitos taxa estão faltando, e a monografia até agora cobre uma pequena percentagem do c. 4000
http://solanaceaesource.org/ espécies
FishBase Um banco de dados de que ela é fi do mundo, com informações sobre os nomes comum e científico, descrições e requisitos ambientais de
http: // www. fi shbase.org/ cada taxon, imagens e mapas de distribuição
FA Carvalho et al. / Cladistics (2014) 1-9

WoRMS Registro Mundial de Espécies Marinhas informações detalhadas sobre a nomenclatura (95% dos nomes aceites no banco de dados já foram verificados). Faltando descrições e
http://www.marinespecies.org/ ilustrações de vários táxons
Miconieae Descrições, fenologia, distribuição, e nomenclatura de muitos taxa da tribo Miconieae, que inclui c. 1800 espécies. chaves de identificação e
http://sweetgum.nybg.org/melastomataceae/ imagens descritivas de cada nome aceito estão faltando, embora imagens de espécimes estão disponíveis

o gênero Leucaena Monografia do género Leucaena com duas chaves dicotômicas (usando vegetativo, ou caracteres de frutas fl orais), descrições detalhadas de
http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/leucaena espécies, nomenclatura, imagens de cada espécie aceites e lista espécime. imagens em falta de espécimes

ILDIS Internacional das leguminosas Banco de Dados e Serviço de Informação banco de dados taxonômica de Fabaceae com lista de status de taxa e taxon. Inclui descrições resumidas para os nomes aceitos, mas carece de
http://www.ildis.org/ imagens
Xper 2 Lista de bases de conhecimento utilizando Xper 2, ou seja, uma lista de chaves interativas para diferentes grupos taxonômicos. As chaves
http://lis-upmc.snv.jussieu.fr/xper2/infosXper2Bases/en/liste-bases.php constituem bases de dados morfológicos, muitos deles bem ilustrado. Nenhuma informação sobre o status taxonômico dos nomes é fornecido,
e não há imagens de espécimes
Scratchpads - Biodiversidade em linha Lista de sites produzidos com scratchpads. Embora o número de sites disponíveis é grande, poucos são os projectos activos com muita
http://scratchpads.eu/explore/sites-list informação, enquanto muitos são bastante incompletos e aparecem estagnada
BRAHMS sites on-line Lista de sites publicados usando BRAHMS. A maioria são bancos de dados com lista de nomes e, por vezes, informações sobre status
http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/brahms/Websites taxonômico
 FA Carvalho et al. / Cladistics (2014) 1-9 9

mens formam a base deste e-monografia, eo primeiro autor fotografou todos os espécimes que
Apêndice 2 ela pudesse achar em herbários relevante da América Latina (BHCB, Guada, HUEFS, IBUG,
Métodos utilizados para produzir o e-monografia de Caricaceae MBM, MEXU, MEU, R, RB, UPCB, VEN), América do Norte (Nova Iorque, F), e na Europa (B,
BM, GB, K, M, OXF, P, W, WU, Gent, S), quer no material de emprestado ou durante as visitas
pessoais. CGE, FI, INPA, IAN, e MG fornecida imagens de espécimes importantes Caricaceae.
Pelo menos duas imagens de cada amostra foram tiradas: primeiro, a etiqueta (para facilitar a
O banco de dados é desenvolvido, gerenciado e publicado on-line usando a Pesquisa e
introdução de dados) e, em segundo lugar, a amostra completa. Imagens de detalhes, como
Herbário Sistema Botânico Management (Brahms, http://herbaria.plants.ox.ac.uk/bol/)
estípulas, tricomas e venation, também foram levados para alguns espécimes. Todas as
desenvolvido na Universidade de Oxford. As principais razões para escolher este software foram
imagens foram processadas e renomeado usando ferramentas fornecidas no BRAHMS,
(i) a sua utilização estabelecida em mais de 60 países ao redor do mundo,
seguindo o tutorial disponível no http: // herbários. plants.ox.ac.uk/bol/caricaceae. Fotografia
contou com a função Macro de uma câmera RICOH CX5 em resoluções de 3, 5, 7 ou 10
facilitar a comunicação entre os bancos de dados e
megapixels e um microscópio digital Dino-Lite AM-413ZT, um dispositivo portátil ligado a um
pesquisadores de diferentes instituições, (ii) uma interface amigável com muitos tutoriais, (iii) os
laptop. As medições de características morfológicas foram feitas com qualquer ImageJ
recursos disponíveis gratuitamente, e (iv) presença de um módulo poderoso para a publicação de
(http://rsbweb.nih.gov/ij/) ou dinocapture 2,0 (http://www.dino-lite.com/support.php), e uma base
dados on-line.
de dados morfológica foi construído com Xper 2 ( Ung et al., 2010), que permite a criação de
Nós importados para projectos de listas Brahms nomes táxon disponíveis no Índice Plant chaves interativos e pode ser integrado com o sistema on-line BRAHMS. Usando uma das
Names Internacional (http://www.ipni.org/) e TROPICOS (http://www.tropicos.org/). nomes ferramentas de relatórios de texto em Brahms, o Xper 2 banco de dados foi exportado para texto
duplicados foram marcados e selecionados para exclusão usando a função de edição BRAHMS formato para gerar descrições de espécies padronizados.
“Tag entradas idênticas”. Protologues foram então localizada na web e ligado a cada nome no
banco de dados. Principais fornecedores de literatura relevante de idade nesta fase foram
Botanicus (http://www.botanicus.org/) e BHL (http://www.biodiversitylibrary.org/), ambos
acessados ​dinamicamente usando BRAHMS ligações da barra de ferramentas web. bibliotecas
on-line menores, tais como Internet Archive (http://archive.org/) e Gallica (http://gallica.bnf.fr/),
também foram importantes para textos não encontradas em outros lugares. Protologues não
Para mapas de distribuição, as coordenadas foram tomadas a partir das etiquetas de
disponíveis on-line foram adquiridos utilizando as instalações da biblioteca da Universidade de
amostras, quando disponíveis e, em seguida, verificado no Google Earth, facilmente acessível
Munique. Após a entrada dos protologues, detalhes do tipo espécimes foram inicialmente
através de uma barra de ferramentas BRAHMS. Localidades de coleções sem coordenadas foram
inscritas no banco de dados após o mais recente trabalho taxonômico em Caricaceae (Badillo,
encontrados usando dicionários disponíveis e, em seguida, corrigido usando o Google Earth,
1971, 1993) e atualizado mais tarde. Dados relevantes à nomenclatura e taxonomia decisões,
seguindo as orientações fornecidas por Garcia-Milagros e Funk (2010). Nós também usamos
como sinonimização, o status taxonômico de cada nome, e legitimidade, foram editados
outras informações presentes nos rótulos de amostras, tais como altitude, distância de outros
utilizando novas ferramentas de formatação no BRAHMS. Nós também mantido no banco de
locais (por exemplo, “10 km ao sul de. . .”), E habitat (por exemplo,‘outro lado do rio, até as
dados não nomes validamente publicados ( nomina nuda) porque alguns ainda preencher outros
encostas, em uma área seca’). Onde os nomes de localidade não estavam no Google Earth,
bancos de dados digitais.
verificamos mapas históricos, Wikipedia, e estudos de itinerários botânicos. As fontes de todas as
coordenadas geográficas foram adicionados ao campo “llorig” (fonte dos valores de latitude e
longitude) em BRAHMS.

links para imagens de alta resolução (como previsto por alguns herbários) foram então
adicionados aos registros de espécimes. espe- herbário