INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL

UNIDAD PROFESIONAL
INTERDISCIPLINARIA DE INGENIERÍAS
CAMPUS GUANAJUATO

Manual de prácticas de Laboratorio de Ingeniería de

Productos Biológicos

INGENIERÍA FARMACÉUTICA

ASESORA: M EN C. Rosa Isela Jiménez Castillo

GRUPO: 8FM1

ALUMNOS:

● Oscar Efraín Fernández Delgado

● Jose Antonio Aranda Navarro
● Miriam Fernanda Barrón Muñoz
● Nancy Ivette Gonzalez Cervantes
Práctica 1: Desarrollo de una práctica que implique cómo funciona el control
biológico a diferencia del empleo de un plaguicida

INTRODUCCIÓN

En los últimos años han aumentado considerablemente las problemáticas por plagas y enfermedades
en el campo. La globalización, el cambio climático y la falta de reposo de la tierra para el cultivo,
han impactado negativamente en las últimas décadas en el sector agrícola. Esto ha propiciado la
aparición de nuevas plagas y enfermedades mucho más resistentes y difíciles de tratar.

En la actualidad la única alternativa existente para el control de plagas en plantas, cultivos y

sembrados, más a parte no olvidar también que existen microorganismos que pueden afectar al
ganado, son componentes químicos llamados plaguicidas, estos plaguicidas son sustancias
destinadas a prevenir, destruir, repeler y combatir cualquier plaga de insectos, microorganismos y
aves, incluidas especies indeseables de plantas y animales, su uso dentro del campo de la agricultura
es muy extenso, y sus resultados para el control y destrucción de plagas hasta ahorita son
aceptables; sin embargo a largo plazo estas sustancias químicas también dañan y contaminan al
medio ambiente, reportandose muchos casos de intoxicación, envenenamiento y muerte de personas
por el consumo de frutos, legumbres y cualquier otro material del tipo vegetal debido al
almacenamiento de estos plaguicidas en el epitelio de los frutos. Es por lo anterior que se busca una
nueva alternativa capaz de controlar y eliminar plagas en cultivo y ganado a largo plazo, y que a su
vez no dañe ni contamine el medio ambiente, asegurando con ello tanto el cuidado del medio
ambiente como la seguridad en el consumo de todo tipo de materia de origen vegetal y animal.

Plagas

Se conoce como plaga a la irrupción súbita y multitudinaria de ​insectos​, animales u otros

organismos de una misma especie que provoca diversos tipos de perjuicios. El concepto, de todas
formas, puede entenderse de diferentes maneras.

Las plagas como todo organismos pueden ser:

● Insectos: Ácaros, nemátodos y caracoles.

● Pequeños mamíferos: Pájaros, ratas y ratones.
● Microorganismos: Hongos, bacterias y virus.

Control Biológico

El control biológico es un método del tipo fenomeno natural utilizado para controlar plagas tales
como insectos, ácaros, malezas y enfermedades de plantas causadas por otros organismos. Se basa
en la depredación, el parasitismo, la herbivoría u otros mecanismos naturales para controlar y
eliminar a los organismos o microorganismo responsables de la plaga, existen tres estrategias
básicas para el control biológico de plagas: clásica (importación), donde se introduce un enemigo
natural de una plaga con la esperanza de lograr el control; inductivo (aumento), en el que se
administra una gran población de enemigos naturales para un control rápido de plagas; e inoculativo
(conservación), en el que se toman medidas para mantener a los enemigos naturales a través del
restablecimiento regular.

Los enemigos naturales de las plagas de insectos, también conocidos como agentes de control
biológico, incluyen depredadores, parasitoides, patógenos y competidores. Los agentes de control
biológico de las enfermedades de las plantas se denominan con mayor frecuencia antagonistas. Los
agentes de control biológico de malezas incluyen depredadores de semillas, herbívoros y patógenos
de plantas.

Plaguicidas

Los plaguicidas son sustancias químicas que están destinadas a controlar y eliminar cualquier tipo
de plaga, incluidas las malezas. El plaguicida también abarca a los siguientes sustancias: herbicida,
insecticidas (que pueden incluir reguladores del crecimiento de insectos, termiticidas, etc.)
nematicida, molusquicida, piscicida, avicida, rodenticida, bactericida, repelente de insectos,
repelente de animales, antimicrobiano, fungicida, desinfectante antimicrobiano y desinfectante. La
sustancia más comúnmente utilizada de las anteriores son los herbicidas que representan
aproximadamente el 80% del uso de plaguicidas, debido a que la industria de la agricultura los
demanda mucho por su basta producción de frutas y legumbres anuales. La mayoría de los
plaguicidas están destinados a servir como productos fitosanitarios (también conocidos como
productos de protección de cultivos), que en general protegen a las plantas de malezas, hongos o
insectos.

En general, un pesticida es un agente químico o biológico (como un virus, bacteria u hongo) que
disuade, incapacita, mata o desalienta a las plagas. Las plagas objetivo pueden incluir insectos,
patógenos de plantas, malas hierbas, moluscos, aves, mamíferos, peces, nematodos (gusanos
redondos) y microbios que destruyen propiedades, causan molestias o propagan enfermedades o son
vectores de enfermedades. Aunque los pesticidas tienen beneficios, algunos también tienen
inconvenientes, como la posible toxicidad para los humanos y otras especies.

Beneficios del control biológico y plaguicidas.

Control Biológico

➔ Los agricultores y jardineros no tienen que preocuparse de envenenarse a sí mismos, a sus

familias o mascotas cuando tratan sus cultivos o plantas.
➔ No hay productos químicos tóxicos para almacenar por lo cual no hay preocupación de que
los niños o los animales descubran los pesticidas almacenados.
➔ El riesgo a la resistencia es mucho menor que al usar químicos ya que las plagas no pueden
desarrollar resistencia a sus depredadores naturales.
➔ El control biológico de plagas es muy específico y, por lo tanto, es una manera eficaz para
controlar un determinado tipo de plaga.
➔ El control biológico de plagas promueve principalmente un tipo de agricultura sustentable.
 ➔ Se plantea la reducción del impacto a la producción agrícola, restableciendo los niveles de
control natural auto-sostenido.

Plaguicidas:

➔ Es una forma económica y no directa de controlar plagas.

➔ Flexibilidad para aplicarse.
➔ Calidad.
➔ Prevención de problemas.
➔ Permiten aumentar la producción por hectárea al combatir las plagas.

OBJETIVO

Contribuir en el desarrollo del control biológico empleando la avispa ​Trichogramma sp para una
planta infectada con plaga, y comparar el resultado obtenido del control biológico desarrollado con
el resultado obtenido de emplear un plaguicida.

OBJETIVOS PARTICULARES

● Determinar el tratamiento más efectivo para el control de la plaga en la planta utilizada

experimentalmente.
● Medir el efecto de control y eliminación de la plaga en la planta bajo influencia de los
tratamientos empleados experimentalmente.
● Comparar los resultados obtenidos tanto de emplear el control biológico como de emplear
un plaguicida para el control de la plaga en la planta.

MATERIALES Y EQUIPO

● Base para montar sistema (planta-biocontrol)

● Tela mosquitero
● Pegamento
● Planta “infectada” con plaga
● Biocontrol (​trichogramma sp ​)
● Plaguicida

METODOLOGÍA

1.​ ​Armar sistema “planta-biocontrol” asegurándose de no dejar orificios mayores a 0.5 cm

2.​ ​Colocarlas 2 plantas infectadas con plaga en una superficie plana, expuesta a la luz solar y
temperatura ambiente.
3.​ ​En la planta número 1, añadir la solución plaguicida. (Si es una solución en spray, asegurarse
de cubrir las zonas afectadas sin excederse en plaguicida). Si la solución es en líquido, hacer
distintas soluciones para observar las variaciones por zona.

4.​ ​Para la planta 2, montar el sistema con la tela previamente armados y asegurarse que no existan
orificios.

5.​ ​Colocarla avispa ​trichogramma sp ​dentro del sistema en la planta 2 y tomar evidencia de las
condiciones ambientales así como de las condiciones de la planta

6. Realizar observaciones diariamente por 5 días, anotando cualquier tipo de cambio

RESULTADOS

Tabla 1. Resultados de planta utilizando plaguicida.

Área de Cantidad de Coloración de la Coloración de la

propagación plaga plaga planta

Día 1

Día 2

Día 3

Día 4

Día 5

Tabla 2. Resultados de planta utilizando control biológico

Área de Cantidad de Coloración de la Coloración de la

propagación plaga plaga planta

Día 1

Día 2

Día 3

Día 4

Día 5
Tabla 3. Observaciones generales

Planta utilizando plaguicida Planta utilizando control biológico

ANÁLISIS Y DISCUSIÓN

● Discutir acerca de la eficiencia del plaguicida en el control de la plaga

● Discutir sobre el mecanismo de acción para el control de plaga en la planta tanto para el
plaguicida como para el control biológico con la avispa
● Realizar una comparación acerca de la eficacia obtenida entre el plaguicida y el control
biológico.
● Discutir qué método fue el más eficiente en cuanto al control de la plaga.

CONCLUSIÓN

Concluir en base a los resultados obtenidos experimentalmente, y proponer alternativas que puedan
mejorar los resultados obtenidos durante el desarrollo experimental.

CUESTIONARIO

1. ¿Cuál es la diferencia de un control biológico y un plaguicida?

2. ¿Cuáles son las ventajas en el uso de los biocontroles?
3. ¿Cuál es el mecanismo de acción de la trichogramma sp?
4. ¿Qué tipo de biocontrol es la trichogramma sp?
5. ¿A qué tipo de plaga está dirigida la trichogramma sp?

REFERENCIAS

1. Castillo, P., Acosta, N. y Ciliezar, A. (1995). Control Microbiano de plagas artrópodas. En

Cave, R. (Ed) Manual para la enseñanza del control biológico América Latina. Honduras.
Escuela Agrícola Panamericana El Zamorano. Publicación DPV- EAP No.622. Pág. 51
2. Estrada, R. (2010). Efecto de productos biológicos sobre las plagas. Revista Virtual
Agrícola Disponible en:
http://www.bing.com/search?q=agricola+el+sol+.com&src=IE-SearchBox&FORM=IE8SR
C​.
3. Londoño, M. E. (1996). Manejo integrado de plagas del suelo con énfasis en control.
4. Schotman, C. y Lacayo L. I. (1989). El control natural in: Manejo integrado de plagas
insectiles en la agricultura. (Andrews, K.L. y J. R. Quezada eds). El Zamorano Honduras
Centro América.
5. Quezada, J. R. (1989). Utilización del control clásico. Manejo integrado de plagas
Insectiles en la Agricultura. Honduras. Escuela Agrícola Panamericana El Zamorano. Pag
195-207.
Práctica 2: Control biológico mediante pruebas de efectividad de diferentes
microorganismos sobre ​Salmonella sp

INTRODUCCIÓN

La quimioterapia como ciencia comenzó en la primera década del siglo XX con la comprensión de
los principios de la toxicidad selectiva, las reacciones químicas específicas entre los patógenos
microbianos y aquellas sustancias químicas con potencial biológico para inhibir el crecimiento y
desarrollo de dichos patógenos, el desarrollo de resistencia a los medicamentos y el papel de la
terapia combinada. Los experimentos condujeron a las arsfenaminas para la sífilis, el primer
régimen quimioterapéutico planeado.

La era actual de la quimioterapia antimicrobiana comenzó en 1935 con el descubrimiento de las

sulfonamidas. En 1940, se demostró que la penicilina, descubierta en 1929, podría ser una sustancia
terapéutica efectiva. Durante los siguientes 25 años, la investigación sobre agentes
quimioterapéuticos se centró principalmente en sustancias de origen microbiano llamadas
antibióticos. El aislamiento, la concentración, la purificación y la producción en masa de penicilina
fueron seguidos por el desarrollo de estreptomicina, tetraciclinas, cloranfenicol y muchos otros
agentes. Estas sustancias se aislaron originalmente de filtrados de medios en los que crecieron sus
respectivos moldes. La modificación sintética de los fármacos descritos anteriormente ha sido
prominente en el desarrollo de nuevos agentes antimicrobianos.

El fundamento detrás de la quimioterapia con antimicrobianos se sustenta en el principio de la

supervivencia del microorganismo que produce el agente antimicrobiano, ya que mencionados
agentes antimicrobianos son el arma de defensa de un microorganismo específico contra un
patógeno microbiano que lo pueda perjudicar, recientemente se ha venido planteando en
investigaciones previas sobre la posibilidad de emplear microorganismo productores de agentes
antimicrobianos para estudiar los efectos que tienen estos microorganismos inhibiendo a un
microorganismo patógeno en un cultivo sólido con agar papa dextrosa, lo anterior como propuesta
de un estudio efectivo y eficaz del control biológico de plagas en plantas.

El control biológico como tal puede afectar la biodiversidad a través de la depredación, el

parasitismo, la patogenicidad, la competencia u otros ataques contra especies no objetivo. Un
control introducido no siempre se dirige solo a las especies de plagas previstas; también puede
dirigirse a especies nativas. En Hawai, durante la década de 1940, se introdujeron avispas
parasitarias para controlar una plaga de lepidópteros y las avispas aún se encuentran allí hoy en día.
Esto puede tener un impacto negativo en el ecosistema nativo, sin embargo, el rango del hospedador
y los impactos deben ser estudiados antes de declarar su impacto sobre el medio ambiente.

La finalidad de aplicar la quimioterapia con microorganismos productores de agentes

antimicrobianos al estudio específico para la inhibición de un microorganismo patógeno en
particular, es precisamente evitar la afectación de la biodiversidad por parasitismo y patogenicidad,
aparte que tambien las plagas desarrollan resistencias a agentes antimicrobianos específicos,
conllevando con lo anterior a plagas más resistentes a agentes de control biológico específicos, este
efecto originado por el uso indebido de estos agentes de control biológico sobre plagas no
específicas.

Existe un gran interés en muchos países por reducir la cantidad de plaguicidas que se liberan en el
medio ambiente, especialmente en el suelo y el ecosistema acuático y reducir el peligro que traen
consigo para la destrucción de la fauna y flora, además de los daños que causa a la salud pública.
Para aumentar la producción mundial de alimentos y suplir las necesidades de la población, la
producción agrícola también debe ser incrementada, preferiblemente a través del control biológico
de pestes en lugar del uso de plaguicidas.

La búsqueda de alternativas más viables y seguras que los plaguicidas convencionales es el

resultado de un interés por agentes de control biológico como los hongos, bacterias y virus, como
aspersiones o polvos para suprimir explosiones de artrópodos, plagas o malezas.

El control biológico de patógenos es realizado a través del empleo de organismos naturales o

modificados, genes o productos de éstos.

Los microorganismos como agentes de control de pestes tienen sus ventajas y desventajas. Entre las
ventajas, se destacan:

1. Su especificidad
2. La seguridad ambiental.
3. Su alta virulencia hacia las pestes a controlar.
4. Su compatibilidad con otras formas de control, como por ejemplo, control químico y
biológico.
5. Disponibilidad de fuentes naturales
6. Facilidad para ser manipulados como epizootias naturales.

Dentro de las desventajas, resaltan:

1. Su alta especificidad
2. Su relativamente alto costo por campo de acción
3. Problemas técnicos y logísticos en producción y aplicación.
4. Su naturaleza no propietaria, ya que no pueden ser patentados como los plaguicidas.
5. Su sensibilidad a factores físicos en el ambiente, por ejemplo, la radiación ultravioleta, pH,
calor, entre otros.

El uso de microorganismos especialmente bacterias y hongos en la descontaminación de suelos y

ríos, en el control biológico de plagas y el mejoramiento de tierras cultivadas entre otros, cada día
toma más fuerza. Ya se conocen bacterias que limpian los derrames de petróleo, otras para el
tratamiento de aguas, para el control de insectos, para fertilizar potreros etc.
 OBJETIVO GENERAL

Desarrollar un método consistente en la quimioterapia con microorganismos productores de agentes

antimicrobianos para la inhibición de la bacteria ​Salmonella sp​, como alternativa eficiente para el
estudio del control biológico en plagas ocasionadas por la bacteria ​Salmonella sp ​en plantas​.

OBJETIVOS PARTICULARES

● Estudiar la inhibición de los hongos ​Aspergillus niger ​y ​Penicillium Chrysogenum​, sobre la

bacteria ​Salmonella sp, ​empleando un cultivo sólido de agar papa dextrosa.
● Realizar un antibiograma que muestre la inhibición efectiva de los hongos ​Aspergillus niger
y ​Penicillium chrysogenum ​sobre la bacteria ​Salmonella sp.
● Comparar los resultados obtenidos en la inhibición de ​Salmonella sp, ​tanto para el hongo
Aspergillus niger​ como para el hongo​ Penicillium Chrysogenum.

MATERIALES Y EQUIPO

● Cajas Petri
● Matraz Erlenmeyer 250 mL
● Vaso de Precipitado 250 mL
● Varilla de Vidrio
● Parrilla eléctrica
● Agar PDA
● Sensidiscos
● Control Biológico
● Mecheros
● Autoclave
● Asa Bacteriológica

METODOLOGÍA

Preparación de Medio

1. Realizar los cálculos para determinar la cantidad de Agar a utilizar dependiendo de las cajas
petri a usar. (15 mL por caja aproximadamente)
2. Calentar el agua en la parrilla eléctrica e ir agregando el agar poco a poco, mezclándolo
hasta diluir por completo el agar.
3. Una vez diluido, esterilizar en autoclave 15 minutos, a 121°C y 15 lb/in2
4. Dejar enfriar, una vez que haya salido el matraz con el agar de la autoclave, y vaciar en
cada una de las cajas petri. (Esta acción debe realizarse entre 2 mecheros par evitar
contaminación)
Siembra de Microorganismo e Inhibición

1. Poner a fuego directo el asa bacteriológica hasta observar hasta el “rojo vivo” y dejar
enfriar cerca de los mecheros.
2. Entre dos mecheros abrir cuidadosamente la caja petri de donde se va a obtener el
microorganismo y con el asa bacteriológica tomar una pequeña muestra.
3. Abrir la caja petri estéril, y hacer la siembra por toda la caja para obtener un mejor
aislamiento.
4. Incubar por 5-7 días
5. Después de ese tiempo, con los sensidiscos, impregnados del control biológico y colocarlos
sobre la siembra del microorganismo a estudiar e incubar para observar la inhibición que al
paso del tiempo se vaya observando.

RESULTADOS

Tabla 1. Inhibición del microorganismo

Dia 1 Dia 2 Dia 3 Dia 4 Dia 5

Inhibición (mm)

Tabla 2. Características de Microorganismos

Microorganismo Morfología Colonial Condiciones de Medio de

Incubación Crecimiento

Aspergillus niger

Penicillium
Chrysogenum

Salmonella spp

Tabla 3. Comparación de Aspergillus niger​ y​ Penicillium Chrysogenum.

Microorganismo Inhibición (mm) Morfología colonial Área de crecimiento

(cm2)

Aspergillus niger
 Penicillium
chrysogeum

ANÁLISIS Y DISCUSIÓN

● Discutir acerca de la eficiencia del empleo de hongos como agentes en el control biológico
de plagas ocasionadas por la bacteria ​Salmonella sp.
● Discutir sobre el mecanismo por el cual se genera la inhibición de la bacteria ​Salmonella sp​,
empleando los hongos ​Aspergillus niger ​y ​Penicillium Chrysogenum.
● Discutir sobre la viabilidad de emplear la quimioterapia con microorganismos productores
de agentes antimicrobianos como alternativa en el estudio del control biológico de plagas en
plantas.
● Realizar una comparación acerca de la eficacia obtenida en la inhibición de la bacteria
Salmonella sp, ​tanto para el hongo ​Aspergillus niger como para el hongo ​Penicillium
Chrysogenum​.
● Discutir acerca de qué hongo resulta la mejor alternativa para la inhibición de la bacteria
Salmonella sp,​ y por qué.

CONCLUSIÓN

Concluir en base a los resultados obtenidos experimentalmente, y proponer alternativas que puedan
mejorar los resultados obtenidos durante el desarrollo experimental.

CUESTIONARIO

1. Describir el fundamento inmerso en la aplicación de antibiogramas como una

alternativa viable para el control biológico de plagas
2. Sugerir al menos tres alternativa de inhibición de la bacteria ​Salmonella sp, ​y
describir su mecanismo de inhibición en ​Salmonella sp ​para cada alternativa sugerida.
3. ¿Que es resistencia bacteriana?
4. ¿Qué medios de cultivo son ideales para el crecimiento de los hongos Aspergillus niger
y ​Penicillium Chrysogenum​.
5. Describir el fundamento detrás del mecanismo por el cual se generará la inhibición del
microorganismo patógeno empleando un microorganismo productor de agentes
antimicrobianos.

REFERENCIAS

1. Baldini A.; G. Cogollor; A. Sartori y J. Aguayo. 2005. Control Biológico De Plagas

Forestales De Importancia Económica En Chile. (2da ed.) Pp. 85105.
2. Bigler F.; J.S. Bale; M.J. Cock; H. Dreyer; R. Greatrex; U. Kuhlmann; A. J. Loomans
y J. C. van Lenteren. 2005. Guidelines on information requirements for import and
 release of invertebrate biological control agents in European countries. Biocontrol
News and Information 26: 115–123.
3. Liebhold A.M. y P.C. Tobin. 2008 Population ecology of insect invasions and their
management. Annual Review of Entomology 53: 387–408.
4. Fernández-Arhex V. y J.C Corley. 2004. La respuesta funcional de parasitoides: una
revisión y guía experimental. Ecología Austral 14:8393.
5. FAO. 1996. Code of conduct for the import and release of exotic biological control
agents. International standard for phytosanitary measures, nº 3. Secretariat of the
International Plant Protection Convention, FAO, Rome, pp. 21. http:// www.ippc.int.
6. EPPO. 2002. List of biological control agents widely used in the EPPO region. EPPO
Standard PM6/3 (2), EPPO Bull. 32: 447–461.
 Práctica 3: “Introducción a la bioinformática con secuencias vacunología”

INTRODUCCIÓN

Bioinformática

La bioinformática es un campo interdisciplinario que desarrolla métodos y herramientas de software

para comprender datos biológicos. Como un campo interdisciplinario de la ciencia, la
bioinformática combina la informática, la biología, las matemáticas y la ingeniería para analizar e
interpretar datos biológicos. La bioinformática se ha utilizado para análisis in silico de consultas
biológicas utilizando técnicas matemáticas y estadísticas. En términos más generales, en la
bioinformática se aplican la estadística y la informática a la ciencia biológica [Venter et al, 2001].

La bioinformática se ha convertido en una parte importante de muchas áreas de la biología. En

biología molecular experimental, las técnicas de bioinformática, como el procesamiento de
imágenes y señales, permiten la extracción de resultados útiles a partir de grandes cantidades de
datos brutos. En el campo de la genética y la genómica, ayuda a secuenciar y anotar genomas y sus
mutaciones observadas. Desempeña un papel en la extracción de textos de literatura biológica y el
desarrollo de ontologías biológicas y genéticas para organizar y consultar datos biológicos. También
juega un papel en el análisis de la expresión y regulación de genes y proteínas. Las herramientas
bioinformáticas ayudan en la comparación de datos genéticos y genómicos y, más generalmente, en
la comprensión de aspectos evolutivos de la biología molecular. En un nivel más integrador, ayuda
a analizar y catalogar las vías biológicas y las redes que son una parte importante de la biología de
sistemas. En biología estructural, ayuda en la simulación y modelado de ADN, ARN, proteínas, así
como las interacciones biomoleculares [Parkhill, 2001].

La bioinformática es tanto un término genérico para el cuerpo de estudios biológicos que usan
programación de computadoras como parte de su metodología, como también una referencia a
"tuberías" de análisis específicas que se usan de forma repetida, particularmente en el campo de la
genómica. Los usos comunes de la bioinformática incluyen la identificación de genes candidatos y
polimorfismos de un solo nucleótido. A menudo, dicha identificación se realiza con el objetivo de
comprender mejor la base genética de la enfermedad, las adaptaciones únicas, las propiedades
deseables (especialmente en las especies agrícolas) o las diferencias entre las poblaciones. De una
manera menos formal, la bioinformática también trata de comprender los principios
organizacionales dentro de las secuencias de ácidos nucleicos y proteínas, llamadas proteómicas
[Graeber et al, 2001].

BLAST

La bioinformática se ayuda como ya se mencionó anteriormente del uso de programas

computacionales para el análisis, uno de estos sistemas es el BLAST (Basic Local Alignment
Search Tool) el cual es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea
de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una secuencia problema (también
denominada en la literatura secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que se
encuentren en una base de datos. El algoritmo encuentra las secuencias de la base de datos que
tienen mayor parecido a la secuencia problema. Es importante mencionar que BLAST usa un
algoritmo heurístico por lo que no nos puede garantizar que ha encontrado la solución correcta. Sin
embargo, BLAST es capaz de calcular la significación de sus resultados, por lo que nos provee de
un parámetro para juzgar los resultados que se obtienen (Smith, 1981).

Por lo general, cuando una nueva secuencia es obtenida, se usa el BLAST para compararla con otras
secuencias que han sido previamente caracterizadas, para así poder inferir su función. El BLAST es
la herramienta más usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas.
Muchas variantes han sido creadas para resolver algunos problemas específicos de búsqueda.
BLAST es desarrollado por los Institutos Nacionales de Salud del gobierno de EE. UU., por lo que
es de dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor del Centro Nacional para la
Información Biotecnológica (NCBI) (​Altschul, 1997​).

Algunas ventajas de usar el servidor del NCBI son que el usuario no tiene que mantener ni
actualizar las bases de datos y que la búsqueda se hace en un cluster de computadoras, lo que otorga
rapidez. Las desventajas son: no se permiten hacer búsquedas masivas dado que es un recurso
compartido, no se puede personalizar las bases de datos contra la que busca el programa, y las
secuencias son enviadas al servidor del NCBI sin ningún tipo de cifrado, lo que puede ser un
problema para quienes quieran mantener sus secuencias privadas. La aplicación local de BLAST
tiene la ventaja de que permite manejar varios parámetros que en las búsquedas de NCBI están
estandarizados, por lo que provee una mayor flexibilidad para los usuarios avanzados (​Altschul,
1997​).

Genoma de virus y bacterias

Desde hace mucho tiempo se discute si los virus son seres vivos. Si bien no está claro sí lo son o no;
es obvio que poseen estructuras genéticas similares al resto de los seres vivos.

Aunque todas las estructuras de los virus están ingeniosamente reordenadas para ser lo más
pequeñas posibles y por lo tanto contener la mayor cantidad de información en el mínimo espacio.
Los virus no contienen intrones, típicos de eucariotas, pero incluso han conseguido que ambas
cadenas de su material genético se transcriba en un mensajero útil para él, cosa impensable en
organismos más desarrollados. Así que a pesar de tener los genemos más pequeños, no son los más
simples, ni mucho menos.

Todos los organismos contienen ADN. Esta macromolécula asombrosa codifica toda la información
necesitada para programar las actividades de las células incluyendo la reproducción, el metabolismo
y otras funciones especializadas. La ADN se abarca de dos filamentos de nucleótidos. Cada
nucleótidos contiene un fosfato, un azúcar de 5 carbones (2-desoxirribo) y una de cuatro bases
nitrogenadas: adenina, citosina, timina guanina. El fosfato y el azúcar componen la espina dorsal de
cada filamento de ADN, mientras que las bases son responsables de sostener los dos filamentos
juntos vía enlaces del hidrógeno en una estructura llamada la hélice doble (véase la figura arriba). El
orden de las bases en un filamento de la ADN contiene la información genética cifrada. Toda la
ADN encontrada en un organismo se refiere colectivamente como el genoma. El genoma humano se
abarca de 23 pares de cromosomas lineares, y de aproximadamente 3000 megabases (Mb) de ADN,
mientras que el genoma de Escherichia coli consiste en un solo cromosoma de la circular del Mb
4.6. Estudiando los genomas de bacterias podemos entender mejor sus capacidades metabólicas, su
capacidad de causar enfermedad y también su capacidad de sobrevivir en ambientes extremos
(Yero, 2010).

Terminología del Genoma

● Kb/Mb - Un kilobase (KB) es 1000 bases de ADN, mientras que un megabase (Mb) es
1.000.000 bases.
● Cromosoma circular - La ADN se arregla en un circulo que es cerrado es sobre-rollado
negativamente que permite a tener en cuenta la naturaleza compacta de muchos genomas
bacterianos.
● Cromosoma linear - un cromosoma no cerrado, que tiene repeticiones invertidos en los
extremos, similar a los telomeros en cromosomas eucariótica.
● Plasmido- la ADN adicional. Se replica independientemente del cromosoma, y regula su
propia replicación.
● Megaplasmid - un plasmid muy grande que se extiende de tamaño a partir de 100 a 1700
KB. 

OBJETIVOS

General

Generar la introducción a la bioinformática por medio del programa computacional para la

obtención​ in sillico ​de características de secuencias bacterianas

Específicos

● Utilizar el programa BLAST para el desarrollo bioinformático de una secuencia genética

bacteriana en la generación de una vacuna
● Realizar la recuperación de una secuencia con el uso de BLAST
● Conocer las ventajas del uso de bioinformática

MATERIALES Y EQUIPO

● Computadora
● Programa BLAST
● Secuencia bacteriana
 METODOLOGÍA

Una de las bases de datos más conocidas presentes en el NCBI es el GenBank. Esta base de datos
consta de 59,750,386,305 bases en 54,584,635 entradas en las divisiones más comunes de GenBank
(EST/UniGene, STS, GSS HTGS)y 63,183,065,091 bases en 12,465,546 entradas en la división
WGS (Febrero 2006). A continuación veremos una de las formas más sencillas de acceder a la
información presente en GenBank y el NCBI en general​.

1.- Acceder al sitio web del NCBI ubicado en la siguiente dirección: ​http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2.- Realizar una búsqueda de HIV-1. Asegurándonos de que se haya definido una búsqueda en
todas las bases de datos en el menú desplegable ubicado en la esquina superior izquierda y digite el
término “HIV-1”. A continuación presione el botón “go”.

Es posible escoger cualquiera de las posibilidades ofrecidas en el menú. Son de destacar Pubmed,
Protein y Nucleotide, con las cuales buscamos directamente en la base de datos de bibliografía,
DNA o proteínas respectivamente. Unos segundos después seremos llevados a la página web del
sistema ENTREZ del NCBI, desde donde tendremos una perspectiva general de la información
relacionada con nuestra secuencia presente en el NCBI.

De esta manera es posible saber qué información existe para nuestro término de búsqueda en todo el
sitio web del NCBI (ej, 168532 entradas de proteínas, 1 entrada en la sección de taxonomía y
167470 entradas de nucleótidos). También es posible acceder directamente al sitio web de ENTREZ
a través de la siguiente dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi ENTREZ es, de
manera sencilla, el sistema que mantiene unida toda la información presente en el NCBI, algo así
como el “GOOGLE” del NCBI, y es quien realiza la búsqueda de nuestro término a través de todas
las bases de datos presentes en el NCBI.

3.- Regresar a la página principal del NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

4.- Realizar de nuevo la búsqueda por HIV-1, pero esta vez asegurandonos de escoger la sección
“genome” y no “all databases”. Espere unos segundos y analice la página de resultados que obtiene.

5.- Realizar nuevamente la búsqueda en el sistema ENTREZ y explore las diversas entradas que
muestra la página de resultados (ej, Protein, UniGene, OMIM, Pubmed etc.). Corroborar dichos
resultados con los que arrojan las búsquedas con las opciones en el menú desplegable del sitio web
del NCBI.

Accediendo a las secuencias

1.- Realizar nuevamente la búsqueda de HIV-1 en la sección genome. Se encontrarán 5 entradas

acompañadas de una breve descripción. Seguir el hipervínculo para la entrada con identificador:
NC_001802

Nota: Se desplegará un cuadro en el que se observa un resumen de la información relacionada con

el genoma que hemos buscado. Gracias a éste sabremos el número de genes con el que cuenta, que
proteínas codifica y la longitud. Este tipo de resúmen es necesario cuando tratamos de acceder a
este tipo de información, es decir si lo que buscamos es simplemente una proteína o secuencia de
ADN, por lo general no seremos llevados a un cuadro de resumen como éste sino directamente a la
entrada de dicha secuencia.

Referencias

Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG, et al. The sequence of the human
genome. Science. 2001;291:1304–1351.

Parkhill J, Wren BW, Thomson NR, Titball RW, Holden MT, Prentice MB, et al. Genome sequence
of Yersinia pestis, the causative agent of plague. Nature. 2001;413:523–527.

Graeber TG, Eisenberg D. Bioinformatic identification of potential autocrine signaling loops in

cancers from gene expression profiles. Nat Genet. 2001;29:295–300.

Smith TF, Waterman MS (1981). Identification of common molecular subsequences.. J Mol Biol
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Altschul, S. F., et. al. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein
database search programs. Nucleic Acid Res 25: 3389-402.

Yero C. (2010). De la secuencia de un genoma bacteriano a la identificación. Instituto Finlay