Modelagem de reatores contínuos de fluxo pistonado

ideais contendo enzimas

imobilizadas utilizando regressão simbólica: cinética
de Michaelis-Menten.

Relatório do Programa Unificado de Bolsas

Aluno: Marcio Pin Chih Chao Nº USP: 8121372

Orientador: Prof. Dr. Félix Monteiro Pereira

Lorena
2018
1. Introdução

A Biotecnologia Industrial se caracteriza pelo uso de agentes biológicos, como enzimas, células e

microrganismos em processos industriais de transformação (Edet et al., 2013).

Em reatores contínuos, o uso de enzimas livres em solução pode levar à perda de biocatalisador

devido ao fluxo de saída do reator. Nesses casos, a imobilização das enzimas em suportes sólidos

torna-se interessante, pois o biocatalisador pode ser facilmente retido no interior do reator, o que

pode proporcionar a redução dos custos envolvidos com a aquisição da enzima, mão de obra,

matéria-prima e substrato (Illanes, 1994).

Visando contribuir com o projeto de reatores enzimáticos heterogêneos, estudos sobre a

modelagem e a simulação de processos envolvendo fenômenos de difusão e reação vêm sendo

desenvolvidos (Pereira e Oliveira, 2016; Pereira et al., 2015; Pereira, 2008; Pereira e Oliveira,

2006; Pereira e Oliveira, 2005; Oliveira, 1999).

No estudo de sistemas reacionais heterogêneos, como é o caso daqueles que utilizam enzimas

imobilizadas, um parâmetro importante a ser analisado é o fator de efetividade (η), o qual

representa a razão entre a velocidade média de reação no interior da partícula catalítica e aquela

avaliada nas condições de superfície. O fator de efetividade indica o quanto a resistência difusional

do substrato no interior da partícula afeta a taxa de reação, estando compreendido na maioria dos

casos entre 0 e 1 para a cinética de Michaelis-Menten (Pereira e Oliveira, 2016).

A cinética de uma reação enzimática sofre influência de vários fatores como pH, temperatura,

pressão, concentração de substrato, concentração de produto, presença de inibidores, concentração

de enzimas, entre outros (Larson, 2015).

Considerando que os reatores enzimáticos normalmente operam em condições controladas de

temperatura, pressão e pH, foram levados em consideração na obtenção da equação cinética

utilizada neste projeto a concentração de substrato, a concentração de produto, e a concentração

de enzima.
A forma simples de se explicar o mecanismo de uma reação enzimática, proposta por Michaelis e

Menten, consiste em considerar que um substrato (S), por meio de uma etapa intermediária, forma

um complexo enzima-substrato (ES), o qual é posteriormente transformado em produto (P), de

acordo com a seguinte equação (Alberts et al., 2014):

(R1)

onde k 1 , k -1 e k p são as constantes cinéticas das reações indicadas pelas respectivas setas.

Levando em conta a hipótese de equilíbrio rápido E, S e ES alcançam o equilíbrio em uma

velocidade muito maior do que ES se transforma em E+P (etapa controladora da reação), a

velocidade de reação (v) pode ser calculada pela Equação 1 (Segel, 1979).

v = k p es (1)

onde es é a concentração do complexo ES.

A concentração total de enzimas (e t ) é dada pela Equação 2 (Pereira, 2008):

et = el + es (2)

onde e l é a concentração de enzimas na forma livre.

Dividindo a Equação 1 por e t , obtém-se a Equação 3.

v k p es
= (3)
et el + es

Sendo K a constante de dissociação do complexo ES, como mostra a Equação 4:

el s k −1
K= = (4)
es k1

A velocidade máxima de reação (v max ) irá ocorrer quando toda a enzima estiver presente sobre a

forma do complexo ES, dessa forma obtém-se as equações 5 e 6.

es = et (5)

v max = k p es ⇒ v max = k p et (6)

Relacionando as Equações 4, 6 e 3 obtém-se a Equação 7, conhecida como equação de Michaelis-

Menten (Xie, 2013).

v max s
v= (7)
K+s

Na conversão biocatalítica utilizando enzima imobilizada o fluxo líquido de substrato para o

interior da partícula é acionado por um gradiente de concentração de substrato (difusão). O perfil

de concentração de substrato no interior da partícula no estado estacionário será função do

equilíbrio entre a velocidade de conversão e a velocidade de transferência de massa. O perfil de

concentração vai ser dependente do tamanho das partículas, da quantidade de enzimas, da cinética

de reação enzimática, da porosidade da partícula, e da difusividade do substrato no interior da

partícula (Šekuljica et al., 2016; van Roon et al., 2006).

Uma consequência do gradiente de concentração no interior da partícula é o fato do biocatalisador

operar em uma concentração média diferente da concentração do meio externo, refletindo

diretamente no fator de efetividade, o qual representa a relação entre a velocidade de consumo de

substrato nas condições internas e externas à partícula (Van Roon et al., 2006).

Quando a resistência à difusão e a velocidade de reação são relativamente elevados, a concentração

de substrato pode ser igual a zero em uma dada região do biocatalizador. Nesta região a reação

enzimática não ocorrerá ocorrendo um núcleo morto, que deve ser considerado no equacionamento

a fim de se obter um resultado mais preciso para o projeto e operação de reatores enzimáticos

(Pereira e Oliveira, 2016).

A modelagem matemática dos fenômenos de difusão e reação de substratos no interior de

partículas catalíticas porosas é baseada na equação da continuidade, a qual, para estado

estacionário e cinética de reação com inibição pelo substrato (Equação 8), assume a forma

adimensional dada pela Equação 9 (Pereira e Oliveira, 2016);

d 2 su (α − 1) dsu su
+ = α 2φ 2 (1 + β ) (8)
dxu 2
xu dxu (β + su )
Na Equação 9, α é o parâmetro relacionado à geometria da partícula, sendo α =1 para geometria

retangular, α =2 para geometria cilíndrica e α =3 para geometria esférica; su = s ( x) / s 0 é a

concentração de substrato adimensional; s(x) é a concentração de substrato em um ponto no

interior da partícula (x); s 0 é a concentração de substrato na superfície da partícula; xu = x / x L é a

coordenada espacial adimensional; x L corresponde ao raio para as geometrias cilíndrica e esférica

e à semi- espessura para a geometria retangular; β = K / s0 ; β i = K i / s0 ;

φ = {V P v(s 0 ) [(A p Def s 0 ) (V p A p )]}0,5 é o módulo de Thiele; V p é o volume da partícula; A p é a

área superficial da partícula; D ef é o coeficiente de difusão efetivo do substrato no interior da

partícula; 𝑣𝑣(𝑠𝑠) é a velocidade de consumo de substrato, s é a concentração de substrato no interior

da partícula; v max é a velocidade máxima de reação enzimática e K é a constante de dissociação do

complexo enzima-substrato (Illanes, 1994; Bailey e Ollis, 1986);

As condições de contorno utilizadas para a solução da Equação 9 são dadas pelas Equações 10-12

(Pereira, 2008).

dsu dxu = 0 para xu = a (problema com núcleo morto) (10)

dsu dxu = 0 para xu = 0 (problema sem núcleo morto) (11)

su = 1 para xu = 1 (12)

O fator de efetividade η, definido como a razão entre a velocidade média de reação no interior da

partícula v 0 e aquela na superfície v(s 0 ), é calculado utilizando-se a Equação 13 (Pereira, 2008).

v0 1 dsu
η= = (13)
v(s 0 ) αφ 2 dxu xu =1

O reator enzimático consiste no equipamento de processo onde a conversão do substrato em

produtos é efetuada sob condições controladas. Um reator enzimático pode ser operado em

batelada ou de forma contínua (Pereira, 2008).

Na operação em batelada utilizam-se, normalmente, enzimas livres em solução no interior de

tanques agitados. Os reatores em batelada são carregados com a enzima e os reagentes, deixando-

se a reação prosseguir até se atingir a conversão desejada para o substrato. Em seguida, esvazia-se

o tanque para um posterior tratamento dos produtos obtidos (Pereira, 2008).

Na operação de forma contínua, o reator é continuamente alimentado com uma solução contendo

substrato. Esta forma de operação é mais indicada para processos com enzimas imobilizadas, onde

as enzimas ficam retidas no reator, a fim de se obter uma corrente de saída contendo o produto

livre de enzimas (Pereira, 2008).

Para as várias configurações de reatores que operam de forma contínua, normalmente, são

consideradas condições ideais de operação. As características dos reatores ideais são as seguintes

(Illanes, 1994):

- Regime de fluxo ideal: fluxo pistonado ou mistura perfeita. As condições de não idealidade

seriam a ocorrência de dispersão axial e radial e a existência de zonas mortas ou mistura imperfeita;

- Operação isotérmica. As condições de não idealidade seriam a variação de temperatura devido à

ausência de controle ou à ocorrência de perfis de temperatura causados por limitações na

transferência de calor;

- Ausência de restrições difusionais, no caso de enzimas imobilizadas. A existência de restrições

difusionais acarretará um desvio da idealidade;

- Manutenção da atividade catalítica durante a operação do reator. A inativação térmica do

catalisador e/ou a inativação devido ao processo de imobilização acarretariam uma operação não

ideal.

Neste projeto serão considerados os desvios da idealidade causados por restrições difusionais.

Para o desenvolvimento das equações envolvidas no projeto e operação de reatores enzimáticos, é

conveniente reescrever as equações cinéticas em função da conversão de substrato em produto (X)

e da concentração de substrato na entrada do reator (s e ), por meio da relação descrita pela Equação

15.

s 0 = s e (1 − X ) (15)

Neste projeto, foram analisados os reatores contínuos que operam sob os regimes de escoamento

de fluxo pistonado.

O esquema de operação de um reator contínuo de fluxo pistonado é mostrado na Figura 1.

Figura 1. Esquema de operação de um reator contínuo de fluxo pistonado.

Fonte: Pereira, 2008.

No estado estacionário, o balanço material de substrato no elemento de volume indicado na Figura

11 é dado ela Equação 16 (Illanes, 1994).

F s z − F s z + ∆z = v∆VR ' (16)

A Equação 22 pode ser escrita em função de X e se, conforme descrito na Equação 17 (Pereira,

2008).

∆X vε
Fs e (1 − X ) − Fs e [1 − ( X + ∆X )] = vε∆VR ⇒ Fs e ∆X = vε∆VR ⇒ = (17)
∆VR Fs e

Calculando-se o valor limite de ambos os membros da Equação 17 quando ∆V R 0, obtém-se a

Equação 18 (Pereira, 2008).

 vε ε
X VR
dX dX
=
dVR Fs e
⇒ ∫0 v = Fse ∫ dV
0
R (18)

Integrando-se o lado direito da Equação 18 e introduzindo-se o fator de efetividade para o caso de

haver limitação difusional, obtém-se a Equação 19:

X
dX τ
T= ∫ ηv
0
=
se
(19)

As Equações 18 e 19 relacionam a conversão de substrato (X) em função do tempo de residência

no reator (τ) incorporado ao parâmetro adimensional (T), estes parâmetros são utilizados para o

projeto e operação do reator contínuo de fluxo pistonado ideal (Pereira, 2008).

A integração da Equação 19 requer o cálculo do fator de efetividade a cada passo de integração.

Para a resolução das equações matemáticas formuladas, podem ser empregados alguns métodos

numéricos clássicos para a resolução de equações ou sistemas de equações algébricas não lineares,

diferenciais ordinárias, problemas de valor de contorno e de integração por quadratura. Para a

resolução do problema de valor de contorno será utilizado o método da colocação ortogonal em

elementos finitos.

O método da colocação ortogonal global consiste em aproximar a solução da equação diferencial

por polinômios ortogonais, no caso, o resíduo nos pontos de colocação é igual a zero.

A propriedade básica de qualquer polinômio ortogonal é dada pela equação 20 (RAMIREZ, 1998).

∫ w(x )P (x )P (x )dx = 0 , para m e n variando de 0 até N e m≠n.

0
n m (20)

Na Equação 20, Pn(x) e Pm(x) são polinômios ortogonais entre si, N é o número de pontos internos

de colocação e w(x) é uma função peso.

Sendo satisfeita a condição de ortogonalidade, os polinômios Pn(x) são ortogonais em todo o

domínio (Pereira, 2008).

No método de colocação ortogonal em elementos finitos, o domínio 0 ≤ x ≤ 1 é dividido em

subintervalos cujos comprimentos podem ser variáveis ou não. Dentro de cada subintervalo aplica-

se o método da colocação ortogonal.

A união entre as extremidades de dois subintervalos adjacentes pode ser feita admitindo-se que o

fluxo de massa seja contínuo como mostrado na Equação 21 (Finlayson, 1980).

dy dy
= (21)
dx − dx +

Dessa forma, utilizando-se as condições de contorno no primeiro e último intervalos, a condição

de continuidade entre os subintervalos e os polinômios de Legendre no interior de cada intervalo,

pode-se obter a solução global do problema de valor de contorno.

Apesar de ser um método numérico confiável para a resolução do problema de valor de contorno,

o método da colocação em elementos finitos possui como desvantagens a baixa velocidade de

convergência, uma programação complexa, e a necessidade do fornecimento de estimativa inicial

para o perfil de concentração (Pereira e Oliveira, 2016). Essas desvantagens podem limitar a sua

utilização em softwares de simulação e, como consequência, no projeto de reatores.

Uma alternativa para aumentar a velocidade computacional no projeto e otimização de reatores

contínuos contendo enzimas imobilizadas é a utilização de equações aproximadas para a estimativa

dos parâmetros de difusão-reação (Mahalakshmi e Hariharan, 2016; Devi et al., 2015; Shanthi et

al., 2013; Joy et al. 2011).

Para o problema envolvendo a possibilidade de ocorrência de núcleo-morto não são reportadas na

literatura soluções analíticas para o problema de valor no contorno envolvendo a cinética de

Michaelis-Menten. Para casos no qual o núcleo morto não ocorre, algumas soluções aproximadas,

utilizando expansões em série de polinômios e métodos matemáticos, como o método da

homotopia, foram propostos (Mahalakshmi e Hariharan, 2016; Devi et al., 2015; Shanthi et al.,
2013; Joy et al. 2011), porém nenhum desses métodos possui a capacidade de representar o

problema para todas as condições de difusão-reação possíveis.

O presente trabalho apresenta a utilização de regressão simbólica por algoritmo evolutivo para

obter equações analíticas empíricas úteis capazes de estimar os parâmetros envolvidos nos

problemas de difusão-reação descritos pelas equações apresentadas.

2. OBJETIVOS

Os objetivos do presente trabalho foram:

• Estudar as técnicas de inteligência artificial visando a obtenção de modelos matemáticos

confiáveis;

• Selecionar os dados obtidos pelo método da colocação ortogonal em elementos finitos para

serem utilizados nas etapas de treinamento e validação dos modelos de modo a obter soluções

mais precisas possíveis;

• Obter modelos explícitos capazes de representar o comportamento dos reatores contínuos de

fluxo pistonado.

3. METODOLOGIA

Para a resolução do problema no valor no contorno descrito e obtenção dos dados a serem

utilizados na regressão simbólica foi utilizado um algoritmo computacional, desenvolvido na

linguagem do software Wolfram Mathematica cuja licença está disponível para professores e

alunos da USP.

A regressão simbólica foi realizada utilizando o software Eureqa Formulize® da Nutonian Inc.,

cuja licença é gratuita para uso acadêmico. As funções objetivo minimizadas foram obtidas a partir

do cálculo do valor máximo, em módulo, do erro ponderado entre os dados alimentados de 1/η e

os resultados obtidos pelo modelo para a variável dependente, como mostrado na Equação 22.
 1
𝜂𝜂
−𝑓𝑓(𝜙𝜙,𝛽𝛽)
𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒 = 𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚𝑚 � 1 � (22)
𝜂𝜂

4. RESULTADOS

No algoritmo computacional desenvolvido com o software Wolfram Mathematica, apresentado

na figura 2, foram variados os valores de β e ɸ para as geometrias retangular, cilíndrica e
esférica para a obtenção do inverso da efetividade (1/η).

Fig.2 Algoritmo computacional com colocação ortogonal.

Para valores de β mais próximos a 0, o esforço computacional foi maior em alguns casos ou
mesmo divergiram do resultado esperado, o que pode ter ocorrido devido à necessidade de se
estimar a posição do núcleo morto, acarretando na obtenção de um máximo local. Visando
buscar uma solução global, foi proposto a resolução pelo método de diferencial evolutivo, como
ilustrado na figura 3.
Fig. 3 Algoritmo computacional com Método de diferencial evolutivo

Os dados coletados no Wolfram Mathematica foram inseridos no Software Nutonian Eureqa

para obtenção, por regressão simbólica, da equação da cinética associada a cada geometria da
enzima. A figura 4 ilustra a aba de inserção dos valores obtidos no Wolfram Mathematica.

Fig. 4 – Aba de Inserção dos pontos a serem analisados por regressão simbólica no Eureqa.

Na figura 5 foram selecionados os recursos disponíveis para o Software representar a equação, priorizando
funções e operações mais simples, e também o formato da equação resultante.
Fig. 5 - Definição do formato da equação resultante da regressão simbólica.

A figura 6 ilustra a aba de progresso e performance dos dados analisados, o tempo de

processamento computacional e alguns dados de confiança, estabilidade e maturidade da equação
obtida.

Fig. 6 – Aba de progresso e performance computacional na análise dos dados.

A figura 7 ilustra a melhor equação obtida levando em conta a complexidade da equação e o erro
associado.
Fig. 7 – Equação da regressão obtida.

As equações obtidas para cada geometria e seus erros relacionados foram:

• Geometria retangular:

1/η= (0.4481^(ɸ*cosh(ɸ^(0.7786/(0.5738^ɸ + 2.5982*tanh(sinh((0.7004*ɸ)^(0.7004*ɸ +

0.3042*ɸ*tanh((0.5674*β)^0.5))*asinh(asinh(β))))))))) + 0.7004*ɸ
+0.3042*ɸ*tanh((0.5674*β)^0.5)

Erro associado: 1.424%

• Geometria cilíndrica:

1/η= -(0.83875*tanh(sinh(1.0094* ɸ)^1.1055) - 1.0094 - 0.71424* ɸ - 0.27575* ɸ

*tanh(asinh(0.7898* β)^0.5984) - 0.1801*tanh(ɸ ^3 - 0.1801)*tanh(asinh(0.7898* β)^0.5984))

Erro associado: 2.141%

• Geometria Esférica:

1/ η =-(-cosh(asinh(0.9792* ɸ *tanh(0.866568 + (-0.29397)/(0.9792* ɸ)^(1.9583* ɸ) + asinh(β))

+ atanh(0.0999*sqrt(ɸ)*tanh(0.4301* ɸ + (β - 0.9792)/(33.6288*asinh(β) + 0.9792* ɸ
*tanh(0.86656 + (-0.2940)/(0.9792* ɸ)^(1.9583* ɸ) + asinh(β))))))))

Erro associado: 3.766%

Parâmetros em função das condições de entrada do reator

vmax se v
ve = = max
K + se β e + 1
 βe +1
φ = φe
βe +1− X

βe
β=
(1 − X )
A equação 19 pode ser reescrita como:

veθ X  β + 1 
= ∫  dX
se 0 η (β e + 1) 

A integral com as substituições adotadas acima:

• Para geometria Retangular:

𝑋𝑋
𝑣𝑣𝑒𝑒 𝜏𝜏
= − � ((0.4481^(ɸ ∗ cosh(ɸ^(0.7786/(0.5738^ɸ + 2.5982 ∗ tanh(sinh((0.7004
𝑠𝑠𝑒𝑒 0

∗ ɸ)^(0.7004 ∗ ɸ + 0.3042 ∗ ɸ ∗ tanh((0.5674 ∗ β)^0.5))

∗ asinh(asinh(β))))))))) + 0.7004 ∗ ɸ + 0.3042 ∗ ɸ ∗ tanh((0.5674

β+1
∗ β)^0.5)) � � 𝑑𝑑𝑑𝑑
β𝑒𝑒 + 1

• Para geometria cilíndrica:

𝑋𝑋
𝑣𝑣𝑒𝑒 𝜏𝜏
= − � (−(0.83875 ∗ tanh(sinh(1.0094 ∗ ɸ)^1.1055) − 1.0094 − 0.71424 ∗ ɸ
𝑠𝑠𝑒𝑒 0

− 0.27575 ∗ ɸ ∗ tanh(asinh(0.7898 ∗ β)^0.5984) − 0.1801 ∗ tanh(ɸ ^3

β+1
− 0.1801) ∗ tanh(asinh(0.7898 ∗ β)^0.5984))) � � 𝑑𝑑𝑑𝑑
β𝑒𝑒 + 1

• Para geometria esférica:

 𝑋𝑋
𝑣𝑣𝑒𝑒 𝜏𝜏
= − � (−(−cosh(asinh(0.9792 ∗ ɸ ∗ tanh(0.866568 + (−0.29397)/(0.9792
𝑠𝑠𝑒𝑒 0

∗ ɸ)^(1.9583 ∗ ɸ) + asinh(β)) + atanh(0.0999 ∗ sqrt(ɸ) ∗ tanh(0.4301

∗ ɸ + (β − 0.9792)/(33.6288 ∗ asinh(β) + 0.9792 ∗ ɸ ∗ tanh(0.86656

β+1
+ (−0.2940)/(0.9792 ∗ ɸ)^(1.9583 ∗ ɸ) + asinh(β))))))))) � � 𝑑𝑑𝑑𝑑
β𝑒𝑒 + 1

As equações obtidas para o projeto de reatores PFR ideais envolvem a resolução numérica de uma

integral simples. Caso não fosse utilizada a abordagem apresentada neste trabalho, baseada em

uma regressão simbólica por algoritmo evolutivo, a solução numérica da integral acarretaria na

solução do problema de valor de contorno em cada passo de integração, o que deixaria o processo

de simulação bem mais lento e instável. Dessa forma, esse presente trabalho pode colaborar com

o projeto e operação de reatores PFR ideais contendo enzimas imobilizadas.

5. ANÁLISES

Durante a programação dos parâmetros no software Wolfram Mathematica para resolução do

problema de valor de contorno pelo método de colocação ortogonal e obtenção dos pontos que

seriam utilizados posteriormente na regressão com o software Eureqa, alguns desafios encontrados

foram na obtenção de pontos próximos ao núcleo morto.

Foi proposto o método de resolução de diferencial evolutivo para coletar os valores próximos a 0.

O método foi capaz de extrair mais alguns dados porém requisitou maior esforço computacional.

Os dados obtidos apresentaram um bom comportamento, com valores esperados, a ressalva se

deve a um grande esforço computacional conforme os valores analisados se aproximavam de 0, o

que justificou em alguns casos a modificação da programação inicialmente feita para adapta-la a

esses pontos mais próximos do núcleo morto ou que continham núcleo morto.
As equações obtidas para o projeto de reatores PFR ideais envolvem a resolução numérica de uma

integral simples. Caso não fosse utilizada a abordagem apresentada neste trabalho, baseada em

uma regressão simbólica por algoritmo evolutivo, a solução numérica da integral acarretaria na

solução do problema de valor de contorno em cada passo de integração, o que deixaria o processo

de simulação bem mais lento e instável. Dessa forma, esse presente trabalho pode colaborar com

o projeto e operação de reatores PFR ideais contendo enzimas imobilizadas.

6. CONCLUSÕES

As equações obtidas por regressão no software Eureqa para as três geometrias abordadas no

trabalho predizem o comportamento da cinética reacional com boa precisão dado o baixo erro

encontrado.

A eliminação da necessidade de se resolver este problema por valores de contorno facilita muito

os cálculos de projeção e otimização de reatores contínuos de fluxo pistonado contendo enzimas

imobilizadas, além de redução significativa de tempo e complexidade dos cálculos envolvidos.

Softwares de simulação e modelagem computacional são excelentes e indispensáveis

ferramentas com vasta área de aplicação e utilização, não só na engenharia mas também em

diversos outros setores como financeiro, afim de reduzir custos e tempos envolvidos nesses

processos.

7. REFERÊNCIAS

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