Un altro danno che avviene a livello della metili guaina (tra gli agenti alchilanti si può avere un’

aggiunta di
gruppi metilici): un tipico danno si può avere a livello dell’ ossigeno in posizione 6 di un gruppo metilico,
questa struttura viene riconosciuto dall’ enzima metiltransferasi che contiene nel sito attivo una cisterna la
quale viene metilata sottraendo il gruppo metile alla guaina e prendendolo l’ enzima. questo enzima quando
prende il gruppo metile diviene inattivo, questa inattivazione diviene irreversibile, ogni qualvolta l’ enzima
prende parte alla reazione diventa completamente inattivo. ogni qualvolta avviene una reazione di questo
tipo bisogna sintetizzare un nuovo enzima.

la riparazione per scissione si divide in:

-scissione di basi:rimuove la base danneggiata,questi tipi di meccanismi di riparo riguarda le modalità di
riparazione a carico di DNA che contengono all’ interno o delle basi insolite o delle basi modificate. quando
c’ è una base modificata tendono a ribaltarsi rispetto alla loro posizione all’ esterno della doppia elica, qui l’
enzima glicosilasi rompe il legame glicosidico tra lo zucchero e la base e rimane un sito AP (apurinico
apirimidinico, perché è un sito privato della purina o della pirimidina), dopo intervengono nucleari che
rimuovono lo zucchero al quale è legata la base azotata generando un nic e successivamente la DNA
polimerasi inserirà il giusto nucleotide.
-escissione di nucleotidi: serve ad eliminare basi modificate che tendono a generare una distorsione della
doppia elica, questo è un meccanismo che rimuove i dimeri di timina (rimossi anche dalla fotolisi).
UVR A, UVR B, UVR C, UVR D, sono le proteine che, nei procarioti, sono deputate alla rimozione dei raggi
ultravioletti.
esiste un trimero (formato da due subunità alpha e una B), UVR B, che si accorge dei punti di distorsione del
DNA tramite l’ utilizzo dell’ ATP. UVR B è una elicasi che, se associata a UVR A inizia a denaturare il DNA,
successivamente arriva UVR C che taglia a monte e a valle della distorsione, rimuovendo il filamento che
conteneva il DNA modificato e successivamente la DNA polimerasi riforma il filamento corretto e la DNA
lipasi “salderà” tutto.
nell’ uomo esiste una malattia chiamata xeroderma pigmentoso, nei soggetti colpiti da questa malattia sono
carenti le attività enzimatiche di queste proteine, le persone affette da questa patologia non riescono,
dunque, a riparare i danni del DNA e quindi sono soggette a melanomi.
tutto questo è intimamente associato alla trascrizione: la presenza di queste basi modificate (e dei dimeri di
timmina) ha un effetto a livello della trascrizione (guardare immagine slide); quando arriva in corrispondenza
del mismatch quello che succede è che la RNA polimerasi si blocca e va in stallo. la RNA polimerasi si ferma
e viene reclutato il sistema di riparazione per escissione nucleotidica che apporterà la correzione e poi la
RNA polimerasi riprenderà da dove ha interrotto.
negli eucarioti oltre all’ RNA polimerasi sono presenti dei transciption factor 2, un complesso formato da più
subunità e due di queste sono le subunità XPA e XPS, l’ RNA polimerasi dunque si porta già parte del
complesso per riparare i danni al DNA.

la ricombinazione del DNA: esiste un danno, che sono le cosiddette rotture a doppio filamento del DNA,
indotte dai raggi X e gamma, che possono portare alla perdita di porzioni del DNA. qualcosa di simili può
avvenire anche in condizioni simili, si possono generare una rottura su un solo filamento, quando viene
replicato, il sistema di riparazione avverte una rottura a doppio filamento e anche in questo caso i
meccanismi di riparazione intervengono e quindi si ha una digestione da esonucleasi che portano alla
perdita del materiale ma lasciano libere delle code 3’ che si andranno ad appaiare col cromosoma fratello
perché così ricopiano la formazione mancante attraverso il cromosoma fratello e così si ripristina il taglio.
(quello che c’ è da sapere è che ci sono dei meccanismi di riparazione che grazie all’ utilizzo del cromosoma
fratello riescono a riottenere informazioni mancanti).

esiste un altro meccanismo, il secondo meccanismo delle rotture del filamento, chiamato giunzione diretta;
abbiamo il DNA rotto, e questo meccanismo riunisce le estremità tramite proteine KU: la prima operazione è
quella di avvicinare i due filamenti rotti mediato dal complesso di proteine KU; appena hanno avvicinato
questi due pezzi, grazie alla loro azione elicasica svolgono la doppia elica alla ricerca di regioni di
microomologia (regioni dove c’ è complementarietà tra le basi); così facendo ho degradazione di alcune parti
di DNA, pur di non perdere l’ informazione apportano modifiche eliminando alcune paia di basi, ma sono
comunque meno di un’ intero pezzo di cromosoma. quando è stata trovata la microomologia i due filamenti
vengono appaiati, rilegati e i due filamenti vengono ricongiunti.

SINTESI DI DNA TRANSLESIONE: si ha una neosintesi di DNA, la DNA polimerasi non riesce a superare il
mismatch perché non riescono a leggere lo stampo, queste DNA si dissociano e entrano delle DNA
polimerasi translesione (la 4 o la 5) che non copiano con molta fedeltà, sono capaci di polimerizzare
ugualmente anche in presenza di mismatch con bassa fedeltà, se per esempio ci sono due timine accanto
queste mettono delle basi a caso, inseriscono mutazioni ma permettono di superare il mismatch
permettendo di portare avanti la replicazione. appena hanno risolto il problema si dissociano subito e ritorna
la DNA polimerasi “classica. questo è fatto nei batteri dal test di hames che permette di fare uno screening di
massima (=veloci) per capire se una sostanza è mutagena o no: si prende un batterio, che ha alcuni ceppi
alcuni hanno la capacità di sintetizzare istidina, per cui non hanno bisogno dell’ istidina, e altri non la
possono sintetizzare e quindi hanno bisogno di istidina per sopravvivere. prendendo una piastra petri e
cosparsa con il batterio con istidina - (quello che può crescere solo in presenza di istidina) ma la piastra non
ha istidina quindi le colonie che sopravvivono sono quelle modificate che possono sopravvivere anche in
assenza di istidina. se l’ agente è un mutageno questo avviene con più facilità.

REPLICAZIONE DEL DNA

nella prima lezione parlammo della struttura del DNA (articolo di watson e crick), la replicazione del DNA
segue un metodo semiconservativo grazie agli esperimenti di medinson e stahl (esperimento fatto da loro)
abbandonando l’ ipotesi conservativa e dispersiva.
i substrati necessari per la sintesi del DNA sono:
1)deossinucleosidi trifosfato, formati da tre gruppi fosfato una base azotata e un desossiribosio, quando
questi nucleotidi vengono inclusi nel DNA io ho perdita di un pirofosfato (perdere gli ultimi due gruppi fosfato
facendone rimanere uno).
2)la DNA polimerasi, a differenza della RNA polimerasi, ha bisogno di un primer, che deve essere associato
al DNA stampo, che contiene un gruppo ossidrilico libero in posizione 3. (guardare slide).
se l’ appaiamento tra le basi è corretto le molecole si trovano nella posizione corretta in modo che il gruppo
OH faccia un attacco nucleofilo al gruppo fosfato del nucleoside entrante; se invece, per errore, si ha una
base sbagliata, non si possono formare i giusti legami ad idrogeno tra le basi e le molecole non possono
formare l’ attacco nucleofilo, la reazione avviene ma il processo si rallenta molto.
la DNA polimerasi viene paragonata ad una mano e a livello del palmo troviamo il sito catalitico (punto dove
avviene il sito di polimerizzazione) a livello della base della mano si ha la reazione di polimerizzazione e le
DNA polimerasi dipendono da ioni metallici (zinco e magnesio che cooperano per portare avanti la reazione:
lo zinco fa dissociare il protone del gruppo ossidrilico dell’ innesco per fare l’ attacco nucleofilo e il magnesio
indirizza i gruppi fosfato).
a livello del sito catalitico il DNA stampo viene curvato di 90 gradi in modo che nel momento dell’
appaiamento venga esposto solo un nucleotide per rendere più fedele la reazione di associazione delle basi
(guardare slide); si espone nel sito un nucleotide alla volta.
la DNA polimerasi è un enzima altamente processivo (=il numero medio di nucleotidi polimerizzati dall’
enzima ogni volta che si lega ad una giunzione innesco stampo, la DNA polimerasi polimerizza 1000
nucleotidi al secondo); se la DNApolimerasi non è processavi, questa aggiunge un nucleotide e si stacca,
poi si riattacca aggiunge un nucleotide e si ristacca. nella DNA polimerasi processiva la sintesi è veloce, dal
momento che si attacca questa prima che si dissocia appaia molti nucleotidi. per aumentare la progressività
della DNA polimerasi ci sono delle proteine che coadiuvano questo meccanismo e che servono a mantenere
la DNA polimerasi strettamente associata al DNA (tengono la DNA polimerasi sul DNA) si chiamano sliding
camp.
quando una base tautomerizza viene inserita in via di sintesi nel DNA una base scorretta, la DNA polimerasi
non si accorge subito dell’ errore, ma dopo la forma tautomerica può cambiare forma e quindi non si appaia
bene, la DNA polimerasi si accorge di questo e ha con sé un sito esonucleasico nel palmo della mano che
rimuove il nucleotide sbagliato, e rimette quello giusto.

nel momento in cui il DNA si replica si forma la cosiddetta forcella di replicazione: si ha una apertura della
doppia elica e, in maniera contemporanea, vengono utilizzati come stampo i filamenti parentali e vengono
sintetizzati entrambi i filamenti di neosintesi. la direzione avviene in direzione 5’—>3’. quando si apre la
forcella di replicazione però, solo uno dei due filamenti si può leggere in maniera continua, perché va in
direzione 5’—>3’; l’ altro filamento, che va in direzione 3’—>5’, la DNA polimerasi quindi deve aspettare che
la forcella si apra per far liberare un pezzetto di filamento andare all’ estremità 5’ e sintetizzare basi in
direzione 5’—>3’. i vari filamenti che polimerizza saranno staccati l’ uno dall’ altro (questi filamenti si
chiamano filamenti di okazaki) e ogni filamento è lungo 100-200 nucleotidi e ognuno possiede un primer che
deve essere rimosso, intervengono quindi una RNAasi che idrolizza i legami tra i nucleosidi legati ai ribosi
(sono legami presenti nell’ RNA) fino ad arrivare all’ ultimo ribosio legato al deossiribosio (legame fra l’ ultimo
nucleoside del primer e il primo del DNA) questo legame è rotto da una esonucleasi che rompe questo
legame, successivamente la DNA ligasi salda i due filamenti di okazaki.
gli enzimi che devono essere presenti sono le DNA licasi che sfruttando l’ ATP aprono il DNA; le SSBP
(single strenght binding protein) proteine che tramite un legame cooperativo rivestono il filamento singolo di
DNA in modo da stabilizzarlo (se non ci fossero i filamenti della forcella di replicazione si chiuderebbe
subito); le topoisomerasi: quando si apre la doppia elica a valle dell’ apertura si trovano i superavvolgimenti
che impedirebbero la successiva apertura della doppia elica, allora intervengono le topoisomerasi che
possono tagliare a singolo e a doppio filamento che rimuovono il superavvolgimento.
a livello dei batteri abbiamotre tipi di DNA polimerasi: DNA polimerasi 3, la DNA polimerasi 1 che rimuove i
primer e quella di secondo che rimuove i danni della replicazione.
negli eucarioti tutto questo è più complesso in quanto ce ne sono almeno quindici che si alternano tra loro.
la sliding camp (detta anche pinza scorrevole) che tiene saldamente ancorata la DNA polimerasi al DNA,
quindi la DNA anche quando si dissocia, si riassocia subito al DNA; inoltre esiste anche il caricatore della
slidng camp, proteina che utilizzando ATP, posiziona la sliding camp nella posizione corretta. le sliding camp
rtimangono sempre associate al DNA.

modello a trombone: struttura che si viene a creare quando c’ è la reazione di polimerizzazione, formata da
tre RNA polimerasi, la DNA polimerasi che sta sintetizzando il filamento veloce, si chiama modello a
trombone perché la regione che deve essere ricopiata a seconda del punto che deve essere ricopiata questo
è più o meno corto (come l’ asta del trombone che può essere più o meno corto). (guardare slide).

(guardare video).