Universidad de Caldas

Facultad de Ciencia Exactas y Naturales

Departamento de Biología

Evolución
Taller de inferencia filogenética

Cristian Camilo Serna Rivera - Cod.1711323063

Actividades a desarrollar

1. Abra el alineamiento en MEGA e identifique los primeros 10 sitios variables (polimórficos).

Indique la posición de cada uno de estos sitios variables (Incluya una figura del alineamiento).
Identifique e indique cuáles de los 10 primeros sitios variables son informativos para Máxima
Parsimonia. ¿Por qué no todos los sitios variables son informativos?

Figura 1. Matriz de alineamiento MEGA

Sitios polimórficos para MP: 1,4,7,8,10,13,16,19,22,25

No todos los primeros sitios variables son informativos para MP puesto que, aparte de ser
polimórfico o variable, debe partir los taxa en por lo menos dos grupos y cada uno debe tener por lo
menos dos taxa, y no todos cumplen dicho criterio.
2. Calcule la matriz de distancia media interespecífica e intraespecífica, utilizando como modelo la
distancia Kimura-2-parámetros (K2P). Recuerde que primero debe definir los grupos de especies.
Cree un grupo diferente para BspCO01, HQ909456 y HQ909457 juntas. Recuerde que la especie de
Fernando de Noronha y Atol das Rocas es Bathygobius brasiliensis.

Figura 2. Matriz de Distancia Inter

Figura 3. Matriz de Distancia Intra

3. Dibuje el cladograma de UPGMA teniendo en cuenta la matriz de distancia interespecífica
calculada en el paso anterior.

Figura 4. Dibujo cladograma UPGMA, a partir de matriz de distancia inter calculada

4. Realice un análisis filogenético empleando el método de Neighbor-joining (NJ). Utilice como
modelo la distancia Kimura-2-parámetros (K2P) y 1000 réplicas de Bootstrap. Especifique el grupo
externo y guarde el árbol obtenido.

Figura 5. Árbol de análisis filogenético, método Neighbor-joining (NJ) y modelo de distancia

Kimura-2-parámetros (K2P).
5. Realice un análisis filogenético empleando el método de Máxima Verosimilitud (MV). Primero
debe identificar cuál es el mejor modelo evolutivo que se adapta a los datos empleando el criterio
BIC. Utilice como método de búsqueda el algoritmo NNI, el modelo que se adapta mejor a los
datos y 1000 réplicas de Bootstrap. Especifique el grupo externo y guarde el árbol obtenido.

Figura 6. Mejor modelo evolutivo, criterio BIC

Figura 7. Árbol análisis filogenético Máxima verosimilitud, bajo criterio BIC.

6. Compare los árboles obtenidos en relación a: a) Clados monofiléticos: Identifique los clados en
cada uno de los árboles e indique por qué esos clados que escogieron son monofiléticos. b)
Topología: ¿son parecidas o diferentes? ¿En qué se diferencian?

a) Clados monofiléticos:

-Para NJ se encuentran los clados de B. lacertus, B. curacao, B. sp, B. cocosensis, B. mystacium, B.

geminatus; todos incluyen el ancestro y todos sus descendientes, apoyado con un Bootstrap de 100.

-Para MV se encuentran los clados de B. soporator, B. curacao, B. cocosensis; ; todos incluyen el

ancestro y todos sus descendientes, apoyado con un Bootstrap de 100.

b) las topologías son diferentes. Aunque B. soporator, B. andrei, B. lacertus y B. curacao se

topologizan de igual manera en el árbol, B, colaitus, B. cocosensis, B. mystacium y B. geminatus,
difieren en gran medida en las topologías de NJ y MV, los demás clados se intercalan y apoyan
otros clados en las topologías de los árboles.

7. Considerando los resultados obtenidos, indique cuál es (son) la(s) especie(s) más probable de
BspCO01, HQ909456 y HQ909457. Justifique su respuesta.

Las especies más probables de BspCO01, HQ909456 y HQ909457, son: B. fuscus para BspCO01 y
B. antilliensis para HQ909456 y HQ909457, según el análisis de MV y B. lineatus para BspCO01, e
igualmente B. antilliensis para HQ909456 y HQ909457 según el análisis de NJ

Dado lo anterior, creo entonces que B. antilliensis para HQ909456 y HQ909457 y B. fuscus para
BspCO01, puesto que en B. antilliensis hay congruencia en los dos análisis y B. fuscus presenta una
mejor resolución en NJ.