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TRANSCRIPCIÓN EN PROCARIOTAS

1. ¿Cuál es la diferencia entre los requerimientos de un primer en la transcripción del RNA comparado
con la replicación del DNA?

La replicación precisa de primers o iniciadores, sintetizadas por la primasa. Estos iniciadores son
fragmentos cortos de RNA, al cual se une la DNA polimerasa para iniciar la adición de
desoxirribonucleotidos. El proceso de transcripción no requiere de cebadores, pues las RNA polimerasas
tienen la capacidad de iniciar la síntesis de la nada.

2. Enliste tres propiedades de la RNA polimerasa de E. coli.

 Encargada del proceso de transcripción. No requiere de fragmentos iniciadores. La enzima se fija a un


lugar específico de la cadena plantilla: el promotor.

 La enzima es dependiente de un patrón de DNA para sintetizar el ARN.

 No tiene actividad exonucleasa, es decir no es correctora.

 Consta de dos subunidades α idénticas, similares a las subunidades β y βʹ, y una subunidad ω. La
subunidad β se une a iones de Mg2+, y compone la subunidad catalítica. El centro de la RNA polimerasa,
ββʹα2ω, a menudo llamada E, se asocia con un factor proteínico específico (el factor sigma [σ]) para
formar la holoenzima, ββʹα2ωσ, o Eσ. La subunidad σ ayuda al centro de la enzima a reconocer y unirse
a la secuencia de desoxinucleótido específica de la región promotora para formar el complejo de preinicio
(pIC).

3. ¿Qué subunidades componen la RNA polimerasa?

 Dos subunidades alfa (α)


 Dos subunidades beta (β – β’), estas cuatro subunidades conforman la core enzyme
 1 subunidad sigma (σ), junto con la cual forman la holoenzima.

4. ¿Cuál es la diferencia entre la core enzyme y la holoenzima?

Core enzyme: Formada por las subunidades alfa, beta y omega


Holoenzima: Constituida por las anteriores, además del factor sigma.

5. ¿Cuáles son los diferentes términos usados para describir las dos cadenas de DNA involucrados en
la transcripción?

Cadena plantilla (3’-5´), La cadena que se transcribe o copia hacia una molécula de RNA.
Cadena codificante (5’-3’), Se denomina así porque, con la excepción de cambios de T por U, corresponde
con precisión a la secuencia de la transcripción primaria de RNA, que codifica para el producto (proteína)
del gen

6. Defina región promotora y liste tres de sus propiedades

Una región promotora es un fragmento del gen al que se une la holoenzima (RNA Pol), para realizar el
proceso de transcripción. Posee las siguientes características:

 Posee secuencias conservadas, tales como: Una región -35, que corresponde a 35 pares de base aguas
arriba del sitio de inicio de la transcripción, con una secuencia de consenso de 8 pares de nucleótidos
(5ʹ-TGTTGACA-3ʹ); una región -10, ubicada a 10 pares de bases arriba del sitio de inicio, con una
secuencia rica en A + T de seis pares de bases (5ʹ-TATAAT-3ʹ); y una región +1, donde inicia la
transcripción.
No conseguí más características. Se los dejo a Ustedes 

7. Ordenar los elementos: (Up element, pribnow box, TSS, -35 region, fis site)

-35 region ---- Pribnow box ---- TSS (Sitio de inicio de la transcripción)

Up element
El elemento fis site no lo encontré en ningún libro.
8. Distinga entre la terminación dependiente de rho y la terminación intrínseca

Las señales de terminación intrínseca se distinguen por la presencia de regiones palindrómicas que forman
horquillas (hairpin), la estructura tallo-lazo incluye una región rica en G-C y es seguida por un fragmento
abundante en residuos de U. La formación de esta horquilla de RNA hace que la RNA polimerasa haga una
pausa que de alguna manera induce la terminación de cadena. Esta pausa es aprovechada por la proteina
del factor rho que actúa en terminadores dependientes de ρ, siendo estos la gran mayoría en E. coli. El
factor ρ se une a la cadena naciente de ARN, viaja a través de ella hasta que se encuentra con la RNApol,
cuando esta alcanza su sitio de terminación, ρ actúa sobre el hibrido ADN-ARN, para provocar la liberación
del ARN de la enzima.

9. Dibuje una sección de ADN a ser transcrita. Use distintos nombres para las dos cadenas.

Hebra no molde
Cadena sentido

Hebra molde
Cadena antisentido

REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN EN PROCARIOTAS

1. Defina inductor y represor

La iniciación de la transcripción está regulada por factores de transcripción que pueden actuar de dos formas
diferentes:

 Represores si la regulación es negativa. Ellos bloquean el acceso de la RNA polimerasa a los


promotores, uniéndose a los operones. El producto del gen regulador reprime o impide la expresión de
los genes.
 Inductor si la regulación es positiva. Ellos se unen cerca del promotor, aumentan la interacción entre la
RNA polimerasa con este. Se enlazan a sitios adyacentes al promotor. El producto del gen regulador
activa la expresión de los genes.

De igual manera, la síntesis de las enzimas en respuesta a la aparición de un sustrato específico se denomina
inducción. Sin embargo, si el medio proporciona un sustrato específico, la producción de la enzima es
interrumpida de inmediato. A este efecto se le conoce como represión.

2. ¿Qué es el factor sigma? ¿Cuál es su importancia en la transcripción?

El factor sigma es la subunidad de la RNA polimerasa que determina la elección del conjunto de promotores
en los que debe iniciarse la transcripción. Su importancia radica en la especificidad que le concede a la RNA
pol de unirse al sitio promotor y en controlar la eficacia con la que se inicia la síntesis de ARN. Cuando este
factor se une a la core enzima (las dos alfas y las dos beta), formando la holoenzima, la capacita para la
unión específica a los promotores y para dar inicio a la transcripción. La sustitución de factores sigma
provoca que la holoenzima reconozca a un conjunto diferente de promotores. Esta elección alternativa del
factor sigma responde a cambios ambientales y provoca la transcripción de genes cuyos productos protegen
a la célula frente a estos.

3. ¿Cuál es la diferencia entre σ70 y σ32?

En condiciones normales, el factor σ70 es el encargado de la transcripción de la mayor parte de los genes,
esto es los genes constitutivos o “housekeeping”. Por otra parte, el factor σ32, es un factor alternativo que
provoca la transcripción de genes de choque térmico y por tanto le permite a la célula protegerse frente a
los mismos. La proteína σ32 es inestable, lo cual favorece que su cantidad aumente o disminuya con rapidez.
Este factor se activa con la presencia de proteinas desplegadas o desnaturalizadas producto del aumento
de temperatura.

4. ¿Cuál es la función de la proteína activador del catabolito (CAP)?

La proteína activadora por catabolitos (CAP) es un dímero que al unirse al AMPc (Adenosín monofosfato
cíclico-CAMP), se activa y estimula la transcripción de los genes del operón lactosa, de manera que la
proteína activadora CAP-AMPc es necesaria para la unión de la ARN polimerasa al promotor de los genes
del operón lactosa.

5. ¿Qué es la atenuación de la transcripción?

La atenuación es un mecanismo de control que se da en ciertos operones de rutas biosintéticas (sobre todo
de aminoácidos), por el cual una onda de transcripción recién iniciada puede terminar prematuramente en
una zona denominada atenuador, antes de alcanzar al primer gen estructural de ese operón.

A nivel de ADN, el atenuador está situado entre el promotor y el inicio del primer gen estructural, dentro de
la porción que a nivel de ARN representa al "líder".

La atenuación se produce por un control ejercido por la traducción, que a su vez responde al nivel intracelular
del ARNt cargado con el aminoácido de la ruta biosintética en cuestión:

 Si existe suficiente nivel de ese aa-ARNt, habrá atenuación de la transcripción;


 Si no existe suficiente de ese aa-ARNt, no habrá atenuación, y por lo tanto la transcripción continuará
hasta el final.

La presencia o ausencia del aa-ARNt concreto determina si el ribosoma puede traducir, o no, una zona
temprana del ARNm (dentro de la porción del líder): si el ribosoma puede traducir esa zona (porque existe
nivel de ese aa-ARNt), el avance del ribosoma detrás de la ARN polimerasa impide ciertos emparejamientos
intracatenarios dentro del ARNm naciente, pero permite otros emparejamientos alternativos de modo que
se forma una estructura secundaria de tipo terminador simple (independiente de rho). Por lo tanto la ARN-
polimerasa se atranca en esta horquilla y finalmente se separa, deteniéndose así la transcripción antes de
que la onda de transcripción haya alcanzado al primer gen estructural.

6. ¿Cuál es el rol del operón en la síntesis de enzimas en procariotas?

El operón es una disposición lineal de genes que participan en una vía metabólica. La expresión de estos
genes estructurales, está regulada por sitios de control (promotor y operador), y por los genes reguladores.
El producto de la transcripción de estos genes, son enzimas que están relacionadas con el metabolismo de
diferentes sustratos alimenticios para las bacterias, como por ejemplo el operón lactosa que determina la
expresión de las enzimas que metabolizan y permean la lactosa en las células.

7. Represente una terminación de transcripción mostrando cómo las repeticiones invertidas pueden
estar involucradas en la liberación del RNA transcrito.

8. De un ejemplo de un sistema en el cual los factores sigma alternativos pueden controlar cuáles
genes son transcritos. Explique cómo trabaja.

El factor σ54, es un factor sigma alternativo presente en pocas cantidades en E. coli, este es activado cuando
no hay amonio en el sustrato y desplaza al factor σ70. Bajo estas condiciones, los genes son activados para
utilizar otras fuentes de nitrógeno. En general, los factores sigma alternativos provocan que la RNA
polimerasa inicie en un conjunto particular de promotores, en consecuencia se desactiva la transcripción del
conjunto antiguo de genes y se activa la de un conjunto nuevo, para hacer frente a cambios ambientales
específicos.

9. Explique con diagramas ¿cómo trabaja la atenuación de la transcripción en el operón triptófano?

El operón triptófano (operón trp) es un sistema de tipo represible, ya que el aminoácido triptófano
(Correpresor) impide la expresión de los genes necesarios para su propia síntesis cuando hay niveles
elevados del mismo. Sin embargo, en ausencia de triptófano o a niveles muy bajos se transcriben los genes
del operón trp. Los elementos del operón trp son en esencia semejantes a los del operón lactosa:

 Genes estructurales: existen cinco genes estructurales en el siguiente orden trpE-trpD-trpC-trpB-


trpA.

 Elementos de control: promotor (P) y operador (O). El promotor y el operador están al lado de los
genes estructurales y en el siguiente orden: P O trpE-trpD-trpC-trpB-trpA. Curiosamente, las enzimas
codificadas por estos cinco genes estructurales actúan en la ruta metabólica de síntesis del triptófano
en el mismo orden en el que se encuentran los genes en el cromosoma.

 Gen regulador (trpR): codifica para la proteína reguladora. Este gen se encuentra en otra región del
cromosoma bacteriano aunque no muy lejos del operón.

 Correpresor: triptófano.

Atenuador es una región del ADN inactivada por la deleción (pérdida de bases), ya que su presencia conduce
aparentemente a disminuir la tasa de transcripción.

Yanofsky comprobó utilizando mutantes trpR- que incluso en presencia de altos niveles de trp, que deberían
hacer que la región atenuadora redujera en 10 veces la tasa de transcripción, se seguían transcribiendo las
primeras 141 bases de la región líder del ARN-m del operón trp, aunque el ARN-m de longitud normal solo
aparecía a un nivel 10 veces menor. De forma que, en presencia de altos niveles de trp las primeras 141 bases
se transcriben al máximo, pero por el mecanismo de atenuación que tiene lugar en esa región, solamente uno
de cada 10 ARN m se transcribe hasta el final. Por consiguiente, la región atenuadora actúa como una región
terminadora de la transcripción en presencia de triptófano, mientras que en ausencia de triptófano el
atenuador se desactiva y todas las moléculas de ARN m se completan.

La región líder del operón triptófano se caracteriza por tener una sede de reconocimiento para los ribosomas y
los codones de 14 aminoácidos, entre ellos dos residuos de triptófano. Además, la siguiente región puede formar
una estructura secundaria palindrómica en forma de lazo u horquilla. Cuando los niveles de triptófano son altos,
la traducción de la primera parte del segmento líder del mensajero impide de alguna manera la transcripción
más allá de la estructura secundaria. Cuando los niveles de triptófano son bajos disminuye o cesa la traducción
del polipéptido sintetizado por la secuencia líder, permitiendo que la ARN polimerasa transcriba el operón
completo. Aunque no se conoce la forma en la que tiene lugar la terminación anticipada, es posible que los
ribosomas que traducen la región líder produzcan la desaparición de la estructura secundaria de la segunda
parte de la región líder y se produzca el reconocimiento de esta región por el factor ρ de terminación.

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