INTRODUCCIÓN

Desde el punto de vista de la expresión genética, los operones bacterianos se

pueden dividir en dos grandes tipos:

 operones de expresión constitutiva (es decir, aquellos que se transcriben

permanentemente, independientemente de las condiciones ambientales).
Por ejemplo, operones para las ADN- y ARN-polimerasas;operones para
las proteínas de las c. t. e.; operones para las proteínas ribosómicas, etc.
 operones cuya expresión está regulada en función de las condiciones
ambientales. Dentro de esta categoría, se distinguen a su vez: operones de
expresión inducible; operones de expresión reprimible

En principio, por su modo la regulación puede ser de dos tipos :

 Inducción: síntesis de ciertos enzimas debida a la presencia en el medio

de sustratos metabolizables adecuados, o en términos más generales, por la
existencia de determinados estímulos ambientales (no necesariamente de
tipo nutricional). Ejemplo típico: la producción de  -galactosidasa es
inducible en determinadas bacterias cuando en el medio aparece un azúcar
de tipo  -galactósido (como la lactosa)
 Represión: desconexión rápida de la ruta biosintética de un determinado
compuesto, cuando éste aparece aportado en el medio de la bacteria.
Ejemplo típico: si E. coli crece en ausencia de triptófano (Trp), la ruta para
su biosíntesis está funcionando hasta que ese aa. aparezca en el medio. La
represión no siempre tiene que ver con estímulos nutricionales: se pueden
desconectar genes para evitar que su expresión interfiera con otros
procesos que ya están en curso en la célula.

En resumen, y en relación con el modo de expresión genética que subyace a

sustancias relacionadas con el metabolismo, la norma general es que:

 la inducción permite el ajuste rápido para el uso de sustratos

metabolizables;
 la represión permite el ajuste para la síntesis de una sustancia que
interviene como intermediario metabólico.

TIPOS DE MECANISMOS DE REGULACIÓN GENÉTICA

Casi cada uno de los niveles de los que depende la expresión de información
genética puede estar sometido en principio a algún tipo de regulación, aunque el
más frecuente es sobre la transcripción.

1) Nivel transcripcional

a) A nivel del inicio de la transcripción

 sustitución del factor  de la ARN-polimerasa

 por interacción de proteínas regulatorias sobre
secuencias de ADN cercanas al promotor:

i) fenómenos de inducción génica

ii) fenómenos de represión génica

b) Terminación prematura de la transcripción: fenómenos de

atenuación de la transcripción.

c) Procesamiento de ARN (casos muy raros en procariotas)

2) Nivel traduccional. Ejemplos:

a) regulación de la síntesis de las proteínas ribosómicas.

b) regulación por ARN antiparalelo, que interfiere con la traducción

del ARNm

3) Nivel postraduccional. Aquí ya no estamos ante mecanismos puramente de

regulación genética. Algunos ejemplos: degradación de proteínas y modificación
covalente de proteínas (p. ej., fosforilación). Regulación alostérica por
retroalimentación (feed-back) de la actividad de las proteínas enzimáticas.

4) Sistemas globales de regulación

Cuando varios operones están regulados coordinadamente por un mismo tipo de

estímulos, constituyen una red de regulación que se suele denominar con el
nombre de regulón (p. ej., el regulón de los operones spo de la esporulación en
las especies del género Bacillus).
Casi todos los productos de genes bacterianos están regulados en al menos uno
de estos niveles, y a menudo lo están en varios niveles al mismo tiempo.

Como veremos enseguida, muchos de estos mecanismos se disparan en el interior

celular debido a pequeñas moléculas que informan a la bacteria de un
determinado cambio ambiental.

2. REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN
2.1. REGULACIÓN DEL INICIO DE LA TRANSCRIPCIÓN

2.1.1. REGULACIÓN POR SUBUNIDADES  ALTERNATIVAS

Se trata de una estrategia muy directa y sencilla, en la que la

subunidad  "stándard" de la célula vegetativa normal se ve desplazada y
sustituida por otro(s) tipo(s) de  diferentes (codificadas por genes distintos). La
holoenzima de la ARN polimerasa con la nueva  reconoce ahora e inicia la
transcripción a partir de un tipo distinto de promotor. Esto hace que se
transcriban operones que hasta entonces permanecían "silenciosos" (sin
expresión).

Veamos algunos ejemplos:

 Uno de los casos mejor estudiados se da en las especies del gén. Bacillus,
durante el proceso de la esporulación: Durante el crecimiento
vegetativo, B. subtilis posee una holoenzima típica  2  '+  43 (=  A), que
reconoce los promotores del tipo que estudiamos en el capítulo anterior. Al
iniciarse la esporulación, se sintetiza una nueva  que desplaza a
la  A(vegetativa). Ahora, la holoenzima reconoce los promotores de
algunos operones spo (que estaban inactivos durante el crecimiento
vegetativo), que codifican funciones requeridas durante las primeras fases
de la esporulación. Algunos de los genes que ahora se expresan
corresponden a otras subunidades  distintas de las dos citadas. En una
fase más avanzada de la esporulación, una nueva "generación" de  (entre
ellas la  29) desplaza a la segunda. Ahora la holoenzima correspondiente
reconoce nuevos grupos de operones que codifican proteínas requeridas en
fases más tardías de la esporulación. Cada nueva holoenzima reconoce un
 tipo distinto y característico de promotor (con secuencias de nucleótidos
peculiares), que no puede ser reconocido por las otras versiones de la ARN
polimerasa dotadas de subunidades diferentes.
 La respuesta al choque por calor ("heat-shock") en E. coli: Si E. coli se
somete a una agresión de altas temperaturas, se produce la inducción de
unos 17 genes (genes de la respuesta al calor), cuyos productos tienden a
evitar ciertos daños ocasionados por este agente. Esta respuesta está
mediada por una nueva subunidad  (llamada  32) que desplaza a
la  70 de la célula normal. La nueva holoenzima reconoce a los genes de la
respuesta al calor, todos los cuales poseen un promotor con una región -10
totalmente diferente a la que vimos en el capítulo anterior: C C C A T N T
 Cuando las enterobacterias sufren hambre de N (por ejemplo, no existe
NH3), una nueva subunidad  (llamada N o 54) desplaza a la  70, y
entonces la holoenzima reconoce promotores distintos, correspondientes a
operones cuyos productos permiten utilizar otras fuentes de N más raras.

2.1.2. REGULACIÓN DEL INICIO DE TRANSCRIPCIÓN POR

PROTEÍNAS REGULADORAS

Como ya apuntamos, podemos encontrar dos tipos de fenómenos:

 inducción: el desencadenante del ajuste se denomina inductor;

 represión: el desencadenante del ajuste se denomina correpresor.

En general, los desencadenantes de la respuesta se llaman efectores, y suelen ser

moléculas de pequeño tamaño. Si estamos tratando con respuestas adaptativas
metabólicas, podemos hacer la siguiente generalización:

 El inductor suele ser el sustrato de una ruta catabólica, o una molécula

muy semejante al sustrato natural.
 El correpresor suele ser el producto de una ruta biosintética, o una
molécula parecida.

El funcionamiento de estas moléculas en su papel de efectores no depende de su

interacción metabólica en la ruta correspondiente. Lo que hacen los efectores es
interactuar con proteínas reguladoras específicas para cada sistema (de cada
operón o de cada grupo de operones). Y, a su vez, las proteínas reguladoras
interactúan con una zona del operón cercana al promotor Es frecuente que
muchas proteínas reguladoras compartan un dominio tridimensional
característico denominado hélice-giro-hélice, que las capacita para reconocer
determinadas secuencias del ADN.

Tanto la inducción como la represión génicas de funciones pueden deberse a su

vez a:

 controles positivos;
 controles negativos.

Así pues, en la regulación del sistema tenemos varios tipos de elementos:

a. efectores: pequeñas moléculas que informan del ambiente exterior;

b. un elemento regulatorio que actúa en trans (a distancia): un gen
regulador que codifica una proteína cuya única función consiste en
controlar la expresión (a nivel de inicio de transcripción) de un operón de
genes estructurales.
c. genes estructurales (normalmente agrupados en operones, donde los
genes se contranscriben en forma de ARNm policistrónico). Estos genes
pueden codificar proteínas estructurales, o proteínas enzimáticas o
simplemente transcribirse a ARNr o ARNt.

La función controladora de la proteína reguladora se ejerce por su interacción con

secuencias específicas al comienzo del operón, cerca del promotor. Estas
secuencias son, pues, elementos que actúan en cis dentro del circuito regulatorio:
esto significa que su efecto depende de que estén ligadas genéticamente con los
genes estructurales que van a ser sometidos a control genético. Son secuencias
que no codifican productos difusibles que pudieran actuar a distancia.

¿Cómo se puede distinguir y discriminar entre las funciones de un regulador que

actúa en trans (a distancia) de una secuencia en cis? Esto se puede lograr a partir
de la observación de los efectos fenotípicos de sus respectivas mutaciones y de
los tests de complementación (aunque las bacterias son haploides, se pueden
realizar ensayos de complementación genética en diploides parciales por medio
de algún sistema de transferencia genética, como por ejemplo el uso de
conjugación con factores F-primas (F'): véase tema 27):

1. La mutación inactivante de un gen regulador tiene efectos recesivos

en trans y pleiotrópicos, que varían según que el control sea de tipo
positivo o negativo:
a. en el caso de control negativo, la mutación tiene efectos
constitutivos;
 b. en el caso de control positivo, la mutación tiene efectos
ininducibles.
2. La mutación de un operador tiene efectos dominantes en cis.
3. Por otro lado, la inactivación mutacional de un gen estructural
simplemente priva a la célula de la función correspondiente.

Comparemos ahora las regulaciones genéticas de tipo positivo y negativo:

1. Control negativo:el sistema se expresa a menos que sea desconectado por

la acción de una proteína reguladora, a la que se denomina represor.
Dentro de este control podemos distinguir, a su vez:
a. Control negativo con efectos inductores (ej: en el operón lac): el
represor, per se es activo, pero se inactiva en presencia del inductor.
b. Control negativo con efectos represores (ej: en el operón trp):el
represor, per se es inactivo (aporrepresor), pero en presencia del
correpresor se activa (adquiere su capacidad funcional), y es
entonces cuando reprime al operón estructural.
2. Control positivo: los genes estructurales no se transcriben (o en todo caso
lo hacen a un nivel basal bajo) a no ser que exista una proteína reguladora
activa llamada apoinductor o activador. También aquí puede haber dos
categorías:
a. Control positivo por inducción: la proteína activadora, por sí
misma es inactiva, pero queda activada cuando se le une el inductor.
b. Control positivo por represión: la proteína activadora, per se, es
activa, pero se inactiva cuando se le une el correpresor.

Obsérvese, pues, que el estado activo del operón varía según que se trate de un
sistema inducible o reprimible:

 en los sistemas inducibles, el estado activo es el inducido;

 en los sistemas reprimibles, el estado activo es el desreprimido.

2.1.2.1. EJEMPLO DE CONTROL NEGATIVO E INDUCIBLE:

Regulación del operón lac de E. coli
Iniciamos ahora el estudio de los controles genéticos en un sistema
paradigmático: el operón lac(metabolismo de la lactosa) del colibacilo
(Escherichia coli), que históricamente fue el primero en investigarse (por Jacob y
Monod, años 50, y que les hizo ganar el premio Nobel en 1965). En este epígrafe
abordaremos el comportamiento de este operón bajo regulación negativa
(incorporando detalles ulteriores al trabajo de Jacob y Monod). Más adelante
(2.1.2.3), veremos que el operón lactambién posee un control positivo.

El operón lac, está constituido por:

tres genes estructurales:

o Gen lacZ: codifica la ß-galactosidasa (tetrámero de un polipéptido

de 116 kDa);
o Gen lacY: determina la ß-galactósido permeasa (46 KdA); proteína
de membrana que realiza el simporte de H + y lactosa.
o GenlacA: determina ß-galactósido acetilasa, prescindible y de papel
desconocido.

un promotor para la unión de la holoenzima de la ARN polimerasa

un elemento regulador en cis: el operador, parcialmente superpuesto

con el promotor

y está controlado por el producto de un gen situado cerca del operón (pero que no
forma parte de él; este es el elemento regulatorio en trans): el gen lacI, que
codifica un represor que por sí mismo es activo como tal. El polipéptido de 38
kDa producido por este gen se agrega espontáneamente formando tetrámeros, que
son la forma funcional del represor.

Veamos el funcionamiento del sistema:

 Mientras en el medio no exista lactosa, el tetrámero del represor presenta

una alta afinidad de unión hacia las secuencias del operador, y así impide
que la ARN polimerasa reconozca y se una al promotor; por lo tanto, no
existe apenas transcripción del operón de la lactosa. La actividad de unión
al operador reside en el extremo N-terminal, que presenta un diseño
característica en hélice-bucle-hélice. El operador al que se une presenta
una secuencia palindrómica imperfecta.
 Si en el medio existe lactosa (u otro azúcar de tipo ß-galactósido) como
única fuente de C, dicho azúcar actúa como inductor del operón: se une a
 una zona de las subunidades del tetrámero del represor (codificado
por lacI), con lo que se produce un cambio conformacional alostérico del
represor; con ello disminuye la afinidad del tetrámero hacia la secuencia
del operador, por lo que ahora la ARN polimerasa puede iniciar la
transcripción. El represor inactivo "emigra" a zonas inespecíficas y
aleatorias del ADN, distintas del operador.

Algunas ideas adicionales

 En realidad el inductor natural no es exactamente la lactosa, sino el

isómero alolactosa, que se origina nada más entrar aquella a la célula.
 En el laboratorio se suelen denominar los llamados inductores gratuitos:
se trata de moléculas artificiales (aunque  -galactósidos) que si bien
pueden interaccionar con el represor, no pueden ser metabolizadas (a
diferencia de la lactosa). Un ejemplo es el llamado IPTG (isopropil- -D-
tiogalactósido).
 Se ha visto que el operón lac tiene de hecho tres secuencias de tipo
operador. La denominada O1 es la "clásica", parcialmente superpuesta con
el promotor, pero también hay que contar con la O 2, centrada hacia la
coordenada +440 del ARNm, y la O3, bastante aguas arriba respecto del
promotor (centrada hacia -82). Se ha propuesto que los tetrámeros del
represor reconocen simultáneamente dos de estas secuencias, obligando al
ADN a curvarse de modo pronunciado, evitando así que pueda actuar la
ARN-polimerasa.
 En Ingeniería genética se suele usar a menudo componente del
operón lac. Por ejemplo, se puede recurrir al promotor lac (bien sea en su
versión silvestre o en algún mutante) para lograr la expresión de ciertos
genes. Uno de los usos más extendidos es el del gen lacZ, determinante de
la  -galactosidasa. Cuando las células de Escherichia coli silvestres
respecto de lacZcrecen en presencia del X-gal (un galactósido artificial),
las colonias tiene un aspecto azul, debido a que la  -galactosidasa
transforma dicho X-gal en una sustancia de color azul. Pero si el
gen lacZ está inactivado (p. ej., porque tenga una delección o una
inserción), las colonias son de color blanco.

Este tipo de dispositivo regulador es propio de rutas catabólicas, donde el

principio de economía debe garantizar que las enzimas de la ruta sólo se induzcan
en presencia del sustrato adecuado.
Como ya apuntamos más arriba, varios operones distintos pueden estar sometidos
al mismo tipo de regulación por un determinado estímulo ambiental,
constituyendo una unidad de regulación denominada regulón. Por lo tanto un
mismo tipo de proteínas represoras (y en general, un mismo tipo de proteínas
reguladoras) pueden interactuar sobre operadores correspondientes a diferentes
operones, situados en lugares muy distintos del cromosoma. Cada tipo de
molécula reguladura (ya sea represor o -en el caso de la regulación positiva- ya
sea activador) reconoce un tipo de secuencia característica en el ADN, situada
por lo general cerca del promotor.

Los operadores pueden estar situados de forma distinta en relación con los
correspondientes promotores sobre los que influyen:

 en posición 3' respecto del promotor;

 en posición 5' respecto del promotor;
 superpuestos parcialmente con el promotor;
 incluso algunos forman parte de la región inicial de ADN que se llega a
transcribir.

Algunos operones, como el gal de Escherichia coli poseen dos promotores, dos
operadores, y están sometidos a dos proteínas represoras diferentes

2.1.2.2. EJEMPLO DE CONTROL NEGATIVO Y REPRIMIBLE: el caso

del operón trp de E. coli

La regulación negativa y reprimible es muy apropiada y económica para

"desconectar" la transcripción de los genes de rutas biosintéticas de
intermediarios metabólicos (como aminoácidos, bases nitrogenadas y vitaminas)
cuando los productos finales de estas rutas están disponibles a la bacteria a partir
del medio de crecimiento. En estos sistemas, a diferencia de la regulación de
operones catabólicos, la proteína reguladora es inactiva en sí misma, por lo que
recibe el nombre de aporrepresor. El efector que desencadena la represión se
denomina correpresor, y suele ser la sustancia del medio equivalente al producto
final de la ruta biosintética. La unión del correpresor con el aporrepresor genera
un complejo denominado represor activo.

El operón trp ded Escherichia coli está compuesto por:

  Cinco genes estructurales en la secuencia trpEDCBA. Codifican cinco
polipéptidos que a su vez constituyen tres enzimas implicadas en el paso
de corísmico a triptófano.
 Promotor
 Operador (superpuesto al promotor).

A la zona del operador se pueden unir dímeros del elemento regulatorio en trans:
un represor codificado por el gen trpR (que está lejos del operón estructural).

Entre el promotor y el inicio del primer gen estructural existe una zona
regulatoria compleja (líder más atenuador) que interviene en un tipo de
regulación distinta que estudiaremos más adelante. Como ya dijimos, son muy
frecuentes los sistemas genéticos sometidos a varios niveles de regulación. La
biosíntesis del triptófano posee tres niveles distintos:

 inhibición metabólica feed-back (alostérica) de los enzimas por parte del

producto final de la ruta (el triptófano);
 el triptófano procedente del medio actúa como correpresor que activa al
apo-represor, originalmente inactivo, producido por el gen regulador
(trpR);
 atenuación (que veremos más adelante), consistente en la terminación
prematura de la transcripción a nivel de la secuencia líder del ARNm.

Así pues, en esta apartado consideraremos sólo el funcionamiento del

sistema trp en cuanto al mecanismo de represión-desrepresión:

 En un medio pobre en aminoácido triptófano: el gen trpR se expresa: se

sintetiza el aporrepresor inactivo, por lo que la ARN polimerasa puede
transcribir el operón de genes estructurales (trpEDCBA). Hay síntesis de
las enzimas del operón a sus niveles desreprimidos.
 En un medio rico en triptófano: el gen trpR se expresa igualmente: se
sintetiza aporrepresor inactivo, pero al unirse a dos moléculas de
triptófano que la bacteria ha captado del medio se produce un cambio de
conformación que genera el represor activo (aporrepresor + correpresor):
ahora reconoce y se une a la secuencia del "operador" (que está solapado
con el promotor). Así se impide la transcripción del operón, aunque no
totalmente. Esto da lugar al nivel de expresión basal o reprimido (que en el
caso de este operón representa 1/60 del nivel desreprimido).
Además, en medio rico en triptófano, el gen regulador trpR se ve reprimido por
su propio producto (aporrepresor + triptófano). Estamos ante un ejemplo de
regulación autógena: el nivel de represor está autocontrolado:

 Si existe demasiado represor, se impide la síntesis de más represor;

 Si existe poco represor se posibilita la transcripción del gen trpR.

2.1.2.3. CONTROLES POSITIVOS

Algunos operones bacterianos poseen promotores tales que no pueden ser usados
eficientemente por la ARN polimerasa de forma directa para el inicio de la
transcripción, sino que además, requieren proteínas auxiliares activadoras. Es
decir, la transcripción de estos operones no ocurre (o en todo caso ocurre a un
nivel basal bajo), a no ser que la proteína activadora se una a zonas del ADN
cercanas al promotor (normalmente al lado 5' respecto del promotor). Este tipo de
promotores carecen de las secuencias típicas -35 y -10 a las que ya hemos
aludido anteriormente

Como ejemplo de regulación positiva del inicio de transcripción estudiaremos la

que existe en el operón lac de E. coli:

Para comenzar, recordemos el comportamiento de una población de esta bacteria

cuando en su medio de cultivo existen dos fuentes de carbono: glucosa y lactosa.
Como ya sabemos, se da un crecimiento en dos fases llamado crecimiento
diáuxico: durante una primera fase, las bacterias aprovechan solamente la fuente
más rica de carbono (la glucosa), creciendo de modo exponencial durante unas
cuantas generaciones, hasta que agotan esta glucosa. A continuación se entra en
una corta fase de tipo estacionario, que conduce a una nueva fase de crecimiento
exponencial (aunque con un coeficiente  menor que el de la fase exponencial
anterior) debido a que en ésta las bacterias han pasado a metabolizar la lactosa.

Mientras exista glucosa en el medio de cultivo, no se degrada la lactosa, debido

al fenómeno conocido como "represión catabólica": el catabolismo de la glucosa
"impide" de alguna manera que se expresen los genes del operón de la lactosa.
Pero una vez que la glucosa se agota, el operón lac se activa y se expresa: se
sintetizan las enzimas que permiten metabolizar la lactosa. La fase estacionaria
representa el tiempo que tardan las bacterias en "conectar" y expresar los genes
del catabolismo de la lactosa.
El nombre de "represión catabólica" se puso en un momento en el que se
desconocía la base molecular de su funcionamiento. A pesar de que sigamos
usando este nombre por motivos históricos, hoy sabemos que este fenómeno es la
manifestación de un proceso de regulación genética positiva. A continuación
pasamos a describirlo a nivel molecular (consultar esquema):

En breves palabras, lo que ocurre es que en presencia de una fuente rica de

carbono (como es la glucosa) el mecanismo de regulación positiva del
operón lac se inactiva. Por contra, en ausencia de glucosa y en presencia de la
lactosa, este mecanismo es funcional, lo que permite la estimulación del inicio de
la transcripción del operón.

Elementos del circuito regulatorio:

 gen crp: codifica la proteína regulatoria: sintetiza un polipéptido que

forma espontáneamente dímeros, constituyendo la denominada proteína
relacionada con la represión catabólica (CRP), también conocida como
proteína que une AMPc (CAP). Tal como es sintetizada por el gen crp, la
proteína CAP es inactiva (apoinductor inactivo). Pero cuando la bacteria
posee niveles adecuados de AMPc (que actúa como inductor), éste se une
a la CAP, lo que conduce a que el dímero cambie de conformación: en esta
nueva configuración el complejo CAP-AMPc reconoce una secuencia
palindrómica cercana al promotor del operón lac (hacia su lado 5'), y actúa
como activador del inicio de transcripción de este operón.
 gen cya: codifica la adenilato-ciclasa, enzima que convierte el ATP en
AMPc.
 operón lac: a la descripción que ya dimos, solamente añadir que a la
izquierda (o sea, al lado 5'o "aguas arriba") del promotor existe una
secuencia palindrómica característica, que como acabamos de ver es el
lugar de reconocimiento del complejo activador CAP-AMPc.

Veamos, pues, el funcionamiento del circuito regulatorio:

Ante todo, hay que tener presente que el nivel intracelular de AMPc está en
relación inversa con la velocidad de crecimiento de la bacteria. A su vez, la
velocidad de crecimiento está en relación directa con la "riqueza" de la fuente de
C.

 En presencia de glucosa (fuente rica de C): como se recordará, en

Enterobacterias la glucosa es transportada por el sistema de
fosfotransferasa (sistema PTSGLC, un ejemplo típico de transporte activo
 acoplado a translocación de grupos). Como es sabido, en este sistema hay
dos enzimas específicas del azúcar a nivel de membrana, que reciben
secuencialmente el fosfato (P), que a su vez será transferido a la glucosa,
que de esta forma entra al citoplasma. Mientras exista glucosa, el sistema
PTSGLC estará funcionando, de modo que apenas habrá nivel de E-
IIAGLC fosforilada, porque rápidamente el fosfato es transferido a la
glucosa en su tránsito por la membrana (bajo E-II GLC~P). Ello supone una
señal que inhibe a la enzima adenilato-ciclasa. Esto supone que en
presencia de glucosa, los niveles de AMPc son bajos. Por lo tanto, el
apoinductor CAP, aunque se está sintetizando, permanece inactivo, ya que
al no haber apenas AMPc no puede cambiar de conformación. Esta es la
base molecular del fenómeno de "represión catabólica": obsérvese que en
realidad no es una auténtica represión, sino que se trata de la no activación
de la proteína activadora, debida en última instancia al catabolismo de la
glucosa. Además, la presencia de E-IIA sin fosforilar inhibe directamente a
la -galactósido permeasa que pueda haber en la membrana, por lo que
tampoco la lactosa externa puede entrar a la célula.
 En ausencia de glucosa: el sistema PTSGLC no está transportando glucosa,
por lo que ahora sí hay altos niveles de E-IIA GLC (y bajos de la versión
fosforilada). El sistema ahora no envía la señal inhibidora de la actividad
adenil-ciclasa : se sintetizan niveles elevados de AMPc. Ëste se une a los
dímeros de CAP (=CRP); el concomitante cambio de conformación
permite al complejo CAP-AMPc reconocer su secuencia-diana
palindrómica cerca del promotor de lac. En esta interacción con su
secuencia-diana, la CAP obliga al ADN a curvarse unos 90 o Ahora la CAP
interacciona con las subunidades  de la ARN polimerasa, de modo que
ahora sí puede efectuar el inicio de la transcripción con gran eficiencia.

Así pues, hemos completado el estudio de la regulación del operón lac. En

resumidas cuentas, cabe resaltar que se trata de un operón sometido a dos tipos
de controles del inicio de la transcripción:

 regulación negativa, con inducción en presencia de lactosa

 regulación positiva, por activación

Por lo tanto, el operón lac, para que pueda transcribirse a pleno rendimiento
requiere que se cumplan dos condiciones simultáneamente:
 1. No debe haber en el medio una fuente más rica de azúcar, como la glucosa
(que libera la "represión catabólica" por el mecanismo de regulación
positiva a través de CAP)
2. Debe existir el inductor exógeno (la lactosa), que inactiva el mecanismo de
regulación negativa.

En Enterobacterias, lo que acabamos de describir para el operón lac lo podemos

hacer extensivo a otros operones correspondientes al catabolismo de otras fuentes
de C más pobres que la glucosa. Es decir, mientras exista glucosa en el ambiente
de la bacteria, ésta será usada en primer lugar, de modo que mientras se
metaboliza está operando el fenómeno de "represión catabólica". Pero una vez
agotada, y suponiendo que exista una fuente alternativa de C, ésta pasará a ser
usada, merced a la activación genética mediada por el complejo CAP-AMPc.

Ejemplos de otros operones controlados positivamente por CAP-AMPc:

 operón ara (del catabolismo de la arabinosa);

 operón gal (del catabolismo de la galactosa);
 operón mal (del catabolismos de la maltosa).

Este conjunto de operones diferentes que están regulados por la proteína CAP se
denomina regulón CAP.

En otras bacterias el fenómeno de represión catabólica no depende de AMPc-

CAP, sino que la regulación positiva de operones catabólicos de azúcares
distintos de la glucosa está mediada por proteínas activadoras diferentes.

Concluiremos nuestro estudio de los controles genéticos del inicio de la

transcripción aludiendo brevemente a algunas de las variantes que podemos
encontrar en los modelos de operones bacterianos:

 operones con más de un promotor o/y operador, cada uno de los cuales
funciona en respuesta a un tipo de estímulo o situación ambiental
diferente, mediatizado a su vez por distintos tipos de proteínas
reguladoras.
 operones con promotores internos, situados dentro de la porción
transcribible, y que responden a una regulación diferente del promotor
principal (colocado al inicio del operón).
  operones con terminadores de transcripción en las regiones
intercistrónicas. Permiten "dosificar" la proporción relativa de los
productos codificados por cada gen del operón, cuando esta dosis no tiene
por qué ser equimolecular.
 pares de operones que se transcriben en sentidos opuestos entre sí, y que
usan un mismo promotor divergente.
 proteínas reguladoras que pueden actuar como activadoras o como
represoras, dependiendo de las condiciones ambientales. Ejemplo: el
regulón mal (del catabolismo de la maltosa) consta de cuatro operones que
están controlados por el producto del gen malT. En ausencia de maltosa, el
producto actúa como represor de los operones mal. En presencia de
maltosa, la proteína MalT cambia de conformación y se convierte en
activador de la transcripción de esos operones.

No podemos olvidar aquí un tipo de operones transcribibles por holoenzimas de

la ARN-polimerasa con subunidades  alternativas a la "estándar" 70 que
requieren para su transcripción eficiente la colaboración de proteínas activadoras
especiales que reconocen secuencias de ADN situadas a bastante distancia aguas
arriba respecto del respectivo promotor. Por ejemplo, en muchas bacterias Gram-
negativas hay operones con un tipo de promotor especial (cuyas secuencias
conservadas, centradas em -24 y -12 son diferentes a las citadas hasta ahora)
reconocido sólo por la versión de la ARN-polimerasa provista de la
subunidad 54. Pues bien, para la transcripción de este tipo de operones
(llamados ntr) se requiere la concurrencia de la proteína reguladora NtrC
fosforilada, que reconoce una secuencia palindrómica a unas 100 pb aguas arriba
del promotor. Al parecer, la unión de oligómeros de NtrC~P a sus secuencias de
reconociemiento hace que el ADN se curve, de modo que esas NtrC~P hacen
contacto con la ARN-polimerasa, y tras gastar ATP ayudan en el inicio de la
transcripción.

2.2. REGULACIÓN POR ATENUACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN.

La atenuación es un mecanismo de control que se da en ciertos operones de rutas

biosintéticas (sobre todo de aminoácidos), por el cual una onda de transcripción
recién iniciada puede terminar prematuramente en una zona denominada
atenuador, antes de alcanzar al primer gen estructural de ese operón.
A nivel de ADN, el atenuador está situado entre el promotor y el inicio del primer
gen estructural, dentro de la porción que a nivel de ARN representa al "líder".

La atenuación se produce por un control ejercido por la traducción, que a su vez

responde al nivel intracelular del ARNt cargado con el aminoácido de la ruta
biosintética en cuestión:

 si existe suficiente nivel de ese aa-ARNt, habrá atenuación de la

transcripción;
 si no existe suficiente de ese aa-ARNt, no habrá atenuación, y por lo tanto
la transcripción continuará hasta el final.

La presencia o ausencia del aa-ARNt concreto determina si el ribosoma puede

traducir, o no, una zona temprana del ARNm (dentro de la porción del líder): si el
ribosoma puede traducir esa zona (porque existe nivel de ese aa-ARNt), el avance
del ribosoma detrás de la ARN polimerasa impide ciertos emparejamientos
intracatenarios dentro del ARNm naciente, pero permite otros emparejamientos
alternativos de modo que se forma una estructura secundaria de tipo terminador
simple (independiente de  ). Por lo tanto la ARN- polimerasa se atranca en esta
horquilla y finalmente se separa, deteniéndose así la transcripción antes de que la
onda de transcripción haya alcanzado al primer gen estructural.

Mecanismo molecular de la atenuación: lo estudiaremos con el caso del operón

de la biosíntesis del triptófano (trp), el primero en investigarse (por Yanofsky).

Primeras evidencias sobre el mecanismo de la atenuación del operón trp:

 Ya hemos visto que el operón trp está sometido a una regulación negativa
por represión. Pero se comprobó que esta no debía ser la única manera de
regulación, ya que las mutaciones inactivadoras del gen trpR (del represor)
aún dejaban un cierto nivel de espresión del operón estructural en ausencia
de triptófano).
 Por otro lado se comprobó que las mutaciones en el gen del ARNt Trp y en
el de la Trp-ARNt-sintetasa, así como en los genes cuyos productos
intervienen en la modificación del ARNt Trpincrementan la expresión del
operón trp. Se podía colegir que el operón trp tiene otra regulación
dependiente de la detección de los niveles de Trp unido al correspondiente
ARNTrp.
 Dicha nueva regulación no se ejerce sobre las clásicas zonas reguladoras
del operón (promotor, operador), sino sobre una secuencia de ADN (a la
que se llamó atenuador) situada entre el final del promotor y el inicio del
 primer gen estructural del operón trp. Ello se dedujo porque la delección
de dicha zona suprimía en cis este nivel de regulación dependiente del
ARNtTrp.
 Los dobles mutantes inactivados para el gen trpR y para el atenuador sí
mostraban ya expresión constitutiva del operón trp en presencia de
triptófano en el medio.

Descripción del operón trp (consultar figura):observar la zona del promotor-

operador (sobre la que ya vimos en un apartado anterior que se ejerce un
mecanismo de control negativo por represión); observar la secuencia líder, al
comienzo del ARNm, antes de la porción codificadora del primer gen (trpE). Este
líder consta de 162 bases, y en su interior alberga una corta región con capacidad
potencial de ser traducida por ribosomas: nótese que el péptido que se sintetizaría
a partir de esta porción es rico en trp, es decir, tiene una alta proporción del
mismo aminoácido objeto de la síntesis dependiente del operón trp.

Como ya dijimos antes, la clave de la regulación estriba precisamente en el líder

(incluyendo la porción del péptido rico en triptófano). La porción de ARNm
correspondiente al péptido del lider forma parte de una zona que puede adoptar
estructuras secundarias distintas y alternativas, debido a la posibilidad de
establecer emparejamientos intracatenarios:

 bien se emparejan la zona 1:2 y la 3:4;

 o bien se empareja la 2:3, quedando la 1 y la 4 sin emparejar.

Pues bien, la estructura en horquilla formada por el emparejamiento de 3:4

constituye un típico terminador de la transcripción independiente de  .

Pasemos, pues, al funcionamiento del mecanismo de atenuación:

 Si existe suficiente triptófano en el medio: la bacteria capta triptófano, y

sintetiza el triptofanil-ARNt (ARNt trp); habrá "pool" suficiente de este
ARNttrp como para poder ser usado normalmente en la síntesis de
proteínas. La ARN polimerasa va transcribiendo el operón trp, y detrás de
ella los ribosomas comienzan a cubrir la zona del péptido dentro de líder
del ARNm. Tras traducir la porción 1 del líder, el ribosoma cubre
enseguida y traduce la porción 2. Mientras tanto, la ARN-polimerasa acaba
de transcribir las porciones 3 y 4. La porción 3 se empareja
espontáneamente con la 4. (Obsérvese que a la porción 3 no le queda más
remedio, ya que la porción 2, con la que teóricamente también puede
emparejarse no está disponible, ya que está "oculta" -cubierta- por el
 ribosoma). Consecuencia: al formarse la horquilla 3:4, seguida por la ristra
de uracilos (U), se constituye un típico terminador de transcripción
independiente de  : se termina prematuramente la transcripción (antes de
que la onda de transcripción haya alcanzado al primer gen
estructural, trpE): este es precisamente el fenómeno de atenuación.

NOTA: recuérdese que, aparte de la atenuación, el operón trp está

sometido a control por represión. Estas dos regulaciones pueden
superponerse, y cada una supone una disminución del nivel basal de
transcripción de ese operón en ausencia de control:

o la atenuación hace bajar 10 veces el nivel basal;

o la represión hace bajar 60 veces el nivel basal;

o las dos juntas, obviamente, suponen una reducción de 600 veces

sobre el nivel basal.
 Si el triptófano es limitante en el medio: la bacteria dispondrá de pocos
ARNt cargados on el aminoácido triptófano (o sea, el "pool" intracelular
de ARNttrp estará a bajos niveles). El ribosoma, al llegar a los codones de
triptófano dentro de la porción codificadora del líder, se quedará
"atrancado", debido a que no encuentra el ARNt trp que introduzca el
triptófano frente a dos codones seguidos para ese aminoácido. El ribosoma
se queda, pues, detenido en la porción 1. Mientras tanto, la ARN
polimerasa "le va sacando ventaja" al ribosoma, de modo que transcribe la
porción 2, luego la porción 3... pero antes de terminar con la porción 4, la
2 y la 3 se emparejan entre sí (de modo que es ahora la 4 la que se queda
sin emparejarse). Esto implica que ya no se puede formar la estructura
secundaria 3:4 seguida de varios U: por lo tanto, no hay terminación de la
transcripción, sino que ésta continúa y abarca a todo el operón trp, y
finalmente se sintetizan las enzimas biosintéticas que conducirán a la
síntesis del aminoácido triptófano.

Otros casos de atenuación:

La atenuación es un sistema de control genético de una amplia variedad de
operones biosintéticos, especialmente de aminoácidos. Otros ejemplos
descubiertos después del sistema trp:

 operón his: síntesis de histidina;

 operón phe: síntesis de fenilalanina;
 operón leu: síntesis de leucina;
 operón thr: síntesis de treonina;
 operón ilv: síntesis de isoleucina y de valina.

Algunos de estos operones (como el his) sólo poseen atenuación como

mecanismo de control, mientras que otros gozan, además de regulación por
represión.

Los ARNm de cada uno de estos operones posee en su inicio una porción líder
más o menos larga, pero con las características que ya hemos visto:

 contiene un marco de lectura abierta (ORF=open reading frame) con

capacidad potencial de codificar un péptido rico en el aminoácido que la
ruta correspondiente debe sintetizar. Por ejemplo: La ORF del líder del
operón his codifica un péptido de 17 aa., de los cuales 7 son histidina. La
ORF del líder del operón leu codifica un péptido de 28 aa., de los cuales 4
son leucinas.
 el líder del ARNm puede formar estructuras secundarias alternativas,
incluyendo un atenuador (es decir, una estructura en horquilla seguida de
ristra de uracilos, que actúa como un poderoso terminador prematuro de la
transcripción).

En resumen: La atenuación es un mecanismo que permite detectar los bajos

niveles intracelulares del aminoácido en cuestión (bajo la forma de aminoacil-
ARNt), los cuales dependen a su vez de bajos niveles del aminoácido en el
medio, de modo que la bacteria responde a las necesidades inmediatas de ese
aminoácido (que se requiere para la síntesis proteica). El mecanismo estriba en la
capacidad o incapacidad del ribosoma para atravesar la región líder, lo que a su
vez determina la formación de estructuras secundarias alternativas en el líder.
Como se puede constatar, la atenuación es un mecanismo que depende totalmente
del estrecho acoplamiento que existe en bacterias entre transcripción y
traducción.
2.3. PROCESAMIENTO DE ARN EN BACTERIAS

Como ya sabemos, en eubacterias, a diferencia de eucariotas, no existen

mecanismos de regulación genética por procesamiento (maduración) de ARN
primarios. La única excepción la constituye el hecho de que los ARN
ribosómicos y ARN transferentes se sintetizan a partir de ARN precursores que
son madurados de forma específica hasta dar las moléculas funcionales
respectivas. Pero aquí no estamos propiamente ante un sistema de control
genético para adaptación al medio, sino que se trata de un mecanismo
constitutivo.

3. REGULACIÓN GENÉTICA A NIVEL DE

TRADUCCIÓN
Un primer caso de regulación traduccional lo constituye el simple hecho de que
distintos ARNm (correspondientes a operones diferentes) presentan diferentes
eficiencias a la hora de su unión a los ribosomas. Ello condiciona que el conjunto
de los mensajeros de una misma bacteria exhiba amplios rangos de tasas de
traducción (con diferencias de hasta 3 órdenes de magnitud -unas miles de veces-
entre unos y otros).

Pero aparte de ese mecanismo general e inespecífico, existen dos sistemas

"refinados" para regular la expresión a nivel de la traducción:

1. por proteínas que "ocultan" el sitio de unión inicial del ARNm al ribosoma
(o sea, enmascarando la región de inicio de la traducción, que incluye la
secuencia de Shine-Dalgarno);
2. por un ARN regulador antiparalelo que forma un híbrido de ARN de
cadena doble con la porción 5' del mensajero, con lo cual igualmente deja
inservible la secuencia de Shine-Dalgarno.

Veamos un ejemplo de cada uno de estos mecanismos:

3.1. REGULACIÓN DE LA SÍNTESIS DE PROTEÍNAS RIBOSÓMICAS

Como vimos en el tema 10, los ribosomas bacterianos son estructuras

supramoleculares complejas formadas por dos subunidades (30S y 50S), a base
del ensamblaje de proteinas ribosómicas (proteínas S de la subunidad pequeña y
proteínas L de la subunidad grande) y ARN ribosómicos. La cantidad de
ribosomas de una célula depende de la tasa de crecimiento: en un medio pobre o
con limitación de algún nutriente la cantidad es menor (p. ej., 20.000) que en un
medio rico (p. ej., 70.000). Aunque las proteínas ribosómicas y los ARNr se
sintetizan independientemente, la regulación de la síntesis de las proteínas
ribosómicas está acoplada al nivel de ARNr libres, por un mecanismo en el que si
el nivel de los ARNr libres es bajo (porque casi todos esos ARNr ya se han unido
a las correspondientes proteínas ribosómicas) alguna de las proteínas ribosómicas
"en exceso" se une a su propio ARNm, impidiendo la ulterior traducción de éste.

Los genes de:

 las distintas proteínas ribosómicas (proteínas S y proteínas L);

 los factores de elongación (EFTu, EFG);
 las subunidades de la ARN polimerasa (ß, ß', etc)

se disponen formando varios operones (dispersos en distintos loci del cromosoma

bacteriano). Todos estos operones de genes codificadores de productos
implicadas en la biosíntesis de proteínas están sujetos a una regulación
autogénica a nivel de traducción.

La base de esta regulación consiste en lo siguiente:

 en cada uno de estos operones una de las proteínas codificadas (que es

siempre una proteína ribosómica) actúa a su vez como inhibidora de la
traducción de (al menos una parte) del ARNm del operón que la codifica
(regulación autogénica).
 En cada caso esta proteína, en su papel de proteína ribosómica, se une
directamente, y con gran afinidad, a un ARNr específico, reconociendo
una estructura secundaria concreta de éste. (Esto forma parte del proceso
normal de ensamblaje de los ribosomas a partir de los distintos tipos de
ARNr y de proteínas ribosómicas).
 Ahora bien, si la bacteria se encuentra en una situación en la que ya no
existe ARNr libre como tal, sino que todo el ARNr está ya participando de
ribosomas ensamblados, la proteína ribosómica-reguladora se une ahora a
una región del ARNm propio (que la codifica a ella y a otras proteínas
ribosómicas). ¿Por qué se une y cuál es el efecto?

La proteína ribosómica-reguladora, al no encontrar la estructura

secundaria del ARNr se une ahora a una estructura secundaria muy
similar en el propio ARNm, ocultando la secuencia de Shine-
Dalgarno. Por lo tanto, no hay traducción del propio tipo de
 mensajero: el efecto neto es que desciende el nivel de proteínas
ribosómicas en respuesta a una escasez de ARNr.

Significado biológico de esta regulación:

 El uso de proteínas ribosómicas que se unen a ARNm como reguladores

negativos autógenos de la traducción supone un mecanismo que garantiza
la estrecha relación molar entre síntesis de proteínas ribosómicas y ARNr.
Esto implica que no exista un exceso de proteínas ribosómicas en relación
con el ARNr, o sea, se logra que se sinteticen la cantidad justa de proteínas
ribosómicas que puedan ensamblarse con los respectivos ARNr.
 De esta manera se consigue que el nivel de proteínas ribosómicas se
corresponda armónicamente con la velocidad de crecimiento de la
bacteria, la cual influye sobre el nivel del ARNr. (La influencia de la
velocidad de crecimiento sobre la síntesis de ARNr y ARNt la veremos en
el apartado 2.7.1).

3.2. REGULACIÓN DE LA TRADUCCIÓN POR MEDIO DE ARN

ANTISENTIDO

Todos los sistemas de regulación que hemos estudiado hasta ahora se basan en la
existencia de elementos reguladores en trans (o sea, difusibles y actuantes "a
distancia") que son siempre proteínas. Fue una sorpresa el que a mediados de los
años de 1980 se descubrieran sistemas de regulación dependientes no de
proteínas, sino de ARN reguladores en trans.

La base es la siguiente: la transcripción del "gen regulador" genera un ARN no

traducible a proteína, cuya secuencia es complementaria de la región 5' del
ARNm del gen a regular: ambos forman un híbrido de ARN de cadena doble
(c.d.) por el que queda enmascarada la secuencia de Shine-Dalgarno del ARNm:
el ARNr 16S del ribosoma no puede reconocer al ARNm y no puede traducirse el
mensajero.

4. REGULACIÓN POSTRADUCCIONAL
Todos los mecanismos que acabamos de describir están encaminados a alterar la
concentración de un(os) determinado(s) producto(s) génico(s) ante un cambio
ambiental. La combinación de dichos mecanismos permite que la síntesis de las
macromoléculas resulte económica (evitándose su producción en circunstancias
en las que no hace falta o es superflua). Sin embargo, estos mecanismos tienen
limitaciones intrínsecas:

 los mecanismos genéticos no pueden dar un ajuste fino a lo largo de una

misma ruta metabólica.
 las proteínas tienen una vida media relativamente larga. Ello implica que
pueden seguir actuando aun cuando los genes respectivos que las
sintetizaron estén "silenciosos". Es decir, teóricamente, las proteínas
podrían seguir actuando incluso en situaciones en las que ya no hacen falta
(o incluso podrían ser contraproducentes), hasta que estas proteínas se
diluyeran debido al crecimiento (multiplicación celular).

Para encarar precisamente estos problemas, la evolución ha desarrollado

mecanismos postraduccionales que permiten los necesarios ajustes finos. Los
principales tipos son los siguientes:

 Degradación de proteínas.
 Modificación química de enzimas.
 Regulación feed-back de la actividad enzimática (alosterismo).

El último tipo de regulación entra dentro de la categoría de procesos de tipo

metabólico y enzimático que se estudian ampliamente en la asignatura de
Bioquímica, por lo que aquí no insistiremos más en ellos.

4.1. REGULACIÓN POR DEGRADACIÓN DE PROTEÍNAS

La concentración de cada tipo de proteína depende esencialmente de:

 la tasa de su síntesis por los ribosomas;

 la tasa de su degradación.

Las bacterias, a diferencia de los organismos superiores, tienen una baja tasa de
"turnover" (reemplazo) de proteínas. Es decir, las vidas medias de las proteínas
bacterianas son relativamente largas.

Sin embargo, existen circunstancias especiales en las que es esencial

"desembarazarse" de ciertas proteínas de forma rápida y efectiva, para adaptarse
a un cambio ambiental. Para estos casos, las bacterias disponen de mecanismos
de degradación rápida de proteínas:

 Durante situaciones de hambre de aminoácidos se pone en marcha un

mecanismo de regulación global llamado respuesta estricta en el que, entre
otras cosas, se da una degradación de proteínas. (Lo estudiaremos más
adelante).
 Degradación de proteínas defectuosas (anormales y mutantes). Para ello
existen unas proteasas especiales, de las cuales la más importante es la
proteasa Lon, cuya actividad depende de la hidrólisis de ATP. Esta
proteasa Lon reconoce proteínas defectuosas (con desnaturalización
parcial), y las rompe en péptidos cortos, los cuales son luego digeridos por
peptidasas, para dar aminoácidos.
 Una situación especial la constituye la esporulación de Bacillus. Como se
recordará, la esporulación requiere la síntesis de nuevas proteínas para la
espora, y una serie de grandes cambios para la célula-madre. Para lograr
esto, se inducen una serie de proteasas que degradan una buena parte de
las proteínas de la célula-madre (vegetativa). Los aminoácidos derivados
de esta degradación son reutilizados para la síntesis de nuevas enzimas
necesarias para la producción de la endospora.

4.2. MODIFICACIÓN QUÍMICA DE ENZIMAS

En eucariotas es muy frecuente la estrategia de modificar la actividad de enzimas

(y en general de proteínas) por unión covalente de un radical químico. Por
ejemplo, muchos procesos están regulados por proteín-quinasas de distintos
tipos, que fosforilan a otras proteínas, lo cual permite la modulación de su
actividad biológica.

Hasta hace pocos años se creía que las bacterias no poseían este tipo de control,
pero recientemente están surgiendo numerosos ejemplos de importantes sistemas
de regulación con implicación de actividad proteín-quinasa. De hecho se ha
descubierto que numerosas bacterias poseen juegos de parejas de proteínas,
agrupables en dos tipos de "familias" (conservadas evolutivamente en distintos
grupos bacterianos). Sin embargo, aquí estamos ante un sistema en el que una vez
que las proteínas se fosforilan, se ponen en marcha mecanismos reguladores de
otro tipo, por lo que vamos a estudiarlo a continuación en un epígrafe aparte.
5. SISTEMAS DE REGULACIÓN DE DOS
COMPONENTES: SENSORES Y REGULADORES DE
RESPUESTA
Recientemente se ha descubierto que muchas bacterias poseen un tipo de
mecanismo para detectar las variaciones de su medio ambiente y regular
concomitantemente la transcripción de ciertos operones. Esta clase de regulación
se basa en pares de proteínas, en los que el primer miembro detecta el cambio
ambiental (sensor), de modo que "transmite" esa información al segundo
miembro, que es el responsable de la regulación dentro de la célula. Los distintos
sensores, a pesar de que cada uno detecta un estímulo diferente, conservan entre
sí al menos parte de su secuencia, y lo mismo ocurre con los reguladores de
respuesta, por lo que se habla de dos familias de proteínas (cada una con un
probable origen evolutivo común):

1. Familia de histidín-proteín-quinasas (HPK): Este tipo de proteínas son

las sensoras de algún tipo de estímulo ambiental. Muchas de ellas son
autofosforilables, pero su función esencial es la de fosforilar (usando el P
en situación  del ATP) al correspondiente 2º miembro de la pareja. Los
distintos sensores suelen tener en común su porción carboxiterminal,
denominada dominio transmisor (que incluye la histidina fosforilable). Los
sensores suelen ser proteínas integrales de membrana citoplásmica. Cada
sensor tiene un dominio aminoterminal característico, inmerso en el
espacio periplásmico, y de este modo "detectan" algún estímulo
procedente del ambiente. Al hacerlo, parece que cambian de
conformación, de modo que el dominio transmisor intracitoplásmico se
autofosforila y luego fosforila al correspondiente regulador de respuesta.
2. Familia de reguladores de respuesta (RR): cada regulador de respuesta,
tras ser fosforilado en cierto aspártico por su correspondiente HPK, ejerce
algún efecto regulatorio. Normalmente, los RR fosforilados actúan como
activadores de la transcripción de ciertos operones. Los distintos
reguladores comparten un mismo tipo de dominio aminoterminal,
denominado dominio receptor, que incluye el aspártico que recibe el
fosfato del sensor correspondiente. Los reguladores que actúan como
activadores de transcripción suelen incluir un dominio carboxiterminal a
base del típico motivo hélice-giro-hélice, capaz de interactuar con ciertas
secuencias de ADN.
6. MECANISMOS REGULATORIOS GLOBALES
Para finalizar este recorrido por los principales tipos de mecanismos de
regulación de la expresión génica en bacterias, vamos a referirnos brevemente a
algunos ejemplos de grandes sistemas de operones que se ven sometidos a una
regulación coordinadada común, encaminada a la superviviencia de la bacteria en
determinadas circunstancias ambientales extremas o a realizar grandes ajustes
metabólicos para adaptarse a cambios bruscos en las condiciones nutricionales.

6.1. El regulón de operones SOS:

Como ya vimos en el capítulo de "Influencia de los agentes físicos sobre las

bacterias", en determinados procariotas existe un sistema inducible de reparación a
los daños severos al ADNocasionados por agentes como la luz UV o las sustancias
alquilantes. Los genes SOS se desreprimen según el siguiente esquema:

Cuando el ADN de la bacteria está seriamente dañado, existen zonas de ADN de

cadena sencilla sin reparar. Esto constituye una señal por la que la proteína RecA
(que está en este momento a una concentración basal relativamente baja) se
modifica y se convierte en una proteasa muy específica (RecA).

La RecA rompe a la proteína LexA, que estaba reprimiendo una serie de

operones, incluyendo a recA, uvrABC, umuDC, etc. Por lo tanto, estos genes se
expresan ahora a alto nivel:

 la expresión de uvrABC induce mejora de reparación por escisión

resíntesis;
 la expresión de recA mejora reparación por recombinación;
 la expresión de umuDC favorece una síntesis "de emergencia" de ADN,
por la que se introducen frecuentes errores: hay aumento de la
mutagénesis;
 se altera la regulación del crecimiento y división celular: las células se
hacen filamentosas, muy largas, con formas anómalas.

Todos estos cambios, a pesar de las alteraciones que provocan en las células,
suponen la salvaguardia, en última instancia de su viabilidad. Cuando las
circunstancias agresivas (UV) desaparezcan, el mismo circuito regulario se
encarga de que las células vuelvan rápidamente a su metabolismo normal.
6.2. Respuesta al choque por calor ("heat-shock")

La llamada respuesta al choque por calor es un mecanismo adaptativo

compartido por prácticamente todos los seres vivos, consistente en el aumento
rápido de la síntesis de una serie de proteínas (denonimadas proteínas Hsp) ante
la elevación brusca de la temperatura por encima de la óptima, con un ulterior
descenso lento a sus niveles basales. A pesar de que esta respuesta se descubrió
precisamente ante aumentos de temperatura, se sabe ahora que en realidad se
induce ante otros tipos de agresiones o estrés ambientales (como por ejemplo,
presencia de etanol u otros solventes orgánicos en el medio, o daño al ADN). Las
proteínas Hsp protegen a las células del daño que les causaría una posterior
elevación adicional de la temperatura. Obviamente, este sistema parece que
constituye un mecanismo adaptativo de protección que, una vez que detecta
incrementos anómalos de temperatura, prepara a la bacteria para soportar
períodos relativamente largos a temperaturas por encima de la óptima de
crecimiento.

En Escherichia coli la mayor parte de los 30 genes codificadores de proteínas

Hsp forman un regulón, y los correspondientes operones son transcritos por la
versión de la ARN-polimerasa provista de la subunidad 32.

La mayor parte de las proteínas Hsp se expresan a niveles basales durante el

crecimiento normal, pero tras la agresión ambiental, aumentan abruptamente y
luego vuelven lentamente al nivel normal (aun cuando p. ej., la temperatura siga
alta). Algunas de las Hsp son proteínas celadoras ("chaperonas"; véase tema 10) que
intervienen en el plegamiento adecuado de otras proteínas. Entre estas celadoras
se encuentran GroE, DnaK, DnaJ y GrpE. Otras Hsp son proteasas (como la Lon)
que degradan proteínas demasiado anómalas. Estos papeles de las proteínas Hsp
explican por qué la respuesta al choque por calor es transitoria:

 Inmediatamente después de la agresión ambiental, las proteínas, al no

tener las concentraciones de sales y otros componentes adecuados a su
estabilidad, tienden a desnaturalizarse. La respuesta adaptativa viene
enseguida, aumentando los niveles de proteínas celadoras (que ayudan a
replegarse a las proteínas defectuosas, parcialmente desnaturalizadas) y de
proteasas (que eliminan proteínas inútiles desnaturalizadas).
 Pero una vez que ha pasado un tiempo, el medio interno de la célula ya se
ha adaptado a las nuevas condiciones, por lo que ya no hace falta un nivel
tan alto de Hsp, por lo que la respuesta va remitiendo.
Los operones del regulón del choque por calor se transcriben a partir de
promotores especiales (con su propia secuencia consenso) cuando son
reconocidos por la holoenzima de la ARN-polimerasa con la subunidad 32.
Durante el crecimiento en condiciones normales, hay muy pocas moléculas
de 32en la célula, pero cuando sube la temperatura de 30 a 42 ºC, los niveles
suben 15 veces, de modo que aumenta la transcripción de los genes del choque
térmico. Al parecer, esos niveles de 32 vienen regulados postraduccionalmente
por alguna de las propias chaperonas.

El modelo actual dice lo siguiente:

 en condiciones normales las proteínas celadoras (chaperonas) DnaK, DnaJ

y GrpE se unen a polipéptidos nacientes ayudándoles a plegarse
adecuadamente. Una de ellas (probablemente DnaK) se une también a la
poca 32, de modo que ésta no sólo no puede ayudar al inicio de
transcripción de los operones Hsp, sino que además queda inestabilizada y
es más susceptible de ataque por proteasas.
 Cuando hay un choque por calor, al cambiar bruscamente las condiciones
del medio celular, las proteínas en general tienden a desnaturalizarse, por
lo que en un primer momento las chaperonas se dedican a intentar replegar
correctamente el mayor número de proteínas. Esto significa que ahora la
DnaK tiende preferentemente a unirse a proteínas diferentes del factor 32.
Por lo tanto, la 32 intacta se va acumulando en la célula e incrementa su
actividad, y se puede producir el aumento de expresión de los operones
Hsp, incluyendo el mismo dnaK. Esto explica igualmente el fenómeno ya
comentado de que la expresión de las Hsp va volviendo poco a poco a su
nivel basal: cuando se ha acumulado una buena cantidad de DnaK
suficiente para ayudar a replegarse a las proteínas celulares, y cuando ha
dado tiempo a que las condiciones internas se ajusten a las condiciones del
estrés ambiental, vuelve a haber DnaK "libre" como para volver a unirse a
la 32, de modo que lentamente se vuelve al nivel normal de transcripción
de los genes de las proteínas del choque térmico.

6.3. La regulación de la síntesis de ARNr y ARNt

6.3.1. Respuesta estricta

En la naturaleza, las bacterias pasan a menudo períodos de hambre,

especialmente por carencia de aminoácidos, de modo que este suministro de
aminoácidos sería insuficiente para mantener la síntesis proteica. La respuesta
estricta es un mecanismo de adaptación rápida de las actividades celulares al
pasar la bacteria bruscamente de un medio rico a otro pobre en aminoácidos, o
cuando se agota la fuente de C. Consiste en un mecanismo de ahorro para
aguantar y sobrevivir a "los malos tiempos": la bacteria ahorra sus recursos y se
implica en el menor número de actividades, hasta que no mejoren las
condiciones.

Como veremos, el ajuste se realiza por medio de una rápida respuesta al nivel
general de aa-ARNt (ARN transferentes aminoacilados).

Descripción de la respuesta estricta desde un punto de vista fisiológico:

En esta situación se puede observar una variedad de cambios metabólicos:

1. Reducción masiva en la síntesis de ARN estable (o sea, de ARNr y ARNt);

esto hace que el nivel de ARN total baje a un 5-10% del normal.
2. Al bajar el nivel de ARNr, se produce un descenso en la traducción de los
ARNm correspondientes a las proteínas ribosómicas (por el mecanismo
estudiado en 3.1). Por lo tanto, baja la síntesis de proteínas ribosómicas, y
disminuye la concentración de ribosomas.
3. Se produce un descenso de una 3 veces en la síntesis de ARNm total.
Algunos mensajeros son muy "vulnerables" y prácticamente desaparecen.
4. Aumenta la tasa de degradación de proteínas, por protesas especiales.
5. Se dan grandes ajustes metabólicos: baja la síntesis de hidratos de C, de
lípidos, de nucleótidos y el transporte de nutrientes, pero
proporcionalmente aumenta la síntesis de aminoácidos.

Como resumen de todo lo anterior, se puede concluir que esta respuesta va

encaminada a: impedir por un lado acumulación de la maquinaria de traducción
(ribosomas, ARNt) que no sería útil en ausencia de un aporte exógeno de
aminoácidos; aumentar la producción de aminoácidos, tanto por degradación de
proteínas como por nueva síntesis.

Pero una vez que la célula produce los suficientes aminoácidos para las nuevas
condiciones, finaliza la respuesta estricta y la célula vuelve a sus patrones
habituales de expresión genética, aunque por supuesto adaptados al nuevo medio
(aquí entrarían en operación algunos de los sistemas habituales de regulación de
la transcripción ya estudiados).
Base molecular de la respuesta estricta:

1. Cuando la bacteria queda deprivada en su medio de algún aminoácido

(supongamos ahora que se trata del triptófano) va a haber poco ARNt
cargado con ese aminoácido (en el ejemplo, poco ARNt Trp). Por lo tanto (y
recordando algo del mecanismo de síntesis de proteínas), ese ARNt
descargado no podrá unirse al factor de elongación EF-Tu, y no podrá
entrar al sitio A del ribosoma.
2. Por consiguiente, cuando el ribosoma llegue a un codón para ese
aminoácido (en nuestro ejemplo del triptófano podría ser el codón UUU),
al no encontrar el ARNt cargado correspondiente, el ribosoma se detendrá.
3. Si la detención del ribosoma se prolonga, un ARNt descargado termina por
acceder al sitio A, aun cuando lo haga en ausencia del factor EF-Tu.
4. Esta entrada "ilegítima" del ARNt descargado estimula la actuación de una
proteína llamada RelA que se asocia al ribosoma. La proteína Rel A
cataliza la producción de un extraño nucleósido de guanosina provisto de 4
fosfatos, a partir del GDP:
5. (5') ppG + ATP --------------------> (5') ppGpp (3') + AMP
6. Por lo tanto, la célula va acumulando ppGpp, que es el que va a regular los
operones de los ARNr y ARNt. El mecanismo exacto de la regulación aún
no se conoce en detalle, pero parece que incluye la acción directa sobre los
promotores de esos operones así como sobre la ARN-polimerasa,
bloqueando el inicio de transcripción. Igualmente parece que inhibe la tasa
de elongación de otros operones.

6.3.2. Regulación por la tasa del crecimiento

Como ya dijimos, una bacteria tiene más ribosomas (y ARNt) en un medio rico
que en un medio pobre. No se conoce exactamente cómo se realiza este control
de la tasa de crecimiento sobre la síntesis de ARN estables, pero al parecer,
cuando la bacteria pasa a un medio pobre, algunos de los ribosomas "en paro" (es
decir, que no están traduciendo ARNm) inhiben de algún modo la síntesis de
ARNr y ARNt, y por lo tanto la célula tenderá a producir sólo la cantidad de
ribosomas que necesita en esas condiciones nutricionales. Hay indicios de que
este efecto se logra de nuevo a través del ppGpp, aunque en este caso su síntesis
no depende del gen relA, sino de otro gen denominado spoT.
[ Atrás ] [ Principal ] [ Arriba ] [ Siguiente ]

BIBLIOGRAFÍA
BEATO, M. (1991): Interacción entre proteínas reguladoras y ADN. Inv. y
Ciencia, 175 (abril): 6-18.

CELADA, A. (1991): Factores de transcripción y control de la expresión génica.

Inv. y Ciencia 179 (agosto): 42-51.

CHAMBON, P. (1980): Genes fragmentados. Inv. y Ciencia (julio): 22-35.

DARNELL Jr., J.E. (1985): ARN. Inv. y Ciencia 111 (diciembre): 36-49.

GUARNERAS, G. (1986): Retrorregulación: un nuevo mecanismo post-

transcripcional en la regulación del gen int del bacteriofago Lambda.
En: Bioquímica y Biología molecular (coordinador: L. Cornudella). Salvat,
Barcelona, págs. 452-457.

ISRAËL, A. (1991): Expresión genética: los mecanismos de una regulación.

Mundo Cient. 11 (febrero): 190-191.

JUAREZ, A. (1990): Secuencias que regulan a distancia la expresión génica en

bacterias. En "Microbiología 1990", págs. 52-58.

McNIGTH, S.L. (1991): Cremalleras moleculares y regulación genética. Inv. y

Ciencia, 177 (junio): 24-32.

NOMURA, M. (1984): Control de la síntesis de ribosomas. Inv. y Ciencia 90

(marzo): 74-80.

PTASHNE, M. (1984): Repressors. Trends Biochem. Sci. 9: 142-145.

PTASHNE, M. (1989): Activadores génicos. Inv. y Ciencia 150 (marzo): 18-25.

SNYDERS, L., W. CHAMPNESS (1997): Molecular genetics of Bacteria.

Washington DC: American Society for Microbiology Press. (Uno de los

mejores textos actualizados de genética bacteriana. Muy didáctico y
claro. Consulten especialmente los capítulos 11 y 12).
VICENTE, M. (1990): Genética molecular de la división bacteriana. En
"Microbiología 1990", págs. 59-63. Univ. de Sevilla.

WEINTRAUB, H.M. (1990): ADN y ARN antisentido. Inv. y Ciencia (marzo):

26-