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GENÉTICA DE POBLACIONES

MEJORAMIENTO Y GENETICA DE POBLACIONES

Un objetivo de la ciencia del mejoramiento es explotar la


variación heredable para lograr mejorar el desempeño de
los animales domésticos. Más propiamente intenta cambiar
las características de las poblaciones animales en una
dirección deseada.

La genética de poblaciones describe la estructura genética


de las poblaciones y las leyes que gobiernan los cambios de
esa estructura. Por lo tanto el entendimiento de los
aspectos básicos del mejoramiento descansa en principios
de la genética de poblaciones permitiendo aproximaciones
no empíricas.
Trataremos principalmente las variaciones debidas a diferencias
génicas, aunque los estudios realizados en D. melanogaster por
Dobzhansky et al., fundamentales para la teoría de la genética de
poblaciones, tuvieron que ver con variaciones de polimorfismos
cromosómicos.

La genética molecular ha conducido a cambios en la concepción


de la genética de poblaciones. Cuando el gen era concebido
como la unidad de recombinación y mutación, y fisiológica

La genética de poblaciones estudia la estructura genética de las


poblaciones, es decir las frecuencias de los genotipos y los
genes, y los mecanismos que gobiernan cambios en estas
frecuencias. Estos conceptos derivan de un desarrollo lógico de la
genética mendeliana.
MEJORAMIENTO Y GENETICA DE POBLACIONES
Panmixia; apareamiento aleatorio en una población
(que se rige por una distribución de tipo uniforme, es
decir, cada individuo tiene igual probabilidad de
aparearse con otro que cualquier otro individuo). Esta
condición es muy poco posible que exista en la
realidad puesto que los apareamientos siempre están
restringidos

Población mendeliana: aquella en que todos los


posibles apareamientos entre pares de individuos son
posibles tal que los individuos de la población
comparten un pool genético común.
POBLACIONES
Los límites que definen una población no son siempre claros. En vacunos
Holstein, la población pude incluir todos los animales frisones o los
posibles genotipos (dadas las f-génicas existentes). De manera más
práctica la población puede ser definida como los vacunos Holstein en
CBB, p. ej.

Las poblaciones pueden ser concebidas en diferentes niveles. A nivel


especie las poblaciones están claramente delimitadas (pobl. Bos taurus).
Dentro de especie las razas, las líneas o grupos diferenciables dentro de
razas pueden también calificar como poblaciones, en tanto exista mayor
probabilidad de apareamientos entre miembros de esos grupos que con
grupos diferentes. Grupos temporarios que se organizan, p. ej. en una
feria, no constituyen poblaciones mendelianas

Para la genética de poblaciones una población es un grupo de individuos


de la misma especie que están aislados reproductivamente de otros
grupos afines: comparten un mismo ambiente y se reproducen entre
ellos.
FRECUENCIAS GENOTÍPICAS Y GÉNICAS
Para describir la constitución genética de una población debe
especificarse sus frecuencias genotípicas, es decir la
distribución de arreglos de genes diferentes que existen en la
población y además las frecuencias génicas.

Nuestro interés se concentrará exclusivamente en diferencias


genotípicas y no en las diferencias fenotípicas que en la
mayoría de los casos enmascaran a las diferencias genéticas.
El interés estará centrado en un solo locus o en varios locus, en
el intento de determinar la constitución genética de la población
en un momento dado, y las modificaciones que ocurran a
consecuencia de cambios que pueden afectar las frecuencias
génicas.
FRECUENCIAS GENOTÍPICAS Y GÉNICAS

Una población mendeliana de vacunos Shorthorn (2n) con


un locus autosómico R y dos alelos codominantes (R y r)
[R = color rojo o colorado, r = color blanco] presentará los
siguientes posibles genotipos

RR (rojo) , Rr (ruano) y rr (blanco).

Una primera definición de la estructura y constitución


genética de esta población donde el locus R está
segregando, será aportada por las frecuencias en que se
presentan estos tres genotipos: el # de cada genotipo
como parte del total. Esas proporciones son denominadas
frecuencias genotípicas.
Ej. De acuerdo de Frecuencias Genotípicas

Muestra de una población mendeliana de vacunos Shorthorn


Genotipos Numero Ej Frecuencia Genotípica
RR (Rojo) nRR 360 f(RR)= nRR/n = 360/1000 = 0,36
Rr (Ruano) nRr 480 f(Rr) = nRr/n = 480/1000 = 0,48
rr (blanco) nrr 160 f(rr) = nrr/n = 160/1000 = 0,16
Total n 1000 1
Variación entre poblaciones

Las frecuencias genotípicas difieren entre poblaciones por tener diferentes


estructuras genéticas, debido a fuerzas de cambio que estudiaremos más
delante.

Ejemplo: El grupo sanguíneo en humanos M-N está determinado por dos alelos
en un locus y los genotipos posibles son: M MN y N. Las siguientes fueron
estimaciones entre esquimales (ver Falconer) hechas en Groenlandia e
Islandia.

Grupo/Paísc M MN N Total
Groenlandia 83.5 15.6 0.9 569
Islandia 31.2 51.5 17.3 141

Notar que las dos poblaciones difieren en cuanto a la frecuencia de un tipo. Los
datos denotan diferencias, el grupo N es raro en Groenlandia y común en
Islandia.
Frecuencias génicas

La G de P se involucra también con la transmisión de genes de una


generación a la siguiente. Es allí donde tiene lugar la mayor parte de
acción. Lo único que tiene continuidad entre generaciones son los
genes y no los genotipos.

En cada generación, durante la reproducción los genotipos segregan


en los gametos y su combinación y la forma en que ésta ocurre
determina la continuidad y la nueva distribución de genotipos de la
población en la siguiente generación.

Por tanto la constitución genética de la población en referencia a los


genes que porta (además de las Frec genotípicas) es descrita por las
frecuencias de genes en esa población; esto es por la frecuencia de
locus y de alelos presentes en una población.
Frecuencias génicas

Las frecuencias génicas pueden ser calculadas de las frecuencias genotípicas.


Si f(RR), f(Rr) y f(rr) son las frecuencias de los 3 genotipos entonces:

Siguiendo el método más generalizado y directo: para el caso de la frecuencia


de R o f(R), esta será igual a la frecuencia de los homocigotas + la mitad de la
frecuencia de los heterocigotas.

p=f(R)=F(RR) + ½ F(Rr)= 0,36 + ½ (0,48)=0,6


q=f(r)= ½ f(Rr) + f(rr)= ½ (0,48)+ 0.16 = 0,4

Genotipos Numeros Frecuencia Genotípica


RR nRR 360 f(RR) 0.36
Rr nRr 480 f(Rr) 0.48
rr nrr 160 f(rr) 0.16
nn 1000 1

Notar que p+ q = 0.6 +0.4 = 1


Genotipo y Fenotipo

La determinación de las frecuencias génicas es una función


f(frecuencias genotípicas ) y no se obtiene necesariamente
de una manera tan directa como vimos, presentándose casos
especiales.
Notación:
Genes Genotipos
R r RR Rr rr
Frec p q P H Q

Tal que p+q = 1 y P + H + Q= 1

Puesto que cada individuo contiene dos genes p=P+ ½ H


Genotipo y Fenotipo

Las poblaciones difieren tanto en frecuencia genotípica como en


frecuencia génica

En el caso del locus M-N:

Grupo/Paísc M MN N Total
Groenlandia 83.5 15.6 0.9 569
Islandia 31.2 51.5 17.3 141

las distribuciones de los genotipos reflejan las diferencias en


frecuencias génicas:
M N
Groenlandia 0,913 0,087
Islandia 0,570 0,430
LEY DE HARDY Y WEINBERG
Hardy y Weinberg (1908) propusieron un modelo clásico de
equilibrio, estableciendo que la frec génica y genotípica,
respecto de un locus, permanecen constantes en una
población, es decir se encuentra en equilibrio, en tanto que
se mantengan las siguientes presunciones:
- Ausencia de fuerzas que cambian la frecuencia génica:
- Ausencia de selección sea natural o artificial tal que ningún
alelo confiera ventaja o desventaja selectiva,
- Ausencia de migración (nadie entra a ni deja la población)
- Ausencia de mutaciones: p. ej. un alelo A no mutará en el
alelo a y viceversa
- Un tamaño de la población infinito
- Apareamiento aleatorio
- Las frecuencias génicas son iguales en ambos sexos
LEY DE HARDY Y WEINBERG

Sea p la frecuencia inicial de A1 y q la de A2 (locus A con 2 alelos), la ley de


EHW postula que las frecuencias génicas de la siguiente generación serán
iguales a la expansión de (p+q)2 tal que p + q =1 y por tanto q = 1 - p.

Para un número infinito de gametos producidos, la frecuencia de gametos


A1 será p y la de gametos A2 será q. Si el apareamiento es aleatorio
(equivalente a imaginar todos los gametos en un ‘pool’ que se combinan
aleatoriamente para formar cigotas 2n), esperaremos que las cigotas A1A1
se producirán con una frecuencia p2, (valor de la probabilidad de que dos
gametos A1 sean elegidos del pool). Con el mismo razonamiento la
frecuencia de gametos A2A2 será q2. Puesto que los heterocigotas pueden
producirse de dos maneras diferentes (recibiendo A1 del gameto ♂ y A2 del
gameto ♀ y viceversa), la frecuencia esperada de cigotas A1A2 es 2pq.

Notar: p2 + 2pq + q2 = (p + q)2. Puesto que p + q = 1, (p + q)2 = 1 Lo cual


prueba que las frecuencia genotípicas suman a 1.
EQUILIBRIO DE HARDY Y WEINBERG

Las frecuencias genotípicas de los adultos productores de gametos en la


siguiente generación debe ser la misma que las frecuencias cigóticas
(puesto que los adultos desarrollan directamente de las cigotas). Los
adultos producirán gametos para formar otra generación: A1A1
producirán gametos A1, A2A2 gametos A2, mientras que A1A2 50% de
gametos conteniendo A1 and 50% de gametos conteniendo A2. Por tanto
podemos calcular fácilmente la frecuencia alélica de los gametos que
formarán la siguiente generación de cigotas. Por convención llamemos a
esas frecuencias p' and q'.

p' = p2 + ½ 2pq= p2 + pq = p (p + q)= p


q' = q2 + ½ 2pq= q2 + pq = q (p + q) = q

De este modo se demuestra que bajo el equilibrio Hardy-Weinberg p' = p


and q' = q. En otras palabras, no existe cambio de la frecuencia alélica
entre generaciones.
EQUILIBRIO DE HARDY Y WEINBERG

Si las presunciones del equilibrio HW se mantienen a través del tiempo, las


frecuencias génicas y genotípicas tampoco cambiarán. Podemos de este
modo probar la hipótesis para un gen dado de que sus frecuencias
genotípicas se ajustan a las esperadas bajo el equilibrio HW. En otras
palabras, el equilibrio HW es formulado como una Ho.

Ciertamente es imposible que una población tenga un tamaño ∞ y que los


genes sean inmutables ( por la ocurrencia de las mutaciones). Además los
individuos no eligen sus parejas en relación con el genotipo, y sabemos
que el apareamiento no es totalmente aleatorio. Habrá una tendencia de
aparearse entre individuos próximos, y si la población no se dispersa no
existirá apareamiento aleatorio respecto del genotipo. También ocurren en
condiciones naturales procesos de migración y selección. Para saber si hay
evidencia de selección, mutación, migración o apareamiento selectivo, un
simple punto de partida será probar si la población está o no en EHW.
Resumen bases del EHW
Las bases del equilibrio bajo las presunciones HW son:

- Si p y q son frec de A1 y A2, respectivamente, la frec genotípica de la


progenie será (p+q)2, es decir p2 (A1A1), 2pq A1A2 y q2 A2A2. En tales
casos la población se dice estar en equilibrio .

- La frec de los alelos no cambia de una generación a otra generación ni en


generaciones subsiguientes. El ciclo permanecerá inalterado, cada
generación producirá gametos A1 o A2 en las proporciones p y q, que al
unirse al azar cigotas A1A1, A1A2 y A2A2 en proporciones p2, 2pq y q2.

- Puesto que las frec génicas son las mismas entre padres y progenie, la
relación entre frec génica y frec genotípica se establece en una
generación.

- La frec genotípica de la progenie depende sólo de la frecuencia génica de


los padres y no de la frecuencia genotípica de estos últimos.

- Cuando ocurre un disturbio en las proporciones genotípicas, una


generación de panmixia restaurará las proporciones de equilibrio.
Relación entre frec. Génicas y Genotípicas en poblaciones en EHW

1)La máxima proporción de heterocigotas se alcanza cuando p = q = 0.5, y


2)Si la frecuencia de un alelo es baja la mayor parte del alelo se presenta en los
heterocigotas existiendo muy poco en los homocigotas
Restauración del equilibrio
Veamos el caso: una generación de panmixia restaurará el equilibrio con un
ej. asumiendo las siguientes frec fenotípicas en la población Shorthorn en ♂
y ♀:
RR Rr rr
Color Rojo Ruano Blanco
Frec 0,6 0,4 0.0

p=RR + 1/2 Rr = 0,6 + ½ (0,4) = 0.8 y q=0,2

La población no está en equilibrio por no observarse animales rr, no


obstante que q=0.2 (por ejemplo el criador estaba eliminado animales
blancos).
Las probabilidades de apareamiento aleatorio de gametos son:
RR 0,8 * 0,8 = 0,64 Nuevas frec genotípicas
Rr 0,8 * 0,2 = 0,16 RR 0,64 Rr 0,32 rr 0,04
rR 0,2 * 0,8 = 0,16 nueva frec génica
rr 0,2 * 0,2 = 0,04 p=0,64+ 0,16=0,8 y q=0,2
En este caso la población de la progenie estará en equilibrio y las
frecuencias génicas y genotípicas permanecerán constantes en
generaciones futuras
1. Frecuencias génicas y alelos recesivos

p= P+ ½ H y q= Q + ½ H, no pueden aplicarse cuando H y P no son


distinguibles claramente entre ellos. Sin embargo, si la población está
en EHW no se requiere de los tres genotipos. Si A2 es un recesivo con
frecuencia q entonces la proporción de individuos A2A2 será Q = q2; por
tanto q = √Q, es decir las raíz cuadrada de la frecuencia de los
homocigotas para el alelo recesivo.

- Por ejemplo se conoce en ovejas que un gen recesivo (N) determina


orejas cortas tal que N y Nn determinan fenotipos normales mientras las
ovejas nn tienen orejas cortas.
Estimando p y q de recesivos
Una variación similar es observada en llamas aunque no se conoce si ésta
se debe también a un gen recesivo (posible). Se tiene que en 1200 llamas lo
siguiente:

Fenotipo Genotipo N
Oreja normal NN y Nn 1160
Oreja corta nn 40

Asumiendo herencia similar y que la población se encuentra en EHW:


f(nn)= 40/1200= 0.033 = q2 tal que q = √0.033= 0.183 y p = 1-q = 0.817

Estos valores son usados para estimar las frecuencias de homocigotas f(NN)
y heterocigotas f(Nn).

f(NN) = p2= (0.817)2= 0.667 y f(Nn) = 2pq = 0.299

Notar: Cuando un alelo es dominante como en el caso anterior donde los


heterocigotas no pueden ser identificados de los homocigotas solo se
pueden estimar las frecuencias génicas y no calcularlas por conteo como lo
hicimos en el caso de los bovinos Shorthorn (frecuencias reales).
2. Frecuencia de portadores
Si se asume que una población se encuentra en EHW respecto de un gen
dado, entonces la frecuencia de heterocigotas o portadores de anomalías
recesivas entre todos los individuos es:

H= f(heterocigotas) = 2pq puesto que q=√Q, entonces

= 2(1-q)q =0,299

La frecuencia de heterocigotas entre los individuos normales será H'


es H'= 2pq/(p2+2pq) = 2q/(1+q)

Puesto que p2+2pq= p (p+2q)= p([1-q]+2q)=p(1+q)


En nuestro ejemplo la frecuencia de heterocigotas Nn sería:

H’= 0,36/1,18= 0,30

H~H’

Tal que aproximadamente 30% serían portadores del gen.


3. Test del equilibrio HW

- En el caso de que lo genotipos sean distinguibles y existan datos


suficientes una prueba de ajuste a las proporciones teóricas explicadas por
el equilibrio HW puede ser lograda utilizando la distribución Chi cuadrado.

- La Ho establece que no hay diferencia entre los valores esperados y


observados; de este modo la población está en equilibrio HW. La H1
alternativa sugiere que existe una diferencia significativa y de este modo que
la población no está en equilibrio HW.

- El equilibrio HW establece que la frecuencia génica en los padres y en la


descendencia es la misma si la población se encuentra en equilibrio por lo
tanto la frecuencia génica de la progenie puede ser usada como si fuera la
frecuencia génica de los padres para calcular las frecuencias genotípicas
esperadas conforme a la ley de HW y luego comparar las desviaciones
resultantes
Prueba de concordancia EHW

MM MN nn Total
Frecuencia 31.2 51.5 17.3 100%
Observados 233 385 129 T= 747

a.Calcular la frecuencia génica de los padres de estos valores (asumiendo que


es la misma en la progenie) :

f(m) = p = (233+ ½ 385)/747 = 0.5696 y f(n) = q = (129+ ½ 385)/747 = 0.4304


b. Calcular las frecuencias esperadas conforme a la ley HW = p2+2pq+q2

Freq. esperadas p2T 2pqT q2T


(0.5696)2 (747) 747(0.5696)(0.4304) (0.4304)2 747
242.36 366.26 138.38

χ(1) = Σi(o-e)2/e = 1.956 P>0.05


Es decir, los datos concuerdan con lo esperado (no existen razones para pensar que
la población esté en desequilibrio)
Prueba de concordancia

Esta prueba debe manejarse con precaución porque no conocemos las frec
génicas de los padres. Se cumple con las condiciones: apareamiento
aleatorio, igual frec génicas en ambos sexos de los padres e igual viabilidad
entre la progenie, pero el test no prueba casos de igual fertilidad entre los
padres.

- Porque un grado de libertad? Normalmente el número de grados de libertad


es (n-1); n = numero de clases genotípicas. Si conocemos el # de individuos
de dos de los tres genotipos (por ejemplo A1A1 y A1A2) y el total de la
muestra, entonces el # de individuos del otro genotipo (A2A2) no es
independiente. Además, la variación en los #s esperados también está
restringida por el # de valores independientes usados al determinar valores
esperados (es decir, las frec. alélicas que no son independientes: si
conocemos p, automáticamente conocemos q). Por tanto:
gl = [(# de genotipos -1) - (# de alelos -1)] = # de genotipos - # de alelos
(en el caso de dos alelos y tres genotipos, gl = (3-1)-(2-1) =1.
Alelos múltiples
En el caso de alelos múltiples para un locus en particular, por
ejemplo A A1 A2 A3, etc. Los conocimientos aplicables a un
locus con dos alelos pueden ser extendidos. Con 3 alelos, si la
población está en EHW y las frec. de A1, A2 y A3 en los padres
son p1, p2 y p3, entonces los posibles genotipos y sus
frecuencias derivan de (p1 + p2 + p3)2
A1A1 A1A2 A1A3 A2A2 A2A3 A3A3
Frec p12 2p1p2 2p1p3 p22 2p2p3 p32

-Esas frecuencias (igual que en el caso de un locus con dos


alelos) son alcanzadas en una generación de apareamiento
aleatorio. Por lo tanto el estudio de una serie alélica múltiple
puede ser seguido considerando un alelo en particular. En
general con n alelos Ai, i=1….n con frecuencias pi, i=1….n, las
frecuencias en equilibrio HW serán (p1 + p2 +…)2 tal que
Σ pi = 1. Si hay n alelos en un locus, entonces el número de
posibles genotipos será N = n(n+1)/2
Alelos múltiples: dominancia incompleta
Cabios en las frecuencias génicas y genotípicas
La estructura genética de las poblaciones no es un concepto
inmutable sino más bien dinámico. Existen procesos de
naturaleza sistemática y dispersiva que pueden dar lugar a
cambios en la estructura genética de la población al cambiar
frecuencias génicas y genotípicas. Esos procesos incluyen :

1) Procesos sistemáticos
Mutación
Migración
Selección

2) Procesos dispersivos (Poblaciones pequeñas)


Los procesos sistemáticos producen cambios predecibles en
monto y dirección y ocurren en poblaciones grandes. Los
procesos dispersivos ocurren en poblaciones pequeñas y son
una consecuencia del muestreo y de la aleatoriedad. Estos son
predecibles solo en monto pero no en dirección.
Procesos sistemáticos de Mutación
Causa primaria de variación genética. Su ocurrencia es infrecuente y tiene
lugar como un hecho aislado (no recurrente) repetitivo (recurrente)

-Las mutaciones no recurrentes se producen aisladamente y en un


individuo. La condición normal AA muta a la condición heterocigótica
Aa. Si solo afecta a un individuo en una gran población su efecto es
insignificante en la frecuencia génica. Para que lo último ocurra la
mutación debe perpetuarse y expandirse.

- La probabilidad de sobrevivencia de una mutación en una gran población


es baja. La prob. de que la mutación sea perdida en la segunda generación
(después de producida la mutación) es ½. La probabilidad de desaparecer es
permanente por lo que la sobrevivencia de las mutaciones solo curre muy
ocasionalmente. Como norma, la mayoría de las mutaciones se pierden.

- Las mutaciones recurrentes ocurren con > frecuencia y mantienen un


nivel de frecuencia como para que no sea perdida en una gran
población.

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