Micro ARN

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Art�culo principal: RNAi

Diagrama de micro-ARN () en acci�n con ARN mensajero

Ejemplos de bucles de micro-ARN, con los micro-ARN maduros en rojo

Un micro-ARN o mi-ARN (microRNA en ingl�s) es un ARN monocatenario, de una longitud
de entre 21 y 25 nucle�tidos, y que tiene la capacidad de regular la expresi�n de
otros genes mediante diversos procesos, utilizando para ello la ruta de
ribointerferencia.1?

Fueron descritos inicialmente en 1993 por Lee y colaboradores en el laboratorio de

Victor Ambros,2? sin embargo el t�rmino "micro-ARN" solo se acu�� en 2001 en un
conjunto de tres art�culos publicados en Science (26 de octubre de 2001).3? A
principios de 2008, an�lisis computacionales realizados por IBM suger�an la
presencia de alrededor de 50.000 micro-ARN diferentes en el genoma humano, cada uno
tal vez con alrededor de miles de micro-ARN dianas potenciales.4?

�ndice
1 Definici�n
2 Funci�n
3 Caracter�sticas de los micro-ARN
4 Biog�nesis y procesamiento
5 Modo de funcionamiento
6 Funci�n biol�gica
6.1 Funci�n en la infecci�n viral y la respuesta inmune
6.2 Funci�n en c�ncer
6.3 Funci�n durante el desarrollo
6.4 Nuevas funciones mateARNs
6.5 Homeostasis de colesterol y triglic�ridos
7 Referencias
Definici�n
Una vez descubiertos los siARN y la existencia en las c�lulas de prote�nas que
catalizan la degradaci�n del mARN, los investigadores se preguntaron si los siARN
tambi�n estaban codificados en el genoma, y empezaron a purificar peque�os ARN (19-
25 nt) a partir de diferentes especies animales. Sin embargo, no encontraron siARN,
sino los denominados micro-ARN, que se hab�an identificado anteriormente de forma
independiente.2?

Ilustraci�n de las principales diferencias entre el silenciamiento de genes entre

plantas y animales. Los micro-ARN end�genos o los siARN son procesados por DICER e
integrados en el complejo RISC, que media el silenciamiento de genes.5?

La estructura secundaria en stem-loop (tallo-asa) de un pre-micro-ARN de Brassica

oleracea.
Los micro-ARN son mol�culas de ARN transcritas a partir de genes de ADN, pero no
son traducidas a prote�nas. Se expresan en una amplia variedad de organismos, desde
plantas hasta gusanos y humanos. Muchos micro-ARN est�n bien conservados entre
especies,6? y muchos componentes de la maquinaria de los micro-ARN se han
encontrado incluso en Archaea y eubacterias, lo que revela que su origen es muy
antiguo. Algunos recuentos de micro-ARN en humanos identificaban hasta 800, lo que
implicar�a que los micro-ARN podr�an representar como m�nimo el 3% de todos los
genes humanos.7?

La secuencia de ADN que codifica para un gen de micro-ARN tiene una longitud que
supera al tama�o final del propio micro-ARN e incluye la regi�n micro-ARN y una
regi�n que es complementaria a la anterior, lo que permite su apareamiento. Esto
conlleva que, durante la transcripci�n de esta secuencia de ADN, se forman regiones
que tienen la capacidad de formar una horquilla y generar un ARN bicatenario
primario largo conocido como pri-micro-ARN. Posteriormente, una enzima nuclear
llamada DROSHA corta las bases de la horquilla, formando lo que se denomina pre-
micro-ARN. Este pre-micro-ARN es transportado desde el n�cleo al citoplasma por la
exportina 5. Una vez que el pre-micro-ARN est� en el citoplasma es fragmentado por
la enzima DICER, que lo corta hasta la longitud final de 20-25 nucle�tidos.5?

Funci�n
La funci�n de los micro-ARN est� relacionada con la regulaci�n de la expresi�n
g�nica. De esta forma un micro-ARN es complementario de una parte de uno o m�s ARN
mensajeros (ARNm). Los micro-ARN de animales suelen mostrar complementariedad
imperfecta con la regi�n 3' UTR, y generalmente inhiben la traducci�n del mARN,
mientras que los de plantas suelen mostrar complementariedad perfecta con regiones
codificantes e inducen el corte y la posterior degradaci�n del mARN diana (como
ocurre con los siARNs en animales).5?

Antes de clasificarlos como parte de la ruta del iARN, los micro-ARN fueron
identificados inicialmente en gusanos, en los cuales regulan las fases del
desarrollo,8? pero en la actualidad se sabe que est�n implicados en una amplia
variedad de procesos del desarrollo y que adem�s podr�an tener una funci�n en el
establecimiento de redes y en el ajuste fino de la expresi�n g�nica en la c�lula.9?
6? Dado que el n�mero de dianas potenciales de los micro-ARN aumenta al n�mero de
miles (alrededor del 30% de los genes humanos), los micro-ARN podr�an constituir
otra capa del circuito regulatorio que existe en las c�lulas.10? Seg�n esto,
cualquier desregulaci�n de los micro-ARN podr�a conllevar grandes problemas
regulatorios en la c�lula, induciendo quiz� fenotipos cancerosos. De hecho, se ha
mostrado que los perfiles de expresi�n de los micro-ARN est�n modificados en un
gran n�mero de tipos de c�ncer11? y que la sobreexpresi�n forzada de los micro-ARN
podr�a conducir al desarrollo de tumores.12?

Caracter�sticas de los micro-ARN

Los micro-ARN se transcriben a partir de diferentes localizaciones gen�micas como
largos tr�nscritos primarios (pri-micro-ARN) por la ARN-polimerasa II.13?

Los micro-ARN pueden encontrarse en muchos tipos de loci en el genoma:14?

La transcripci�n de los micro-ARN puede estar regulada independientemente por

promotores espec�ficos, como ocurre con miR-1�1 y miR-133a-2, que est�n regulados
por los factores de transcripci�n SRF (Serum Response Factor) y MyoD15? (ver el
apartado "Funciones durante el desarrollo" para m�s detalles). Tales micro-ARN
pueden de todas maneras estar localizados en intrones pero a menudo con una
orientaci�n antisentido.
La mayor�a de los precursores de micro-ARN presentes en intrones tienen la misma
orientaci�n que el gen en el que se alojan y son inicialmente transcritos como
parte de su ARN precursor.6? Por ejemplo, miR-208, que se expresa espec�ficamente
en el coraz�n de humano y rat�n, reside en el intr�n 28 de la cadena pesada de la
a-miosina cardiaca. Los pri-micro-ARN intr�nicos pueden producirse por corte del
intr�n por la endonucleasa DROSHA, despu�s de que se haya realizado el proceso de
splicing.
Con pocas excepciones, los micro-ARN que est�n integrados o se superponen con
exones de tr�nscritos conocidos, est�n siempre en la misma orientaci�n, y la
mayor�a se encuentran en las regiones no-codificantes UTRs 5' o 3' (por ejemplo,
miR-198 en follistatin-like 1).
Aproximadamente el 50% de los micro-ARN est�n en clusters (grupos) de micro-ARN que
est�n inicialmente codificados como un tr�nscrito policistr�nico (que incluye
varios genes),16? que posteriormente se fragmenta en m�ltiples micro-ARN. En la
mayor�a de los casos, los micro-ARN policistr�nicos comparten el mismo patr�n de
expresi�n. Sin embargo, los niveles relativos de los micro-ARN dentro del grupo
parecen estar regulados de una manera dependiente del desarrollo y la homeostasis,
lo que sugiere una complejidad a�n no definida en la regulaci�n de la expresi�n
g�nica.

Biog�nesis y procesamiento

Los microARN (micro-ARN) se producen a partir de un microARN precursor (pre-micro-

ARN), que a su vez se forma a partir de un tr�nscrito de microARN primario (pri-
micro-ARN).
Los genes que codifican micro-ARN son mucho m�s largos que los micro-ARN procesados
maduros; los micro-ARN se transcriben inicialmente como tr�nscritos primarios o
pri-micro-ARN con una caperuza en 5' y una cola de poli-adeninas (poly-A) en 3' y
se procesan en el n�cleo celular en estructuras cortas de 70-nucle�tidos en forma
de tallo-asa (stem-loop) conocidas como pre-micro-ARN. En animales este
procesamiento se realiza por un complejo proteico llamado Microprocesador, que
consta de la nucleasa DROSHA17? y la prote�na de uni�n a ARN de doble h�lice,
PASHA.18?19? Estos pre-micro-ARN son luego procesados a micro-ARN maduros en el
citoplasma mediante la interacci�n con la ribonucleasa DICER, que tambi�n inicia la
formaci�n del complejo RISC (ARN-induced silencing complex).20? Este complejo es el
responsable del silenciamiento de genes que se observa debido a la expresi�n de los
micro-ARN y a la interferencia de ARN mediada por siARNs. La ruta var�a ligeramente
en plantas, debido a que carecen de hom�logos de DROSHA; en su lugar, s�lo
hom�logos de DICER realizan algunos de los pasos del procesamiento.21? La ruta
tambi�n es diferente para los micro-ARN derivados de tallos-asas (stem-loops)
procedentes de secuencias intr�nicas; en este caso se procesan por DICER pero no
por DROSHA.22? Tanto la hebra sentido como la antisentido del ADN pueden funcionar
como molde para producir micro-ARN.23?

DROSHA24? (ARNSEN en humanos)25? es una prote�na nuclear de un tama�o entre 130 y

160 kDa (kiloDalton). Contiene los dominios siguientes:

dos dominios ARNasa III (los dominios catal�ticos)

un dominio dsRBD (double-strand ARN-binding domain, de uni�n al ARN doble hebra)
dominios conservados (en el extremo N-terminal), de los que no se conoce la
funci�n.
DROSHA funciona en un complejo (Microprocesador), conjuntamente con una prote�na de
uni�n a ARN (denominada PASHA en Drosophila o DGCR8 en mam�feros). DGCR826?27? es
una prote�na de uni�n a ADN que reconoce la zona de uni�n dsARN�ssARN (ARN doble
hebra-simple hebra) y posiciona a la ribonucleasa DROSHA a una distancia de 11
nucle�tidos (que corresponde a una vuelta de h�lice) desde la zona de uni�n. Por
tanto, la funci�n de DGCR8 en el complejo Microprocesador es an�loga al dominio PAZ
de DICER; DGCR8 proporciona especificidad de sustrato y posiciona adecuadamente el
centro de la ribonucleasa DROSHA. Sin embargo, en el caso de DROSHA-DGCR8, el
dominio de especificidad est� localizado en una cadena polipept�dica separada de
los dominios ARNasa III. Se ha propuesto que el dominio WW de uni�n a prolinas de
DGCR8 interacciona con el extremo N-terminal de DROSHA, rico en prolinas. Es
posible que DROSHA tenga otras posibles prote�nas asociadas que presenten dominios
WW que aporten especificidades de sustrato alteARNtivas y funciones biol�gicas
adicionales de DROSHA.

El procesamiento eficiente de los pre-micro-ARN por DROSHA requiere la presencia de

largas colas de ARN de hebra simple tanto en el extremo 3' como 5' de la mol�cula
en horquilla.28? Estos motivos de ARN de hebra simple (ssARN) pueden variar en
composici�n, mientras que su longitud es de gran importancia para que el
procesamiento tenga lugar. Un an�lisis bioinform�tico de pri-micro-ARN en humanos y
moscas identific� regiones estructurales similares, denominadas 'segmentos basales
(basal segments)', 'tallos inferiores (lower stems)', 'tallos superiores (upper
stems)' y 'asas terminales (terminal loops)'; bas�ndose en estas estructuras
conservadas, se han determinado perfiles termodin�micos de los pri-micro-ARN.29? El
complejo de DROSHA (Microprocesador) corta la mol�cula de ARN ~2 vueltas de h�lice
a partir del asa terminal y ~1 vuelta de h�lice a partir de los segmentos basales.
En la mayor�a de las mol�culas analizadas esta regi�n contiene nucle�tidos no
apareados y la energ�a libre del d�plex es relativamente alta en comparaci�n con
las regiones tallo superior e inferior [cita requerida]. La mayor parte de los pre-
micro-ARN no presentan una estructura de ARN doble hebra (dsARN) perfecta con un
asa terminal final. Existen algunas explicaciones posibles para esta selectividad.
Una podr�a ser que dsARN m�s largos de 21 pares de bases activan la respuesta de
Interfer�n y la maquinaria antiviral de la c�lula. Otra explicaci�n plausible
podr�a ser que el perfil termodin�mico del pre-micro-ARN determina qu� hebra ser�
incorporada en el complejo DICER. De hecho, se han detectado claras similitudes
entre pri-micro-ARN codificados bien en hebras 5' o 3'.29?

Una vez generado el pre-micro-ARN, DICER corta el tallo-asa (stem-loop) y se forman

dos mol�culas complementarias cortas, pero s�lo una se integra en el complejo RISC
(la antisentido), como ocurre con los siARNs. Esta hebra se conoce como la hebra
gu�a, que es seleccionada por la prote�na Argonauta, la ARNasa catal�ticamente
activa en el complejo RISC, en funci�n de la estabilidad del extremo 5'.30? La otra
hebra (la sentido), conocida como anti-gu�a o hebra pasajera, es degradada por el
complejo RISC.31? Despu�s de su integraci�n en el complejo RISC, ahora activado
(ver las notas sobre el complejo RISC en siARNs), los micro-ARN se emparejan de
acuerdo con su secuencia de bases con la mol�cula de ARNm complementaria, y en
animales, a diferencia con los siARN, en la mayor�a de los casos inducen la
inhibici�n de la traducci�n de dicho mARN.

Sin embargo, a pesar de que DICER es una enzima fundamental en el procesamiento de

los micro-ARN, se ha identificado una ruta de biog�nesis de micro-ARN independiente
de DICER que utiliza la actividad catal�tica de corte de Argonauta2 (Ago2). As�, a
diferencia de otros micro-ARN, los niveles de algunos micro-ARN (miR-451-5', miR-
2190-5', miR-2190-3', y miR-735-5') no se alteran en mutantes con p�rdida de
funci�n de DICER, pero disminuyen en mutantes MZago2 (cig�tico mateARNl). En el
caso de miR-451 (un micro-ARN implicado en la diferenciaci�n de la l�nea
eritroide32?), el procesamiento de pre-miR-451 requiere la actividad catal�tica de
Ago2 in vivo. Los mutantes MZago2 muestran un retraso en la eritropoyesis que puede
rescatarse utilizando Ago2 de tipo salvaje o con d�plex de miR-451, pero no con
Ago2 catal�ticamente inactiva. Por ello, se ha sugerido que Ago2 es capaz de
generar micro-ARN funcionales independientemente de Dicer.33? Resultados similares
se han observado en organismos diferentes.34?

Como se indica en el caso de los siARN, todav�a no est� claro c�mo el complejo RISC
activado localiza los mARN complementarios en el interior celular. Las prote�nas
Argonauta, los componentes catal�ticos de RISC, est�n localizadas en regiones
espec�ficas del citoplasma denominadas P-bodies (cuerpos-P, o cuerpos citopl�smicos
o cuerpos GW, porque contienen la prote�na GW182), los cuales son regiones con
altas tasas de degradaci�n de mARN;35? tambi�n se ha detectado actividad micro-ARN
en los P-bodies.36? La alteraci�n de los P-bodies disminuye la eficiencia del
proceso de iARN, lo que sugerir�a que los P-bodies podr�an ser un lugar cr�tico
para el proceso de iARN.37? Sin embargo, estudios posteriores han demostrado que
los P-bodies no son imprescindibles para el proceso de iARN, ya que c�lulas sin P-
bodies pueden producir silenciamiento tanto con siARN como con micro-ARN.38?

Modo de funcionamiento
A pesar del importante progreso realizado en la comprensi�n de la biog�nesis y la
funci�n de los micro-ARN, los mecanismos utilizados por los micro-ARN para regular
la expresi�n g�nica permanecen bajo un intenso debate.39? En efecto, existen
trabajos publicados que indican que los micro-ARN en c�lulas animales reprimen la
expresi�n g�nica de cuatro formas diferentes:

degradaci�n de la prote�na durante la traducci�n

inhibici�n de la elongaci�n de la traducci�n
terminaci�n prematura de la traducci�n (disgregaci�n de los ribosomas)
inhibici�n de la iniciaci�n de la traducci�n
Adem�s, los micro-ARN en animales pueden inducir una degradaci�n significativa de
los mARN diana (como los micro-ARN de plantas), a pesar del apareamiento imperfecto
mARN-micro-ARN. Sin embargo, el mecanismo de degradaci�n suele ser diferente: los
micro-ARN inducen la degradaci�n de los mARN diana mediante la eliminaci�n de la
caperuza (en el extremo 5') y de la cola de poliadeninas (poly-A, en el extremo
3').40? Finalmente, los miARN podr�an tambi�n silenciar sus mARN dianas
secuestr�ndolos en foci (sitios) citopl�smicos discretos, los cuerpos de
procesamiento de mARN o P bodies, que carecen de maquinaria de traducci�n. Sin
embargo, a pesar de las discrepancias existentes entre los diferentes mecanismos
propuestos, los apoyos experimentales para cada mecanismo son variados, y son el
objeto actual de intensos estudios, para tratar de elucidarlas. Se ha sugerido que
las diferencias observadas se deben a deficiencias en los experimentos realizados,
en algunos casos originadas por la utilizaci�n de modelos err�neos en los estudios
de regulaci�n de la traducci�n.41?

Por �ltimo, en estudios recientes se ha detectado que en determinadas condiciones,

los micro-ARN pueden tambi�n activar la s�ntesis proteica.42?

Caracter�sticas generales de los micro-ARN:39?

Se asocian a la regi�n 3� UTR de los ARNm diana.

Hacen falta muchos sitios de uni�n para activar la respuesta de los micro-ARN (la
uni�n de uno solo no produce efectos significativos).
Un mARN puede estar regulado por diferentes micro-ARN.
Un �nico micro-ARN puede controlar la actividad de cientos de mARN diferentes.43?
Los primeros estudios a gran escala publicados en Nature en 2008, que utilizan una
variante de la t�cnica de espectrometr�a de masas denominada SILAC (marcado estable
de amino�cidos con is�topos pesados en cultivo celular, Stable Isotope Labelling
with Amino acids in Cell culture) para detectar las prote�nas afectadas al reducir
o aumentar los niveles de un micro-ARN concreto, muestran que en efecto, un �nico
micro-ARN puede reducir los niveles de cientos de prote�nas mediante el bloqueo de
su traducci�n, no s�lo degradando sus mARN.44?45? El descubrimiento m�s llamativo
de estos estudios es que los efectos de los micro-ARN sobre las prote�nas son
habitualmente bastante modestos, modificando sus niveles de expresi�n tan s�lo en
un factor 2. Sin embargo, a pesar de que los efectos de los micro-ARN pueden ser
sutiles, tambi�n pueden ser potentes: los micro-ARN parecen intervenir en la
regulaci�n de la expresi�n g�nica realizando un ajuste fino, de forma compleja e
interconectada.
La especificidad y la funci�n de los micro-ARN est�n determinados por los
nucle�tidos 2 a 7 de la parte 5' de los micro-ARN maduros (la llamada regi�n
"semilla" del micro-ARN): dichos nucle�tidos deben ser obligatoriamente
complementarios al mARN diana.46?
Un micro-ARN puede ser funcional aunque no haya sido sintetizado en el n�cleo: un
micro-ARN introducido en la c�lula por transfecci�n puede inhibir eficazmente la
s�ntesis de prote�nas. En este caso, como ocurre con los siARNs, el efecto del
micro-ARN se puede modular extracelularmente utilizando mol�culas qu�micas
peque�as. En un estudio publicado en agosto de 2008, se desarroll� un ensayo basado
en c�lulas para monitorizar la actividad de la ruta del iARN, y los autores
detectaron que la mol�cula enoxacin (Penetrex) mejora la degradaci�n del mARN
mediada por siARN, y promueve la biog�nesis de los micro-ARN end�genos.47? Este
art�culo prueba que peque�as mol�culas qu�micas pueden mejorar la eficacia de la
ruta del iARN, lo que podr�a ser �til en el desarrollo de herramientas terap�uticas
y para la investigaci�n.
El micro-ARN es el responsable de la especificiad de sustrato (el mARN diana) del
miRNP (complejo micro-ribo-nucleo-proteico, el micro-ARN unido al complejo RISC).
Funci�n biol�gica