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TECNOLÓGICO NACIONAL DE MÉXICO «Ciencia es verdad, técnica es libertad»

Instituto Tecnológico de La Paz Agosto – Diciembre 2018


Departamento de Ingenierías, Ingeniería Bioquímica [REPORTE DE PRACTICA]

Reporte sintetizado de practicas de laboratorio: Alineamiento en PROSITE

David Alberto Núñez Verdugo


15310854, danv250197@gmail.com, 7ºH

M. C. Rubí Alejandra Martínez Camacho


Introducción a la bioinformática

Fecha: 2018-08-22

Metodología

En el software en línea PROSITE, se ingresaron 10 secuencias codificantes para la enzima fumarato liasa, obtenidas

previamente de la pagina NCBI, esto con la finalidad de poder determinar la secuencia consenso y el sitio activo de la

secuencia aminoacídica, posteriormente se realizo un alineamiento múltiple en MUSCLE y uno local en BLAST.

Resultados

Como resultados se obtuvieron los alineamientos múltiple y local de las secuencias (Figura 3 y 4 respectivamente) donde en

el primero se realizo con la finalidad de observar que dominios estaban conservados en las secuencias, el alineamiento local

solo se realizo con la finalidad de determinar si las secuencias tenían ciertos valores de identidad y cobertura, así como de e-

value. Por otro lado, se determinó la posición aproximada del sitio activo de la enzima fumarasa y también su secuencia

consenso (Figura 1 y 2 respectivamente).

Figura 1. Resultados de PROSITE. Se encuentra una recta que indica la posición de los aminoácidos y abajo la posición del

sitio activo de la enzima.

ITLP – Ingeniería bioquímica [2016]


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Figura 2. Resultados de PROSITE. El recuadro en rojo muestra la secuencia consenso de la secuencia aminoacídica

ingresada.

Figura 3. Alineamiento realizado en MUSCLE. Alineamiento múltiple para observar los dominios conservados de las

secuencias.

Figura 4. Alineamiento por pares realizado en BLAST. Este alineamiento fue realizado para determinar la cobertura e

identidad de las secuencias utilizadas.

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Interpretación

Los resultados obtenidos arrojan la información deseada, en el caso de la determinación del sitio activo, se pudo observar

que el sitio activo de la enzima se encuentra entre las posiciones 322 y 331 de la secuencia aminoacídica, de igual manera,

la secuencia consenso de esta enzima se obtuvo con el mismo software en línea, el alineamiento múltiple en MUSCLE

determinó que la secuencia aminoacídica presenta una gran cantidad de sitios conservados, esto debido a que la fumarasa es

una enzima presente en el metabolismo primario de la mayoría de los organismos, por lo tanto, no es propensa a sufrir

mutaciones, a su vez, el alineamiento local de las secuencias, mostró que las secuencias alineadas presentan una longitud

similar entre sí, pero la identidad es de 53% o menor, estos resultados divergen con los de MUSCLE pero esto se debe a que

en BLAST solo se compara una secuencia contra las demás en pares y difiere a los alineamientos múltiples.

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