Segundo taller de Bioquímica: Enzimas y ácidos nucleicos

1. Suponga que el color rojo de los tomates está determinado por una proteína formada
por los siguientes aminoácidos: Ala – Cys – Val. En la siguiente tabla se muestra la
secuencia de ARN mensajero (ARNm) que codifica el respectivo aminoácido.

Al cosechar los tomates se observa que algunos presentan manchas blancas en su

superficie. Estas manchas se deben a una mutación en sólo uno de los nucleótidos del
ADN que forma la proteína. ¿Cuál de las siguientes secuencias de ADN presenta esa
mutación?

c. CAT ACG GAA.

2. La cadena complementaria de ARN de la secuencia de ADN, AGTTCGCAATGC es:

c. UCAAGCGUUACG

3. La duplicación del ADN es un proceso que conlleva a la formación de más ADN,

mientras que en la transcripción se forma ARN a partir de ADN. Se tiene la cadena de
ADN ATGCGT. De acuerdo con esto, las cadenas resultantes de para éstos dos
procesos son (la duplicación y la transcripción):

Rta/ a.
4. ¿Cuántas secuencias de nucleótidos distintas son posibles para un fragmento de ADN
de longitud N si es: (a) de hebra sencilla; (b) de doble hebra?
*3 y 6
5. ¿Cuánto pesa el ADN de una célula humana? ¿Y el del cuerpo humano completo?
(Datos: La longitud del genoma haploide es de 3.3x10 9 pb. El peso de un par de
nucleótidos es de 10-21 gramos. El cuerpo humano tiene alrededor de 2 billones de
células).
6. En el ADN de ciertas células bacterianas, el 13% de los nucleósidos son adenosina.
¿Cuáles son los porcentajes de los otros nucleósidos?
7. Los pares G-C son estructuralmente más estables que los A-T. ¿Correcto?
*Es correcto, puesto los pares G-C tienen 3 uniones de puentes de hidrogeno, mientras
que las bases A-T tienen solo dos uniones de puentes de hidrogeno.
8. ¿Qué significa que las secuencias de dos cadenas de ADN sean complementarias?
*Las cadenas que componen el ADN son anti paralelas y complementarias. Es decir
que si una secuencia va de 5’ a 3’, ala otra cadena va de 3’ a 5’. La complementariedad
se refiere a que el apareamiento de bases siempre es A con T, y G con C.
9. En el siguiente experimento con la enzima fosfatasa ácida de semillas de trigo
germinadas se varió la concentración de la enzima en cubeta a dos concentraciones de
sustrato y se obtuvieron los resultados siguientes:

Sustrato
[Enz] (ml) [FP] 0.1 mM [FP] 10 mM
V (nmol/min) V (nmol/min)
5 1.920 6.307
10 4.059 13.169
15 5.956 19.145
20 7.766 25.694
25 9.479 32.282
30 11.844 37.882
a) ¿Como varia la velocidad de la reacción en función de la cantidad de enzima añadida?
*Entre más enzima añadida la velocidad de reacción aumentará independiente de la
concentración de sustrato.
b) ¿Qué pasa si dividimos la velocidad registrada por la cantidad de enzima añadida al
ensayo?
c) ¿Utilizando la ecuación de Michelis-Menten explique sus respuestas a las preguntas
anteriores?

10. La actividad de la Acetil-CoA carboxilasa, medida con tres diferentes concentraciones

de enzima y a diferentes concentraciones de sustrato fué la siguiente:

[Enz] (mg de proteína) 0.1 0.2 0.5

[AcetilCoA] (mM) Vel (mmol/ min)
0.05 0.275 0.546 1.373
0.14 0.482 1.001 2.502
 0.23 0.580 1.185 2.891
0.32 0.642 1.385 3.463
0.50 0.755 1.494 3.656
0.59 0.766 1.497 3.810

a) Calcular para cada experimento el valor de Km y el valor de Vmax.

b) ¿Son los valores de Km y Vmax iguales o diferentes?
c) Explique si lo que observó es lo que esperaba obtener
e) ¿Qué representa la pendiente de la gráfica Vmax vs mmol de enzima?

11. Considere a la enzima Invertasa, que cataliza la hidrólisis de Sacarosa a

fructosa y glucosa. Esta enzima posee una Km para sacarosa de 0.5 mM y
una constante catalítica de 175 min-1. Si se mide su actividad en presencia
de 0.25 mM de sacarosa con 25 pmol de enzima en la cubeta:

a. ¿Qué velocidad de catálisis se observará?

b. ¿Cuánto sustrato habría que añadir para que la velocidad observada alcanzase
0.95% de la Vmax?
c. ¿Qué importancia podría tener esto para la posible aplicación industrial de la
enzima?
d. Explique sus respuestas.

12. La enzima Aspartato transaminasa, que cataliza la reacción: Aspartato +

Oxoglutarato ----> Glutamato + Oxaloacetato se realizaron los siguientes
tres experimentos:

[Asp] =1 mM [OxG] =0.02 mM [OxG] =0.5 mM

[OxG] Vel [Asp] Vel [Asp] Vel
(mM) (mmol/min) (mM) (mmol/min) (mM) (mmol/mi
n)
0.002 0.444 0.007 0.411 0.007 0.468
0.018 2.031 0.048 1.268 0.048 2.017
0.037 2.781 0.171 1.722 0.171 3.317
0.063 3.336 0.335 1.850 0.335 3.866
0.094 3.756 0.547 1.983 0.547 4.123
0.493 4.324 1.016 2.031 1.016 4.324

a) Calcule Km y Vmax para cada sustrato.

b) ¿Cambian las Vmax? Explique su respuesta
c) Explique que pasó en el segundo experimento, con respecto al tercero.
d) ¿Cúantos y cuáles valores de Km debo considerar para describir la afinidad de la
enzima por sus substratos?
e) ¿Qué conclusión se podría sacar de esos datos?

12. Se realizaron estudios de inhibición para dos enzimas diferentes presentes en el suero
bovino. Se varió la concentración de sustrato en ausencia y en presencia de tres
concentraciones diferentes de inhibidores de cada enzima. En cada caso encontrar:

a) El tipo de inhibición.
b) El valor de Km y Vmax.
c) El valor de Ki para el inhibidor.

Enzima: Fosfatasa alcalina de suero bovino, inhibidor: Oxalato de Bromolevamisol

[Bromolevamisol] (mM) 0 8 16 40
[Sustrato] [FP](mM) Velocidades iniciales (mmolxmin-1 / mgProt.-1)
0.1 0.231 0.210 0.191 0.158
0.3 0.431 0.369 0.309 0.239
0.7 0.607 0.488 0.425 0.277
1.3 0.751 0.599 0.467 0.304
1.8 0.811 0.657 0.530 0.319
2.6 0.912 0.657 0.546 0.328
4.1 0.957 0.688 0.561 0.351
5.8 0.981 0.741 0.558 0.344

Enzima: Transaminasa Glutámico Pirúvica.

[2hidroxisuccínico] (mM) 0.0 1.0 2.0 5.1

[Sustrato] [Glu](mM) Velocidades iniciales (mmol / min /mgProt)
0.6 0.59 0.48 0.38 0.24
1.4 1.12 0.91 0.78 0.51
2.9 1.63 1.43 1.19 0.87
5.2 1.94 1.70 1.64 1.19
 8.0 2.19 1.94 1.94 1.56
10.3 2.28 2.06 1.99 1.74
16.0 2.32 2.33 2.24 1.89
25.1 2.62 2.53 2.25 2.09

Rta/ Enzima: Fosfatasa alcalina de suero bovino, inhibidor: Oxalato de Bromolevamisol

Concentración Inhibidor Km Vmax

0 0.35 1.042
8 0.27 0.79
16 0.20 0.58
40 0.12 0.35

*El tipo de inhibidor es mixto, pues tanto el Km como el Vmax, varían, respecto a la
reacción si inhibidor.

Enzima: Transaminasa Glutámico Pirúvica.

Concentración Inhibidor Km Vmax

0.0 2.208 2.76
1.0 2.88 2.78
2.0 3.504 2.59
5.1 5.83 2.57

*El tipo de inhibición es competitiva, pues el km aumenta, y el Vmax permanece casi

igual.

13. El siguiente experimento fué realizado con la fosfoenolpyruvato:pyruvil tranferasa de

streptococcus sp. Este enzima participa en la síntesis de la pared celular de las bacterias y
cataliza la transferencia de un grupo piruvato a un precursor del péptidoglicano, liberando
fosfato. La fosfomicina (FSM) es un antibiótico sintetizado por ciertas bacterias del grupo
streptomyces que inhibe a esta enzima. Usando el fosfoenolpiruvato (PEP) como sustrato
a dos diferentes niveles de concentración, se estudió la inhibición de esta enzima por
fosfomicina.

[PEP] (mM) 75 200

[FSM] (mM) V (nmolxmin xmgProt-
-1

1
)
0 0.73 2.49
5 0.53 2.29
 10 0.42 2.15
25 0.26 1.78
50 0.16 1.4
100 0.09 0.98

a) Identifique el tipo de inhibición que se presenta

b) Calcule el valor de la I50 para este inhibidor a la concentraciones más baja y más alta
de sustrato empleadas en el experimento.
b) ¿Qué diferencias observa entre este parámetro calculado con diferentes
concentraciones de sustrato?

14. ¿Cuáles son los principales factores que alteran la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
*La concentración del sustrato, de la enzima, ph, y temperatura.
15. ¿Cómo afecta la concentración del sustrato a la velocidad de las reacciones
enzimáticas?
*La velocidad de una reacción enzimática depende de la concentración de sustrato.
Entre más sustrato mayor velocidad de reacción, hasta alcanzar la velocidad máxima,
punto donde la enzima se satura, debido a que tiene todos los sitios activos ocupados.
16. ¿Cuál es la relación entre el enfriamiento de órganos y tejidos para trasplantes
médicos y el efecto de la temperatura sobre las reacciones enzimáticas?
*El enfriamiento de órganos sirven para inactivar las enzimas. Puesto que las enzimas
actúan a ciertos intervalos de temperatura óptimos, una disminución ocasiona que la
cinética molecular disminuya, y por lo tanto no ocurran reacciones químicas. Sin
embargo un aumento de temperatura por encima de la temperatura optima ocasiona
que la enzima se desnaturalice, y pierda sus efectos catalíticos.
17. ¿Qué son los cofactores enzimáticos?
*Son iones metálicos o moléculas orgánicas que se unen a una enzima para que esta
pueda cumplir su actividad catalítica. Son estables frente al calor, diferente a las
proteínas enzimáticas que pierden su actividad frente al calor. El complejo enzima-
cofactor recibe el nombre de holoenzima. Cuando se separa el cofactor, la proteína
libre que por sí misma es inactiva catalíticamente se denomina como apoenzima.
Cationes metálicos: Zn+, Ca2-, Fe2+, Mg2+
Moléculas orgánicas: NAD+, FAD+, NADP+
18. En una reacción enzimática, ¿cuál es el efecto de una sustancia con la misma
conformación espacial que el sustrato enzimático? ¿Cómo se reconoce este tipo de
sustancia?
 *A esto se le denomina como un inhibidor. Los inhibidores son sustancias que tienen
una parte de su estructura muy similar al del sustrato que la enzima cataliza. Esta
sustancia se une al sitio activo de la enzima impidiendo que el sustrato reaccione. Hay
varios tipos de inhibidores entre los cuales encontramos la inhibición competitiva, el
cual el inhibidor se une al sitio activo de la enzima completamente, compitiendo con
el sustrato por este lugar. La inhibición no competitiva, en donde el inhibidor se une a
un sitio diferente al sitio activo, disminuyendo la actividad de la enzima, y por último
la inhibición mixta, e la cual el inhibidor se une al sitio activo de la enzima o en un
lugar diferente.
19. ¿Qué son las enzimas alostéricas?
*Son enzimas reguladas por una molécula llamada modulador o efector alosterico, la
cual se une a un lugar diferente a al sitio, activo, el sitio alosterico, el cual es
específico para cada modulador. Los moduladores pueden ser positivos o activadores,
o negativos o inhibidores.
20. Los resultados para el análisis de la actividad enzimática se pueden encontrar a
continuación. Sin utilizar un gráfico, determinar:
a. Vmax;
b. Km;
c. Velocidad inicial en [S] = 1 x 10-1 M;
d. La cantidad de producto formada durante los primeros 5 minutos a [S] = 2 x 10 -3
M. A [S] de 2 x 10-6 M?
e. ¿Cual es Km y Vmax si el [E] libre se incrementa en un factor de 4?
f. ¿Por qué la velocidad v es constante en [S] mayor que 2 x 10-3 M?
g. ¿Cuál es el [E] libre en [S] = 2 x 10-2 M?

21. Se estudia el efecto del pH sobre la actividad enzimática de la 6-fosfogluconato

deshidrogenasa. Esta enzima cataliza la reacción:

6-phosphogluconate + NADP --- 6- phosphogluconic acid + NADPH2

NADPH2 absorbe luz a 340 nm. La actividad de la deshidrogenasa se mide
espectrofotométricamente controlando la absorbancia (A) a 340 nm, que es proporcional
a la concentración de NADPH2.
¿A qué pH la enzima tiene más afinidad por el sustrato?

22. Los siguientes resultados describen el efecto de un inhibidor sobre la actividad

enzimática de una enzima. Determinar:
a. Vmax en presencia y ausencia de un inhibidor
b. Km en presencia y ausencia de un inhibidor
c. Ki
d. Tipo de inhibición

23. Un bioquímico estudia las propiedades de una enzima metabólica que acaba de aislar.
Obtiene datos cinéticos en presencia y en ausencia de dos inhibidores diferentes (A y
B). La identidad de los inhibidores es desconocida, pero sabemos que uno de ellos es
un análogo de sustrato mientras que el otro es un agente alquilante. Determinar:
a. Km y Vmax de la enzima;
b. ¿Cuál inhibidor es el análogo de sustrato? ¿Cuál es el agente alquilante?
c. Ki para ambos inhibidores;
d. Cuál sería la Vo para esta reacción enzimática en [S] = 3 x 10 -4 M y en presencia
de la Inhibidor [A] = 2 x 10 -5 M ?
24. Se estudian las propiedades cinéticas de dos enzimas (A y B). A partir de los
resultados que se muestran a continuación, determine si constituyen una enzima
ordinaria o una enzima alostérica. Explicar la forma de las curvas que representan la
velocidad, v, en relación a la concentración de sustrato, [S].

25

20

15
Velocidad

10

0
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
[S]

Enzi ma A Enzi ma B
La enzima A constituye una enzima ordinaria, mientras que enzima B una enzima
alosterica. Las enzimas olostericas son aquellas que son reguladas por el sustrato y el
producto, por esa razón tiene esa forma porque se tarda un poco más en activarse, al
contrario de la enzima ordinaria, la cual al no tener esa restricción empieza a realizar la
catálisis desde un primer momento, sin embargo, como se observa ambas alcanzan el
Vmax (Saturación de la enzima) casi al mismo tiempo (considerando que se les añade la
misma cantidad de sustrato)

Para los siguientes ejercicios necesita la siguiente tabla

25. La secuencia de aminoácidos de una parte de lisozima aislada de un tipo salvaje y un

bacteriófago mutante T4 se da a continuación:
Tipo salvaje: -Tyr - Lys - Ser - Pro - Ser - Leu - Asn - Ala - Ala - Lys
Mutante: -Tyr - Lys - Val - His - His - Leu - Met - Ala - Ala – Lys
 a. Este mutante puede ser el resultado de un cambio en un único par de bases en el
ADN del fago T4? Si no, ¿cómo se produjo este mutante?
b. ¿Cuál es la secuencia base del ARNm que codifica los cinco aminoácidos del tipo
salvaje que son diferentes de los del tipo mutante?

26. Una hebra de ADN tiene la siguiente secuencia:

5 'TCGTTTACGATCCCCATTTCGTACTCGA 3'

a. ¿Cuál es la secuencia de su hebra complementaria?

b. ¿Cuál es la secuencia base del ARNm transcrito de la primera cadena?
c. ¿Cuál es la secuencia de aminoácidos codificada?
d. ¿Cuál es la secuencia de aminoácidos codificada si se suprime el segundo T del
extremo 3 'del ADN?