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This laboratory aims to analyzing the phenomenon of diffusion by means of simulations of numerical methods in the Octave or Scilab programs. In addition it sought to develop the skills of programming of the students. For this we make two models of diffusion, a one-dimensional model and other two-dimensional, in order to observe what happens when a drug X is introduced into the bloodstream and how this phenomenon of diffusion is affected by the temperature and by external forces.
This laboratory aims to analyzing the phenomenon of diffusion by means of simulations of numerical methods in the Octave or Scilab programs. In addition it sought to develop the skills of programming of the students. For this we make two models of diffusion, a one-dimensional model and other two-dimensional, in order to observe what happens when a drug X is introduced into the bloodstream and how this phenomenon of diffusion is affected by the temperature and by external forces.
This laboratory aims to analyzing the phenomenon of diffusion by means of simulations of numerical methods in the Octave or Scilab programs. In addition it sought to develop the skills of programming of the students. For this we make two models of diffusion, a one-dimensional model and other two-dimensional, in order to observe what happens when a drug X is introduced into the bloodstream and how this phenomenon of diffusion is affected by the temperature and by external forces.
Universidad del Rosario – Escuela Colombiana de Ingeniería Julio Garavito. Barón, Bautista, Bolívar, Cancino, Cárdenas.
Informe de laboratorio Biofísica 1.
Informe de Laboratorio No. I Biofísica 1
Barón Rojas, Laura Bibiana. Bautista Avellaneda, Laura Margarita. Bolívar Huertas, Cristian Camilo. Cancino Fuentes, Nathalia. Cárdenas Mogollón, Kevin Rogers. {laura.baron, laura.bautista-a, cristian.bolivar, nathalia.cancino, kevin.cardenas}@mail.escuelaing.edu.co Universidad del Rosario – Escuela Colombiana de Ingeniería Julio Garavito Bogotá, Colombia
adecuado que describe el fenómeno de la difusión, este
Abstract— This laboratory aims to analyzing the modelo se le conoce como “Ley de flujo por difusión” o phenomenon of diffusion by means of simulations of numerical la primera Ley de Fick que puede ser observada en la methods in the Octave or Scilab programs. In addition it sought ecuación (1). Donde J indica el flujo, -D el coeficiente de to develop the skills of programming of the students. For this difusión propia de cada molécula y la razón de cambio we make two models of diffusion, a one-dimensional model and ∆𝐶 ( ∆𝑡 ) es la variación de la concentración con respecto al other two-dimensional, in order to observe what happens when a drug X is introduced into the bloodstream and how this tiempo [4]. phenomenon of diffusion is affected by the temperature and by Δ𝑐 𝐽 = −𝐷 Δ𝑡 (1) external forces. Esta ecuación no lograba modelar una difusión no Key Words— Diffusion, Drug, External Force, Model, lineal, en efecto Fick desarrolló una segunda ley que Temperature. relaciona la distribución de las partículas en un soluto y el I. INTRODUCCIÓN cambio de concentración con el tiempo, el nuevo modelo matemático se puede observar en la ecuación (2) [5]. La difusión es el mecanismo de transporte o 𝑑𝐶𝑥 𝜕2𝑐 desplazamiento de moléculas generado a favor de un =𝐷 2 (2) 𝑑𝑡 𝜕𝑥 gradiente de concentración, que tiene como fin primordial restaurar el equilibrio en el sistema. Éste se caracteriza La finalidad de esta práctica es afianzar los por el paso de sustancias a través de membranas conocimientos adquiridos sobre el fenómeno de la biológicas o en la propagación de medicamentos o difusión mediante una simulación de dicho fenómeno por fármacos cuando son inyectados en el torrente sanguíneo métodos numéricos, de igual manera en la programación [1]. de algoritmos en Octave, programa de software libre En los fármacos, las moléculas atraviesan las destinado a cálculos numéricos, su importancia radica en membranas biológicas por transporte pasivo, de acuerdo la capacidad de solucionar problemáticas lineales y no a los siguientes parámetros: principio o ley de difusión de lineales, adicionalmente ofrece una herramienta través de Fick, liposolubilidad, coeficiente de partición de carga, su interfaz gráfica que permite visualizar el fenómeno de gradiente de concentración e influencia del pH en la difusión constituyendo herramientas hacia una mejor procesos como la absorción de medicamentos [2]. En comprensión y posterior análisis. consecuencia, los fármacos tienen la capacidad de alcanzar diversos sitios que pueden encontrarse fuera del II. MATERIALES Y MÉTODOS intervalo terapéutico, que sean inactivos o que su acción A. Materiales sea nociva o no deseada. La acción de los fármacos demanda de una El presente laboratorio se encuentra fundamentado en concentración adecuada de éste en el medio u entorno, en el fenómeno de la difusión, donde se busca la mayoría de los casos la intensidad y la duración de su principalmente observar los diversos factores que afectan acción está relacionado con el tiempo entre el aumento y la transición de un medicamento en el torrente sanguíneo. la disminución de la concentración en el tejido [3]. El Para la ejecución de éste, es necesario implementar la movimiento de las moléculas de un fármaco dentro del herramienta de programación Octave, que emplea un organismo permite su realización a través de las lenguaje útil para la realización de diversas funciones a membranas biológicas, las cuales son membranas nivel matemático manejando una sintaxis de MatLab [6]. plasmáticas de las células en diferentes tejidos, Gracias a las múltiples facultades que presenta este constituidas por una bicapa de lípidos y proteínas. programa es posible fomentar el uso de métodos Adolf Eugen Fick determinó un modelo matemático
Informe de laboratorio Biofísica 1.
Universidad del Rosario – Escuela Colombiana de Ingeniería Julio Garavito. Barón, Bautista, Bolívar, Cancino, Cárdenas. Informe de laboratorio Biofísica 1. numéricos para determinar el comportamiento de cambio dando comienzo al proceso de la difusión en donde las de la concentración del fármaco en función del tiempo. moléculas del fármaco intentarán desplazarse a través de Para lograr un desarrollo adecuado de la presente membrana celular con el objetivo de equilibrar las práctica, se manejó la siguiente metodología concentraciones del sistema en ambos medios. garantizando un óptimo resultado de Los fármacos generalmente pasan a través de las experimentación y aprendizaje. células, en lugar de entre las células, de tal manera que la membrana celular es la barrera [9]. B. Métodos
La práctica de laboratorio se desarrolló en cuatro
etapas, en primera instancia se abrió el archivo “difusión1.m”, en donde se analizó el código y se obtuvo el modelo unidimensional de difusión. Posteriormente se modificó el número de intervalos de tiempo a 27 que permitieran identificar alguna variación de la gráfica en relación al cambio realizado. En segunda instancia se ejecutó el archivo “difusión2.m” con la finalidad de obtener el modelo unidimensional del comportamiento de la difusión en presencia de una fuerza externa, para ello se incrementó la fracción de difusión hacia la derecha, haciéndose notable el cambio de la velocidad de difusión; con base en esto se modificó el código de tal manera que se invirtiera la dirección del flujo. Ilustración 1. Modelo unidimensional del archivo En tercera instancia se ejecutó el archivo "difusión1.m" “difusion3.m”, éste se realizó para obtener el comportamiento bidimensional de la difusión en En la ilustración 1. se puede observar el modelo presencia de una fuerza externa. A partir de ello, analizar unidimensional de acuerdo a la ejecución del archivo la concentración en las casillas 6 y 19 de acuerdo al “difusión1.m” dado por el docente que permite inferir el modelo después haber transcurrido 17 instantes de tiempo comportamiento de la difusión al ingresar el medicamento posterior a la aplicación del medicamento. o fármaco al torrente sanguíneo encontrandose en un Por último, se halló el patrón de difusión en todos los medio aproximadamente estático. El modelo presentado instantes de tiempo de las casillas 16 y 29 para su es ejecutado en 27 intervalos de tiempo permitiendo posterior comparación gráfica e identificación de los identificar la variación de la gráfica, con una instantes de tiempo en los que se obtuvo una mayor concentración inicial aproximada del 15 unidades (eje y) concentración en cada una de las posiciones nombradas que varía en función del tiempo. Sin embargo, al anteriormente. encontrarse en homeostasis, la difusion del fármaco se realiza por el organismo de manera uniforme y III. RESULTADOS Y ANÁLISIS DE RESULTADOS homogénea, logrando describir este fenomeno como una La absorción o difusión es el enfoque primordial en el curva simétrica con referencia al lugar de ingreso del desarrollo e invención de fármacos, debido a que estos medicamento. deben lograr el movimiento o desplazamiento adecuado De acuerdo al desarrollo de la práctica, el archivo hacia el torrente sanguíneo pese a posibles factores que “difusion2.m” se ejecuta, obteniendo el modelo puedan afectar su acción óptima [7]. unidimensional del comportamiento de la difusión del La difusión, para este caso particular, representa el paso fármaco en presencia de una fuerza externa como se a través de un tipo de barrera, diferente a la vía de puede observar en la Ilustración 2. administración empleada, simplificandose a la interacción de una molécula con la membrana biológica, donde las características fisicoquímicas determinan el resultado del proceso [8]. Una vez ingresado el medicamento al torrente sanguíneo, se genera una notable diferencia de concentración entre el medio extracelular e intracelular,
Informe de laboratorio Biofísica 1.
Universidad del Rosario – Escuela Colombiana de Ingeniería Julio Garavito. Barón, Bautista, Bolívar, Cancino, Cárdenas. Informe de laboratorio Biofísica 1. El fenómeno de la difusión se dará lugar a lo largo de las celdas presentes en la gráfica hasta alcanzar condiciones ideales de homeostasis o hasta eliminar la diferencia de concentración o gradiente presente entre ellas. Mediante el tercer algoritmo “difusion3.m” se simula el comportamiento de la difusión en un modelo bidimensional en presencia de una fuerza externa que dirige o presiona este fenómeno en dirección hacia la derecha, donde mediante la gráfica obtenida se puede observar la idónea distribución espacial del medicamento en función del tiempo. De acuerdo a lo descrito en el párrafo anterior, en la Ilustración 4. e Ilustración 5. es posible observar el Ilustración 2. Modelo unidimensional del comportamiento de fenómeno de la difusión en presencia de una fuerza la difusión en presencia de una fuerza externa externa. Sin embargo, se presenta en un modelo bidimensional donde se ejecutó en 40 intervalos de Se evidencia de manera notable el tiempo (eje x), en un área de 35 celdas (eje y) y una comportamiento de la difusión en el organismo de manera concentración máxima del 100% (eje z) la cual se dispersa diferente a como se presentó en la Ilustración 1., en gran hacia las celdas conjuntas al existir una diferencia de medida relacionado por el incremento de la fracción de concentración y con el objetivo de alcanzar el equilibrio difusión hacia la derecha haciéndose notar el cambio de entre los medios. la velocidad de difusión. En consecuencia, el flujo no depende únicamente de la cantidad de concentración presente en cada medio, sino también de la acción o inhibición de alguna fuerza externa, por ejemplo, el flujo sanguíneo que genera un movimiento, desplazamiento o presión en determinada dirección del medicamento. Al realizar una simulación ejecutada en 40 intervalos de tiempo sin acción de ninguna fuerza externa, se observar en la Ilustración 3. como el fenómeno de la difusión se lleva a cabo de forma homogénea a lo largo de las celdas adyacentes con referencia al lugar en donde fue colocado dicho medicamento.
Ilustración 4. Modelo bidimensional del comportamiento de la
difusión en presencia de una fuerza externa.
Ilustración 3. Modelo unidimensional del comportamiento de la
difusión en ausencia de una fuerza externa
Informe de laboratorio Biofísica 1.
Universidad del Rosario – Escuela Colombiana de Ingeniería Julio Garavito. Barón, Bautista, Bolívar, Cancino, Cárdenas. Informe de laboratorio Biofísica 1. IV. CONCLUSIONES Cuando se presenta alguna alteración en el medio de difusión, ya sea por acción de una fuerza externa o es no estacionario, se puede observar cambios considerables en la distribución, evidenciando una asimetría en la gráfica de difusión de acuerdo a el número de celdas y a su localización con referencia al lugar de ingreso del fármaco. Octave fue sumamente útil para lograr un óptimo desarrollo de la práctica, debido a que ofreció la facultad de la modelación matemática de fenómenos o mecanismos biológicos que tienen lugar en los seres vivos, específicamente en seres humanos. Igualmente, permitiendo observar y analizar las situaciones expuestas en el entorno Ilustración 5. Modelo bidimensional del comportamiento de la ideal y adecuado en busca de una mejor difusión en presencia de una fuerza externa comprensión y adquisición de conocimiento La gráfica de igual manera ofrece la posibilidad mediante la experimentación. de analizar la concentración presente en cada celda en un En la actualidad, el fenómeno de la difusión da determinado instante de tiempo mediante una barra lugar a un tema de gran relevancia e importancia vertical de colores que se aprecia al lado derecho de la por su intervención en múltiples procesos vitales Ilustración 5. similar a la que se presenta a continuación en la naturaleza, más específicamente en el en la Ilustración 6. cuerpo humano. Por ende, la realización de estudios científicos al respecto ofrecen oportunidades de innovación y desarrollo en el campo de la ciencia y la investigación científico actual, por ejemplo, la farmacocinética. << Ilustración 6. Barra de colores. Rojo/100 (Máxima concentración del medicamento), Azul oscuro/0 (Mínima REFERENCIAS concentración del medicamento). Tomado de: http://www.revespcardiol.org/imatgesdiffusion/25/25v58n01/g [1] Geoffrey M. Cooper & Robert E. Hausman, La Célula, rande/25v58n01-13070507fig04.jpg Marbán, Sexta Edición, 2014, Pp. 516. [2] Weiss, Thomas F. Cellular Biophysics, Volume 1: Los cambios en la concentración en función del Transport. Cambridge, MA: MIT Press, 1996. [3] Escobar Luis. Revista Actualidades Biológicas. Vol. 1 No. tiempo, se relacionan con la distribución espacial de las 2. Universidad de Santa Fe De Bogotá, 1972; 42-46. partículas de soluto, es decir, dependerá de las partículas [4] J. Feher, Quantitative Human Physiology: An Introduction, y su posición espacial el comportamiento de cómo cambie Elsevier INC., First Edition, 2012, Pp. 55-62. o varíe la concentración a través del tiempo, de acuerdo a [5] J. Feher, Quantitative Human Physiology: An Introduction, la segunda ley de Fick [10]. Elsevier INC., First Edition, 2012, Pp. 55-62. Finalmente en términos teóricos, la difusión es un [6] Hoop B., Peng K. Fluctuations and fractal noise in fenómeno irreversible, donde las moléculas se introducen biological membranes. The Journal of Membrane Biology. en un medio en el cual inicialmente de encontraban Vol. 177, julio de 2000. ausente o en baja concentración, generando un aumento [7] Aldo H. Romero, Difusión, transporte, movilidad y todo en la entropía del sistema. Estos procesos de la difusión eso: el mundo estocástico de Einstein, Revista Avance y perspectiva, México DC, 2004. están estrechamente relacionados con las leyes de Fick, [8] Venegas A., Ruiz J., Alvarado H. Enseñanza de la que describen numéricamente de manera excepcional el biofísica, una mirada sobre la membrana celular. Revista comportamiento de la difusión [11]. colombiana de física. Vol. 38, abril de 2006. [9] Velásquez J., Chejne F., Fenómenos de transporte y transferencia: un enfoque termodinámico. Editorial Universidad Nacional. Santa Fe De Bogotá, 2004; 109- 140.
Informe de laboratorio Biofísica 1.
Universidad del Rosario – Escuela Colombiana de Ingeniería Julio Garavito. Barón, Bautista, Bolívar, Cancino, Cárdenas. Informe de laboratorio Biofísica 1. [10] Pendse S, Singh A, Zawada E. Initiation of Dialysis. In: Handbook of Dialysis. 4th ed. New York, NY; 2008:14–21 [11] Mosby’s Dictionary of Medicine, Nursing, & Health Professions. 7th ed. St. Louis, MO; Mosby: 2006