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DISCLAIMER​: il presente file è frutto di collaborazione fra studenti.

Le risposte non sono esenti da errori e


agire insieme per migliorarle è cosa buona e giusta. Le domande invece sono tratte da esercizi dei tutor e
dagli scorsi esami, riarrangiati per ottimizzare gli spazi, ma affidabili al 100%.

ESERCIZI TUTOR

Spiegare com'è regolata la velocità della glicolisi a livello delle tappe irreversibili.
Le tappe irreversibili della glicolisi sono quelle operate dagli enzimi ESOCHINASI (muscolo)
o GLUCOCHINASI (solo fegato), FFK1 e PIRUVATO CHINASI.
ESOCHINASI ha una bassa Km, e quindi un’altissima affinità per il substrato (glucosio),
quindi lavora sempre a pieno regime indipendentemente dalla concentrazione di glucosio. È
però negativamente autoregolata in modo allosterico dal suo stesso prodotto G6P, la cui alta
concentrazione significa che non è necessario produrne altro.
L’isozima GLUCOCHINASI, invece, ha una Km più elevata, e quindi ha un più ampio range di
attività a seconda della concentrazione del substrato, che consumerà attivamente solo con
alte concentrazioni (ovvero glicemia alta). È autoindotta dal substrato glucosio e retroinibita
dal F6P. La glucochinasi può essere legata, inibita e sequestrata nel nucleo dalla
GLUCOCHINASI REGULATOR PROTEIN (GKRP) che è attivata allostericamente in maniera
opposta alla GK, ovvero viene attivata da F6P e inibita da glucosio e F1P (che è comunque
un indicatore di alti livelli di substrato energetico).
FFK1 presenta due isozimi (muscolo e fegato) che però vengono regolati allostericamente in
modo molto simile: attivati da FBP, AMP (muscolo) e F6P (fegato); inibiti da ATP, Citrato
(fegato) e Lattato (muscolo). In entrambi i casi, F2,6BP è l’attivatore allosterico più potente in
assoluto. Viene formato da partire da F6P dall’enzima tandem FFK2/F2,6BPasi che opera
alternativamente la fosforilazione o la defosforilazione. Questo enzima è di fondamentale
importanza e viene regolato tramite fosforilazione in risposta a ormoni, in modi diversi a
seconda che si tratti dell’isozima epatico o muscolare.
● Nel fegato,
Durante l’IPOGLICEMIA, il glucagone attiva la PKA che fosforila la Ser32, che inibisce la
porzione FFK2 e attiva la F2,6BPasi -> no glicolisi nel fegato per lasciare il glucosio agli
altri organi
Durante l’IPERGLICEMIA, l’insulina attiva PP1 che defosforila la Ser32, che attiva la
porzione FFK2 e inibisce la F2,6BPasi -> sì glicolisi nel fegato
● Nel muscolo,
L’adrenalina attiva la PKA che fosforila la Ser466, che attiva la porzione FFK2 e inibisce la
F2,6BPasi -> sì glicolisi nel muscolo
Anche la PIRUVATO CHINASI presenta due i due isozimi muscolare e epatico.
Entrambi vengono attivati allostericamente da F1,6BP e inibiti da ATP e Alanina.
Quello epatico inoltre viene regolato covalentemente con fosforilazione:
Glucagone attiva PKA che fosforila e inibisce
Insulina attiva PP1 che defosforila e attiva

Effetto del glucagone e insulina sulla glicolisi epatica e come si esplica.


Questi due ormoni vengono liberati dal pancreas in caso di ipoglicemia (glucagone) o
iperglicemia (insulina).
In caso di iperglicemia, la gran quantità di glucosio a disposizione permette al fegato di poter
operare la glicolisi per trarre energia. Quindi l’insulina avrà un effetto attivante sulla glicolisi
epatica. In particolare l’insulina induce l’attivazione della PP1:
- defosforila Ser32 -> attiva FFK2, così che F2,6BP attivi la FFK1
- defosforila la piruvato chinasi, attivandola
In caso di ipoglicemia, la carenza di glucosio deve indurre la gluconeogenesi nel fegato, così
che gli altri organi abbiano glucosio a disposizione. Quindi il glucagone avrà un effetto
inibente sulla glicolisi epatica, per favorire la gluconeogenesi. In particolare, il glucagone
attiva la PKA:
- fosforila Ser32 -> attiva la F2,6BPasi
- fosforila la PyK -> inibisce la PyK

Regolazione dell'esochinasi nel muscolo e nel fegato.

Ruolo e origine del Fruttosio-2,6-bisfosfato per la glicolisi nel muscolo e nel fegato.

Quali sono i principali meccanismi mediante i quali viene regolata l'attività degli enzimi nella
cellula?
Fornire degli esempi di regolazione positiva/negativa per tutte le modalità considerate.
Allostericamente
Covalentemente (soprattutto fosforilazioni)
Tramite inibitori competitivi, non competitivi, incompetitivi

F2,6BP attiva molto fortemente la FFk1; G6P inibisce la ESOCHINASI.


Inibizione della FFK2 per fosforilazione della Ser32 dell’enzima tandem FFK2/F2,6BPasi;
GLICOGENO FOSFORILASI è attiva se fosforilata.
PyDH usa NAD e CoA come substrati, ma i prodotti stessi (NADH e Acetil-CoA) competono
per i siti di legame dei substrati.

Quali zuccheri (e in che modo) riforniscono la glicolisi?


Glucosio
Galattosio: -> Ga1P -> Ga1P + UDP-Glucosio -> G1P + UDP-Galattosio -> UDP Glucosio
UDP-Glucosio + Ga1P -> UDP-Galattosio + G1P -> G6P
Fruttosio (adiposo e muscolo): -> F6P
Fruttosio (epatico): -> F1P -> DHAP + Gliceraldeide
Gliceraldeide -> GAP
Glicerolo (epatico): -> glicerolo fosfato -> DHAP
Che effetto ha un'alta concentrazione di ATP sul metabolismo ossidativo? Ed un alto
rapporto di NAD+/NADH?
L’ATP è un substrato ad alto contenuto energetico, quindi una grande concentrazione di esso
porterà in generale ad un rallentamento o arresto del metabolismo energetico ossidativo (in
quanto non necessario).
ATP è un regolatore negativo allosterico della FFK1 (entrambi gli isozimi), della PyK
(entrambi gli isozimi), della ISOCITRATO DH.

Un alto rapporto di [NAD+​ ]/[NADH] ha effetto attivante sui seguenti enzimi:
+​
- PyDH che è NAD​ dipendente e che invece viene inibito per competizione dal NADH
- CITRATO SINTASI, ISOCITRATO DH, a-CHETOGLUTARATO DH in quanti inibiti da
NADH (che in questo scenario teorico si trova in minore quantità rispetto al NAD+​

Cos'è la fermentazione alcolica? Come e perché avviene?


È una fermantazione, quindi avvine in assenza di ossigeno, quando dopo la glicolisi non è
possibile proseguire per il ciclo di krebs e infine per la fosforilazione ossidativa.
È caratterizzata da due reazioni: la prima di equilibrio, la seconda irreversibile.
Piruvato -> CO​2​ + acetaldeide
Acetaldeide + NADH -> etanolo + NAD​+

Quali coenzimi derivano dall'acido nicotinico? Che reazioni catalizzano? Fornire degli
esempi.
Niacina -> Niacinammide -> NAD e NADP
NAD co-catalizza reazioni di deidrogenazione, dove funziona da accettore di elettroni, e poi
trasporta questi elettroni ai complessi della fosforilazione ossidativa, per la produzione di
ATP.
Es.: ALCOOL DH: Acetaldeide + NADH -> etanolo + NAD​+
NADP co-catalizza reazioni di deidrogenazione, e anche lui funge da accettore di elettroni,
ma che verranno usati per fini diversi: in reazioni di biosintesi riduttive.
Es.: GLUTATIONE RIDUTTASI: GSSG + NADPH + H+​ ​ -> 2GSH + NADP+​

Considerando solo il glucosio, che vie si attivano negli epatociti dopo un pasto
abbondante? Quali ormoni sono coinvolti nella regolazione positiva e negativa delle vie che
avete considerato?
Durante un digiuno, l’abbassamento della glicemia porta al rilascio di glucagone, che
favorisce la gluconeogenesi e la glicogenolisi nel fegato. Dopo un pasto abbondante, invece,
la glicemia sale e viene rilasciata insulina, che nel fegato stimola la sintesi di glicogeno e la
lipolisi.
Le tre vie attivate del glucosio sono:
Glicolisi: GK ha una Km alta e si attiva solo in alta concentrazione di substrato);
Sintesi di glicogeno;
Lipogenesi (i triacilgliceroli vengono poi mandati al tessuto adiposo);
Se si immette ossigeno in una sospensione anaerobica di cellule che utilizzano il glucosio
in grande quantità, la velocità di consumo del glucosio diminuisce mentre viene consumato
l'ossigeno aggiunto. Inoltre cessa l'accumulo di lattato. Spiegare perché:
a) cessa l'accumulo di lattato
b) la presenza di Ossigeno fa diminuire la velocità del consumo del glucosio.
Indicare la resa in moli di ATP quando una mole di β-Idrossibutirrato è completamente
ossidato a CO​2​ e H​2​O

Spiegare il metabolismo energetico dei miociti del muscolo scheletrico in caso di:
a) stato di riposo
b) esercizio aerobico
c) esercizio intenso breve
Come si integra con il metabolismo epatico?

Spiegare il ruolo della gluconeogenesi, quali substrati possono essere utilizzati, in quali
organi avviene e dove.
Quali sono le reazioni che la differenziano dalla Glicolisi?

Descrivete la struttura dell’ATP sintasi mitocondriale e descrivere come sfrutta il gradiente


elettrochimico di protoni per formare legami fosfoanidridici:
L’ATP Sintasi è posta nella membrana mitocondriale interna, con una porzione
nell’intermembrana (FO​ ​) e una esposta dal lato della matrice mitocondriale (F1​ ​).
​ ,​ ​b​ (​ 2 subunità), e c
FO​ ​ è composta dalle subunità a ​ ​ (10-14 subunità uguali). Questo
complesso è idrofobico e costituisce la porzione motrice che trasforma l’energia dei protoni in
energia catalitica per sintetizzare ATP. Le 10 (o 14) omosubunità ​c​ si dispongono aderendo
lateralmente fra di loro, formando un anello con orientamento trasversale alla membrana.
All’anello aderisce la subunità a​ ,​ che possiede due semicanali, ognuno dei quali è aperto da
un lato: P e N, e dall’altro comunicano direttamente con due subunità adiacenti dell’anello c​ .​
+​
Questi semicanali permettono agli ioni H​ concentrati dal lato P di interagire con l’Asp61 che
può essere protonato, rendendolo più affine all’interazione coi lipidi di membrana. Nel
semicanale N invece viene esposto l’Asp61 che ha appena completato l’intero giro e quindi
viene rilasciato nella matrice, deprotonando il residuo. Avvenuto il legame, l’anello C ruota di
un’unità, mettendo in contatto con l’intramembrana il nuovo protone legato, ed esponendo il
nuovo Asp61 deprotonato nel canale P e uno protonato nel canale N. Avviene così la
rotazione dell’anello C.
Ad ​a​ sono legate due subunità gemelle b
​ ​longilinee che lo mettono in contatto con la parte
​ .​
apicale di F1​ ​: δ
​ 3​ ​/​β​3,​ γ
F1​ ​ è composta dalle subunità α ​ ,​ ​δ​, ​ε​. L’intero complesso è esposto all’ambiente
​ ​e3β
idrofilico della matrice mitocondriale. 3 subunità α ​ s​ i dispongono in modo alternato a
​ ​3​ a 6 termini. All’interno dell’anello catalitico si dispone ​γ​, che è in
formare un anello α3​ /β
contatto diretto con ​c​ e trasmette l’energia rotazionale all’anello catalitico: avendo una forma
asimmetrica e irregolare, interagisce in modo diverso con le singole subunità a seconda del
suo orientamento nello spazio.
​ ​ e ​c​, si trova ​ε​.
Nel punto di adesione fra γ
Nell’ATP sintasi si possono indicare due porzioni: lo STATORE che rimane fermo, composto
dalle subunità a, b2​ ,​ δ e l’anello α​3β ​ ;​ e il ROTORE, composto dalle subunità c, γ e ε, che
​ 3
ruota sfruttando l’energia dei protoni e trasmette questa energia all’anello catalitico.
Il meccanismo con il quale l’ATP sintasi funziona è il seguente: A seconda dell’interazione di
γ c​ on le subunità ​β​ (che sono le subunità catalitiche: α non esegue alcuna reazione),​ ​posso
assumere 3 conformazioni diverse: Lassa (lea i substrati ADP e Pi), Tesa (catalizza ATP) e
Open (che richiede la maggior quantità di energia per poter rilasciare l’ATP legato con molta
affinità). Al tempo stesso, tutte e tre le β assumono una conformazione diversa

Azione delle proteine disaccoppianti.


Ruolo del grasso bruno e meccanismo della termogenesi.
Gli adipociti del grasso bruno hanno colorazione bruna per via dell’altissimo numero e
dimensione dei mitocondri che ospitano. Durante la termogenesi, si innesca il catabolismo
degli acidi grassi, che vengono attivati e portati nei mitocondri e quindi degradati
completamente a singole unità di Acetil-CoA.
Gli Acetil-CoA ricavati vengono dunque usati per il ciclo di Krebs per ricavare elettroni, che
poi vengono usati nella fosforilazione ossidativa per creare il gradiente elettrochimico di
protoni.
A questo punto, però, gli elettroni NON vengono usati per creare ATP tramite l’ATP sintasi,
ma vengono fatti rientrare direttamente nel mitocondrio dalla Termogenina (un canale di
membrana disaccoppiate), in questo modo i protoni liberano la propria energia sotto forma di
calore.

Descrivere il ciclo dell'ubichinone. Che complesso della respirazione riguarda?


Il ciclo Q si verifica a livello del Complesso III della catena del trasporto di elettroni.
Qui il ruolo di trasporto di elettroni viene cambiato dall’Ubichinone (che ne può trasportare 2
per volta) al Citocromo C (il cui EME può portarne solo uno per volta). Il problema viene
risolto proprio con il “ciclo Q”: ogni monomero del complesso possiede DUE siti di legame per
​ o​ lega QH​2​ e il sito ​Qi​ lega Q ossidato.
Q (4 in totale): il sito Q
Quando QH2​ ​ si lega a Q
​ o,​ esso rilascia entrambi gli elettroni: uno prosegue verso il centro
FeS di Rieske, poi al Citocromo C1 e infine al Citocromo C, che si stacca dal Complesso III e
va verso il Complesso IV muovendosi libero nello spazio intermembrana. L’altro elettrone
procede verso il basso, prima sull’EME b​L,​ con bassa affinità, poi su EME b​H​ con maggiore
affinità, così da impedire all’elettrone di tornare indietro. Dopo l’EME bH​ ​ esso viene trasferito
sul Q ossidato che si trova legato al sito Q ​ i​ e forma un radicale QH​ -​.
Q, adesso ossidato, si sposta al sito di legame ​Qo​ dell’altra subunità e viene poi rilasciato
nell’intramembrana.
A ​Qo​ si lega un nuovo QH​2​ e un nuovo citocromo C si rende disponibile a ricevere l’elettrone.
Il meccanismo si ripete, liberando Cit C ridotto e Q ossidato, e trasformando il radicale QH​-​ in
QH2​ ,​ che così passa al sito ​Qi​ dell’altra subunità e viene poi rilasciato nell’intramembrana.
In due “turni” vengono:
- consumati 2 QH2​ ​ e un Q
- prodotti 2 Q, un QH​2​ e due citocromi C ridotti.

Descrivere come il NADH citosolico possa essere trasportato a livello della matrice
mitocondriale specificando la localizzazione dei due meccanismi e come influenzano la resa
in ATP.
Vi sono due meccanismi per trasportare gli elettroni citosolici nel mitocondrio:
Il primo è la navetta Malato-Aspartato, che trasferisce effettivamente gli elettroni dal pool di
NAD citosolico a quello mitocondriale.
Aspartato del citosol compie transamminazione con a-chetoglutarato e diventa ossalacetato.
L’ossalacetato acquista elettroni dal NADH e si riduce a Malato, che poi entra nella matrice
con l’antiporto malato-a-chetoglutarato. Nel mitocondrio viene ossidato a ossalacetato,
cedendo gli elettroni al NAD. compie di nuovo transamminazione con glutammato e diventa
aspartato, per poi uscire di nuovo nel citosol con l’antiporto aspartato-glutammato.
Il secondo è la navetta DHAP-G3P, che trasferisce gli elettroni dal NADH a un FADH
coniugato, perdendo così parte dell’energia: da 2,5 ATP/NADH a 1,5/NADH (cioè la quantità
di ATP che vengono prodotti da un FADH). Poi gli elettroni vengono trasferiti direttamente
sul’Ubichinone all’interno del doppio foglietto lipidico.

Descrivere, indicando le reazioni necessarie, come più atomi di carbonio di un acido grasso
a numero dispari vengono convertiti in acetil-CoA. Quale sarà il destino di tali molecole?
Tramite la B-ossidazione (un ripetersi ciclico di reazioni catalizzate) operata da 4 enizmi
principali (più alcuni necessari nel caso di acidi grassi mono- e poliinsaturi).
Prima l’acido grasso deve essere portato nel mitocondrio. Per fare ciò, la ACIL-COA
SINTETASI attiva l’acido grasso legandolo ad un CoA. Poi la CARNITINA PALMITIL
TRANSFERASI lega l’acil-coa ad una carnitina, formando la acil-carnitina che può entrare nel
mitocondrio.
Qui l’acile viene rilasciato in acil-coa ed è pronto per la B-ossidazione.
ACIL-COA DH forma una legame doppio a-TRANS con rilascio di FADH
ENOIL-COA IDRATASI agisce sullo stesso doppio legame, legando un OH sul carbonio B.
IDROSSIACIL-COA DH ossida il legame fra il carbonio B e l’idrossile, formando un carbonile.
Con rilascio di NADH.
TIOLASI rompe il legame a-B, rilasciando un Acil-CoA, e inserendo un nuovo CoA al
carbonio B che diventa il nuovo carbonio 1.
Così si ripete fino a che non si ottiene un Acil-CoA finale (ac. grasso a carboni pari) o un
Propionil-CoA (ac. grasso a carboni dispari).
PROPIONIL-COA CARBOSSILASI trasforma Propionil-CoA in D-Metilmalonil-CoA.
RACEMASI trasforma D in L-Metilmalonil-CoA.
METILMALONIL-COA MUTASI trasforma L-Metilmalonil-CoA in Succinil-CoA, che ora può
procedere nel ciclo di krebs per formare ossalacetato, che con la PEPCK diventa PEP e poi
Py e poi Acetil-CoA.

Calcolare la resa in moli di legami fosfoanidridici quando una mole di ciascuno dei seguenti
composti è completamente ossidato a CO2 + H2O
a) acido stearico
18:0
- 8 B-ossidazioni = 8 NADH + 8 FADH = 32 ATP
- 9 Acetil-CoA = 90 ATP
TOT = 122 ATP

b) acido palmitoleico
16:1 CIS 9
- 7 B-ossidazioni = 7 NADH + 7 FADH = 28 ATP
- 8 Acetil-CoA = 80 ATP
- 1 legame CIS dispari = ENOIL-COA ISOMERASI = - 1 FADH
TOT = 106,5 ATP
c) acido pentanoico
5:0
- 1 B-ossidazione = 1 NADH + 1 FADH
- 1 Acetil-CoA = 10 ATP
- 1 Propionil-CoA = - ATP + GTP + FADH + NADH - GTP + ATP + NADH + Krebs = 14,5
ATP
TOT = 28,5
Quali coenzimi intervengono?

Regolazione della lipolisi.

Descrivere le beta-ossidazioni in caso di grassi monoinsaturi e poliinsaturi.

Spiegare cosa sono i ROS, come si formano e perché sono pericolosi per la cellula.
Come vengono detossificati?
Con quale via questo processo è connesso e in che modo?
OH* ; H2​ ​O2​ ​ ; O​2*​
Sono tutti e tre elementi altamente reattivi che causano gravi danni alle molecole biologiche,
sia per la loro funzione mchimica (es: enzimi), sia per la loro struttura (es: fosfolipidi di
membrana)
O2​ ​* viene detossificato dalle SUPEROSSIDO DISMUTASI (SOD):
2O2​ ​* + 2H+​ ​ -> H​2O
​ ​2​ + O​2

H2​ ​O​2​ viene detossificato dalla CATALASI:


2H​2​O​2​ -> O2​ ​ + 2H2​ ​O
OH* è più difficile da gestire: una volta formatosi, non esiste modo per neutralizzarlo se non
riparando i danni da esso creati, che fra l’altro si propagano continuamente finché non si
neutralizzano a vicenda. Di questo se ne occupa il Glutatione (GSH) che è in grado di ridurre
i gruppi chimici ossidati dai radicali liberi.
GLUTATION PEROSSIDASI: 2GSH + ROOH -> GSSG + H​2O
​ + ROH
GLUTATION REDUTTASI: GSSG + NADPH +H+​ ​ -> 2GSH + NADP

Spiegare come funziona il ciclo dei pentoso fosfati quando vi è elevata richiesta di NADPH
ma non di Ribosio-5P né Energia.

Spiegare come funziona il ciclo dei pentoso fosfati quando vi è elevata richiesta di
Ribosio-5P ma non di NADPH.
5 Glucosi procedono per la glicolisi. 4 fino al F6P, 1 fino a produrre 2 GAP.
Da qui tutto avviene in doppio:
GAP e F6P vengono trasformati in Xu5P e E4P da TRANSCHETOLASI
E4P e F6P vengono trasformati in S7P e GAP da TRANSALDOLASI (tutti i F6P e GAP
consumati)
S7P e GAP vengono trasformati in R ​ 5P​ e Xu5P da TRANSCHETOLASI
I 4 Xu5P vengono prima trasformati in Ru5P da PENTOSO FOSFATO EPIMERASI
Poi i 4 Ru5P vengono trasformati in ​R5P​ da PENTOSO FOSFATO ISOMERASI

Spiegare come funziona la via dei pentoso fosfati quando vi è elevata richiesta di NADPH e
ATP ma non di Ribosio-5P.
I glucosi percorrono sia la fase ossidativa del ciclo dei pentoso fosfati, sia la parte non
ossidativa (riconvertendo così i corpi carboniosi in GAP e fruttosio), per poi usarli per la
glicolisi se c’è richiesta di energia, o ritrasformati in glucosio se non c’è richiesta di energia

DOMANDE SCORSI ESAMI

Assumere che tutte le vie metaboliche che servono siano pienamente funzionanti e che sia
presente tutto quanto necessario (enzimi, cofattori, coenzimi, metaboliti, ecc…); calcolare la
resa in moli di legami fosfoanidridici quando una mole di ciascuno dei seguenti composti è
completamente ossidata a CO​2​ e H​2​O da un omogenato di cellule:
a) acetoacetato
acetoacetato -> 2 Acetil-CoA -> 2 Krebs = 20 atp
b) glutammina
glutammina -> glutammato-> a-chetoglutarato (NADH) -> ossalacetato (+2 NADH, +1
GTP, +1 FADH) -> piruvato (-GTP, +ATP) -> Acetil-CoA (NADH) + 1 Krebs
TOT=22,5 ATP
c) asparagina
asparagina -> aspartato -> ossalacetato -> piruvato (-GTP, +ATP) -> Acetil-CoA (NADH)
+ 1 Krebs
TOT=12,5 ATP
d) isocitrato
isocitrato -> ossalacetato (3 NADH, GTP, FADH) -> piruvato (-GTP, +ATP) -> Acetil-CoA
(NADH) + 1 Krebs
TOT=22,5 ATP
e) acido oleico
-2 ATP per attivazione; 8 beta-ossidazioni (8NADH, 8 FADH); - 1 FADH per legame
insaturo-CIS sul carbonio dispari; 9 Acetil-CoA -> 9 Krebs
TOT=118,5 ATP
f) α-chetoglutarato
a-chetoglutarato -> ossalacetato (2 NADH, GTP, FADH) -> piruvato (-GTP, +ATP) ->
Acetil-CoA (NADH) -> 1 Krebs
TOT=20 ATP
g) β-idrossibutirrato
b-idrossibutirrato -> acetoacetato (NADH) -> 2 Acetil-CoA -> 2 Krebs
TOT=22,5 ATP
h) acido pentadecanoico 15:0
-2 ATP per attivazione; pentadecanoico -> 6 B-OX -> 6 Acetil-CoA (6 Krebs) +
Propionil-CoA; Propionil-CoA -> Succinil-CoA (-ATP) -> Malato (GTP, FADH) ->
CITOSOL -> piruvato (NADPH) ->acetil-CoA (NADH)-> 1 Krebs
TOT=98 ATP + NADPH
i) fumarato
fumarato -> ossalacetato (NADH) -> piruvato (-GTP, +ATP) -> Acetil-CoA (NADH) -> 1
Krebs
TOT=15 ATP

Quali carboni del palmitato ottenuto sono marcati con 14​


​ C dopo aver aggiunto alla sospensione
di epatociti:
a) acetil-CoA marcato con 14​
​ C sul carbossile
MARCATI I CARBONI DISPARI
b) una piccola quantità di acetil-CoA non marcato e una grande quantità di malonil-CoA
marcato con 14​
​ C sul C2
MARCATI I CARBONI PARI

Ruolo della S-Adenosil Metionina nel ciclo dei metili. Spiegate come si forma questo composto
dall’omocisteina Indicando chiaramente tutti i coenzimi necessari e la loro funzione in questa
specifica reazione.
SAM è un importante agente metilante grazie al metile fortemente reattivo legato allo
zolfo.
Nel ciclo dei metili, un ATP viene liberato di tutti i fosfati e l’adenosina viene legata ad una
metionina, formando il SAM che viene usato per importanti metilazioni (soprattutto di acidi
nucleici, formazione di adrenalina, neurotrasmettitori e altri polipeptidi). Perso il metile, si
forma la SAO che poi viene scissa in adenosina e omocisteina, che può continuare il
catabolismo amminoacidico o raccogliere un metile dal THF (coenzima B12) e ridiventare
metionina​.

Dell’anidride marcata con 14​


​ C è fatta gorgogliare in una sospensione di epatociti mentre
effettuano la gluconeogenesi a partire dal lattato. Quali atomi di carbonio nella molecola di
glucosio saranno eventualmente marcati? E se fosse marcato con 14​ ​ C il carbonio 1 del lattato?
Motivate con le opportune formule la vostra risposta.
NESSUNO: CO2​ ​ ENTRA ED ESCE; C3 E C4

Dell’ossalacetato marcato con 14​


​ C aggiunto a epatociti mentre fanno GLUCONEOGENESI a
partire da questo composto. Quali atomi del glucosio finale saranno eventualmente marcati?
C4 -> CO2​ C3 -> C1 e C6 C2 -> C2 e C5 C1 -> C3 e C4

Spiegate come funziona il ciclo dei pentoso fosfati quando vi è elevata richiesta di R5P ma non
di NADPH
Non si esegue la fase ossidativa del ciclo (quella che produce 2NADPH per ogni
glucosio), ma si procede attraverso la glicolisi fino ad ottenere GAP e F6P in rapporto 1:2,
e poi si segue la fase non ossidativa al rovescio, ottenendo prima 2 X5P e 1 Ru5P per
ogni 2.5 glucosi, poi i Xilulosi vengono convertiti in Ribulosio e infine tutto il Ribulosio
viene convertito in Ribosio 5P

Spiegate perché il catabolismo proteico e conseguentemente degli amminoacidi aumenta


raggiungendo un massimo dopo pochi giorni dall’inizio del digiuno e poi, continuando il digiuno,
si stabilizza ad un livello inferiore, seppur sempre più elevato che in condizioni di buona
nutrizione.
Nei primi momenti del digiuno, finito il glicogeno, la gluconeogenesi avviene per rifornire
l’intero corpo di glucosio a spesa degli intermedi del ciclo dell’acido citrico. Quando anche
questi scarseggiano, gli scheletri carboniosi vengono forniti dal catabolismo degli
amminoacidi. Quando anche le risorse proteica calano, il metabolismo energetico cambia:
vengono mobilitate le riserve di trigliceridi, che nel fegato vengono ossidati ad acetil-CoA
e mandati nel resto del corpo per fornire energia.
Il fegato trae energia solo dalla B-ossidazione degli acidi grassi e si occupa di fornire un
minimo di glucosio e corpi chetonici (che si possono formare grazie al grande accumulo di
acetil-CoA) ai distretti del corpo che non possono trarre energia direttamente
dall’Acetil-CoA

Spiegate come viene sintetizzato il R5P a partire dal G6P senza passare per la parte ossidativa
del ciclo dei pentoso fosfati. Indicate chiaramente tutte le reazioni con i relativi enzimi e la
stechiometria.
5 G6P -> 5 F6P ESOCHINASI
1 F6P ->1 F1,6BP FFK1
1 F1,6BP-> 2 GAP ALDOLASI; TRIOSIO FOSTATO
ISOMERASI
2x (F6P + GAP) -> 2x (E4P + Xu5P) TRANSCHETOLASI
2x (F6P + E4P) -> 2x (S7P + GAP) TRANSALDOLASI
2x (S7P + GAP) -> 2x (Xu5P + R5P) TSANSCHETOLASI
4 Xu5P -> 4 Ru5P FOSFOPENTOSIO EPIMERASI
4 Ru5P -> 4 R5P FOSFOPENTOSIO ISOMERASI
4 R5P + 2 R5P

Glucosio marcato al C6 con 14​


​ C compie la via del pentoso fosfato per formare R5P. Qual è il
destino del carbonio marcato? E se fosse marcato al C1?
C6 -> C5; C1 viene espulso sotto forma di CO​2

Lattato marcato al C2 con 14​​ C esegue la gluconeogenesi quali atomi di carbonio del glucosio
finale saranno marcati con 14​
​ C?
C2 E C5

Indicate due condizioni metaboliche nelle quali funziona la gluconeogenesi: spiegate qual è il
suo ruolo in ciascuna di esse e dite da quali substrati è alimentata nei due casi; indicate quali
sono le differenze tra gluconeogenesi e glicolisi.
Sforzo fisico prolungato e digiuno (sia breve che prolungato)
La gluconeogenesi è uguale e inversa alla glicolisi per 7 passaggi su 10. Avvengono
reazioni catalizzate da enzimi diversi nei seguenti punti:
Piruvato -> PEP: piruvato-> ossalacetato (dalla piruvato carbossilasi) -> PEP (PEP
carbossichinasi) con un consumo di ATP e GTP
F1,6BP -> F6P: operato dalla fruttosio bisfosfatasi
G6P -> Glucosio: Operato dalla Glucosio-6-fosfatasi

A partire da intermedi del ciclo di Krebs (fegato), lattato (muscoli), amminoacidi


glucogenici (entrambi)
Da Lattato:
(MT) Ossalacetato->PEP->CITOSOL->PEP-> gluconeogenesi
Da Piruvato:
(MT) Ossalacetato->Malato->CITOSOL->Malato->Ossalacetato->PEP-> gluconeogenesi

Spiegate quali enzimi aggiuntivi a quelli della β-Ossidazione sono necessari per la
degradazione di acidi grassi monoinsaturi (ad esempio l’acido palmitoleico, che contiene un
doppio legame cis in posizione 9) e poliinsaturi (ad esempio l’acido linoleico che contiene due
doppi legami cis in posizione 9 e 12)
Si possono avere 4 scenari diversi di doppi legami lungo una catena di ac. grasso:
CIS su carbonio pari o dispari, o TRANS su carbonio pari o dispari.
Per doppio legame su carbonio dispari, si arriverà ad avere un doppio legame
beta-gamma, che non è un buon substrato per l’enoila-CoA IDRATASI: il legame deve
essere alpha-beta (come dopo la prima ossidazione a carico della acil-CoA DH.
Nel caso di legami CIS, agisce la ENOIL-COA ISOMERASI
Nel caso di legami TRANS agisce la 3,2-ENOIL-COA ISOMERASI (in entrambi i casi,
verrà “saltata” la prima ossidazione e quindi si avrà un guadagno netto diminuito di 1
FADH)
Per doppi legami TRANS sul carbonio PARI, semplicemente si salta la prima ossidazione
in quanto si presenta il substrato già pronto per la ENOIL-COA IDRATASI (-1 FADH)
Per doppi legami CIS sul carbonio PARI, il problema si presenterà in anticipo: quando il
legame è fra C4-C5.
Una volta formatosi il legame alpha-trans, la presenza del doppio legame gamma-cis
renderà la molecola inadatta alla ENOIL-COA IDRATASI.
Agirà prima la 2,4-DIENOIL-COA RIDUTTASI che formerà un legame beta-trans (costo di
1 NADPH), che poi verrà isomerizzato come nel caso precedente dalla 3,2-ENOIL-COA
ISOMERASI. In questo caso quindi si avrà un guadagno netto ridotto di 1 FADH E 1
NADPH.

Mostra come è possibile sintetizzare Serina da glucosio con le opportune reazioni.


Glucosio -> GLICOLISI/pentosio fosfati -> GAP -> 3PG -> 3-fosfoidrossipiruvato ->
3-fosfoserina -> Serina
Spiegate chiaramente:
a) cosa sono i corpi chetonici;
b) per quale motivo la loro produzione aumenta notevolmente nel corso del digiuno prolungato;
c) quale importante ruolo metabolico essi giocano in questa situazione.
Acetoacetato, B-idrossibutirrato, acetone (che per`viene prodotto spontaneamente in
quantità minime e viene espulso dalla respirazione.
Si formano durante il digiuno prolungato a causa dell’elevata concentrazione di acetil-CoA
che si ha nel fegato quando esso esaurisce gli intermedi del ciclo di Krebs come fonte di
scheletri carboniosi per fare gluconeogenesi. In queste condizioni, le riserve di trigliceridi
vengono mobilitate, e gli acidi grassi derivanti vengono b-ossidati nel fegato, producendo
grandissime quantità di acetil-coa (che qui non può essere ulteriormente ossidato, visto
che non si può fare il ciclo di Krebs). L’acetil- coa viene mandato in tutti i distretti del corpo
come fonte di energia al posto del glucosio, e il fegato trae tutta l’energia necessaria dalla
sola b-ossidazione (che fornisce NADH E FADH). I corpi chetonici entrano in gioco per
fornire substrato energetico laddove l’acetil-coa non può accedere (es.: cervello,
surrenale,...). Trovandosi ad alte concentrazioni, reagisce a formare acetoacetato e
b-idrossibutirrato che poi vengono ritrasformati in acetil-coa in loco.

Indicare quali ormoni possono regolare la degradazione del glicogeno nel fegato e nel muscolo
e con quale meccanismo. Indicate, ove ce ne siano, le differenze della regolazione tra i due
organi.
Il sistema di fosforilazioni è pressoché uguale nel fegato e nel muscolo:
Insulina attiva la PP1 che defosforila GLICOGENO SINTASI (b->a; attiva), GLICOGENO
FOSFORILASI CHINASI (a->b; inattiva) e GLICOGENO FOSFORILASI (a->b; inattava).
Glucagone (fegato) o Adrenalina (muscolo) attiva la PKA che fosforila GLICOGENO
SINTASI (a->b; inattiva), GLICOGENO FOSFORILASI CHINASI (b->a; attiva).
Le differenze principali si trovano a livello della regolazione allosterica:
FEGATO: GS inibita da glucosio
MUSCOLO: GP inibita da ATP e attivata da AMP e G6P

Descrivete come alcuni degli atomi di carbonio di un acido grasso a numero dispari di atomi di
carbonio potrebbero essere convertiti in glucosio. Indicate se la vitamina B​12 interviene in
questo processo e, nel caso, con quale meccanismo.
Propionil-coa -> D-Metilmalonil-coa ->(B​12​ della racemasi) L-Metilmalonil-coa ->
succinil-coa -> malato -> cytosol -> ossalacetato -> PEP -> glucosio via gluconeogenesi

Descrivete il ciclo dell’urea indicando chiaramente da dove derivano i due azoti di questa
molecola. Calcolate inoltre il costo energetico in ATP per ciascuna molecola di urea sintetizzata.
Indicate qual è la principale reazione che permette di caricare FH​4 di un’unità monocarboniosa.
Scrivete almeno due reazioni nelle quali un’unità monocarboniosa legata al FH​4 venga
utilizzata.

Perché l’aggiunta di O​2 alla sospensione anaerobica di cellule causa l’abbassamento del
consumo di glucosio e l’azzeramento della produzione di lattato?
La presenza di O2​ permette l’avvenire della fosforilazione ossidativa, che è molto più
efficiente rispetto alla fermentazione lattica, e richiede quindi proporzionalmente molto
meno glucosio.

Spiegare le differenze nella regolazione allosterica della glicogeno fosforilasi a livello muscolare
ed epatico. Tenere conto delle due forme – fosforilata e defosforilata – dell’enzima. Dare una
spiegazione razionale del perché di queste differenze.

Descrivete il metabolismo energetico dei miociti del muscolo scheletrico durante


a) stato di riposo
b) esercizio aerobico leggero e prolungato
c) esercizio molto intenso e breve
Dove si integra con il metabolismo epatico e come?
Riposo: (metabolismo poco attivo) glicolisi, ciclo di Krebs, fosforilazione ossidativa
Sprint: consumo diretto da riserve di ATP, poi riciclo di ADP con l’adenilato chinasi (2
ADP -> ATP + AMP) con un rifornimento di ADP dalla fosfocreatina. Il tutto può durare al
massimo alcuni secondi.
Lungo: glicolisi, fermentazione lattica, ciclo di Cori che consiste nel mandare al fegato il
lattato per riconvertirlo in glucosio che ritorna al muscolo.

Descrivere la struttura del Complesso IV indicando come gli elettroni arrivano alla molecola di
ossigeno per ridurla ad acqua.
È un omodimero. Ogni protomero presenta 4 centri capaci di interagire con gli elettroni
derivanti dal Citocromo c.
L’elettrone del Citocromo c viene accolto prima dal CuA​ ​ (coppia di atomi di rame), poi dal
Citocromo a, poi dal Citocromo a3​ ​ (entrambi con un gruppo EME) e infine dal centro Cu​B
(1 atomo di rame).
Cu​B​ e Citocromo a3​ ​ operano assieme la riduzione dell’ossigeno: due elettroni riducono Fe
e Cu, ogni atomo della molecola O​2​ si lega con uno dei due atomi di metallo (Fe-O-O-Cu).
I secondi due elettroni fanno ridurre ulteriormente i due atomi di ossigeno con due H+​
(Fe-OH e HO-Cu). A questo punto i due OH vengono ulteriormente ridotti e legati da due
ultimi H​+,​ liberando così 2H​2​O e riossidando le molecole di Fe e Cu.
STECHIOMETRIA: 4 Citocromo c (ridotto) + 4H​+​ + O​2​ = 2H2​ ​O + 4 Citocromo c (ossidato)
Indicare in quali condizioni metaboliche il fegato sintetizza acidi grassi, come il metabolita
necessario per questa sintesi esce dalla matrice mitocondriale e in che modo questi acidi
grassi, una volta esterificati con glicerolo a formare trigliceridi, giungano al tessuto adiposo.
Dopo un pasto molto abbondante, nelle ghiandole mammarie durante l’allattamento.
La sintesi di acidi grassi avviene nel citosol, quindi gli acetili devono uscire dal
mitocondrio:
(MT) Ossalacetato reagisce con acetil-CoA e forma Citrato. Citrato esce col
trasportatore.
(CYT) Citrato compie la reazione inversa e rilascia Acetil-CoA e Ossalacetato.
Ossalacetato può rientrare nel mitocondrio sotto forma di Malato o Piruvato (consumo di 1
ATP in più per ogni giro).
(MT) Malato o Piruvato ridiventano Ossalacetato.
Una volta formati, i Tg vengono raccolti dalle lipoproteine, che sono in grado di creare una
particella con ambiente lipofilo all’interno e idrofilo all’esterno grazie alla specifica
distribuzione di amminoacidi polari e apolari, permettendo così di trasportare i Tg nel
sangue. I trigliceridi possono adagiarsi con le code idrofobiche all’interno e le teste idrofile
verso l’esterno. Le lipoproteine che portano trigliceridi dal fegato al resto del corpo si
chiamano VLDL.

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