BIOLOGIA CELULAR

14 - REPLICACION DEL ADN

Ciclo celular
- Ciclo celular, dos etapas:
1. Interfase
1.1. Fase G1: actividades normales de la célula.
1.2. Fase S: duplicación de todo el contenido cel y replicación del ADN.
1.3. Fase G2: transición hasta Mitosis
2. Mitosis

Características de Replicación del ADN

- En la replicación del ADN, que se produce para que el ADN se propague de generación en generación, en fase S, las dos
moleculas de ADN replicadas se mantendrán unidas por el centrómero mediante un complejo de proteínas llamadas
cohesinas. Estas dos moleculas de ADN iguales unidas se denominan cromarides hermanas. Luego en mitosis se separarán
formando cada cromatide hermana un cromosoma.
- La replicación del ADN es semiconservadora, ya que el nuevo cromosoma va a estar compuesto por una cadena nueva y
la otra preexistente.

Inicio de replicación del ADN

Origenes de replicación:
- En el enrollamiento de la cromatina en lazos, cada lazo es una unidad de replicación, que a su vez presenta multiples
origenes de replicacion. O sea que todos los lazos (unido al andamiaje por secuencias SAR) se van a empezar a replicar al
mismo tiempo a traves de sus multiples origenes de replicacion, porque sino si fuese lineal tardaria 30 dias, asi tarda 7
horas.
- Los origenes de replicacion presentan secuencias especiales de nuecleotidos, muy diferentes entre si, excepto por una
secuencia en común, la ARS.
- Los orígenes de replicacion son "activados" cuando un complejo de proteínas, ORC se une a estos, reconociendo en ellos
ciertas singularidades químicas que tienen que ver con esas secuencias especiales y la ARS.
Burbuja de replicación:
- Cada segmento que empieza a replicarse a partir de un origen de replicacion se denomina replicon.
- Por cada replicon habra una burbuja de replicación que se irá desplazando, separando las dos cadenas de la doble cadena
de ADN.
- Las burbujas de replicacion al ir abriendo las dos cadenas, el ADN toma forma de horquilla.
- La replicación terminará cuando las multiples burbujas de replicación se junten al igual que los replicones separando por
completo las dos "patas" de la horquilla.
Horquilla de Replicacion:
- Se sabe que la replicación del ADN se hace a partir de una cadena molde y a partir de la ADN polimerasa que ira a
gregando nucleotidos complementarios y uniendolos entre si segun el molde. Pero la ADN polimerasa solo puede agregar
nucleotidos en direccion 5' - 3'.
- Ahora bien, la burbuja de replicacion va abriendo las dos cadenas, que como eran complementarias va a quedar:
1. una cadena que va en direccion 3' a 5'
2. una cadena que va en direccion 5' a 3'
- Y como la ADN polimerasa solo agrega nucleotidos de 5' a 3', podrá trabajar tranquilamente en la cadena 1, pero en la 2.
se le va a complicar, quedando asi:
-> en cadena 1 habrá replicacion continua.
-> en cadena 2 habrá replicacion discontinua.
- Que haya diferencia en el tipo de replicacion de las dos cadenas (continua y discontinua) significa que la replicacion de
ADN es asimetrica.
- La replicacion de la cadena 2, discontinua implica que se vaya formando de a segmentos en la unica direccion que la
ADN polimerasa puede trabajar, o sea de 5' a 3'. Por lo que tiene que esperar a que haya suficiente "espacio" para poder
crear un fragmento en esa direccion, o sea que la replicacion va en diferentes direcciones o sea que es bidireccional.
- Además al ser asimétrica y bidireccional, se puede observar que en el ángulo de la horquilla, la cadena 1 presenta sus
nucleotidos ya replicados, mientras que en la cadena 2 no asi que se las denomina:
-> cadena 1: cadena adelantada.
-> cadena 2: cadena atrasada.
- Así en cada burbuja de replicación habrá 4 areas generadoras de ADN, dos continuas y hacia la horquilla y dos
discontinuas en direccion contraria.

Replicación de ADN en Cadena Continua

- La ADN polimerasa es la encargada de ir agregando nucleotidos de ADN complementarios a la cadena molde, e ir
uniendolos entre si. Pero la ADN polimerasa necesita de un nucleotido que le de un extremo 3' para poder empezar, no
puede ella sola proveer el primer nucleotido. Por eso el primer nucleotido es el cebador que es un ribonucleotido proveído
por la ADN primasa (ARN polimerasa especifica).
1º. el ARN cebador se une al punto del origen de replicacion. (Por lo tanto, se unirán dos cebadores en el punto de origen
de replicacion, y formaran el inicio de dos cadenas, una pa un lado continua y la otra para el otro discontinua:
bidireccional y asimetrica).
2º. la ADN polimerasa delta, ubicada en el ángulo de la horquilla, puede ir agregando desoxirribonucleotidos en direccion
5' a 3' (de la cadena molde). A las ADN polimerasas se les une una abrazadera desplizante que es como un anillo proteico
(PCNA) que se le une manteniendola en la cadena, pero no le impide que se deslice.
3º. Estos desoxirribonucleotidos son trifosfato. La energia necesaria para esto se saca de la union trifosfato de los
nucleotidos.
4º. cuando la horquilla llega al extremo del replicon, o sea que las burbujas contiguas se estan tocando hasta fusionarse, las
cadenas son unidas por las ADN ligasa, que une el extremo 3' de la primera con el 5' de la segunda.
5º. Además, el cebador es removido por una nucleasa reparadora y reemplazado por un desoxirribonucleotido
complementario a la cadena molde por una ADN polimerasa beta y unido al resto de la cadena por la ADN ligasa.

Replicación de ADN en Cadena Descontinua

- La ADN polimerasa alfa se encuentra unida a la ADN polimerasa delta, cerca del ángulo de la horquilla.
- Pero la ADN polimerasa alfa no puede agregar desoxirribunucleotidos llendo en el sentido que la obliga la ADN
polimerasa delta (o sea 3' - 5' de la cadena molde) o sea que se desliza por ella, pero no puede hacer nada.
- Por lo tanto, es la cadena molde, que deberá deslizarse a través de la ADN polimerasa alfa, llendo en direccion contraria
a la apertura de la horquilla. A partir de la ADN polimerasa alfa se identifican dos lugares, uno pre ADN polimerasa alfa
(del lado del resto del ADN) y otro post ADN polimerasa alfa (del lado del angulo de la horquilla).
- Al ir en direccion contraria, no hay lugar, y va formando un bucle.
- A medida que va deslizandose la cadena molde a través de la ADN polimerasa alfa, esta ez, si puede agregar
desoxirribonucleotidos, por lo que los va agregando quedando del lado post ADN polimerasa alfa.
- Llega un punto que toda la porcion de cadena molde, hasta llegar al cebador, formando un Fragmento de Okazaki que
está del lado post ADN polimerasa alfa formando la mitad del bucle, la otra mitad, la compone más cadena molde, de la
horquilla que se sigue abriendo.
- Finalmente, proteínas llamadas SBP actuan desarmando el bucle y volviendo al estado recto del ADN.
- Queda asi que del lado pre ADN polimerasa alfa tenemos primero al Fragmento de Okazaki recien sintetizado + otra
porcion de 200 nucleotidos molde.
- Asi el proceso se repite quedando dos Fragmentos de Okazaki
- Finalmente, una nucleasa reparadora eliminará al cebador y será reemplazado por desoxirribonucleotidos creados por la
ADN polimerasa beta.
- También actua una ADN ligasa uniendo los Fragmentos de Okazaki.

Telómeros
- Eran las secuencias de ADN de los extremos de los cromosomas.
- Por estar en los extremos de los cromosomas, estan en riesgo de ser degradados por nucleasas y fosfatasas, pero no se
degradan, ¿por que? porque se dobla sobre si mismo y prsenta un capuchon de proteínas TRF.
- ¿Y por qué se dobla sobre si mismo? Porque tiene una cadena más larga que la otra.
- ¿Y por qué tiene una cadena más larga que la otra? Porque durante la replicación, en la cadena discontínua, el última
cebador de la cadena, el que daría lugar al último Fragmento de Okazaki, no tiene extremo 3' por lo que la ADN
polimerasa alfa no puede agregar nucleotidos y este fragmento no se completa. Si no se completa es degradado por
nucleasas quedando esta 200 nucleotidos más corta que la cadena continua.
- O sea que a cada replicación, la diferencia se agranda unos 200 nucleotidos. A las 50 replicaciones, la diferencia llega
hasta el segmento transcripcionalmente activo y oh desastre! Para que no ocurra ningun desastre ni celulas defectuosas, la
célula misma manda la señal (p53) para producir apoptosis. Por eso es que se relaciona a los telomeros con el
envejecimiento.
- Pero esto no sucede en todas las células. En las células germinales de testículo y ovario esto no pasa, ya que sucede lo
siguiente:
1º. Situación: luego de la replicación, vamos a tener dos moleculas hijas de ADN, cuyas secuencias telomericas se acorto.
En cada molécula hija, aparece la telomerasa, que es una enzima proteica más una secuencia de 450 ribonucleotidos, o sea
ARNte complementarios con la secuencia de la cadena 5' a 3' e identica a la cadena 3' a 5'.
2º. La telomerasa se va a unir a la cadena 5' a 3' actuando como molde para que esta se vaya alargando. O sea se une, pero
del lado de la cadena 3' a 5' y se va corriendo para que se vayan creando los nucleotidos complementarios sobre la cadena
5' a 3'. Si sintetiza ADN a partir de un molde de ARN es una transcriptasa inversa.
3º La cadena 5' a 3' ya recuperó su largo normal. Ahora le queda la cadena 3' a 5' para hacerlo. ¿Cómo? Ahora si, la ADN
polimerasa alfa usa como molde la cadena 5' a 3' y va agregando desoxirribonucleotidos hasta completarla del todo.
- Tampoco sucede el acortamiento de los telomeros en celulas tumorales que por eso se pueden dividir eternamente y
proliferar.

Otras enzimas:
- helicasa: Es la ez encargada de ir abriendo la horquilla. Va cortando los pte H de las bases de las dos cadenas. Al estar las
dos cadenas normalmente en forma de hélice, la helicasa produce a medida que avanza, un superenrrollamiento que causa
tension en las cadenas aun no separadas. Esta tension es aliviada por la girasa y la topoisomerasa I.
- girasa: corta ambas cadenas de ADN, que giran sobre su propio eje, aliviando la tension y las vuelve a unir. La girasa es
una de las proteínas que integra el andamio proteico del ADN. El desenrrollamiento que produce es de largo alcance.
Además sirve para evitar enredos de cromatina fuera de la replicación.
- topoisomerasa I: corta una sola de las dos cadenas que gira sobre su eje y la vuelve a unir. Hay varias ez por cada lazo,
pues operan a nivel de las burbujas de replicacion. El desenrrollamiento que produce es de corto alcance. Además sirve
para evitar enredos de cromatina fuera de la replicación. También es responsable de aliviar la tensión durante la
Transcripcion.

Nucleosomas:
- Una vez sucede la replicación, las histonas se reparten al azar entre las dos moleculas hijas, mitad y mitad. La otra mitad
necesaria de histonas deberan ser nuevas.
- Para crear nuevos nucleosomas:
1º. se debe transcribir y traducir el ARN de histonas. Esto suecede en Fase S y se transcriben todos los tipos del ARN de
histonas simultaneamente. La concentración de los ARNm para histonas sube, no solo porque hay mas transcripcion, sino
porque hay menos degradacion.
2º. La histonas se integran formando nuevos nucleosomas, gracias a la proteína N1 y la nucleoplasmina apenas el ADN es
duplicado.
- La creacion de histonas fuera de la fase S sirve para reemplazar a las histonas envejecidas, cosa infrecuente pues las
histonas son muy longevas.

MUTACION DEL ADN

- La mutación del ADN puede darse por dos motivos:
1. Errores espontáneos durante la replicación.
- A su vez, estos errores, pueden traer:
a. Mutaciones génicas: un o pocos nucleotidos son afectados.
b. Aberraciones cromosomicas: el cariotipo es afectado, que puede ser:
b.1. Aberraciones estructurales: tiene que ver con cambios y errores en la estructura de algun o algunos
cromosomas.
b.2. Aberraciones numericas: hay mayor o menor numero cromosomico que el normal.
2. Ambientales

1. Errores espontáneos durante la replicación

a. Mutaciones Génicas
- Como ya dijimos, las mutaciones génicas abarcan errores sobre uno o unos pocos nucleotidos. Estos errores pueden ser:
a) Mutaciones genicas espontaneas durante la replicacion:
1. delecion de nucleotidos
2. cambio de lugar de nucleotidos
3. agregado de nucleotidos
b) Mutaciones genicas espontaneas ajenas a la replicacion:
1. Desaminación de bases, lo que cambia la naturaleza de la base, siendo que si una citosina se desamina se
convierte en uracilo y se aparea con adenina.
2. Apurinización: una base, en gral una purina, se desprende de su desoxirribosa, y el gen pierde la informacion.
- Consecuencias:
1. Cambio de marco de lectura en la transcripcion.
2. Se sintetizan proteinas aberrantes.
3. No se sintetice at all la proteína.
4. Malformaciones congenitas anatomicas: si las proteínas afectadas estan involucradas en la morfogenesis.
5. Alteraciones funcionales: por alterarse su estructura, teniendo un aa de más o de menos o diferente.
6. Trastornos metabolicos.
7. Producirse individuos mejor adaptados.
- Hay diferencia de acuerdo a qué tipo de célula es afectada. Si son células somáticas, su error no pasará a la descendencia,
a diferencia de si son células germinativas, que si pasan a la descendencia.

2. Ambientales
- Existen tre grupos de agentes ambientales que producen mutaciones:
1. Químicos
2. Radiaciones ionizantes: UV, X, gama.
3. Ciertos Virus
- Consecuencias:
-> Algunos, incrementan la aparicion de mutaciones espontáneas.
-> Otros, producen mutaciones directamente, como por ejemplo: dimeros de timina, roturas en la doble helice,
dimeros de pirimidinas...

REPARACION DEL ADN

- Por cada tipo de alteracion hay un mecanismo diferente de reparacion.
- En gral, estos tipos de reparación usan la info no alterada de la cadena complementaria para arreglar el problema. Eso si
es que una sola cadena esta afectada.
- Estos mecansimos funcionan un 99,9%.

Reparación de errores espontaneos:

Primer nivel de reparacion: ADN polimerasa
- La ADN polimerasa, a medida que va agregando desoxirribonucleotidos sobre las cadenas, va chequeando de ponerlos
bien. Si de repente comete un error, lo percibe, se detiene la replicacion, retrocede, y corrige el error, eliminando, si es el
caso, el nucleotido incorrecto, con su subunidad que tiene actividad exonucleolitica 3' - 5'. Este mecanismo se denomina
"lectura de pruebas". Una vez corregido el error se retoma la replicación. Si el error persiste o es pasado por alto por la
ADN polimerasa, se pasa al segundo nivel.
Segundo nivel de reparación: Nucleasa Reparadora
- Una nucleasa reparadora recibe una señal que le indica que nucleotido sobre que cadena debe eliminar. Lo elimina, luego
la ADN polimerasa beta sintetiza la pieza faltante y la ADN ligasa la une a los nucleotidos contiguos. Esta nucleasa
reparadora es la misma que elimina los cebadores.
Desaminaciones Espontaneas: La base convertida erroneamente en otra base es eliminada por una ADN glicosidasa
especifica.
Apurinizacion: La desoxirribosa sin base es removida por la AP endonucleasa y una fosfodiesterasa. Luego la ADN
polimerasa beta sintetiza y reemplaza el desoxirribonucleotido por uno correcto y es unido por la ADN ligasa.

Reparación de Errores por agentes ambientales:

En gral, son los mismos los mecansimos para reparar errores esponatenos de ambientales, excepto en:
Dimeros de Timina: Los dimeros de timina, causados por la incidencia de luz UV, son removidos por un sistema de
enzima especiales de esta manera:
1º. Estas enzimas reconocen la distorcion provocada por el dimero de timina.
2º. Estas, cortan un tramo de 29 nucleotidos, conteniendo al dimero.
3º. La helicasa separa a ese tramo de la cadena.
4º. La ADN polimerasa beta sintetiza a partir del molde de la otra cadena, el tramo eliminado y es unido por ADN ligasa.

Transposones
- Los transposones son genes que estan compuestos por:
1. secuencia que transcribe para una proteína llamada transposasa.
2. secuencias ubicadas en los extremos, que son iguales pero invertidas. Siendo en un extremo: ABCD y en el otro extremo
DCBA. Estas secuencias varian segun el tipo de transposon.
- La ez transposasa, al ser sintetizada, reconoce las secuencias de los extremos y a traves de ellas corta al gen, y tiene la
capacidad de ubicarlo en otro lado del ADN, como "saltando".
- Consecuencias:
-> El gen en el que se metio el transposon no se sintetiza, por eso se la llama a la transposasa, la ez de la
restriccion.
-> Se generan nuevos genes (evolucion)

Duplicaciones Genéticas
Las duplicaciones de genes, generan pseudogenes, que son transcripcionalmente inactivos, pero que por no sufrir ningun
tipo de presion selectiva, pueden acumular mutaciones y volverse activos.