Facultad de medicina

Biología Celular y Molecular

Segundo semestre 2018
2º Transcripción

Estructura de proteínas
Clase Viernes 7 de septiembre de 2018
Dr. Héctor Toledo
 1. Funciones generales de las proteínas
En la célula hay una cantidad gigantesca de reacciones, de procesos que ocurren y le dan sentido
a lo que es la vida en esa celular o ese organismo ya sea unicelular o pluricelular y básicamente
todos esos procesos están mediados por la participación de una proteína.
Lo que se quiere demostrar con esta imagen es que las proteínas cumplen muchas y
diversas funciones. La luciérnaga tiene la capacidad de producir luminosidad que se ve ahí y que
han visto durante la noche y aquello es una adaptación que ella tiene que le permite salir en la
noche a buscar alimentos que si no la tuviera probablemente moriría,
y ese proceso (luminosidad) es una reacción química en la cual se
rompe un enlace y al romperse ese enlace los electrones salta de un
nivel a otro, se excitan y “saltan” a un nivel mayor de energía, luego,
al volver a su estado original liberan energía en forma de luz (fotones)
lo que produce la luminosidad. Ese proceso (ruptura del enlace) está
catalizado por una enzima, las enzimas que son nuestros
catalizadores biológicos son proteínas. La luminosidad que una
luciérnaga puede producir está mediada por una proteína, y esa
proteína se llama Luciferasa. Y mediante un proceso.
En esta imagen hay una representación, de un frotis de sangre y se ven representada la
estructura de los glóbulos rojos, estos son cuerpos que tienen gran cantidad de hemoglobina
que es una proteína que esta constituida por una estructura proteica compuesta por globina y
un grupo Hem. Son proteínas que tienen unido un átomo de Fe+2 (Hierro). Este hierro unido al
grupo Hem unido a las globinas forman esta proteína que es capaz de transportar el Oxigeno
que es la Hemoglobina. La globina es la parte proteica y el grupo Hem es el que está inserta en
la proteína para que se pueda unir el hierro.
La razón de ello es muy sencilla, el Fe+2 es un elemento que tiene
esta característica de unirse el Oxigeno, pero que se puede
oxidar a Fe+3 y se produce ahí una reacción conocida como
reacción de Fenton que es muy violenta y provoca radicales libres
los cuales producen un daño importante al interior de la célula.
Esta reacción es tan violenta que incluso ataca al oxigeno de
manera tal que se producen especies reactivas del oxigeno, esta
últimas son muy dañinas para las proteínas, los ácidos nucleicos y
los lípidos que conforman la estructura de la célula. Entonces la
naturaleza, para evitar esto, (porque perfectamente podríamos
tener Fe+2 disuelto en el plasma y eso bastaría para transportar Oxigeno) inventó este sistema
en el cual en la hemoglobina el grupo Hem queda embebido en
una hendidura hidrofóbica que evita que se provoque la
oxidación del Fe+2 y así nosotros podemos transportar nuestro
O2 sin tener la dificultad de que podamos sufrir consecuencias
producto de esta reacciones que es capaz de producir daño por
la oxidación del hierro.
Por último, en el caso particular del cuerno de
rinoceronte que está compuesto principalmente por Queratina
(una proteína), la cual es la misma que compone nuestras uñas
y nuestro pelo.

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 Vemos entonces que las proteínas tienen muchas funciones como lo son una función
adaptación al ecosistema, función de transporte, estructural, de defensa (tal vez extrema en el
contexto del rinoceronte) como las Inmunoglobulinas que nos otorgan a una serie de
microorganismos que nos pueden estar atacando y que también sirven como un elemento que
ayuda a reconocer los glóbulos.
Las proteínas están implicadas en muchas actividades, en muchos procesos y nuestro
metabolismo en general está sustentado en que las enzimas (que son la forma más abundante
de proteínas en nuestras células) dan cuenta de todos los procesos metabólicos que permiten
que la célula pueda obtener la energía del medio externo o producir la energía desde el medio
interno y esa energía se ocupa para todos los procesos que dan cuenta de la vida celular.

2. Aminoácidos
Las proteínas son polímeros que están constituidos por unidades básicas que se conocen como
aminoácidos. ¿Por qué se llama aminoácido? Porque existe un función orgánica que son los
ácidos carboxílicos (COOH) el cual se encuentra unido al Carbono alfa. El carbono alfa se une a
un H (hidrogeno), al ácido carboxílico, a una cada lateral que puede tener distintas propiedades
químicas, y un grupo amino, por eso se llama alfa-aminoácido, (porque tanto el grupo amino
como el carboxílico están unidos al carbono alfa).
En este caso particular (imagen) se muestra en una forma disociada, porque los ácidos
carboxílicos son ácidos débiles y por lo tanto dependiendo del pH
en el cual ellos se encuentran va a haber un equilibrio de disociación
en el sentido de que esté más o menos disociado (el acido
carboxílico) y las bases orgánicas (como sería el caso particular del
grupo NH2) van a aparecer también dependiendo del pH en que se
encuentre el aminoácido el grupo amino más o menos protonado.
Como el pH celular es alrededor de 7.1-7.2 entonces en esas
condiciones y acordándose del pK de los ácidos carboxílicos
(alrededor de 4.0) el grupo carboxílico está desprotonado y el amino
protonado.
Existe una forma de indicar la posición
de los sustituyentes que están
relacionados en este caso particular del
Gliceraldehido que posee una isomería
relativa en relación a la posición del
grupo OH en la estructura de la molécula.
Cuando el grupo OH se encuentra en la
parte derecha de la estructura de
Fischer hablamos de D-Gliceraldehido y
que cuando el grupo se encontraba a la
izquierda nos encontrábamos ante el L-Gliceraldehido. En azucares la nomenclatura D o L está
determinada por la posición del grupo OH del penúltimo carbono de la estructura lineal del
carbohidrato. En el caso particular de los aminoácidos nosotros tenemos que el grupo amino
puede estar ubicado hacia el lado derecho o hacia el lado izquierdo siendo D-aminoácidos
cuando este se encuentre a la derecha y L-aminoácidos a la izquierda. Existen ambos tipos de
aminoácidos sin embargo, la naturaleza escogió la serie L-aminoácidos para que fueran parte de

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la estructura de las proteínas. Todas las proteínas están formadas por interacción de
aminoácidos de la serie L. No hay que confundirse con el hecho de que los carbohidratos son
todos de la serie “D”.
Sin embargo, las bacterias son capaces de sintetizar químicamente péptidos (cualquier
polímero de aminoácidos que no tenga más de 10-20 aminoácidos) pequeños con D-
aminoácidos. Se dice químicamente sintetizados porque no son sintetizados a través de un ARN
mensajero (ARNm). Algunos de estos péptidos son
cíclicos puesto que el extremo carboxilo terminal con
el extremo amino terminal están unidos. La función
que cumplen estos péptidos en las bacterias es que
actúan como señales para estudiar la población
exterior puesto que “no les gusta” a las bacterias
andar en ambientes muy “apretujados”. Por ello
liberan sustancias al medio externo y van censando la concentración creciente de dichas
sustancias, cuando la concentración es mayor a la esperada la bacteria “se da cuenta” de que
hay otras que le están “hacinando” el ambiente y comienza la secreción de sustancias cuyo fin
es matar a las bacterias que se encuentran a su alrededor. Esto lo hacen porque ellas tienen que
alimentarse, obtener nutrientes y no es conveniente que haya competencia por recursos que
son limitados. Por lo tanto estos péptidos son señales que permiten identificar el numero de
individuos de una población y también son antibióticos que terminan liquidando a algunos
individuos de la población para poder preservar el ambiente.

Volviendo a la estructura de los aminoácidos recordamos que tienen un carbono alfa al

cual están unidos el grupo amino, el carboxílico, un hidrogeno y un cadena lateral R. Esta cadena
R puede tener distintas propiedades y en el caso particular de la Alanina en la imagen anterior
es un grupo Metil (-CH3). Las propiedades de los grupos R pueden o no tener responsabilidad en
la función de las proteínas.
Nuestras proteínas están formadas por
20 aminoácidos (el Dr. Toledo dice que son 22
aminoácidos) de los cuales podemos analizar el
grupo R y clasificarlos dependiendo de sus
propiedades químicas. El set de la primera imagen
son aminoácidos no polares con cadenas
hidrocarbonadas alifáticas. Reconocemos el
Hidrogeno de la Glicina, el grupo metil de la
Alanina, el isopropil de la Valina el isobutil de la
Leucina, el Sec-butil de la Isoleucina y el grupo etil
y metil unidos por un átomo de azufre (S) en la
metionina. Son todas cadenas alifáticas no
polares y por ende hidrofóbicas. Eso es
importante reconocerlo porque en el ambiente
celular nos vamos a encontrar con ambientes que
son hidrofóbicos y otros que son hidrofílicos. Por
lo tanto se puede identificar las propiedades de
las proteínas a partir de las propiedades de los
aminoácidos que la constituyen.

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 Hay aminoácidos también en los cuales el
grupo R es un grupo polar, en los cuales la
polaridad está determinada por la presencia de
un grupo OH como en el caso de la Serina y la
Treonina, en el caso de la Cisteína es un grupo SH
que también es polar, este debido a su cercanía
en el mismo grupo de la tabla periódica presenta
una polaridad muy similar a la del grupo OH. En
el grupo R tanto de la Asparagina como de la
Glutamina encontramos la función orgánica
amida que le otorga la polaridad a la cadena
lateral debido a la mayor electronegatividad del
oxigeno respecto del carbono, sumado al hecho
del par de electrones libres del nitrógeno que
crea una estructura resonante pero que sin
embargo no alcanzan a generar un carga efectiva,
por eso son aminoácidos polares no cargados. En el caso particular de la Prolina podemos
observar una característica distintiva que es que el grupo amino esté incorporado en un ciclo,
eso hace entonces que las proteínas que tienen incorporado ese aminoácido adquieran una
polaridad distinta, porque al ir uniendo cada uno de estos aminoácidos al momento de unir
Prolina se provoca un quiebre en la linealidad de la proteína que puede ser ascendente o
descendente dependiendo de cómo dibujemos la posición de la Prolina. Entonces hay que notar
que estas propiedades van generando cambios estructurales.
Los grupos polares de Serina y Treonina son importantes porque ambos se pueden
fosforilar (unir grupos fosfato inorgánico). Hay señales que se traducen desde el exterior de la
célula hacia el interior mediante mecanismos que generan segundos mensajeros y muchas veces
esos mensajeros la señal que llevan es que hay que fosforilar. Los fosfatos no se incorporan en
cualquier parte de una proteína tiene que tener un centro reactivo, y ese centro son los grupos
OH que están presen en Serina y Treonina. Esas señales que se producen porque están esas
características en la proteína, van a permitir que las proteínas cambien su función ya sea
activándose o inhibiendo o abriendo vías de señalización que van a terminar activando o
reprimiendo genes como repuesta a la señal externa, de manera tal de que nuevamente es
relevante conocer la estructura de los aminoácidos y es relevante saber que determinado
aminoácido está en una proteína para poder comprender la función que esa proteína va
desempañar frente a (por ejemplo) procesos de traducción de señales desde el exterior al
interior celular.
Existen aminoácidos que sí van a tener una
carga efectiva en su cadena lateral R. Hay grupos que
se pueden protonar o desprotonar dependiendo del
pH del medio, y en la imagen apreciamos tres
aminoácidos con cadenas laterales cargados
positivamente debido a la presencia de grupos amino
protonados debido al pH célula. Estos aminoácidos
son básicos y corresponden a la Lisina, Arginina e
Histidina, esta última es muy particular debido a si

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 bien no tiene una carga positiva dependiendo de las
condiciones del pH se disocie un protón y quede
cargada positivamente.
En el caso particular de los aminoácidos
cargados negativamente, ocurre que tienen un grupo
carboxílico en su cadena lateral como lo son el
Aspartato y el Ácido Glutámico o Glutamato. Por lo que
tenemos dos aminoácidos cargados negativamente a
pH celular.

Por último tenemos aminoácidos en los que

el grupo R presenta una estructura aromática como
lo son el caso de la Fenilalanina, la Tirosina, y el
Triptófano. Notar que la Tirosina unido a su anillo
bencénico tiene un grupo OH por lo que al igual que
la Serina y la Treonina es susceptible de ser
fosforilada. Un hecho importante a destacar es que
estas estructuras son planas, debido a que los
carbonos que forman estas estructuras tienen
hibridación sp2. Esto es importante porque las características de plegamiento de una proteína
depende las características físico-químicas del medio y de la estructura de las cadenas laterales
de los aminoácidos que la componen. Generando que los aminoácidos puedan estar en el
“exterior” de la proteína o en el “interior” de la proteína. Si quedan hacía el interior eso significa
que hay espacios que se tienen que acomodar para que los grupos R puedan quedar ubicados
de forma apropiada y adecuada. Estos grupos que son planos calzan exactamente en posiciones
de ranura donde pueden ellos establecer interacciones que van a dar cuenta de la estructura de
la proteína.

Nosotros estamos acostumbrados a

representar a los aminoácidos con el grupo amino
protonado y el grupo carboxilo desprotonado, y en
verdad esto es lo que ocurre cuando están en
solución porque cuando no están en solución se
encuentra en la forma no iónica (izquierda en la
figura) con ambos grupos sin carga. Recordemos
que el grupo carboxílico es un ácido y un ácido es
una estructura que libera protones en solución y
un base un estructura que capta protones en solución por lo que en el medio celular que es
solución acuosa encontramos la forma disociada de los aminoácidos, en la cual hay una carga
negativa (ácido carboxílico) y una carga positiva (grupo amino) y la carga neta es cero.
Como hablamos de grupos ácidos y básicos esta disociación es dependiente del pH. A un
pH extremadamente ácido el grupo carboxílico va a estar totalmente protonado al igual que el
grupo amino, al aumentar la concentración de protones alcanzo el equilibrio hacia la forma
protonada que tiene carga neta positiva +1.

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 A medida que se va disminuyendo la concentración de protones agregando equivalentes
de base, el protón del acido carboxílico comienza lentamente a disociarse y mas o menos al pH
4 ya tengo el grupo completamente desprotonado. Hay un rango de pH en que solo existe la
forma Zwitterion (COO- y NH3+). Si se siguen agregando equivalentes de OH se va a empezar a
desprotonar el grupo amino y va a empezar a desaparecer la forma Zwitterion en pos de la forma
con ambos grupos desprotonados la cual tiene carga negativa. En nuestras células, a pH celular
(7.1-7.2) lo que hay es un pequeña cantidad de la estructura completamente desprotonada y
una gran cantidad de los aminoácidos presentes en la estructura Zwitterion. Entonces, cuando
una persona venga en una condición fisiopatológica podría ser una acidosis, que lo que estaría
haciendo esa persona es perder la forma desprotonada por el pH está desplazando el equilibrio
y en el caso de la alcalosis el equilibrio se desplaza hacia la estructura desprotonada. Importante
destacar que el grafico ilustra lo acontecido con la Glicina y que la distribución de las especies
químicas en función del pH cambia de un aminoácido a otro dependiendo de la cadena lateral R,
puesto que algunos aminoácidos tienen más de un
grupo amino o carboxílico y eso influirá en que
forma adopten a determinado pH.
En la imagen vemos ahora que sucede al
hacer una curva de titulación. En la imagen se
aprecia que a pH 2.4 (pK1) se encuentra la mitad
del acido carboxílico del aminoácido en solución
protonado y la otra mitad desprotonado. Este
punto corresponde al pKa para la Glicina, que
difiere bastante del pKa del acido acético que está
alrededor de 4.7, esto debido a la conjunción de la
función orgánica amina con el grupo carboxílico,
lo que produce que el pKa se encuentre a un pH
bastante más ácido que para el ácido acético.
Al agregar más equivalentes de OH
tenemos un rango donde todavía está
representada la capacidad tampón o Buffer, hasta
que se rompe y se produce un cambio violento en
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el pH de la solución por una pequeña cantidad de equivalentes de OH que hemos agregado.
Después volvemos a caer en una situación donde se estabiliza el pH por un rasgo bastante amplio
y ahí tenemos el punto que llamamos el pK2 (9.60) que corresponde al pKb que corresponde a su
vez al pKa de la base y por lo tanto en este punto la mitad de los grupos aminos de los
aminoácidos en solución se encuentran protonados y la otra mitad se encuentran
desprotonados. Por lo tanto con un aminoácido yo puedo formar dos tampones, uno a nivel
acido y otro a nivel básico.
Hay punto que es súper importante, que es el punto donde todo el aminoácido se
encuentra en su forma Zwitterion con carga neta 0 que es el punto isoeléctrico (pl), el cual se
alcanza a nivel de pH 5.97. El punto isoeléctrico se define como el pH el cual el aminoácido
tiene carga neta 0. Este punto es el promedio entre el pK1 y el pK2. Es importante destacar que
el punto isoeléctrico no tiene que ver con la funcionalidad del aminoácido pues muchas
proteínas cumplen funciones a diversos pH y puede requerir que los aminoácidos de su
estructura se encuentren en una u otra forma, por lo que (dependiendo de la proteína) un
aminoácido puede cumplir su función tanto en su forma totalmente protonada como en la
forma totalmente desprotonada además obviamente de la forma Zwitterion.

3. Enlace peptídico

Para construir los grandes polímeros que son las proteínas se requiere de la unión de sus
monómeros (aminoácidos) y esta se produce a través de la unión covalente de los aminoácidos
a través del enlace entre el extremo carboxilo terminal de un aminoácido con el extremo
amino terminal del siguiente. Este enlace forma una amida y se conoce como enlace peptídico.
Esta amida que une los aminoácidos tiene características muy particulares distintas de
las amidas típicas de la química orgánica. No hay que olvidar que el mecanismo de reacción entre
aminoácidos corresponde al mecanismo de sustitución
nucleofílica tipo dos o bimolecular.
El enlace peptídico se forma por condensación, al unirse el
grupo amino de un aminoácido con el grupo carboxilo de otro
aminoácido lo que se produce es que se libera una molécula
de agua como se muestra en la imagen y por lo mismo este
enlace puede ser roto mediante la adición de una molécula
de agua (hidrólisis).

En la imagen superior se observa la resonancia del enlace peptídico. El nitrógeno posee

un par de electrones libres (no dibujado), ese par hace como si hubiese un doble enlace
conjugado eso implica que los electrones del doble enlace con oxigeno puedan cargarse más a

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su nube de densidad electrónica debido a su mayor electronegatividad y por ende que el par de
electrones libres del nitrógeno se vea desplazado
hacia el enlace con carbono generalmente un polo
parcialmente positivo sobre el nitrógeno y un polo
parcialmente negativo sobre el átomo de oxigeno
tal cual como se muestra en la imagen. Lo que
ocurre ahora entonces es que es como si el N y el
C estuviesen unidos por un enlace doble ¿qué
significa eso? En términos prácticos que la
distancia de enlace carbono-nitrógeno es más
corta que la distancia carbono-nitrógeno en una
amida común y corriente, por lo que allí se forma un
plano peptídico, que es una estructura plana y rígida.
Además por poseer un doble enlace podemos
encontrar isomería geométrica Cis (sustituyentes para
el mismo lado) y Trans (sustituyentes para lados
contrarios), los aminoácidos se distribuyen de manera
Trans (debido a la posición de los carbonos alfa).
Resumiendo; Esta amida dejó de tener las
características de una amida orgánica y ahora se llama
enlace peptídico en el cual el enlace C-N tiene un
carácter de doble enlace lo que provoca una rigidez en
la estructura, genera también una estructura plana.
Esto se debe a que el carbono tiene hibridación sp2 y
AX3 por lo que se estructura de manera trigonal plana.
Al ser el enlace C-N rígido solo se genera
rotación en el enlace Calfa-N y Calfa-C tal como se
muestra en las imágenes. Esta rotación es necesaria
para que el grupo R pueda “caber” dentro de la cadena
poli peptídica.

Una consecuencia importante del modo de unión de los aminoácidos (Carboxilo-->Amino)

es que el primer aminoácido del péptido va a tener un grupo amino libre que constituye el
extremo amino-terminal de la proteína y el ultimo aminoácido tiene un grupo carboxilo libre y
por lo tanto se llama extremo carboxilo-terminal de la proteína.

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 4. Niveles Organizacionales de las proteínas
Sabemos que tanto por las características del enlace peptídico como de los aminoácidos que
constituyen a la proteína esta va a ir adoptando conformaciones ángulos y ese tipo de cosas que
van a ir estructurando la molécula.
Podemos hablar de al menos cuatro grados de complejidad en la estructura de las
proteínas de los cuales el primer grado se llama secuencia primaria o estructura primaria. Esta
solo consiste en la cadena poli peptídica y da cuenta de la posición de cada aminoácido en la
estructura proteica. En este caso la estructura primaria sería Glicina-Serina-Glicina-Alanina-
Glicina-Alanina. ¿Qué importancia puede tener la estructura primaria?

La primera proteína que se conoció fue la Insulina.

De la cual en un principio se pensaba que estaba
compuesta por dos cadenas diferentes, pues cuando se
realizaba una reacción de reducción para romper el puente
disulfuro se separaba en una cadena alfa y una cadena beta
y en consecuencia se creía que eran dos proteínas distintas
unidas a través de un puente disulfuro. Con el tiempo se
descubrió que solo un gen tiene la secuencia de
nucleótidos que codifica para un solo propéptido llamado
proinsulina, la cual es una sola cadena que se pliega debido
a los puentes disulfuro que se forman entre las cisteínas y
luego esta proinsulina es procesada por una enzima
proteasa (rompe proteínas) y se elimina una parte de la
cadena quedando como dos cadenas separas unidas por
los puentes covalentes.
Este ejemplo es importante para mostrar la función
que cumplen las cisteínas armando puentes disulfuro entre
distintas regiones de la cadena
proteica.
Las cisteínas son importantes en las células ya que se pueden
oxidar y generar estos puentes disulfuro entre dos cisteínas.
Frederick Sanger se ganó el premio nobel porque inventó la técnica
que permite secuenciar el orden de aminoácidos de las proteínas y la
primera proteína que secuenció fue la insulina. Luego ganó
nuevamente el premio nobel por inventar la técnica que permitió
secuenciar el DNA. Es una de las tres personas que han ganado dos
premios nobel en la historia.

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 Las proteínas se sintetizan a partir de un RNAm el cual se sintetiza a partir de la
secuencia de DNA de un gen por lo tanto la estructura primaria de una proteína es su secuencia
de aminoácidos y está codificada en los genes.
La secuenciación del DNA es súper importante
debido a que la secuenciación de una proteína es
súper compleja ya que uno puede secuenciar de 20 a
30 aminoácidos y después no puede seguir trabajando
con ese sistema y por lo tanto para hacer la
secuenciación uno tiene que fraccionar la proteína y
empezar de nuevo, la técnica de secuenciación del
DNA es sencilla (el genoma humano se puede
secuenciar completo en un día) y permite saber la
secuencia de nucleótidos del DNA y por lo tanto la
secuencia de a aminoácidos en la proteína.
¿Por qué la estructura primaria es importante? Aquí vemos
un frotis de sangre de una persona que sufre una patología
llamada anemia falciforme, esta persona tiene glóbulos rojos
normales y glóbulos rojos alterados. Esto se produce porque en
la cadena beta de la hemoglobina se produce un mutación en
que el aminoácido ácido glutámico se cambia por el
aminoácido Valina, el acido glutámico tiene cadena lateral
grupo R carboxílico por lo que a pH celular está cargado
negativamente en cambio la Valina tiene un grupo hidrofóbico
por lo que no se alteran sus propiedades dependiendo del pH.
Lo que ocurre entonces es que en una de las cadenas
de la Hemoglobina se genera un bolsillo hidrofóbico,
debido a la presencia de una Fenilalanina y una
Leucina. Si la cadena beta presenta Valina, esa Valina
se podrá “meter” ahí producto de interacciones
hidrofóbicas. Como consecuencia de esto en la
molécula de hemoglobina S (con Valina) se produce
una especie de hendidura en una cadena beta y una
protuberancia en la otra cadena beta lo deriva en que
las hemoglobinas se vayan uniendo entre sí formando
fibras que hacen que deje de ser soluble en la sangre,
pese a que pueda seguir transportando oxigeno igual.
Debido a esta insolubilidad se rigidizan los glóbulos
rojos y estos al llegar a los capilares no tienen la
flexibilidad necesaria para poder pasar a través de ellos
y en consecuencia se rompen (hemolisis). Por ello la
patología se llama anemia falciforme, porque la
persona tiene un hematocrito (recuento de células
sanguíneas en la sangre) más bajo debido a que los
glóbulos rojos se van muriendo. Esta patología no es la
única talasemia que existe, las cuales producen
desestabilización de los glóbulos rojos. La anemia

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falciforme es una patología bastante seria porque las personas que la sufren tienen un
hematocrito más bajo lo que disminuye la oxigenación y produce una serie de daños celulares
que terminan provocándole la muerte a las personas. Debido a ello deben estar
constantemente haciendo transfusiones de sangre. Lo que vemos entonces que solo por el
cambio de un aminoácido en una proteína (Val x Glu) la persona no pueda vivir más allá de 30-
35 años, producto del daño producido por la mala oxigenación.

Cuando armamos un polímero, los polímeros en general tienden a formar una estructura
helicoidal y en el caso particular de las proteínas esta estructura helicoidal se llama estructura
secundaria. Las estructuras secundarias en las proteínas se estabilizan porque se producen
puentes de hidrogeno. Hay dos estructuras secundarias que son las que más encontramos en
las proteínas, estas son la alfa-hélice y la lamina-beta.

El alfa-hélice es una estructura helicoidal que se

estabiliza mediante puentes de hidrogeno entre
el oxigeno del grupo carboxílico de un
aminoácido con el hidrogeno del grupo amino de
un aminoácido que está tres aminoácidos mas
bajo o tres aminoácidos más alto dentro de esta
estructura; es decir se establece un puente de
hidrogeno cada 4 aminoácidos lo que es un poco
más de lo que se demora la estructura en
completar un vuelta (3.6 aminoácidos). Producto
de aquello, este “resorte” se acorta. Todas las
esferas moradas que se encuentran por fuera del
alfa-hélice representan las cadenas laterales R de
los aminoácidos que forman la proteína. ¿Qué
pasaría si hubiese un aminoácido cargado negativamente y sobre él hubiese otro también
cargado negativamente? Se repelerían. Si existen dos aminoácidos cargados con la misma carga
estos se van a repeler y van a desestabilizar la estructura de alfa hélice. Importante destacar
que: Todas las proteínas tienen estructura
primaria pero no todas estructura secundaria.
No existe ninguna sola proteína que no tenga estructura primaria.
SI dentro de esta misma alfa-hélice tuviésemos un
aminoácido muy muy voluminoso con otro también muy
voluminoso también se desestabilizaría la estructura de alfa
hélice. Los aminoácidos grande consecutivos y los aminoácidos
cargados consecutivos desestabilizan la estructura. Otra
consideración, si nosotros tuviésemos una Prolina dentro de esta
estructura ¿Qué pasaría? Se doblaría debido a su estructura
cíclica, por lo que la Prolina también desestabilizan las alfa-
hélices.

Existe otra forma de estructura secundaría que se llama lamina-beta u hoja plegada. En
la imagen apreciamos una estructura lamina beta en donde vamos desde el extremo carboxilo
terminal hacía el extremo N-terminal (superior) luego se da una vuelta y nuevamente va desde

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el extremo C-terminal al N-terminal pero ahora en sentido opuesto (medio) y luego se da otra
vuelta y vuelve a ir de C a N pero ahora en el mismo sentido que iba en la primera vuelta (inferior).
Esta forma de estructurarse se denomina estructura anti-paralela, tal cual como en la molécula
de DNA una hebra va en dirección 5´--> 3´y la otra hebra va en dirección 3´--> 5´. En el esquema
se aprecia muy bien la planalidad de el enlace peptídico y se aprecia además la formación de
puentes de hidrogeno entre el carboxilo del aminoácido con el amino del que se encuentra por
debajo. Se ve claramente los puentes de hidrogeno que estabilizan la estructura secundaria se
forman entre el grupo carboxílico y amino que forman parte del enlace peptídico.

Los grupos R en una vista lateral (abajo) se observa que pueden ir tanto por arriba como
por debajo de esta hoja plegada. Al igual que con lo que pasaba en la conformación de alfa-
hélice, tanto los aminoácidos contiguos de la misma carga, como los aminoácidos voluminosos
contiguos y la prolina van a desestabilizar la estructura y romper la conformación lamina-beta.
La hoja plegada también la podemos encontrar de forma paralela como se ilustra en la imagen
de la derecha, esto ocurre porque una parte desestructurada de la proteína (estructura primaria)
que parte cuando termina la primera lamina se da la vuelta completa “por detrás” de las laminas
y vuelve a empezar como lamina-beta en la misma dirección que el resto, tal como se muestra
en la figura a continuación.

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 Podemos notar que hay una diferencia en la configuración de los puentes de hidrogeno
entre la forma anti paralela y la forma paralela. En la forma anti paralela (mirando la imagen
anterior) vemos que los puentes de hidrogeno quedan “rectos” mientras que en la forma
paralela quedan un tanto en diagonal produciendo que la distancia carbono-nitrógeno sea un
poquito mayor y por ende menos estable la estructura de lamina-
beta paralela.
Aquí vemos una proteína que es la Mioglobina. Las “líneas”
simple que se ven representan la estructura primaría de la proteína y
los “rizos” que se ven representan estructuraciones secundarias de
tipo alfa-hélice. Esta proteína tiene estructura primaria (como todas
las proteínas) y un alto contenido también de estructura secundaria
(cerca del 86% corresponde a alfa-hélice). Entre medio (en verde)
observamos la presencia del grupo Hem que va a permitir la captura
del Oxigeno.

Aquí observamos lo que se denominan

estructura supra secundarias como lo son el
Loop beta-alfa-beta, (donde se mezclan dos
laminas-beta paralelas con una alfa-hélice), la
esquina alfa hélice, y la estructura beta-barril
que se llama así porque las laminas-beta
antiparalelas forman una estructura como un
barril. La mayoría de los poros y los canales que
existen en la membrana están estructurados
por proteínas que adoptan esta conformación
y por lo tanto al interior se produce un canal que
permite el intercambio de distintos solutos del
interior hacia el exterior o al revés del exterior
hacia el interior cuando funcionan como
canales.

En esta imagen apreciamos una proteína que

adopta una conformación patológica en su estructura
secundaria, pasando de una con harta presencia de
alfa-hélice y pequeña proporción de lamina-beta a
una forma con mayor proporción de lamina-beta.
Ocurre que en esta proteína se produjo una mutación
al interior de la estructura sana y generó un
incremento en la estructura de tipo beta. Como
consecuencia de este mal plegamiento esta proteína se comienza a aglomerar y se producen
esas estructuras fibrilares, esto es parecido a lo que vimos antes con la hemoglobina, sin
embargo esta vez la aglomeración es producto de esa gran cantidad de estructura beta
anómala. Esto es lo que ocurre en una serie de patologías, dentro de las más famosas está la
que comúnmente se le llama “enfermedad de las vacas locas” que genera daños en el sistema
nervioso de las vacas y estas no se pueden parar y se caen. En la especie humana se le conoce
como Creutzfeltsd-Jakob. Hace un tiempo atrás en Inglaterra se produjo una epidemia de esta

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enfermedad y tuvieron que matar a todo el ganado. La razón de eso es
que la proteína se llama Prion (que todos tenemos en nuestro cerebro
funcionando) puede llevar a esta condición por alguna mutación y la
consiguiente aglomeración anormal de proteínas mal plegadas, esto
ocurre también en enfermedades neurodegenerativas como el
Parkinson y la enfermedad de Alzheimer que es en parte producida por
el acumulo anormal de beta amiliode en el cerebro el cual posee un
efecto neurotóxico. Al ganado lo tuvieron que matar porque las
proteínas prionicas son estables y no se destruían con métodos físico-
químicos como la temperatura y el pH. El principal problema es que al
ingerir estas proteínas que se encuentran en la carne de las vacas locas
estas inducen el mal plegamiento de nuestras proteínas bien plegadas.
Las proteínas pueden generar estructuras mal plegadas que son estables y pueden
obligar a las proteínas naturales a cambiar de conformación y al hacerlo la proteína se altera,
pierde su función y se produce agregación no soluble de proteínas. En el caso de la encefalopatía
espongiforme bovina (Creutzfeltsd-Jakob) estos agregados moleculares se depositan en el
cerebro matando grupos neuronales y al hacer una resonancia magnética se puede apreciar que
el cerebro parece un esponja de mar. Todo esto es producto de un alteración en la estructura
secundaria de una proteína.

Siguiendo con los niveles organizacionales de las proteínas ahora vamos a tener algo que
se conoce como la estructura terciaria de las proteínas. La pregunta es ¿Qué estabiliza a las
estructuras terciarias? Vimos en las estructuras secundarias que la estabilización era producto
de los puentes de hidrogeno, pero en el
caso de la estructura terciaría la
estabilización va a venir por parte de
diversas interacciones entre los átomos
que conforman las cadenas laterales R de
los aminoácidos que forman una proteína.
Dentro de estas interacciones
encontramos: Interacciones hidrofóbicas
entre cadenas laterales no polares,
puentes disulfuro entre las cisteínas,
atracciones electroestáticas entre los
grupos amino y carboxilo de diferentes
aminoácidos en sus versiones protonada
y desprotonada respectivamente, enlaces
de puente hidrogeno entre por ejemplo
un grupo carboxílico con el OH de una Serina, una Treonina o una Tirosina, una unión iónica en
la que participa un metal por ejemplo (Mg+2). Todas estas interacciones están implicadas en
estabilizar la estructura terciaria de una proteína. Esto tiene que ver con Acido/Base, con
Oxido/reducción, con equilibrio químico, ¿por qué tiene que ver con pH? Porque si yo neutralizo
el grupo COO- ya no se van a producir ciertas atracciones electro estáticas ni ciertos puentes de
hidrogeno, si agregamos un agente oxidante a la célula o uno reductor vamos a romper el puente
disulfuro que vemos en la imagen, los iones están muy relacionados con las estructuras de las
proteínas, existen muchos iones que son cofactores y que las proteínas necesitan, como lo son

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Ni+2, Co+2, Zn+2, Ca+2 y Na+ que son iones vitales para la formación de la estructura terciaria de
las proteínas. Tienen por ejemplo la interacción iónica entre el grupo amino de una Lisina y el
grupo carboxilo de un ácido glutámico, también el puente de hidrogeno que se forma entre el
grupo aspártico y el grupo OH de una Tirosina, Leucina con Leucina en interacciones hidrofóbicas.
Esto se produce porque al agregar una molécula al agua esta genera un desorden en las
moléculas de H2O y ese desorden del agua obliga a la molécula a tomar una conformación
particular ya sea a disociarse o agruparse. En el caso de las proteínas eso es lo que pasa, la
estructura tridimensional de la proteína depende de las propiedades del medio liquido en el
que se encuentre ¿Por qué hablamos del medio liquido? Porque resulta que el citosol que es un
medio acuosos esta contaminado por sales, proteínas y una seria de sustancias que le van a dar
las características físico-químicas que requiere para que los grupos que se repelen con el agua
vayan al interior de la proteína y los grupos hidrofílica vayan hacia el exterior es el entorno en
el que se sintetiza la proteína el que define en ultimo termino la estructura de esta. Está
determinada por la secuencia primaria proteica pero es el entorno físico-químico lo que hace
que la molécula tenga esa estructura. Si cambiamos el pH, estamos cambiando la concentración
de protones y por ende cambio la cantidad de grupos carboxílicos disociados o la cantidad de
grupos amino protonados y eso va a alterar la estructura de la proteína.

Todas las proteínas tienen estructura primaria, no todas

las proteínas tienen estructura secundaria pero TODAS las
proteínas tienen estructura terciaria.

El colágeno por ejemplo, que es una proteína que tiene que ver con la formación de los tendones,
es una proteína que no tiene estructura secundaria, es una fibra que tiene la capacidad de
contraerse y estirarse, pero no tiene estructura secundaria, no tiene estructura alfa-hélice ni
beta-plegada (Esto dice el Dr. Héctor Toledo, según la Dra. Ulrike Kemmerling el colágeno tiene
estructura Alfa-Hélice, los libros no dicen nada al respecto, y Google se declara incompetente).

Acá observamos una comparación de la molécula

de Mioglobina con la subunidad beta de la Hemoglobina.
En ambas encontramos alta presencia de alfa-hélice y la
presencia de los grupos Hem.

¿Qué puede alterar la

estructura terciaria de una
proteína? Varías cosas, entre ellas el
pH. Si alteramos el pH voy a cambiar el grado de protonación de los grupos
radicales y por ende eso me va a desestabilizar la proteína, si agregamos
un agente reductor y la proteína tiene puentes disulfuro estos se van a
reducir y por ende se rompen y se va a alterar la estructura de la proteína,
pero también la temperatura porque la temperatura también va alterando
las interacciones hidrofóbicas, las interacciones iónicas las interacciones de
puentes de hidrogeno, entonces cuando tenemos una proteína plegada y
aplico temperatura lo que va a ir ocurriendo es que la proteína se va ir
desnaturalizando. Esto le pasa a cualquier persona que tiene fiebre, la

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fiebre provoca que nuestras proteínas se desnaturalizasen, si una persona tiene 40 grados por
un tiempo relativamente alto la persona se muere, por lo que lo que hay que hacer rápidamente
es bajar la fiebre aunque no sepamos por que tiene fiebre, es más importante bajar la fiebre
que saber la causa para evitar que se desnaturalicen las proteínas.
Existen agentes químicos también que pueden alterar la estructura de las proteínas y eso
tiene que ver con las interacciones que se producen entre los agentes y las cadenas laterales R
de las proteínas. Ejemplo clásico, si
agrego un agente reductor se rompe el
enlace S-S y se modifica la estructura y
por tanto la proteína se extiende. El
principal agente reductor que nosotros
tenemos en nuestro organismo es esta
molécula que se llama Glutatión, que es
un tripéptido. El pH nuevamente, si
agregamos ácido clorhídrico HCl lo que vamos a hacer es protonar el grupo ácido carboxílico, y
eso va a significar que las interacciones iónicas van a dejar de existir, por lo tanto la proteína se
va a desnaturalizar. Los metales pesados como el plomo actúan como iones generando
interacciones anormales por que se meten entre los enlaces químicos por lo tanto denaturan las
proteínas. Los solventes orgánicos al ser hidrofóbicos (como el etanol) producen también
interacciones hidrofóbicas con algunas cadenas laterales produciendo por ejemplo que un grupo
OH en vez de interactuar con el acido carboxílico de una proteína interactúe con el alcohol y por
ende induzca cambios conformacionales en las proteínas.

Pero afortunadamente las proteínas pueden volver a su forma biológicamente activa

mediante la renaturación, la desnaturalización es un proceso reversible dependiendo de las
condiciones en las que se haya desnaturalizado porque por ejemplo no podemos renaturalizar
un huevo frito debido a las altas temperaturas a las que fue sometido. Dependiendo del
mecanismo por el que hagamos la re naturalización podemos tener reversibilidad.

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 Este es un ejemplo de un experimento en la cual se demostró que la estructura terciara
dependía de la estructura primaria. En este experimento se tomo la Ribonucleasa que tiene
cuatro enlaces disulfuro, en el experimento se le agrego beta-mercaptoetanol que es un agente
reductor que rompe los enlaces disulfuro y se agregó Urea que rompe enlaces de hidrógenos y
otras interacciones hidrofóbicas y como consecuencia se desnaturalizó a la Ribonucleasa. ¿Cómo
se midió? Se midió la actividad de la proteína, la proteína era activa (degradaba RNA) y al
agregarle los compuestos dejó de hacerlo. Luego se removieron los compuestos que se habían
agregado de manera muy suavemente muy gradualmente, cosa de reestablecer las
interacciones y puentes disulfuros correctos que se pueden producir por esta renaturación. No
se logró obtener el 100% de la actividad de la enzima pero llegó al 80%.

La estructura nativa de una proteína es aquella estructura terciaria que le permite

tener actividad biológica. Pero en la célula existe un a serie de proteínas que se requiere
para poder obtener el plegamiento de las proteínas, habíamos visto que el plegamiento
dependía de las propiedades físico-química del medio en el que se encontrara, por lo que
las proteínas pueden tomar un mal camino y plegarse de forma incorrecta o puede ir por
un buen camino y terminar correctamente plegada, cuando esta termina correctamente
pegada entonces tenemos estructura nativa que es lo que hay en las células.
Cuando una proteína se esta sintetizando en el ribosoma, la proteína comienza a
salir del ribosoma y afuera de este existen unas proteínas llamadas chaperonas que tienen
la habilidad de indicarle a la
proteína el camino correcto de
plegamiento y eso ocurre en
aproximadamente en el 20% de
las proteínas que se sintetizan
normalmente en la célula. Hay
un 10% de proteínas que
requieren de esquemas
adicionales para su plegamiento,
y el 70% de las proteínas se pliega de forma automática y natural sin que algo les ayude a
encontrar el camino correcto de plegamiento.

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 *No mencionado por el Dr. Héctor Toledo: Las proteínas también pueden adoptar
un último nivel de complejidad organizacional denominado estructura cuaternaria. Son las
mismas interacciones que estabilizan a la estructura terciaria solo que ahora se producen
entre proteínas diferentes codificadas por genes distintos como es el caso de le
Hemoglobina entre otras. En este caso cada proteína unida al complejo macromolecular
recibe el nombre de sub-unidad y pueden tener incluso funciones diferentes dentro de una
misma proteína.

5. Cambios Conformacionales

Analizaremos a continuación el caso de la

Mioglobina y la Hemoglobina. La mioglobina es una
proteína monomérica (una sola unidad) y la
Hemoglobina una proteína tetramérica (cuatro sub-
unidades). Ambas presentan grupo Hem en su
estructura por lo que pueden unir O2. Al hacer una
curva de saturación de oxigeno vemos que la
Mioglobina tiene una cinética con una curva
hiperbólica, y se satura rápidamente debido a que
necesita una presión parcial de oxigeno baja para
saturarse, mientras que la Hemoglobina necesita una
presión parcial de oxigeno mayor para poder hacerlo.
La cinética de saturación es diferente pues presenta una curva sigmoidal, lo que significa
que no entra fácilmente
oxigeno a la molécula de
hemoglobina.
Aquello tiene una
implicación fisiológica,
debido a que en los tejidos
periféricos el pH es ácido
mientras que en el pulmón
el pH es alcalino, eso
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significa que la Hemoglobina trabaja tanto en un pH alcalino como en un pH ácido. Debido
a la estructura de la Hemoglobina a pH ácido esta libera oxigeno (tejidos periféricos) y a pH
básico la Hemoglobina captura oxigeno (Pulmones) y esto se debe a un cambio
conformacional en la proteína.

Las proteínas con residuos de Serina, Treonina y Tirosina son susceptibles de ser
fosforiladas, es decir, recibir un grupo fosfato donde se encuentre su grupo OH y esto
también va a producir cambios conformacionales en las estructuras proteicas debido a la
adición de cuatro cargas negativas a la molecular. Esto produce cambios funcionales
pudiendo resultar en la activación de la proteína o en su inhibición.

Transcripción realizada por Andrés Liberona Taborga

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