El congreso fue convocado por Simón Bolívar, desde Lima, el 7 de diciembre de 1824.

El Congreso logró instalarse en la ciudad de Panamá el 22 de junio de 1826 y dejó de sesionar el 15

de julio de ese año. Asistieron dos representantes por cada país concurrente: de Gran Colombia
(que abarcaba los actuales estados de Colombia, Ecuador, Panamá, Venezuela), de Perú, de
México, y de las Provincias Unidas del Centro de América (que comprendía las actuales repúblicas
de Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua, y Costa Rica). Bolívar se abstuvo de intervenir en
sesiones del Congreso al considerar incompatible su presencia allí mientras desempeñaba la
presidencia de Perú.

República de Bolivia fue invitada, recién en julio de 1826, el presidente de Bolivia, el mariscal
venezolano Antonio José de Sucre, designó a sus dos delegados. Poco antes de la partida de los
delegados bolivianos llegaron las noticias del inicio del Congreso, así como de sus acuerdos y por
ello quedaron sin efecto las designaciones al tornarse inútil enviar delegados, pese a la plena
identificación del mariscal Sucre con los objetivos de Bolívar. Las convulsiones políticas de Bolivia
en 1826 y 1827, y el consiguiente retiro de Sucre causaron desinterés en los políticos bolivianos
sobre los resultados del Congreso de Panamá, y sus acuerdos no se ratificaron.

Los temas de discusión en la agenda del Congreso eran los siguientes:

1. Renovación de los tratados de unión, liga y confederación;

2. La publicación de un manifiesto en que se denuncia la actitud de España y el daño que ha

causado al Nuevo Mundo;

3. Decidir sobre el apoyo a la independencia de Cuba y Puerto Rico, así como de las islas Canarias y
Filipinas;

4. Celebrar tratados de comercio y de navegación entre los Estados confederados;

5. Involucrar a Estados Unidos para hacer efectiva la Doctrina Monroe en contra de las tentativas
españolas de reconquista;

6. Organizar un cuerpo de normas de derecho internacional;

7. Abolir la esclavitud en el conjunto del territorio confederado;

8. Establecer la contribución de cada país para mantener los contingentes militares comunes;

9. Adoptar medidas de presión para obligar a España al reconocimiento de las nuevas repúblicas; y

10. Establecer las fronteras nacionales con base en el principio de uti possidetis, tomando como
base el año 1810.

El pleito entre Perú y la Gran Colombia por la provincia de Guayaquil, así como la disputa entre
México y Centroamérica por la región de Soconusco (actual Chiapas) impidió también discutir la
aplicación del uti possidetis como criterio para la delimitación territorial, tomando como base el
año 1810. Ante el fracaso de las conversaciones sobre este tema y para evitar el agravamiento de
las pugnas ya existentes, estas cuestiones no se resuelven en el debate, encargando la definición
de fronteras a los acuerdos bilaterales entre cada país.
La negativa de cada país participante a reducir sus aranceles anula todo intento de fijar acuerdos
preferenciales de comercio, al ser evidente los desequilibrios en la balanza comercial de cada
asistente. Los recién independizados países participantes dependen mucho de los aranceles como
fuente de ingresos para sus gobiernos, por lo cual se niegan a toda concesión al respecto. La
exigencia del observador británico Dawkins para contar con acuerdos comerciales de manera
separada con cada estado impide las posiciones comunes entre los países hispanoamericanos y el
Congreso decide mantener el estatus que sobre los aranceles y el comercio.

El intento de estimular la independencia de Cuba y Puerto Rico recibió la opinión contraria del
observador británico, quien advirtió además los riesgos de lanzarse a una guerra contra España en
la región del Mar Caribe donde otras potencias como la propia Gran Bretaña y Francia poseían
colonias. Por presión británica se desaconsejó también invocar el apoyo de EEUU para instaurar
por la fuerza la Doctrina Monroe, en tanto los estadounidenses eran (junto a España) el principal
socio comercial de Cuba y Puerto Rico.

Finalmente, surgió discrepancia entre México y la Gran Colombia sobre cuál de estos países
debería liderar el esfuerzo anticolonial en las islas del Mar Caribe. Esta pugna se agravó con la
oposición del delegado británico a toda operación bélica contra las colonias españolas, y causó
que el Congreso finalmente evitara tomar alguna decisión sobre el Caribe, mientras Gran Bretaña
apenas ofrecía su mediación para lograr el reconocimiento diplomático del gobierno español de
sus antiguas colonias.

Los embajadores tan sólo acordaron con relativa facilidad la creación de una liga de repúblicas
americanas con jefes militares comunes, formar un pacto mutuo de defensa, y una Asamblea
Parlamentaria Supranacional, aunque sin acordar detalles específicos sobre el funcionamiento de
ésta Asamblea, ni sobre la organización de las tropas comunes de defensa, y menos aún sobre su
financiamiento. Con muchas limitaciones se elaboró al fin el “Tratado magnífico titulado de la
Unión, de la Liga, y de la Confederación perpetua” que emergió del Congreso, y aprobado por
todos los concurrentes fue ratificado en última instancia solamente por la Gran Colombia en el
mismo año de 1826.