Modos de replicación

Las unidades de replicación se denominan replicones y cada uno contiene un origen de

replicación. La replicación comienza en este origen y continúa hasta finalizada la
replicación de toda la unidad. Los cromosomas bacterianos tienen un solo origen de
replicación, mientras que los cromosomas eucariontes contienen varios de ellos.

Replicación Theta. Una forma frecuente de replicación que se desarrolla en el ADN

circular se denomina replicación theta porque produce una estructura similar a la letra
griega theta. En este tipo de replicación, la cadena doble de ADN comienza a
desenrollarse en el origen de replicación para formar cadenas simples de nucleótidos
que luego sirven como moldes sobre los que se puede sintetizar ADN nuevo. El
desenrollamiento de la doble hélice produce un bucle denominado burbuja de
replicación. Este desenrollamiento puede presentarse en uno de los extremos de la
burbuja o en ambos, y se agranda en forma progresiva. La replicación del ADN en
ambas cadenas que funcionan como moldes se produce de manera simultánea con el
desenrollamiento. El punto de desenrollamiento, que es donde las 2 cadenas de
nucleótidos se separan de la doble hélice de ADN, se denomina horquilla de
replicación.
Si hay 2 horquillas de replicación, una en cada extremo de la burbuja de replicación,
éstas proceden hacia afuera en ambas direcciones en un proceso denominado
replicación bidireccional, que consiste en el desenrollamiento y la replicación
simultánea del ADN que continúa hasta que las 2 horquillas se encuentran. Si hay una
sola horquilla de replicación proseguirá alrededor de todo el círculo para obtener 2
moléculas de ADN circulares completas, cada una compuesta por una cadena de
nucleótidos vieja y una nueva.

Replicación por Círculo rodador. Otra forma de replicación, denominada replicación

por círculos rodantes, es la que se desarrolla en algunos virus y en el factor F de E. coli
(un pequeño círculo de ADN extracromosómico que controla el apareamiento). Esta
forma de replicación comienza con un corte en una de las cadenas de nucleótidos que
produce un grupo 3’ –OH y un grupo 5’ – fosfato. Se agregan los nucleótidos nuevos al
extremo 3’ –OH, y el extremo 5’ de la cadena escindida se desplaza del molde. El
extremo 3’ crece alrededor del círculo y le da el nombre al modelo de círculos rodantes.

La horquilla de replicación puede continuar alrededor del círculo varias veces y

producir muchas copias de la misma secuencia. Cada vez que se cumple una vuelta
alrededor del círculo, el extremo 3’ en crecimiento se desplaza la cadena de nucleótidos
sintetizada en el ciclo anterior. Luego, la molécula lineal de ADN se escinde del círculo
y produce una molécula de ADN circular de cadena doble y una molécula de ADN
lineal de cadena simple. La molécula lineal puede circularizarse antes o después de
servir como molde para la síntesis de una cadena complementaria.
ENZIMAS:
 La helicasa abre el ADN en la horquilla de replicación. Enzima que rompe los
puentes de hidrógeno en el DNA y lo desenrolla durante el movimiento de la
horquilla de replicación. Enzima que participa en replicación
de DNA desenrrollando la doble hélice cerca del punto de bifurcación de la
horquilla replicadora.


 Las proteínas de unión a cadenas sencillas cubren el ADN alrededor de la

horquilla de replicación para evitar que el ADN se vuelva a enrollar. Ssb
Proteínas que se unen al DNA de hebra simple en el proceso de replicación
del DNA, con la finalidad que la horquilla replicadora mantenga su estructura y
no se reforme el DNA duplex.

 La primasa sintetiza cebadores de ARN complementarios a la cadena de ADN.

la primasa corresponde al enzima que interviene en la síntesis de los segmentos
cortos del ARN

 La ADN polimerasa III extiende los cebadores, agregando sobre el extremo 3',
para hacer la mayor parte del ADN nuevo. El ADN polimerasa es un conjunto
de enzimas que participan en la replicación del ADN, es decir, en la copia de los
cromosomas. Por lo tanto en el momento que se forma una cadena de ADN, el
ADN polimerasa actúa produciendo dos moléculas idénticas a la molécula de
origen. Es, pues, el ADN polimerasa la responsable de la síntesis de nuevas
moléculas de ADN. De todas maneras el ADN polimerasa sólo puede añadir
nucleótidos (moléculas que constituyen la base del ADN) complementando las
ya existentes: ella no es capaz de crear por sí misma una cadena de ADN sin un
punto de partida.
 Los cebadores de ARN se eliminan y la ADN polimerasa I los sustituyen por
ADN.

 La ADN ligasa sella las brechas entre fragmentos de ADN. La proteína ADN
ligasa designa una proteína cuya función es reparar las hebras de ADN mediante
la creación de enlaces covalentes (enlaces entre dos átomos). Está formada por
un lugar de reconocimiento de las moléculas y por un sitio activo y que
garantizan la reacción enzimática. Gracias a una molécula de ATP (nucleótido
que forma parte de las purinas), el ADN ligasa tiene energía suficiente para
ensamblar las cadenas de ADN. Distinguimos el ADN ligasa 1 que está
implicado en la replicación del ADN y el ADN ligasas 2, 3 y 4 que están
involucrados en la reparación del ADN.

 La familia de las topoisomerasas es la encargada de mantener la estructura

terciaria del ADN durante todo el ciclo vital, siendo la encargada del
enrollamiento y desenrollamiento de las hebras de ADN durante la síntesis, la
replicación, la condensación y descondensación, etc. Estas enzimas nucleares
 están presentes tanto en procariotas como en eucariotas, hecho que deja ver la
antigüedad y la importancia evolutiva de tener estas moléculas trabajando sobre
el ácido desoxirribonucleico. La topoisomerasa trabaja por delante de la
horquilla de replicación para evitar el superenrollamiento.

POR SI ACASO XD

 Una vez que se abre la molécula, se forma una área conocida como "burbuja de
replicación" en ella se encuentran las "horquillas de replicación" . Por acción de
la la ADN polimerasa los nuevos nucleótidos entran en la horquilla y se enlazan
con el nucleótido correspondiente de la cadena de origen (A con T, C con G).
Los procariotas abren una sola burbuja de replicación, mientras que los
eucariotas múltiples. El ADN se replica en toda su longitud por confluencia de
las "burbujas".
 Dado que las cadenas del ADN son antiparalelas, y que la replicación procede
solo en la dirección 5' to 3' en ambas cadenas, numerosos experimentos han
mostrado que, una cadena formará una copia continua, mientras que en la otra se
formarán una serie de fragmentos cortos conocidos como fragmentos de Okazaki
. La cadena que se sintetiza de manera continua se conoce como cadena guía,
delantera ó adelantada y, la que se sintetiza en fragmentos, cadena atrasada ó
rezagada.

 Los fragmentos cortos, recién sintetizados de hebras de ADN se denominan

fragmentos Okazaki. Todas las ADN polimerasas conocidas, pueden sólo
sintetizar ADN en la dirección 5' a 3' . Sin embargo, cuADNo las hebras se
separan, la horquilla de replicación se desplaza a lo largo de una hebra molde en
la posición 3' a 5' y 5' a 3' en el otro lado del molde.

 En la primera , la cadena adelantada de ADN es sintetizada continuamente en la

dirección 5' a 3'. En la otra, llamada la cadena atrasada, la síntesis de ADN sólo
ocurre cuADNo una sección de una hebra simple de ADN ha sido expuesta y
procede en la dirección opuesta a la dirección de la horquilla de replicación (5'
to 3'). Es por ésto discontinua y la serie de fragmentos Okazaki son unidos de
manera covalente por las ligasas formando una hebra continua. Se denominan
fragmentos Okazaki porque fué éste investigador quien primeramente los
observó y estudió usADNo timidina radioactiva . En los eucariotas, los
fragmentos Okazaki están formados por unos cuantos cientos de nucleótidos,
mientras que en los procariotas estos fragmentos pueden alcanzar algunos miles.
 Para que la ADN polimerasa trabaje, se necesaria la presencia, en el inicio de
cada nuevo fragmento, de pequeñas unidades de ARN conocidas como
cebadores, a posteriori, cuADNo la polimerasa toca el extremo 5' de un cebador,
se activan otras enzimas, que remueven los fragmentos de ARN, colocan
nucleótidos de ADN en su lugar y una ADN ligasa que los une a la cadena en
crecimiento.

Fases de la replicación en bacterias

Iniciación. El cromosoma circular de E. coli tiene un único origen de
replicación (oriC). La secuencia mínima necesaria para que funciones oriC
mide 245 pb y contiene varios sitios importantes. La proteína iniciadora
(conocida como DnaA en E. coli) se une a oriC y provoca el desenrollamiento
de un fragmento corto de ADN. Este desenrollamiento permite que la helicasa y
otras proteínas de unión a cadena simple se unan a la cadena polinucleotídica.
Desenrollamiento. Como la síntesis del ADN requiere de un molde de
cadena simple y como la cadena doble de ADN debe desenrollarse antes de que
se lleve a cabo la síntesis de la célula, depende de varias proteínas y enzimas
para lograr este desenrollamiento. La ADN helicasa rompe las uniones
hidrógeno entre las bases de las 2 cadenas de nucleótidos de una molécula de
ADN. Las helicasas no pueden iniciar el desenrollamiento de la cadena doble de
ADN; las proteínas de iniciación primero separan las cadenas de ADN en el sitio
de origen y exponen un fragmento pequeño de ADN de cadena simple al que se
une una helicasa. Las helicasas de unen al molde de la cadena retrasada en cada
horquilla de replicación y se mueven en dirección 5’ a 3’ a lo largo de esta
cadena, lo que también determina el movimiento de la horquilla de replicación.
Después de que la helicasa desenrolló el ADN, las cadenas nucleotídicas simples
tienden a formar uniones hidrógeno y a renaturalizarse (volver a unirse).
También pueden formar estructuras secundarias, como horquillas, entre
nucleótidos complementarios pertenecientes a la misma cadena. Para estabilizar
el ADN de cadena simple el tiempo suficiente para que se desarrolle la
replicación, las proteínas de unión a cadena simple (SSB) forman uniones
densas con el ADN de cadena simple expuesto. A diferencia de muchas
proteínas que se unen al ADN, las SSB no dependen de la secuencia de bases: se
unen a cualquier ADN de cadena simple. Las proteínas de unión a cadena
simple SSBforman tetrámeros; cada tetrámero cubre entre 35 y 65 nucleótidos.
Otra proteína esencial para el proceso de desenrollamiento es la enzima ADN
girasa, una toposisomerasa. Las topoisomerasas controlan el superenrollamiento
del ADN. Durante la replicación una ADN girasa reduce las tensiones de torsión
(torque) que se desarrollan proximales a la horquilla de replicación como
resultado del desenrollamiento.
Elongación. Después del desenrollamiento del ADN y del agregado del
cebador, las ADN polimerasas alargan la cadena de polinucleótidos por medio
de la catalización de la polimerización del ADN. Las polimerasas mejor
estudiadas son las de E. coli, que tiene por lo menos 5 polimerasas diferentes.
Dos de ellas, la ADN polimerasa I y la ADN polimerasa III, participan en la
síntesis del ADN durante la replicación; las otras 3 cumplen funciones
especializadas en la reparación del ADN.
La ADN polimerasa III es un gran complejo multiproteico que actúa como el
encargado principal de la replicación. Esta enzima sintetiza cadenas de
nucleótidos por medio del agregado de nucleótidos nuevos al extremo 3’ de las
moléculas de ADN proliferativas. Esta enzima tiene 2 actividades enzimáticas.
Su actividad de polimerasa 5’ a 3’ le permite agregar nucleótidos nuevos en
dirección 5’ a 3’. Su actividad exonucleasa de 3’ a 5’, le permite eliminar
nucleótidos en dirección 3’ a 5’, lo que posibilita la corrección de errores. Si un
nucleótido con una base incorrecta se inserta en la molécula de ADN
proliferativa, la ADN polimerasa III emplea su actividad exonucleasa de 3’ a 5’
para retroceder y eliminar el nucleótido incorrecto. Luego retorna su actividad
de polimerasa de 5’ a 3’. Las 2 funciones juntas le permiten a la ADN
polimerasa III sintetizar moléculas de ADN nuevas en forma eficiente y precisa.
La ADN polimerasa III tiene una capacidad de procesamiento elevada, lo que
significa que puede agregar muchos nucleótidos a la cadena de ADN
proliferativa sin separarse del molde: en condiciones normales se mantiene unida
al molde y continua la síntesis de ADN hasta su replicación completa.
La primera polimerasa descubierta en E. coli, la ADN polimerasa I, también
cumple funciones de polimerasa de 5’ a 3’ y de exonucleasa de 3’ a 5’, que
utiliza para eliminar los cebadores introducidos por la primasa y reemplazarlos
por nucleótidos de ADN por medio de su movimiento en dirección 5’ a 3’. La
ADN polimerasa I tiene una procesividad menor que la ADN polimerasa III. La
eliminación y sustitución del cebador parece constituir las funciones principales
de la ADN polimerasa I. Las ADN polimerasas II, IV y V actúan durante la
reparación del ADN.
A pesar de sus diferencias, todas las ADN polimerasas de E. coli:
1. Sintetizan cualquier secuencia especificada por la cadena molde
2. Sintetizan en dirección 5’ a 3’ a través del agregado de nucleótidos a un
grupo 3’ – OH
3. Usan dNTP para sintetizar el ADN nuevo
 4. Necesitan un cebador para iniciar la síntesis
5. Catalizan la formación de una unión fosfodiéster por medio de la unión del
grupo 5’ – fosfato del nucleótido entrante con el grupo 3’ – OH del nucleótido
preexistente en la cadena proliferativa, proceso en el que se desprenden 2
fosfatos
6. Producen cadenas nuevas que son complementarias y antiparalelas con
respecto a las cadenas molde
7. Se asocian con varias otras proteínas

La primasa sintetiza un cebador nuevo en la cadena retrasada y la ADN

polimerasa crea un fragmento de Okazaki nuevo.

En resumen, cada horquilla de replicación activa necesita 5 componentes

básicos:
1. Helicasa para desenrollar el ADN
2. Proteínas de unión a la cadena simple SSB para mantener separadas las
cadenas de nucleótidos una longitud suficiente que permita la replicación
3. Topoisomerasa girasa para eliminar la tensión proximal a la horquilla de
replicación
4. Primasa para sintetizar cebadores con un grupo 3’ – OH en el comienzo de
cada fragmento de ADN
5. ADN polimerasa para sintetizar las cadenas de nucleótidos líder y
retrasada.

Terminación. En algunas moléculas de ADN la replicación finaliza cuando

se encuentran 2 horquillas de replicación. En otros casos hay secuencias de
terminación específicas que en E. coli se denominan secuencias Ter que
bloquean la continuación de la replicación. Hay una proteína de terminación,
denominada Tus en E. coli, que se une a estas secuencias. Tus bloquea el
movimiento de la helicasa y, de esta manera, obstruye a la horquilla de
replicación e impide la replicación del ADN.
 ADN
Iniciación
La replicación comienza siempre en la secuencia ORI u origen de la
replicación. En esta sección se encuentran las llamadas proteínas
iniciadoras (girasas) que se encargan de desestabilizar la estructura
helicoidal del ADN, abriéndola y fijándola para que no se vuelva a enrollar.
Al separar las cadenas, otras proteínas (helicasas) se encargan de romper
los enlaces de hidrógeno, a partir de aquí se forma la horquilla de
replicación que es asimétrica.
Por último las proteínas SSB y topoisomerasas impiden que se formen
otras estructuras secundarias, pues de la doble hélice original se formaran
dos nuevas moléculas, siguiendo el patrón semiconservativo.

2. Elongación
La RNA primasa reconoce el inicio de la replicación y es la que genera el
fragmento cebador (de ARN 5’ a 3’), que luego se desprenderá. En esta
etapa la ADN polimerasa reconoce el extremo 3’ del cebador e inicia la
elongación de la cadena. La ADN polimerasa es la que se encarga de la
síntesis de DNA, por lo que siempre va en dirección 5’ a 3’. En una de las
cadenas existe el límite que produce la abertura de la cadena madre
(cadena retardada), por lo que la elongación se produce discontinuamente
gracias a la producción de pequeños fragmentos (fragmentos de okazaki).
La otra cadena (cadena líder) es continua hasta encontrar un nuevo punto
de iniciación de la replicación. Durante la elongación, la polimerización del
ADN se produce en dirección 5'-3'. La replicación se da en horquillas, cuyas
ramas difieren en la dirección de síntesis de ADN. La horquilla de
replicación se mueve en una dirección única, pero la replicación sólo es
capaz de proceder en la dirección 5'-3'.
DIFICULTADES
 Las dos hebras tienen que ser copiadas al mismo tiempo y la polimerasa
solo copia 5'-3'
 La hebra retardada debe copiarse de manera continua produciendo
fragmentos cortos.
 La DNA polimerasa necesita cebadores que proporcionen extremos 3'.

3. Terminación
Al finalizar la etapa anterior entra en participación la DNA polimerasa
de tipo I con actividad endonucleasa, la cual degrada los cebadores y rellena
los huecos usando el extremo 3’ de la cadena anterior. Otra enzima (ligasa)
es la encargada de sellar los cortes que quedan.