Master UAB: Técnicas Simulación Electronic Structure Methods – M.

Pruneda

BASIC  UNIX  COMMANDS  (OR  LINUX)  

ls  -­‐-­‐-­‐  lists  your  files    
ls  -­‐l  -­‐-­‐-­‐  lists  your  files  in  'long  format',  which  contains  lots  of  useful  informaFon,  e.g.  the  
exact  size  of  the  file,  who  owns  the  file  and  who  has  the  right  to  look  at  it,  and  when  it  was  
last  modified.    
more  filename  -­‐-­‐-­‐  shows  the  first  part  of  a  file,  just  as  much  as  will  fit  on  one  screen.  Just  
hit  the  space  bar  to  see  more  or  q  to  quit.  You  can  use  /pa(ern  to  search  for  a  paRern.  
emacs  filename  -­‐-­‐-­‐  is  an  editor  that  lets  you  create  and  edit  a  file.  See  the  emacs  page.    
vi  filename  –  is  another  text  editor.  
mv  filename1  filename2  -­‐-­‐-­‐  moves  a  file  (i.e.  gives  it  a  different  name,  or  moves  it  into  a  
different  directory  (see  below)    
cp  filename1  filename2  -­‐-­‐-­‐  copies  a  file    
rm  filename  -­‐-­‐-­‐  removes  a  file.  It  is  wise  to  use  the  opFon  rm  -­‐i,  which  will  ask  you  for  
confirmaFon  before  actually  deleFng  anything.    
diff  filename1  filename2  -­‐-­‐-­‐  compares  files,  and  shows  where  they  differ    
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BASIC  UNIX  COMMANDS  (OR  LINUX)  

Directories  
Directories,  are  used  to  group  files  together  in  a  hierarchical  structure.    
mkdir  dirname  -­‐-­‐-­‐  make  a  new  directory    
cd  dirname  -­‐-­‐-­‐  change  directory.  You  basically  'go'  to  another  directory,  and  you  will  see  
the  files  in  that  directory  when  you  do  'ls'.  You  always  start  out  in  your  'home  
directory',  and  you  can  get  back  there  by  typing  'cd'  without  arguments.  'cd  ..'  will  get  
you  one  level  up  from  your  current  posiFon.  You  don't  have  to  walk  along  step  by  step  -­‐  
you  can  make  big  leaps  or  avoid  walking  around  by  specifying  pathnames.    
pwd  -­‐-­‐-­‐  tells  you  where  you  currently  are.    

More  informaFon:  

hRp://www.math.utah.edu/lab/unix/unix-­‐commands.html  

hRp://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/  
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BASIC  UNIX  COMMANDS  (OR  LINUX)  

vi  tutorial:  

At  least  secFon  A8  in:  

hRp://staff.washington.edu/rells/R110/  

emacs  tutorial:  

hRp://www2.lib.uchicago.edu/keith/tcl-­‐course/emacs-­‐tutorial.html  

Gnuplot  introduc:on:  

SecFon  3.2:  
hRp://www.duke.edu/~hpgavin/gnuplot.html  
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PRACTICAL  SESSIONS  

H2  example  
 bonding/anFbonding  
 bands  (&  zone-­‐folding)  

Silicon    
•   bandstructure   •   Structural  opFmizaFon  &  Bulk  Modulus.  
•   WavefuncFons   •   Convergence  (parameter  opFmizaFon)  
•   Density  of  States  (DOS)  

•   Doping  (n-­‐type  &  p-­‐type)  

•   EffecFve  masses  
•   Silicon  nanowires  

Vibra.onal  Proper.es  (phonons)  

Elas.c  Proper.es.  
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PRACTICAL  SESSIONS  
ssh -X user@hydra.uab.es!

Remember  to  execute  the  jobs  in  a  local  node:    ssh compute-1-0!

All  the  files  that  you  will  need,  will  be  shared  in  this  directory:    
/share/common/mnano!

(copy  them  into  your  home):  

[user]$  cp  -­‐R  /share/common/mnano/bin  .  

[user]$  cp  –R  /share/common/mnano/pseudos  .  

You  can  have  a  look  at  the  files  we  run  today  by  looking  in  /share/common/mnano/H2.    
There,  you  will  find  the  exercise-H2.tgz file,  with  the  iniFal  files  you  need  to  run  the  
example  yourself  (see  below),  and  the  result  of  our  day  (/share/common/mnano/H2/FILES).  

To  see  the  files:    

[user]$  ls  /share/common/mnano/H2/FILES  

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PRACTICAL  SESSIONS  
ssh -X user@hydra.uab.es!

Execute  the  jobs  in  a  local  node:    ssh c1-1!

/home/mpru/bin! !siesta! !vibrator!

!gnubands! !vdos!
!readwfx! !fcbuild!
!pdosxml!
!eig2dos!
!gen-basis!

/home/mpru/pseudos! H.psf!
Si.psf!

P.psf!
B.psf!