GENÉTICA ORGANIZACIÓN DEL GENOMA Y SU EVOLUCIÓN

diferentes que tenga la célula. Es por esta razón que las

ORGANIZACIÓN DEL GENOMA
Probablemente, la clasificación más general de organismos
vivos que se puede hacer se refiere a la clasificación de las
células que componen a un organismo vivo, dividiéndolos en
procariontes y eucariontes.
proteínas son moléculas clave, esta célula requiere cierta
cantidad de proteínas (500-5000), cantidad relativamente
pequeña, para su funcionamiento.

CÉLULAS PROCARIONTES (BACTERIAS EN GENERAL)

Según el grado de complejidad estructural que se puede
encontrar, en las células procariontes, por ejemplo una
bacteria, tienen baja complejidad. Es una célula
estructuralmente simple.

-Baja complejidad estructural, alta capacidad funcional. CÉLULAS EUCARIONTES EN GENERAL

-500-5000 proteínas requeridas para su funcionamiento.

-Nucleoide.

Estructuralmente hablando se trata de una célula poco

compleja, en ella encontramos pocas estructuras: pared
bacteriana, por fuera de la célula; membrana plasmática,
dentro de ella existe un citoplasma donde se encuentra el
material genético de la bacteria llamado nucleoide, lo que
corresponde a un único cromosoma el cual se compone de
una asociación entre una única molécula circular de ADN más
proteínas que permiten la asociación entre ambas moléculas.

Además, hay flagelos para permitir el movimiento de la célula

junto con las fimbrias.

Pero por dentro, metabólicamente (funcionalmente)

hablando la bacteria puede hacer casi lo mismo que cualquier
célula. Para poder estructurase y funcionar bien se requiere
entre 500-5000 proteínas. -Alta complejidad estructural y funcional.

En este caso, el fenotipo son las características observables -Procesos celulares compartimentados (en los organelos).
de la bacteria, lo cual está ligado a la cantidad de proteínas -Presencia de núcleo.
GENÉTICA
-De 6.000 (levadura) a >100.000 (humano) proteínas.
En el caso de las células eucariontes animal y vegetal, se
puede apreciar fácilmente una complejidad estructural
mayor, pero lo más distintivo es la estructura que le da el
nombre a la célula eucarionte (núcleo verdadero). El núcleo
celular corresponde a una estructura que está rodeada por
una envoltura nuclear que corresponde a una doble
membrana. Dentro del núcleo se encuentra la información
genética separada del resto de la célula. Además, aparecen
estructuras como el retículo liso, rugoso, peroxisoma,
mitocondrias, cito esqueleto, etc.
La célula animal y vegetal tienen casi las mismas estructuras
celulares salvo el cloroplasto y pared celular en la vegetal.
Estas estructuras (organelos) han aparecido para
compartimentalizar a la célula, ejemplo:
1- Expresión de la información genética (transcripción)
ocurre en el núcleo
2- Splicing, eliminación de intrones, modificaciones del
DNA ocurre en el núcleo
3- Metabolismo de ciertos compuestos; conversión de
glucosa en piruvato a través de la glicolisis ,se hace
en el citoplasma
4- Oxidación completa de átomos de carbono a través
del ciclo de Krebs ocurre en la mitocondria
Como se puede ver, las células eucariontes en específico sus
estructuras son más complejas “todas las estructuras están
por y para algo” todo sirve para maximizar ciertos procesos,
para hacerlo más eficiente.
Ambos tipos de células son distintos.
EL contenido de proteínas diferentes es un tema central en
las células eucariontes.
ORGANIZACIÓN DEL GENOMA Y SU EVOLUCIÓN
Ej.; la levadura del panadero tiene 5000 proteínas, estas
permiten que la célula funcione
Ej.; hay células que tienen más de 100.000 proteínas
diferentes (se habla incluso de más de 200.000) en el caso de
las células humanas, esto quiere decir que la célula requiere
de ese gran número de diferentes proteínas, por lo tanto, el
fenotipo de la célula depende de las proteínas distintas que
tenga.
Además, se debe sumar una complejidad adicional la cual
estad dada por el siguiente hecho, en un organismo celular
eucarionte además de la complejidad funcional y estructural
debo explicar además un evento único de los eucariontes
esto es la diferenciación celular, esto permite que a partir de
una célula se generen más con la misma información
genética, sin embargo cada una de ellas tiene una estructura
particular la cual está asociada a la función que esta cumple.
EJ: la neurona es una célula que integra señales que
provienen de eventos, de censar condiciones externas, las
integra y las transmite a larga distancia, para esto tiene
ciertas estructuras especificas; su soma, dendritas que
forman una red para interactuar con otras neuronas que
permite transmitir esas respuestas, y el axón, en específico su
terminal para que pueda transmitir la señal a un efector.
Estas son una estructura y una función que han sido
adquiridas y desarrolladas durante la diferenciación celular, lo
que genera complejidades del punto de vista de contenido y
organización genética.
Se establece entonces, que existen diferencias notables de
organización y funcionalidad entro estos dos tipos de
organismos.
ÁRBOL FILOGENÉTICO
Indica o establece que todos los organismos vivos provienen
de un mismo ancestro. Entonces hay un primer ancestro que
es común para todos los organismos vivos que se conocen. A
partir de esto se generan dos grandes ramas, una que va
hacia los organismos procariontes (bacterias) y otra que va a
los eucariontes. Hay además otros ancestros que permiten
separar entre otros tipos de organismos.
Si se va subiendo por el árbol, se encuentra en el reino de los
eucariontes en la parte superior las plantas y los animales
(organismos de mayor complejidad).
Esto tiene relevancia con la evolución del genoma (tema que
se verá más adelante). Los genomas tienen cierta dinámica
que les permite evolucionar y esto se asocia a un fenómeno
GENÉTICA ORGANIZACIÓN DEL GENOMA Y SU EVOLUCIÓN
llamado microevolución, el que después puede derivar en
especiación. Cuando se genera microevolución, lo que se
produce es variabilidad genética dentro de una misma
especie, cuando esa variabilidad alcanza un determinado
grado de avance se puede producir aislamiento reproductivo
y por tanto, especiación, esto permite generar bifurcaciones
dentro del árbol.
Lo importante a destacar aquí es que, si uno mira los
organismos que están en la cúspide del árbol, se ve que estos
han desarrollado un proceso de acumulación y evolución de
su material genético. Si se mira por ejemplo una levadura
(eucarionte inferior), y se toma un gen de una enzima
determinada de esta levadura, y luego se compara con el gen
de la misma enzima pero en humanos, se va a encontrar un
gran grado de similitud, lo que significa que, considerando
que la levadura en este árbol filogenético apareció antes que
la especie humana, se dice que el gen que se encuentra en la
especie humana proviene de un gen que se puede encontrar
en el primer organismo eucariótico (el más simple), de ahí ha
ido acumulando mutaciones y variaciones en las secuencias
génicas que lo han convertido en este gen especifico que se
encuentra aquí, entonces genéticamente, los organismo en la
cumbre, tienen relación directa con los organismos en la base
del árbol.
Los genes que poseemos se han originado durante la
evolución y han sido siempre modificados para llegar a ser
como son hoy en día, por lo tanto, se explicará como ocurre
este evento de la dinámica de la información genética, como
se modifica y como se selecciona la información genética a lo
largo de la evolución.
DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR
Del dogma central de la biología molecular, se desprende que
tengo la información genética de un organismo contenida en
la molécula de DNA y que esta información genética va a
tener un flujo.
Primero, se va a copiar esta información genética en una
molécula intermediaria que se denomina RNA, en ese caso, se
está copiando información genética que permite fabricar una
proteína y por lo tanto esa información genética se está
copiando en una molécula que se va a denominar RNA
mensajero. Con esta copia se hace el segundo proceso, el de
traducción, lo cual permite generar o sintetizar una proteína
con una determinada secuencia de aminoácidos, es decir, una
estructura primaria de una proteína determinada por la
secuencia nucleotídica que encuentro en la molécula de RNA.
De acuerdo con este esquema, lo que está escrito en forma
de código es la estructura primaria, la secuencia aminoacídica
de una proteína. El intermediario es el RNA que me permite
extraer la información genética que está contenida y
poderla utilizar para generar una proteína. Este dogma se
quedó corto, esto podría representar básicamente lo que
ocurre en una bacteria, porque las bacterias han desarrollado
una estrategia particular para relacionarse con el medio
ambiente. Esto también es un dogma.
Todo lo que le importa a un organismo vivo es cómo
interactúa con el medio ambiente. Ese es su gran tema y todo
GENÉTICA
lo que ustedes han estudiado y van a estudiar en su carrera
tiene que ver con cómo un organismo vivo (en su caso, un
humano) interactúa con el medio ambiente, qué efectos tiene
el medio ambiente sobre sus procesos, cómo un organismo
responde a cambios en el entorno. Ese problema lo tienen los
organismos humanos, pero también las bacterias.
Cada organismo ha desarrollado estrategias diferentes, si
ustedes miran lo que pasa con las bacterias, la parte central
de su estrategia es alta tasa de reproducción. Se reproducen
muy rápidamente de modo que, si una condición
medioambiental afecta a una población bacteriana y reduce
el número de individuos muy rápidamente, esa población se
reproduce rápidamente y recupera su número poblacional.
Por ejemplo, se le dice al paciente que tome antibióticos por
7 días y el tipo al 4to día se siente bien y no toma antibióticos
por los siguiente 3 días, es probable que bacteria patógena
contra la cual está tomando el antibiótico no sea eliminada en
un 100% y que aún dentro del organismo persistan algunas
bacterias que han generado procesos infecciosos. Esas
bacterias una vez que se retira el antibiótico van a comenzar
a desarrollarse a una gran velocidad y van a recuperar el
volumen poblacional al poco tiempo.
El Lysoform (que mata 99% las bacterias) puede dejar un 1%
de bacterias que dejen la tendalada. Esa es la estrategia
bacteriana, y por consiguiente ha organizado todo para
maximizar su alta tasa proliferativa. Entonces, puede
sobrevivir si capturó un gen de resistencia (adquirido por
conjugación), pero también ese 1% puede subsistir porque
regulé la presión selectiva.
Si no se mantiene la concentración por efecto de un
antibiótico, en un tiempo suficiente y una determinada
concentración, si el paciente deja de tomar el antibiótico el
1% va a sobrevivir porque no hay presión selectiva.
Las bacterias organizan su información genética para
maximizar su proceso reproductivo, por ejemplo en el
cromosoma tienen sólo una molécula de DNA circular de
doble cadena y tiene un origen de replicación, en general el
DNA es replicado bidireccionalmente que parte del origen de
replicación. Esto ocurre en E.coli aproximadamente en 45
minutos y la bacteria se divide cada 46 minutos, o sea se
duplica el DNA y al tiro la bacteria se divide, por lo que la tasa
de reproducción es muy alta por fisión binaria (proceso que
de una célula se generan dos y va creciendo en progresión
ORGANIZACIÓN DEL GENOMA Y SU EVOLUCIÓN
geométrica).
Estos organismos en general no tienen lastre genético, o sea
la información genética esta fundamentalmente generado
para sintetizar proteínas, ya que estas son claves para generar
la estructura y su capacidad funcional. Por ejemplo el
cromosoma de E.coli tiene 5𝑥106 pb, (DNA se mide en pares
de bases), y en el genoma están codificadas 4.000 proteínas
distintas, esto significa 1 proteína tiene en promedio 300
aminoácidos y requiere de un gen para codificar la proteína
con al menos 1000 pb, considerando que 3 pb codifican 1
aminoácido, por lo tanto si cada una de esas proteínas están
codificadas por 1000 pb codificando las 4000 proteínas se
usan 4𝑥106 pb, que significa que el 80% del DNA bacteriano
está destinado a codificar proteínas, y se dice que el uso de
la información genética es muy eficiente ya que no es lo más
corriente por ejemplo en el humano no es así.
A demás en el cromosoma no sólo están las 4000 proteínas
sino que también 3 tipos RNAr organizados en un operón y
cada uno de esos se repite al menos 7 veces o sea hay 21
genes de RNAr.
Existen varios tipos de otras moléculas que se llaman tRNA o
RNA de transferencia.
En una bacteria existen entre 150 a 250 genes de tRNAs.
Si se observan los genes que codifican para RNA ribosomal,
para tRNA y los genes que codifican para RNA mensajeros, los
cuales codifican 4000 proteínas; es posible deducir que en
esta molécula de DNA no hay desperdicio.
Los RNA ribosomal permiten crear ribosomas en los cuales
están codificados los tRNAs, que son los traductores que
pueden traducir el RNA mensajero y sintetizar la proteína.
Todo el genoma bacteriano está en función de sintetizar las
proteínas que su organismo necesita.
GENÉTICA
En la bacteria no hay núcleo, por lo que su DNA está en el
citoplasma al igual que todas las enzimas de síntesis de RNA.
El DNA es transcrito apareciendo el RNA mensajero, el cual
luego ingresa al proceso de traducción ya que en el
citoplasma también se encuentran los ribosomas y los tRNAs
necesarios para sintetizar proteínas.
Esto se debe a que la bacteria debe funcionar rápidamente y
sintetizar todo lo necesario para que una célula se pueda
dividir y generar dos en el menor tiempo posible.
Esto se debe a que las bacterias tienen sentido colectivo, ya
que lo que importa es la población bacteriana, no el
individuo.
ORGANISMOS EUCARIOTICOS
En organismos eucarióticos, el mecanismo más importante es
la homeostasis, es decir mantener lo más normales posibles
los parámetros intracelulares. Si se tiene información
contenida en un gen eucariótico, los procesos que conducen
desde que se toma la información genética, hasta convertirla
finalmente en una proteína que desarrollará su función en el
ciclo especifico donde se requerirá, son más complejos en
comparación a los de la bacteria.
El primer evento es igual en ambos.
La transcripción, síntesis o copia de la información genética
contenida en el DNA en una molécula de RNA, sin embargo,
en el caso de eucariontes lo que se sintetiza no es un RNA
mensajero, si no que un precursor o transcrito primario, el
cual no está listo para ser utilizado en la biosíntesis de una
proteína.
Entonces, aparece un segundo elemento que no existe en una
bacteria, que es lo que se llama procesamiento post-
transcripcional.
En este evento, ese transcrito primario es convertido en un
RNAm. Todo esto ocurre en el núcleo de la célula. Segregar,
separar del citoplasma.
Una vez que se genera el RNAm, esa molécula sale del núcleo
de la célula, va al citoplasma y ocurre la traducción. Los
ribosomas, los tRNA, están ubicados en el citoplasma, gracias
a los cuales se realizará la síntesis física de la proteína.
Ahora, cuando se sintetiza esta cadena polipeptídica primaria,
la mayor parte sobreviene un nuevo proceso, que es lo que se
llama procesamiento post-traduccional.
Las proteínas eucarióticas generalmente requieren de
cofactores, grupos prostéticos o modificaciones que les
ORGANIZACIÓN DEL GENOMA Y SU EVOLUCIÓN
agreguen, por ejemplo, hidratos de carbono, es decir,
glicosilaciones. Muchas de las proteínas eucarióticas son
glicoproteínas.
Hay proteínas que van a ser tomadas del citoplasma y
transferidas hacia organelos como las mitocondrias, o puestas
en el sistema de endomembranas para ser transportadas
finalmente hacia el exterior de la célula, hacia la membrana
plasmática, o para volver al núcleo.
A fin de cuentas, en el procesamiento post-traduccional, a la
proteína se le agregan los componentes necesarios para
adquirir su capacidad funcional, para luego ser transportada
al sitio donde va a desarrollar su función.
Por ejemplo: si es una proteína nuclear, será llevada al
núcleo; si es por ejemplo una de las enzimas del ciclo de krebs
que ocurre en la matriz mitocondrial será transportada a
dicho lugar. Solo cuando la proteína alcance su ubicación
definitiva se termina este proceso.
Todo esto es parte de un evento complejo que requiere más
“actores”. Por ejemplo, hay una etapa que requiere de una
serie de moléculas que participan en la eliminación de
intrones, gracias a los uRNAc, una ligasa que no existe en las
bacterias. Una enzima que corta la cola del RNAm y pega un
sistema de poliadeninas o la cola poli A.
En este proceso se puede deducir que en una célula
eucariótica tiene que haber más proteínas que en una
procarionte. Por este motivo la célula eucarionte más simple
necesita unas 6000, y las más complicadas requieren más de
100.000 proteínas distintas para funcionar, porque tienen
procesos más complejos.
Además, encontramos eventos de degradación selectiva de
proteínas, ya que una vez que la proteína cumple su función
puede degradarse mediante el proceso de ubiquitinación,
degradación proteosomal o también es conocida como la
etapa en la que se hace degradación del RNAm
selectivamente, mediante el proceso de silenciamiento de
RNA que está asociado a un proceso complejo de regulación.
Es necesario tener una buena regulación de cada etapa, para
poder diferenciar en que momento se deben sintetizar o
degradar proteínas.
Si se observa un organismo eucariótico simple, como una
pequeña maleza, con 25.000 genes, de los cuales unos 2.000
solo serán destinados a la regulación de transcripción. Y
tienen por ejemplo unos 600 genes solo para la regulación de
proteínas kinasa, las cuales son proteínas regulatorias. Tienen
una gran cantidad de genes asociados a vías de transducción
de señales, que permiten responder a condiciones internas y
GENÉTICA ORGANIZACIÓN DEL GENOMA Y SU EVOLUCIÓN

regular procesos fisiológicos. Se puede realizar un experimento, donde se rompe la

membrana de una célula con una máquina. Se adquiere el
El problema es que, en esta célula eucariota se necesita una
núcleo, se centrifuga con baja velocidad para que
gran cantidad de proteínas, por lo que se requiere una
sedimenten. Se purifican, se agrega más detergente para
enorme cantidad de genes que las codifiquen y DNA que
romper su envoltura y adquirimos el DNA. A éste se le agrega
conforme a estos últimos. Entonces en los organismos
fenol que saca las proteínas del DNA, dejándolo puro. Se
eucarióticos, la cantidad de DNA existente en una célula, es
agrega en un tubo y luego en un aparato de ultrasonido,
mucho mayor que la que hay en una bacteria.
donde se fragmentará más o menos en pedazos de 1000
El genoma se define como la entidad que contiene la
pares de bases. Se toma el DNA y se calienta, rompiendo
información genética de un organismo. Por ejemplo el
puentes de H con lo que se separa la doble cadena de DNA a
genoma bacteriano corresponde al cromosoma bacteriano y
DNA de hebra simple. Es un fenómeno reversible, así que si se
el genoma de una célula eucariota, es la sumatoria de los
baja la temperatura nuevamente, las dos cadenas empezarán
cromosomas que contiene la célula, el DNA mitocondrial y el
a re asociarse y aparearse nuevamente. Se medirá la
DNA de cloroplastos si se está hablando de una célula
velocidad con la que se produce la re asociación en tiempo
vegetal.
total, que es lo que se ve en la imagen.

A E. coli se le asignó 4,2 x 106 millones de pares de bases, lo

cual fue corregido alcanzando cerca de 4,7 x106 millones. Si se
mira la levadura, se ve que tiene 1,3x10 7, es decir casi 3 veces
más que E. coli. La mosca del vinagre (D. melanogaster) es
muy importante para el estudio del desarrollo y organización
de un organismo eucariótico, puesto que, es de ella de donde
más se sabe, pues aquí se conocieron los primeros
mecanismos. El H. sapiens tiene 3,3 x 103. Este número es
por genoma haploide, es decir, n cromosomas, lo que
significa en la especie humana, 23 cromosomas.

Se estima que en humanos, se puede sintetizar al menos

100.000 proteínas. Una proteína humana en promedio, tiene
alrededor de 500 aminoácidos, que requieren 2.000 pares de
bases. Entonces al existir 100 mil proteínas, se tiene:

105 (proteínas) x 2 x 103 (pares de bases) = 2 x 108 =

200 millones de pares de bases. En horizontal el tiempo total, y en vertical el porcentaje de re
asociación alcanzado.
Esto quiere decir que para producir las 100 mil proteínas, se
En una célula eucariótica, el DNA empieza a re asociarse muy
necesitan 200 millones de pares de bases.
rápidamente en bajo tiempo hasta alcanzar un máximo, un
Si hay 200 mil proteínas, se necesitan 400 millones de pares
de bases y se tienen disponibles 3.300. Entonces al dividir
3.300 en 400, se obtiene un resultado que indica, que se está
utilizando más o menos 1/8 del genoma.

Se usa más o menos 1/8 del total del genoma para codificar
proteínas. Esto significa que solo una pequeña fracción del
genoma en humanos está destinada a codificar proteínas.
Desde un punto de vista enfocado solo a ese proceso, nuestro
genoma sería considerado como “altamente ineficiente” si es
comparado con el genoma de una bacteria como escherichia
colli. ¿Por qué hay tanto DNA y tan pocas proteínas
codificadas entonces? Porque el genoma humano tiene más
funciones que solo codificar proteínas.
GENÉTICA ORGANIZACIÓN DEL GENOMA Y SU EVOLUCIÓN

periodo sin actividad, otro periodo con movimiento y luego
sin éste, y por ultimo un periodo en donde se demora mucho
para finalizar. Es decir, se presencia una re asociación muy
rápida, mediana y muy lenta. Esto significa que cada parte
del DNA de esta célula no es igual.
En el primer caso (re asociación muy rápida), esto es debido a
que hay secuencias de DNA pequeñas que están repetidas en
el genoma miles hasta millones de veces por lo que encontrar
su complementario es muy fácil al ser muy común, haciendo
que el proceso de re asociación del DNA altamente repetido
sea veloz.
proteínas entre diferentes organismos eucarióticos, lo que
importa es cuánto DNA de secuencia única tiene ese
organismo.
Por ejemplo, la planta de tabaco, tiene casi 100 veces más
DNA que la especie humana. Si la especie humana está en el
orden de 10^9, la planta del tabaco está en el orden de 10^11
pares de bases. Sin embargo, su capacidad para codificar
proteínas es menor, porque la mayor parte del DMA que
contiene es de DNA altamente repetido que no tiene
capacidad codificadora, imposibilitando la traducción de ese
contenido de DNA en proteínas.

Entonces, para que se reasocien dos moléculas, ésta cadena
tiene que encontrar su complementaria. Si estas secuencias
están repetidas millones de veces, cada cadena tiene millones
de complementarias, por lo tanto se puede aparear muy
fácilmente, y por eso se produce este evento de reasociación
rápido, denominándose a esta fracción DNA altamente
repetido.
Después hay una segunda onda de reasociación, que tarda un
poco más, y ahí se incluyen secuencias de DNA que están
repetidas pero de forma moderada, es decir, se habla de unos
cuantos cientos de veces, ya no miles o millones de veces.
Pero también están repetidas, por lo que cada cadena
presenta cierta facilidad para encontrar a su complementaria
y reasociarse.
Hace un tiempo atrás, el DNA altamente repetido era
conocido como el DNA basura debido a su poco
conocimiento. Sin embargo, es probable que mucho de ese
DNA altamente repetido sea efectivamente basura, y es
probable que mucho de ese DNA provenga de las
movilizaciones de retrotransposones.
Los retrotransposones cuando se movilizan dejan una copia
inserta en el genoma, denominado también obesidad
genómica.

Finalmente, se tiene la reasociación de las cadenas llamadas

de secuencia única. Éste DNA contiene secuencias que están
repetidas no más allá de cinco o diez veces. Entonces, cuando
estas cadenas se disocian, a cada una de ellas les cuesta
mucho encontrar una complementaria para volver a
reasociarse por su limitada cantidad.

Entonces, el DNA de una célula eucariótica tiene tres

fracciones: altamente repetida, moderada o medianamente
repetida, y fracción de secuencia única.

Por una parte, el RNAm, proviene exclusivamente de DNA de

secuencia única. Entonces, de todo el DNA que existe en una
célula eucariótica, solo una parte del DNA de secuencia única
codifica proteínas. La mayor cantidad del DNA corresponde a
altamente repetido, y por consiguiente, allí no hay proteínas
codificadas. La mayor parte de las proteínas están codificadas
en el DNA de secuencia única. Aun así hay unas pocas
proteínas codificadas en el DNA de secuencia moderada.

Este tipo de secuencias (DNA moderadamente o altamente

repetido) no existe en organismos bacterianos, donde todo el
DNA es de secuencia única.

Ahora, cuando se compara capacidad codificadora de