El almirante Cristóbal Colón, el 14 de agosto de 1502 desembarcó en
la costa norte de Honduras en su cuarto viaje. La primera misa en
suelo continental se celebró en lo que hoy es Trujillo. No fue hasta pasados unos veinte años cuando los conquistadores españoles decidieron tomar posesión de estas tierras, en las cuales residían nativos indígenas locales; en el noroeste estaban los pueblos de influencia azteca, como los náhualt. Habitando el Valle de Naco hasta Trujillo, los descendientes del grupo mayance como los chortís abarcaban la zona de lo que hoy son los departamentos de Cortés, Copán y Ocotepeque. En cuanto a los lencas, se asentaban en un amplio territorio en lo que actualmente son los departamentos de Comayagua, Francisco Morazán, Intibucá, La Paz, Santa Bárbara y Valle. El resto del territorio estaba habitado por pueblos provenientes del sureste (Nicaragua) entre ellos los misquitos, pechs, tawakas y xicaques.1 Para colonizar este territorio había que enfrentarse a estas tribus organizadas. Según los estudios en subdivisiones, por ejemplo los cares habitaban Intibucá, La Paz, norte de Lempira y sur de Santa Bárbara; los cerquines habitaban el centro y sur de Lempira y sur de Intibucá; los potones estaban localizados al oeste del río Lempa y en territorio salvadoreño. Los lencas estaban en el Valle de Oriente hasta El Salvador.2 Antes de la Conquista española, Honduras estaba habitada por pueblos de culturas diversas, tradicionalmente se han clasificado en dos tipos culturales diferentes: Las culturas maya y tolteca. Sin embargo, La Honduras precolombina era étnica y lingüísticamente mucho más diversa de lo que esta distinción hace suponer. Los contactos españoles con la población indígena de Honduras comenzaron con el último viaje de Cristóbal Colón, quien contando ya con 66 años de edad salió de Cádiz el 9 de mayo de 1502, con tres carabelas y 150 hombres, llevando a su lado a su hermano Bartolo y a su hijo Fernando de 13 años fruto de su segundo matrimonio. El 20 de mayo tocó las Canarias; reconoció la isla de Martinica el 15 de junio, desembarcó en Dominica; recorrió la costa meridional de Puerto Rico; paso por el sur de la Española, pero no desembarcó en ella porque Nicolás de Ovando le negó la entrada en el puerto y salió a Jamaica por su costa meridional. Exploró en seguida las costas del Darién y llegó a la isla de Guanaja a la cual llamó Isla de los Pinos en la costa de Honduras. De allí siguió a Punta Caxinas (Cabo de Honduras), Colón navegó más allá de la Islas de la Bahía y poco después siguió a Punta Caxinas (Cabo de Honduras), desembarcó en Trujillo y tomó posesión de Honduras en nombre de los soberanos de España, descendiendo después hacia el sur, reconoció toda la costa de América Central y de Colombia hasta el golfo de San Blas. Descubrió las comarcas de la Mosquitia, Nicaragua y Costa Rica.. Desde su descubrimiento, el territorio de Honduras se mantuvo intacto, hasta marzo de 1524, cuando Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar a Honduras con propósitos de conquista. Posteriormente lo hicieron, Cristóbal de Olid, Francisco de las Casas, Hernán Cortés y Pedro de Alvarado. Desde su descubrimiento, el territorio de Honduras se mantuvo intacto, hasta marzo de 1524, cuando Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar a Honduras con propósitos de conquista. Éste fundó la villa de San Gil de Buena Vista y se internó en territorio hondureño pacificando a los aborígenes, luchando contra los españoles que le disputaban el territorio, así como también; esperanzado en encontrar el desaguadero del lago de Nicaragua.11 Luego, Hernán Cortés movido por los informes que había recibido sobre la gran riqueza del país, envió dos expediciones; una por tierra y otra por mar. Encargó la primera a Pedro de Alvarado y la segunda a Cristóbal de Olid. Pero este último, le traicionó. Por este motivo, Cortés salió de México, a la cabeza de una expedición que duró cerca de dos años y terminó, tras miles de peligros y privaciones, en Trujillo.
Al llegar a Honduras, Cortés introdujo el ganado y fundó la ciudad de
Natividad de Nuestra Señora,
Cortés, nombró a Hernando de Saavedra, gobernador de Honduras y
dejó instrucciones de darles buen trato a los indígenas.El 26 de octubre 1526, Diego López de Salcedo, fue nombrado por el emperador como gobernador de Honduras, en substitución de Saavedra. La siguiente década estuvo marcada por las ambiciones personales de los gobernantes y los conquistadores interfiriendo con la organización gubernamental. Los colonos españoles se rebelaron en contra de sus líderes, y los indios se rebelaron contra sus patrones, y contra los malos tratos.