Los protozoarios son de vital importancia en sistemas acuáticos, forman parte de
la cadena trófica, siendo depredadores y también sirven de alimento constituyen la principal fuente de biomasa planctónica de la que se alimentan muchos otros organismos, su presencia en el ambiente es signo de una buena calidad del agua. Su importancia no solo radica en sistemas acuáticos sino que también son usados para procesos de tratamiento de aguas residuales y bioremediación en cuanto a la salud su estudio es de vital importancia para diagnosticar y tratar enfermedades como la malaria y amibiásis.