Universidad ICESI
Maestría en Biotecnología
Seminario tópicos en biotecnología
Formato de lectura de Artículo
Formato elaborado por: CAROLINA RAMOS COBO
Autores del artículo
Titulo:
Journal:
¿Cuál es la pregunta general abordada
en este trabajo?
¿Cuál es el objetivo o hipótesis (la que
sea apropiada) en este artículo?
¿Cuál es la base o soporte para el
objetivo o hipótesis? (Qué trabajo
previo o teoría le permite a los autores
proponer el trabajo actual)
Figura 1
Tabla 1
Autores: Seungdae Oh, Madan Tandukar, Spyros G. Pavlostathis, Patrick S. G. Chain, Konstantinos T.
Konstantinidis
Afiliación del autor principal: Schools of Civil and Environmental Engineering and Biology, and Center
for Bioinformatics and Computational Genomics, Georgia Institute of Technology
Microbial community adaptation to quaternary ammonium biocides as revealed by
metagenomics
Environmental Microbiology
Factor de impacto del journal: 5.395
¿Es posible determinar a través de un estudio metagenómico la adaptabilidad, diversidad y potencial
metabólico de comunidades microbianas expuestas a compuestos de amonio cuaternario?
Proveer un acercamiento a los mecanismos y tiempos de adaptación a compuestos de amonio
cuaternario de una comunidad microbiana
Los compuestos de amonio cuaternario (QACs, por sus siglas en inglés) representan biocidas
altamente utilizados y que persisten en el ambiente natural. A pesar de que la degradación microbiana,
la sensibilidad y resistencia a QACs ha sido ampliamente documentada, un entendimiento cuantitativo
de cómo las comunidades microbianas se adaptan a la exposición de estas sustancias continua siendo
desconocido.
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Determinar la composición filogenética de las comunidades
microbianas
Resultado presentado: A. Las filas presentes en la comunidad en mayor porcentaje basado en un
análisis de Blastn de las lecturas metagenómicas (circulo externo) y la pirosecuenciación de la
subunidad 16S del ribosoma (circulo interno), B. Los géneros encontrados en mayor porcentaje según
las lecturas metagenómicas (circulo externo) y la secuencia de aminoácidos de genes anotados (circulo
interno)
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: Permite observar cómo la exposición a
benzalkonium chlorides (BACs) genera una predominancia o enriquecimiento de géneros de bacterias
dominantes (Pseudomonas) y la inhibición de otros géneros.
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Estadísticas de los metagenomas usados en el estudio
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Resultado presentado: Se observan los resultados del análisis metagenómico para cada comunidad
microbiana establecida en el estudio (DP, DPB, B, B33d, B43d), estableciendo tamaño de la secuencia,
contenido GC, número de contigs, marcos de lectura abierta y un promedio del tamaño del genoma (Mb)
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: Las características metagenómicas
encontradas concuerdan con los resultados expuestos en la figura 1, puesto que corresponden al
tamaño de los genomas esperados de los filos predominantes en cada uno de las comunidades
estudiadas.
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Determinar la función de los genes encontrados en las
comunidades expuestas a BAC
Resultado presentado: Gráfica de barras donde se relaciona la abundancia relativa y los tipos de
Figura 2 enzimas encontradas.
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: A través de esta gráfica se puede concluir
que las comunidades expuestas a BAC se enriquecen significativamente a nivel molecular de genes
relacionados con la transformación de BAC y sus subproductos y la resistencia antimicrobiana
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Establecer el género de las Pseudomonas encontradas en
mayor proporción en las comunidades expuestas a BAC
Resultado presentado: A. Población de Pseudomonas detectadas en comunidades expuestas a BAC
basado en sobrelapamiento de las lecturas de genes que codifican de la subunidad 16S rRNA, el tamaño
Figura 3
de los círculos representa la abundancia relativa del organismo correspondiente, B. Promedio de
cobertura de genomas disponibles de Pseudomonas spp por lecturas metagenómicas.
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: Establece que población (cercana) a P.
nitroreducens domina el total del género de Pseudomonas en las comunidades expuestas a BAC.
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Establecer el crecimiento de P. nitroreducens en las
comunidades expuestas a BACs.
Resultado presentado: Gráfica donde se relacionan la concentración de BAC y del producto de su
degradación BDMA (μM) a través del tiempo, de acuerdo a las medidas de densidad óptica a 600nm.
La línea sólida presenta los resultados de P. nitroreducens-B y la línea punteada de P.nitroreducens-
Figura 4
DPB.
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: Se observa la disminución de la
concentración de BAC a través del tiempo, en cualquiera de las dos comunidades está concentración
es igual a cero a los dos días. Se comprueba la acción de P.nitroreducens en la conversión de BAC a
BDMA.
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Determinación fenotípica, filogenética y metabólica de las
comunidades expuestas a BACs.
Figura 5 Resultado presentado: A. Disminución de la susceptibilidad a BAC (a nivel de comunidad microbiana)
del inoculo DP después de reemplazar la fuente de carbono por BACs. B. La composición principal de
géneros microbianos en B33d (circulo interno) y B43d (circulo externo). C. Árbol filogenético a nivel de

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Tabla 2
Figura 6
¿Cuáles es la conclusión principal del
artículo? (Relaciónela con el objetivo o
hipótesis)
¿Cuáles son posibles estudios futuros
basados en lo que se presenta en este
artículo?
Opiniones personales sobre el articulo
género según las diferentes comunidades expuestas a BAC y D. Cladograma según la predicción
funcional de los genes de las comunidades expuestas a BACs.
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: Permite establecer la adaptabilidad de las
comunidades microbianas a la exposición con BAC según el tiempo.
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Establecer las mutaciones presentes en las poblaciones de
P. nitroreducens entre los días 33 y 43.
Resultado presentado: Tabla donde se relacionan los marcos de lectura abierto para las mutaciones
encontradas, así como el producto génico, el tipo de mutación, el cambio de aminoácido y la frecuencia
de mutación alélica en las comunidades B33, B43 y B.
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: Las mutaciones se pueden relacionar con
el aumento en la resistencia a BACs de estas comunidades microbianas.
Cuál es la hipótesis o pregunta probada: Examinar si la adaptación de estas comunidades puede ser
atribuible a la transferencia horizontal de genes de importancia ecológica.
Resultado presentado: A. Cobertura de todos los contigs del metagenoma de B43d versus la cobertura
total de esta comunidad. B. Comparación de la cobertura del contig B43d_01683 y de 275 P. nitroreducens a través del
tiempo. C. Organización y función predicha de los genes codificados por el contig B43d_01683
Relacione el resultado con las conclusiones del artículo: Se establece la ocurrencia de múltiples
genes móviles en el contig, que favorecen a la hipótesis de la transferencia horizontal de información
en las comunidades expuestas a BAC.
Establece, a través de la genómica, los mecanismos que facilitan la adaptación de las comunidades
microbianas a la familia de biocidas QAC y muestra cómo estas comunidades utilizan una combinación
de procesos evolutivos para la adaptación exitosa a la exposición de estos compuestos.
Determinar el rol de los biocidas en la resistencia antibióticos en comunidades microbianas.
Establecer los mecanismos bioquímicos con los que P.nitroreducens permite la conversión de BAC a
BCMA.
Establecer qué especies continúan con la degradación del BCMA y a través de qué medio molecular lo
llevan a cabo.
Los autores interpretaron bien los datos: Hay una correcta interpretación de los resultados por parte de
los autores.
Los datos soportan las conclusiones de los autores: Los datos sí soportan las conclusiones
presentadas por los autores pero considero que no se puede generalizar para todos los QAC.
Cuál es su Impresión general del artículo: Es un artículo muy completo donde se da una visión general
de las enzimas involucradas en el proceso de destoxificación de los medios con presencia de BAC.
Estudios futuros pueden desvelar las interrogantes bioquímicas que el presente no abordó como los
mecanismos exactos de conversión del sustrato de interés.