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Nella scorsa lezione abbiamo visto che la struttura fondamentale del DNA è quella del nucleosoma, formato

da un ottamero di istoni, 8 formano il core dell’ estone, e l’ istone H1 fa da clinker tra i vari ottametri.
Nel core le uniche sono presenti delle code amino terminali e sono le uniche porzioni che escono dal
nucleosoma, la parte centrale dello scaffold istonico rimane al centro e non è accessibile.
le code sono soggette ad alcune modifiche, alcuni amminoacidi di queste code possono subire delle
modifiche:
1)acetilazione che avviene su arginina o lisina
2)fosforilazione che avviene su serina
3)metilazione che avviene su arginina o lisina

a seconda di quali modificazioni avvengono sulle code amino terminali si avrà un effetto sul grado di
compattazione del nucleosoma (il cromosoma molto compattato non viene trascritto, un cromosoma
lassamente compattato viene trascritto):
l’ acetilazione di solito è correlata all’ attivazione della trascrizione, mentre la deacetilazione inibisce la
trascrizione; la metilazione ha un ruolo dubbio in quanto a volte attiva la trascrizione e a volte ha una
valenza repressoria, questo dipende da quale amminoacido viene mutilato; la fosforilazione invece è sempre
testimonianza di una inibizione.

gli istoni sono proteine basiche (quindi cariche positivamente) e il DNA è un acido (quindi carico
negativamente); l’ acetilazione, portata avanti dagli enzimi istone acetil transferasi, aggiungono un gruppo
acetifico CH3CO alla lisina che così neutralizza la sua carica positiva, così facendo rendo meno compatta l’
interazione tra DNA ed istoni, così è più facile che gli apparati di trascrizione e replicazione possono fare il
loro lavoro. queste modifiche sono reversibili. la famiglia delle istone deacetilasi rimuove il gruppo acetile e
quindi aumenta la compattazione del nucleosoma.
nel DNA esistono dei domini, chiamati bromodomini, che hanno alta affinità con le code acetilate, questi
domini, infatti, sono presenti nel DNA da trascrivere,altri domini, chiamati cromodomini, invece, riconoscono
le code mettilate.
il grado di compattazione del DNA non dipende solo dalla acetilazione delle code amino terminali (non è
sufficiente solo l’ acetilazione), devono intervenire anche i complessi di rimodellamento della cromatina, che
possono sia rendere più accessibile la trascrizione, ma anche spostare i rocchetti, o far scivolare i rocchetti
istonici (visti nella lezione precedente).
fino ad ora abbiamo parlato di modificazione che avvengono a livello degli amminoacidi, quindi a livello di
proteine, esiste un’ altra modificazione, sempre metilazione, che consiste nell’ aggiunta di un gruppo metile
nel carbonio 5 della citosina, questa è una modificazione del DNA e non sulle proteine, queste proteine si
chiamano DNA metili transferasi o DNA demetiltransferasi. questo tipo di metilazione ha sempre un maggior
grado di compattazione, quindi inibisce la trascrizione (mentre la metilazione a livello delle code ammino
terminali a volte inibisce a volte attiva la trascrizione).

MECCANISMI DI RIPARAZIONE DEI DANNI A LIVELLO DEL DNA

le mutazioni che vengono fissate a livello del genoma in realtà derivano da un equilibrio che si viene a
stabilire tra il tasso di mutazione (che si possono avere a livello della duplicazione cellulare, la mutazione è
un cambiamento della sequenza nucleotidica del DNA, le mutazioni non sempre sono deleterie, sono anche
alla base dell’ evoluzione).
il danno al DNA può essere causato da un danno intrinseco: gli enzimi che sono predisposti alla replicazione
del DNA possono commettere degli errori. la DNA polimerasi stessa ha un meccanismo di proof reading che
permette di rendersi conto dell’ errore commesso, elimina la base sbagliata e riprende il suo lavoro.
il danno al DNA può essere causato da un danno esogeno, ci sono sostanze chimiche, o raggi x o
ultravioletti che provocano danno al DNA, i danni possono essere di varia natura e i meccanismi sono molti.
un altro danno al DNA considerato intrinseco è causato dai trasposoni, che sono sequenze genetiche mobili
lunghe anche centinaia di basi, che hanno la capacità di spostarsi da una parte all’ altra del genoma, questi
trasferimenti sono sporadici, ma possono avvenire; quando avviene questo spostamento in un punto che
deve essere tradotto abbiamo dei danni, e si può anche avere la perdita della proteina che doveva essere
tradotta.
queste mutazioni possono essere di due tipi:
1)transizione:quando al posto di una purina io sostituisco un’ altra purina e una pirimidina con una pirimidina
2)trasversioni: quando ho una pirimidina ci sostituisco una purina e viceversa.

se queste mutazioni non vengono riconosciute subito, queste rimangono nella sequenza del DNA in maniera
indefinita: nella replicazione quando si apre la doppia elica una filamento è corretto, l’ altro non lo è e quindi
si crea un mismatch, se gli apparati di riproduzione riconoscono il mismatch viene levata la base sbagliata e
messa quella giusta, se però questo errore non viene corretto subito e il DNA con mutazione viene duplicato
l’ apparato di replicazione non si può più accorgere quale delle due basi è sbagliata e quindi l’ errore viene
fissato.
la DNA polimerasi ha un suo tasso di errore, inserisce un nucleotide sbagliato ogni 10^5 nucleotidi
sintetizzati, il processo di proof reading fa abbassare l’ errore ad uno alla 10^7 nucleotidi sintetizzati, altri
processi lo alzeranno a 1^10.

la tautomeria delle basi: ci sono due forme, forma amminica e forma chetonica. con una bassissima
frequenza queste paia di basi possono interconventirsi: invece del gruppo amminico ho un gruppo imminico
e invece del gruppo chetonico ho un gruppo -OH. si parla dunque di tautomeria amino-imminica e tautomeria
cheto-enolica. l’ equilibrio in natura è spostato verso la forma amminica e chetonica.
questa tautomeria fa cambiare la predisposizioni delle basi a formare legami ad idrogeno: la forma amminica
è un donatore di idrogeno e la forma imminica è un accettore di idrogeno.
in definitiva la tautomeria provoca un disaccoppiamento delle basi, la timina dalla forma chetonica alla
enolica non si appaierà più con la adenina ma si appaierà con la guanina (in pratica si appaiono con l’ altra
adenina o l’ altra pirimidina).
la DNA polimerasi inserisce una citosina per appaiare l’ adenina nella forma tautomera, quindi qui si trova un
errore che si avverte non quando l’ adenina è in forma tautomerica, ma quando l’ adenina ritorna nella sua
forma normale e quindi qui si ha un mismatch, la DNA polimerasi ha un sito esonucleasico che viene attivato
nel momento in cui la DNA polimerasi avverte un punto di mismatch; è la DNA polimerasi che avverte l’
errore stesso, corregge l’ errore e poi riparte.
se la DNA polimerasi non riconosce l’ errore ci sono degli apparati che vengono dopo per riparare l’ errore.
nei procarioti dove c’ è una sequenza CTAG si trova una sequenza metilata, quindi normalmente entrambe
le eliche vengono metilate, ma questo avviene subito dopo la duplicazione, quindi gli apparati riparatori post
replicazione riconoscono quale filamento ha la sequenza metilata e solo così capiscono quale era il
filamento vecchio e riparano l’ errore. questi complessi in E. coli si chiamano "complessi di riparazione del
mismatch” e sono:
MUTL che riconosce il gruppo metilico in corrispondenza del mismatch
MUTS che si associa con il mismatch
MUTH che ha capacità endonucleasiche e quindi taglia il filamento nuovo.
questi complessi riconoscono il mismatch, rimuovono la sequenza che contiene il nucleotide sbagliato e poi
viene rinserito il nucleotide giusto.
negli eucarioti il filamento vecchio dal filamento nuovo viene riconosciuto perché nella fase subito dopo la
replicazione il filamento di neosintesi si trova sotto forma di frammenti di Okazaki. anche negli eucarioti ci
sono proteine che svolgono la stessa funzione di muth muts e mutl.

i danni al DNA che possono essere generati da sostanze di varia natura (si parla di danni che quindi non
avvengono durante la replicazione ma che possono avvenire in ogni momento); ci sono dei meccanismi di
idrolisi spontanea. l’ adenina mediante idrolisi viene deaminata e viene trasformata in ipoxantina, la citosina
per idrolisi diventa uracile, la guaina per idrolisi diventa xantina. queste basi sono basi che si appaiono con
basi diverse da quelle con cui si appaiavano in origine. si scambiano le basi, ipoxantina per esempio con
citosina.

la depurinazione fa perdere tutta la base per idrolisi.


esistono degli enzimi che scannerizzano il DNA e riconoscono se ci sono delle basi insolite che sono diverse
dalle solite; se trovano una base anomala la riconoscono e viene eliminata; esiste solo una eccezione e si
ha quando per idrolisi si ha la perdita del gruppo amminico della 5 metili citosina; se questa base viene
idrolizzata (perde il gruppo amminico) si trasforma in una timina e questi enzimi non possono capire se è
una base sbagliata.
tra i danni più frequenti troviamo l’ alchilazione: aggiunta dei gruppi metilici o etilici delle basi, si vengono a
formare basi modificate che i nostri apparati vengono riconosciuti come sbagliati e vengono modificati.
in presenza di radicali liberi possiamo avere la ossidazione, una delle basi azotate soggetta ad ossidazione
è la guaina che si trasforma in oxo otto guanina che si appaia con la adenina (è una transversione).

i danni dovuti alla radiazione ultravioletta: una esposizione prolungata alla radiazione solare avviene a livello
di un filamento di DNA dove abbiamo due timine accanto si viene a formare dimeri di timina, si formano
legami covalenti che fanno formare assieme due timine e così formano una sola molecola.
le radiazioni gamma provocano un altro tipo, la rottura dei filamenti, con rottura dei legami fosfodiestere.
gli analoghi delle basi sono delle basi lievemente diverse che il nostro organismo non riconosce come
diverse e quindi possono essere inserite in sostituzione delle basi normalmente presenti:5 bromo uracile è
un analogo della timina, ma il 5 bromo gracile si appaia normalmente alla adenina; ma quando il 5 bromo
gracile tautomerizza dalla forma chetonica alla forma enolica forma degli appaiamenti sbagliati e si va ad
appaiare con la guainina.
gli ultimi agenti sono gli agenti intercalanti che ricordano vagamente le basi azotate, si chiamano intercalanti
perché possono inserirsi proprio nella doppia elica tra le basi. questi agenti impallano la sequenza e la fanno
saltare provocando dei danni. il più importante è il bromuro di etilio, viene utilizzato in laboratorio che se
viene irraggiato dalla radiazione ultravioletta emette fluorescenza.

i meccanismi di riparazione. abbiamo già parlato dell’ attività proof reading, se non avviene questa
riparazione abbiamo la riparazione dei mismatch grazie ai complessi MUTL MUTH e MUTS a livello dei
procarioti e complessi analoghi negli eucarioti.
complessi di fotoriattivazione che servono ad eliminati i dimeri di timina indotti dai raggi ultravioletti.
quando abbiamo basi danneggiate (ipoxantina, xantina, basi ossidate, alchilate….) avviene il meccanismo di
riparazione per escissione di base, avviene il meccanismo di scissione dei nucleotidi.
la riparazione delle rotture a doppio filamento che tendono a riparare le condizioni prima del danno.
la riparazione dei dimeri di pirimidina, avviene grazie a sintesi di DNA per translesione

la fotoriattivazione è un meccanismo: esiste enzima che si chiama DNAfotoliasi che grazie all’ energia
luminosa ripara i dimeri di timina (dovuti ai legami covalenti che si formano tra due timone adiacenti); la DNA
fotoliasi rompe i filamenti che si sono formati tra le due timine. esiste un altro meccanismo che serve ad
eliminare un gruppo metilico, la guaina è una base azotata che viene modificata per metilazione, un unico
enzima fa tutto e contiene nel sito attivo una cisterna, questo meccanismo è altamente specifico e serve per
riparare solo questo errore. questo enzima può riparare solo un errore, per riparare un altro errore deve
esserne sintetizzato un altro; una volta attivato l’ enzima non può essere riattivato.