FACULTAD DE

INFORMÁTICA DE
BARCELONA

TÉCNICAS Y
HERRAMIENTAS
BIOINFORMÁTICAS

Docente: XAVIER MESSEGUER PEYPOCH

Informe Práctica 2
José Andrés Bermúdez Cobo

Presentado: 18 Noviembre del 2018

La siguiente secuencia transformar de proteínas a bacterias.

1: mkfgffddanreyvintpktpypwinylgs

a) Proteínas a las que pertenece con mayor probabilidad

Respuesta: glycosyl transferase.

b) Especies donde se encuentra dichas proteínas

Clostridium cellulovorans es un anaerobio, mesófila , esporas -Formar celulolítica

bacteria. Sus células son gramnegativas y sonbarrasno móviles que forman
esporas oblongas. La cepa tipo es 743B (ATCC 35296). [1] Su papel como objeto
de estudio se basa en la última noción.

c) Secuencia de nucleótidos

Respuesta:
ATGAAGTTCGGCTTCTTCGACGACGCCAACAGGGAGTACGTGATCAACACCC
CCAAGACCCCCTACCCCTGGATCAACTACCTGGGCAGC

d) Investigar con DOTLET si la proteína tiene subdominios

e) Comparación de los genomas de las especies encontradas

Number of sequences analyzed: 2

Sequence 1 : C:/Users/Andres-Pc/Downloads/GCF_900129965.1_IMG-
taxon_2585428070_annotated_assembly_genomic.fna/GCF_900129965.1_IMG-
taxon_2585428070_annotated_assembly_genomic.fna

>NZ_FQXM01000087.1 Clostridium grantii DSM 8605, whole genome shotgun

sequence

Length: 4475056 bps

GC: 29.3%

AT: 70.7%

Sequence 2 : C:/Users/Andres-
Pc/Downloads/GCF_000015865.1_ASM1586v1_genomic.fna/GCF_000015865.1_
ASM1586v1_genomic.fna

>NC_009012.1 Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405, complete genome

Length: 3843301 bps

GC: 39.0%

AT: 61.0%
d value: 1000

q value: 100

Mum anchor size: 25.0

Number of MUM anchors found: 37

Number of MUMs found: 287

Total MUMs found((Anchors+MUMs)-filtered): 55

Random MUM length: 0

Minimum Cluster length: 21

Number of MUMs filtered: 269

Number of Clusters filtered: 267

Number of clusters created: 31

Average number of MUMs per cluster: 1

Average cluster length: 116 bps

Cluster coverage in sequence 1: 0.1%

Cluster coverage in sequence 2: 0.1%

Total coverage among all sequences: 0.1%

MUM anchor search elapsed time: 8.0s

MUM coarsening elapsed time: 10.0s

MUM clustering elapsed time: 0.0s

Inter-clustering elapsed time: 0.0s

Total running time: 18.0s