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La sintesi di ATP

• Come fa il gradiente protonico ad essere


trasfromato in ATP?
• Abbiamo visto come il gradiente protonico
conserva, infine, circa 200kJ per mole di
elettroni che fluiscono e per la sintesi di
ATP ne occorrno circa 50.
• Quindi l’energia del gradiente protonico
viene accoppiata alla sintesi di ATP
• L’ATP sintasi è un enzima molto grande
ed è chiamato complesso V.
• E’ composta di due componenti: Fo e F1
• La prima è una proteina integrale di
membrana, la seconda è invece una
proteina estrinseca.
• La “o” di Fo significa oligomicina a cui
questa componente è sensibile
• La F1 isolata catalizza l’idrolisi di ATP
Struttura del complesso F1: contiene 3
subunità alfa e 3 subunità beta
insieme ad una centrale gamma.
Struttura
cristallografica di F1:
si vede in giallo il sito
di legame per l’ADP
in rosso quello per
l’ATP. (qui si vedono
solo 2 subunità alfa e
una beta
Visione dall’alto

In ciascuna subunità beta vicino alla sua interfaccia con l’alfa si trova il sito di
legame con il nucleotide critico all’attività catalitica.
Il complesso Fo forma il poro
per i protoni ed è composto di
una subunità a, due d, 10-12c.
C’è poi una subunità epsilon
che si connette con la gamma
del complesso F1.
Matrice

Spazio
intermembrana
matrice

intermembrana
• Boyer propose un meccanismo nel quale tre sti
della subunità F1 “girano” e catalizzano la
sintesi di ATP
• Un certa subunità β inizia e si trova legata in una
certa conformazione all’ADP e il P. La subunità
a questo punto cambia conformazione assume
la conformazione βATP che lega e stabilizza
l’ATP sulla sua superficie.
• Infine la subunità cambia ancora conformazione
e diviene β-vuota e rilascia ATP
• I cambiamenti conformazionali sono alla base di questo
meccanismo e vengono guidati dal passaggio di protoni
attarverso la subunità Fo che provocano nel cilindro
formato dalle subunità c e legate alla subunità γ
dell’F1una rotazione lungo l’asse della subunità γ. La
subunità γ è inserita all’interno delle altre subunità di F1,
ruotando essa si trova a contatto con differenti subunità
β ed è questo contatto che forza la subunità a cambiare
conformazione e a divenire β-vuota.
• Le subunità β interagiscono in maniera tale che quando
una è vuota l’altra deve essere legata all’ADP e l’altra
ancora all’ATP.
• La rotazione delle subunità è stata
dimostrata legando alle subunità c un
frammento di actina fluorescente
http://www.grahamj.com/fivth2.ht
ml
Mitochondrial ATP Synthase E. coli ATP Synthase
These images depicting models of ATP Synthase subunit
structure were provided by John Walker. Some equivalent
subunits from different organisms have different names.
Proposed "rotor": the
ring of 10 c subunits,
plus the central stalk
• γ & ε in E. coli
• γ, δ, & ε in
mitochondria.
E. coli ε (mito. δ) helps
attach γ to the rotating
ring of c subunits. Mitochondrial F1Fo E. coli F1Fo

In some bacteria a portion of ε has an added role inhibiting


the reverse rotation that accompanies ATP hydrolysis.
A separate inhibitory peptide in mitochondria prevents
F1Fo from hydrolyzing ATP when there is no H+ gradient
to drive ATP synthesis, e.g., under anoxic conditions.
Mitochondrial F1Fo E. coli F1Fo
α & 3β
The proposed "stator" consists of the 3α β F1 subunits,
a subunit of Fo, & a peripheral stalk that connects these.
The peripheral stalk consists of 2b & δ in E. coli or
subunits b, d, F6, & OSCP in bovine mitochondria.
The b subunit includes
a membrane anchor,
1 transmembrane
α-helix in E. coli; 2 in
mammalian F1Fo, that
interacts with the intra-
membrane a subunit.
A polar α-helical
domain of b extends out
Mitochondrial F1Fo E. coli F1Fo
from the membrane.
OSCP, homologous to E. coli δ, interacts with the end of
the b subunit & with the distal end of an F1 α subunit.
This linkage, plus interactions of b with residues on F1,
are postulated to hold back the ring of α & β subunits,
keeping it from rotating along with the central stalk.
The a subunit of Fo (271
amino acid residues in E. coli)
H+
is predicted from hydropathy
plots, to include several trans-
membrane α-helices.
It has been proposed that the
intramembrane a subunit
contains 2 half-channels or
proton wires (each a series of
a ring of
protonatable groups or subunit c subunits
embedded waters), that allow
H+
passage of protons between
the two membrane surfaces &
the bilayer interior.
• http://www.grahamj.com/fivth2.html

• http://www.molecularmovies.com/showcase/inde
x.html

• http://www.mrc-mbu.cam.ac.uk/research/atp-
synthase

• http://telstar.ote.cmu.edu/biology/animation/ATP
Synthesis/ATPSynthesis_bc.html