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GLI ACIDI NUCLEICI
Gli ACIDI NUCLEICI (DNA e RNAs)
sono dei polimeri lineari la cui unità
costituzionale è il nucleotide
I nucleotidi sono formati da:
1) zucchero 5 5
2) base azotata
3) gruppo fosfato
• Lo zucchero
Deossiribosio nel DNA e ribosio nell’RNA. Il
2’-OH destabilizza la struttura rendendola
meno stabile
• Le basi azotate
Purine: composte da un doppio anello
eterociclico (A e G)
Pirimidine: composte da singolo anello
eterociclico (C, T (solo DNA) e U (solo RNA))
• Il gruppo fosfato
Mono, di o trifosfato. Conferisce carattere
acido alla molecola. Può essere legato 2
alla posizione 3’ o 5’ dello zucchero
1 9
5’
3’
5
Le basi possono subire
modificazioni chimiche
che sono essenziali per i
processi biologici che
coinvolgono il DNA e gli
RNAs
6
I nucleotidi sono uniti tra
loro da un legame covalente
(legame fosfodiestere) che
coinvolge il gruppo fosfato
legato al C5 dello zucchero
di un nucleotide ed il C3-OH
3
dello zucchero del nucleotide
precedente.
Lo scheletro della catena è
costituito dall’alternanza di 5
zuccheri e di gruppi fosfato
con le basi che sporgono
lateralmente.
La catena ha una polarità
5’→ 3’. Il nucleotide
all’estremità della catena
5’ ha un gruppo 5’-fosfato
libero mentre il nucleotide
all’estremità opposta ha un
gruppo C3-OH libero.
7
Per convenzione le catene degli acidi nucleici vengono scritte in direzione 5’-3’
3
8
Il DNA
Secondo il modello proposto da Watson e Crick nel 1953 il DNA è formato da:
• due catene polinucleotidiche antiparallele avvolte l’una sull’altra a formare una
struttura a doppia elica con lo scheletro zucchero-fosfato posto sul lato esterno e le
basi impilate all’interno in posizione perpendicolare all’asse della molecola
• L’elica è destrorsa, compie un giro completo (passo) ogni 34Å ed ha un diametro
20Å. La distanza tra due basi
adiacenti è 3,4Å e ci sono
10,5 basi ogni giro dell’elica
• L’elica presenta un’
asimmetria dovuta alla
posizione delle molecole
di deossiribosio ai lati delle
basi che genera due solchi
uno MAGGIORE ed uno
MINORE con diametro
22Å e 12Å rispettivamente
• La basi sui filamenti opposti
sono unite da legami idrogeno
• I due filamenti sono detti 9
complementari
2 ponti idrogeno
A-T e T-A
3 ponti idrogeno
C-G e C-G
10
Polarità: 5’→ 3’ 11
Sinistrorsa Destrorsa
antiorario orario
12
La struttura del DNA proposta da Watson e Crick non è l’unica possibile. Tale forma è
detta B-DNA ed è stata ottenuta da studi di diffrazione a raggi X condotti in condizioni
di ALTA UMIDITA’ (95%) e BASSA SALINITA’ (condizioni cellulari)
In particolari condizioni il DNA può assumere molte altre strutture, le più importanti
sono: la forma A e la forma Z
A-DNA: Destrorsa con passo 25Å, 11 basi ogni giro elica e
diametro 23 Å. > angolatura delle basi rispetto l’asse della
molecola. Ottenuta da studi di diffrazione a raggi X in
condizioni di MINORE UMIDITA’ (75%) e ALTA SALINITA’.
Rispetto al B-DNA è + tozza. In vivo è la struttura tipica
dei duplex DNA-RNA e RNA-RNA; il 2’-OH del ribosio
impedisce alla molecola di assumere la forma B
Z-DNA: è SINISTRORSA (dovuto al cambiamento in alcune basi
dell’orientamento del legame glucosidico base-zucchero (da
conformazione anti → a syn). Passo 46Å, 12 coppie di basi
per giro elica e diametro 18Å. Ottenuta da studi di diffrazione
a raggi X in condizioni di ALTA SALINITÀ o in presenza di
alcoli. Sono state isolate proteine che legano ad alta affinità
il Z-DNA e prove sperimentali dicono che una piccola % del
DNA in vivo è nella forma Z. Rispetto al B-DNA (passo 34Å) è
allungata e magra.
13
Altre forme C, D e E
14
15
LA TOPOLOGIA Il DNA si può avvolgere su se stesso con conseguente
cambiamento della sua conformazione nello spazio
DEL DNA (TOPOLOGIA).
Il superavvolgimento può avvenire in molecole di DNA
circolari o lineari dove però le estremità sono fissate.
Il DNA batterico è una molecola circolare mentre quello
eucariotico è una molecola lineare ancorata a proteine
(estremità fissate).
Il cambiamento della topologia del DNA è un aspetto
fondamentale di tutte le sue attività funzionali; tutte le
attività sintetiche della doppia elica richiedono una
separazione dei filamenti (replicazione, trascrizione,
ricombinazione, ecc.).
Le molecole di DNA circolari sia batteriche che
eucariotiche sono superavvolte negativamente;
i superavvolgimenti negativi servono come un
meccanismo di immagazzinamento dell’energia libera
che aiuta quei processi che richiedono una separazione
dei due filamenti della doppia elica. La separazione dei
due filamenti è più favorita nel DNA superavvolto
negativamente piuttosto che nel DNA rilassato.
Alcuni organismi termofili hanno il DNA superavvolto
positivamente probabilmente per evitare che si denaturi
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con troppa facilità.
Il superavvolgimento crea tensione nel DNA (accade come per un elastico)
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Le conseguenze del superavvolgimento cambiano a seconda del verso di
attorcigliamento.
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Il NUMERO DI LEGAME (Lk) è una proprietà topologica del DNA circolare
covalentemente chiuso (cccDNA) e descrive le possibili conformazioni che il
DNA può assumere nello spazio. E’ il numero di volte che il filamento si incrocia
con l’altro o il numero di volte che un filamento deve essere passato attraverso l’altro
per separare le due catene. Lk è definito dalla seguente equazione:
Lk = Tw + Wr
Per il DNA circolare chiuso o il DNA con estremità fissate, Lk è COSTANTE e non
può essere modificato da nessuna deformazione che non comporti la rottura e la
riunione di uno o entrambi filamenti. Pertanto se Wr cambia a causa di
superavvolgimento positivo o negativo il Tw deve cambiare nella direzione opposta.
(-)
(+)
20
rilassata L = legame W = avvitamento T = avvolgimento
Superavvolto -
In una molecola rilassata
Wk = 0 quindi Lk0 = T
Il valore Lk della molecola
rilassata viene indicato
con Lk0
20 = 21-1 T= n° totale bp/ n° bp per giro elica
20 = 19+1
Superavvolto +
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L = legame W = avvitamento T = avvolgimento Ad ogni cambiamento la molecola
rilassata dopo taglio Superavvolto negativo risponde cercando di ritrovare il
proprio equilibrio naturale di
struttura (es DNA B 10,5 basi per
giro)
Confronto fig. A-B-C
Se si riduce L di 2 unità riducendo
di 2 unità T, la molecola introduce 2
superavvolgimenti negativi (W= -2)
per ripristinare il valore di T=20
dopo taglio (210/10,5 = 20) (18 = 20 - 2).
Lk < Lk0
Confronto fig. A-D-E
Se si aumenta L di 2 unità,
aumentando di 2 unità T, la
molecola introduce 2 superavvol-
gimenti positivi (W= +2) per ripristi-
nare il valore di T=20 (210/10,5)
Superavvolto positivo (22 = 20 - 2). Lk > Lk0
Confronto fig. A-F
Compensazione della riduzione
di L per denaturazione del
23 DNA
in regioni ricche in AT