En abril de 1993, un grupo de oficiales militares peruanos liberaron
anónimamente un documento detallando los eventos en La Cantuta. Su documento señalaba que el escuadrón de la muerte había secuestrado, torturado y asesinado a las víctimas enterrándolas rápidamente luego. Posteriormente, tal como se señaló durante una investigación iniciada por el Congreso, las fuerzas armadas exhumaron, incineraron, y volvieron a enterrar los cuerpos en otra ubicación. Los "informantes" militares nombraron a los miembros del Grupo Colina que participaron en el incidente, identificando al jefe de las operaciones – Mayor Santiago Martin Rivas – y señalaron que el grupo operaba bajo órdenes directas de Vladimiro Montesinos, la cabeza del Servicio de Inteligencia Nacional (SIN) y asesor del presidente Fujimori quien también tenía conocimiento de estos acontecimientos. El 6 de mayo, el General de División Rodolfo Robles Espinoza, tercer oficial de mayor rango del ejército, denunció públicamente varias violaciones a los derechos humanos cometidas por el SIN y las fuerzas armadas, incluyendo la matanza de La Cantuta. (Posteriormente fue dado de baja del ejército y fue víctima de amenazas de muerte). Finalmente huyó del país logrando el asilo político en Argentina. En junio de 1993, Justo Arizapana Vicente, un reciclador que trabajaba, y su amigo Guillermo Catacora, entregaron un plano al congresista Roger Cáceres Velásquez y al periodista de Radio Comas Juan Jara Berrospi.[3] Cáceres compartió luego el plano con la revista Sí que lo publicó en julio de ese año. Una investigación en el sitio indicado en el plano por el fiscal reveló cuatro fosas clandestinas. Los análisis forenses llevados en los restos, y en otro grupo de huesos encontrados en otro sitio, revelaron que pertenecían a Muñoz Sánchez y a varios de los estudiantes, y que al menos algunos de ellos mostraban signos de tortura y de haber sido ejecutados mediante un disparo en la nuca. Las autoridades militares iniciaron una investigación de las matanzas en mayo de 1993. Adicionalmente, en diciembre de ese año, un fiscal levantó cargos contra varios miembros del ejército. Un conflicto de jurisdicción se motivó entre los fueros militar y civil. La controversia se ventiló ante la Corte Suprema de la República la que, el 3 de febrero de 1994, decidió que no era capaz de determinar qué fuero debía aplicarse. Consecuentemente, la noche del 7 de febrero, el Congreso aprobó una ley según la cual la Corte Suprema podía decidir ese tipo de materias mediante la existencia de mayoría simple, en vez del voto unánime que se exigía. En un voto de tres a dos, la Sala Penal de la Corte Suprema decidió que el caso debía ventilarse bajo la jurisdicción militar. El 21 de febrero de 1994, el Consejo Supremo de Justicia Militar sentenció a diez de los autores a sentencias de prisión entre 1 y 20 años. Derogación de la Ley de AmnistíaEditar La Ley de Amnistía fue abrogada al final del gobierno de Fujimori en el 2000 y, el 21 de marzo del 2001, la Fiscal de la Nación, Nelly Calderón, presentó cargos contra Fujimori acusándolo de ser uno de los "coautores" de esta masacre y de la Masacre de Barrios Altos de 1991. Presentó evidencias de que Fujimori, actuando en conjunto con Vladimiro Montesinos, ejerció control sobre el Grupo Colina. Los cargos alegaban que el grupo no hubiera cometido crímenes de esa magnitud sin las órdenes expresas de Fujimori o sin su consentimiento, y que la formación y el funcionamiento del mismo fue parte de una política integral contrasubversiva que implicó sistemáticas violaciones a los Derechos Humanos.