ALGORITMOS GENÉTICOS SAGA

Funcionamiento
Una función objetivo general se optimiza durante la simulación, normalmente una función de
maximización "suma de pares" introducida en los métodos de MSA de programación dinámica.
Se ha implementado una técnica para secuencias de proteínas en el programa de software SAGA
(Sequence Alignment by Genetic Algorithm, alineamiento de secuencias por algoritmo
genético),17 denominándose RAGA su equivalente para ARN.

REPRESENTACIÓN MSA
Mediante la técnica de simulated annealing (tienen relativamente poco éxito en la literatura en
castellano traducciones como "temple" o "recocido" simulado), un alineamiento múltiple de
secuencias existente, producido por otro método, se refina por una serie de reordenamientos
diseñados para encontrar regiones más óptimas del espacio de alineamiento que la ya ocupada por
el MSA previo. Al igual que en el método de algoritmos genéticos, en simulated annealing se
maximiza una función objetivo como la suma de pares. Este método utiliza un "factor de
temperatura" metafórico que determina el ritmo al cual los reordenamientos avanzan, así como la
probabilidad de cada uno de ellos. Un uso típico alterna periodos de altos ritmos de reorganización
y relativamente baja probabilidad (para explorar regiones más distantes del espacio de
alineamiento), con periodos de bajos ritmos y más altas probabilidades para explorar a fondo
mínimos locales cerca de las regiones recientemente “colonizadas”. Este enfoque ha sido
implementado en el programa MSASA (Multiple Sequence Alignment by Simulated Annealing,
alineamiento múltiple de secuencias por simulated annealing).

OPERADORES DE CRUCE
En la siguiente sección nos preguntamos el motivo por el cual funcionan los Algoritmos
Genéticos, demostrándose el teorema de los esquemas, y referenciándose algunos trabajos
teóricos relacionados con las condiciones suficientes para garantizar la convergencia de dichos
algoritmos hacia el óptimo global. Finalizamos el capítulo, mostrando operadores de cruce y
mutación específicos para el problema del agente viajero.