Estudio experimental y computacional de la estabilidad de la guanina y su interacción con

montmorillonita de sodio al ser expuesta a la radiación gamma.

A.P.Arriaga1,2, E.Angeles-Camacho1,3, A.L.Meléndez-López1,4, A.Heredia1, A.Negrón-Mendoza1.

1
Instituto de Ciencias Nucleares, Universidad Nacional Autónoma de México, UNAM. Circuito Exterior s/n, Ciudad
Universitaria, A.P. 04510, México, Cd. De México. México.
2
Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad Universitaria, México, UNAM. A.P. 04510,
México, Cd. De México. México.
3
Facultad de Química, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad Universitaria, México, UNAM. A.P. 04510,
México, Cd. De México. México.
4
Programa de Maestría y Doctorado en Ciencias Químicas, UNAM. Cd. Universitaria, UNAM. A.P. 04510, México, Cd.
De México. México.

Resumen.

En este trabajo se presentan los avances de un trabajo práctico-experimental que tiene como objetivo analizar
la estabilidad de la guanina (5x10 -4 M) en una suspensión con montmorillonita de sodio, al exponerse a una
fuente de radiación gamma. Para la parte experimental se analizaron los sobrenadantes, conteniendo la
guanina, a pH ácido mediante espectrofotometría UV-Vis, observando dos máximos, a 248 y 272 nm. Se
saturaron casi al 100 % con guanina los canales interlaminares de la arcilla y se dejó un porcentaje sin
adsorber de guanina en la suspensión, la cual fue irradiadida para posteriormente evaluar la estabilidad de
dicha molécula en estas disoluciones. Nuestros primeros resultados experimentales muestran que la guanina
adsorbida en el mineral presenta una mayor estabilidad frente a la radiación gamma, en relación a una muestra
irradiada sin arcilla. Se modelaron en HyperChem 8.0.1 los espectros UV-Vis para tratar de entender los
fenómenos observados en nuestra parte experimental, a nivel molecular, y lo cambios finos en la colección de
espectros UV-Vis así como el comportamiento de este sistema frente a una fuente de radiación ionizante.

1.Introducción

Se piensa que la vida se pudo formar por procesos fisicoquímicos aumentando gradualmente la complejidad
de las moléculas    orgánicas  en  la Tierra  primitiva  (Ponnamperuma  &  Chela­Flores,  1995).  La radiación
ionizante es una de las fuentes de energía que pudieron contribuir en el desarrollo de ambientes propicios
prebióticos como fuerza impulsora de cambios moleculares mediante la activación de reacciones químicas
(Negrón Mendoza & Albarrán, 1992); esta es la razón por la que empleamos la radiación gamma como fuente
de energía en nuestra parte experimental.
La guanina es una base nitrogenada púrica de suma importancia en procesos bioquímicos y está presente en
los ácidos nucleicos (ADN y ARN). En estos experimentos se evalúa su estabilidad al ser sometida a
diferentes dosis de radiación ionizante. Estudios previos sobre su estabilidad, muestran que esta molécula se
descompone rápidamente a bajas dosis de radiación, en contraste con la estabilidad que presenta la molécula
al tener alguna especie de “protección” como la interacción dinámica en presencia con la montmorillonita de
sodio (Meléndez-López et al., 2014).
En este experimento, se utilizó montmorillonita de sodio [(Na) 0.7(AL,MgFe)4(Si,Al)8O20(OH)47nH2O] que se
forma a partir de rocas ígneas hidratadas (v.gr. pegmatita), lo que hace a este mineral un candidato idóneo para
una reproducción, a nivel molecular, de una Tierra primitiva rica en vulcanismo. Tiene una amplia superficie
de contacto y una elevada capacidad de intercambio catiónico (Brack, 2013) y en su estructura tiene una capa
central que contiene Al3+ y Mg2+ coordinados en octaedros en forma de óxidos e hidróxidos. Esta capa a su
vez está rodeada por otras capas externas formadas por silicatos coordinados tetraédricamente (Brindley,
1980). Como se menciona anteriormente, esta es una arcilla que pudo haberse encontrado con facilidad en
la Tierra primitiva y además se ha identificado en cuerpos extraterrestres (v.gr. cometas) (Deer, Howie, &
Zussman, 2001).

1
El objetivo de este estudio, motivados por el comportamiento de la guanina, inducido por la irradiación y la
interacción con la montmorillonita, es la evaluación de la guanina del sobrenadante mediante espectroscopía
de UV-Vis. Las segundas derivadas de los espectros muestran cambios finos en las señales UV-Vis que
pueden deberse a variaciones conformacionales moleculares de la guanina al acoplarse a la montmorillonita
mediante interacciones electrostáticas. Éstas se evalúan a nivel molecular con la simulación computacional,
que, preliminarmente, explica los cambios obtenidos experimentalmente.

2. Metodología

2.1 Metodología experimental

Agua desionizada y reactivos de alta pureza (Sigma, Co., USA) fueron utilizados en todos nuestros
experimentos. Se emplearon disoluciones de guanina (C5H5N5O) 5x10-4 M, y montmorillonita de sodio (Clay
mineral repository, University of Missouri Columbia, Warren County, Georgia, USA). Se obtuvieron
suspensiones al mezclar 0.1, 0.05, 0.025, 0.01, 0.005, 0.003, y 0.001 g de arcilla con 3 mL de la disolución de
guanina a pH=2 agregando gotas de ácido clorhídrico al 38%. La suspensión se realizó agitando la mezcla en
un vórtex, logrando también así el intercambio del ion de sodio por la molécula de guanina (Meléndez &
Negrón, 2008). Posteriormente, se centrifugaron las suspensiones y se separaron las partes sedimentadas
(sólidas) de los sobrenadantes, que fueron analizados mediante espectrofotometría UV-Vis (UV-Visible
spectrophotometer varian 100 scan Cary, California EE.UU.).

2.2 Irradiación

Las suspensiones de guanina y el mineral fueron colocadas en tubos de cultivo, y fueron sometidas a
diferentes dosis de irradiación (desde 5 a 10 kGy) en una fuente de radiación gamma (Gammabeam 651-PT,
en el Instituto de Ciencias Nucleares, UNAM) a temperatura ambiente. La tasa de dosis fue de 235 Gy/min.

2.3. Simulación computacional

Para dar una interpretación molecular a nuestros resultados experimentales, se simularon los distintos
espectros UV con ayuda de HyperChem 8.0.1 (Hypercube, Inc.). Se construyó una molécula de guanina y una
capa de montmorillonita tomando en cuenta las condiciones de los experimentos (guanina protonada a pH=2
y montmorillonita sin cationes intercambiables).

Se optimizó la molécula orgánica con el campo de fuerza MM+ con ciclos de optimización de geometría
(Polak-Ribiere conjugate gradient, RMS 0.0001 kcalÅ -1mol-1) y dinámica molecular (dos picosegundos y 298
K). Posteriormente se cambió al método PM3 semiempírico empleando ciclos de optimización de geometría
(Polak-Ribiere conjugate gradient, RMS 0.0001 kcalÅ-1mol-1) y dinámica molecular (dos picosegundos y 298
K). Una vez optimizada la guanina fue colocada en otra área de trabajo (Fig.1), para poder interactuar con la
montmorillonita que no fue optimizada (para evitar la modificación de sus parámetros cristalográficos) esta
consta de una expansión de la celda unidad hasta formar una capa de 35.36x19.84 Å .

Se consideraron dos modelos: uno con la guanina interactuando con la montmorillonita y otro únicamente con
guanina y moléculas de agua (Fig.1, derecha). Se utilizó el método ZINDO/S semiempírico para la obtención
de espectros electrónicos, ya que, se encuentra parametrizado para la obtención de estos datos. El cambio de
un semiempírico a otro se debió a que con ZINDO/S no se obtiene la menor energía de la estructura.

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Fig. 1. Guanina con superficie de montmorillonita (izquierda) y guanina interactuando con moléculas de agua (derecha).

Se construyó una molécula y se optimizó pasando de MM+ a PM3 y luego a ZINDO/S. En el cambio al
método ZINDO/S semiempírico se emplearon ciclos de optimización de geometría (Polak-Ribiere conjugate
gradient, RMS 0.0001 kcalÅ-1mol-1) y dinámica molecular (2 picosegundos y 298 K) dando como resultado la
protonación de la molécula de guanina. Posteriormente se hizo interactuar con una placa de 46x38x7Å de
montmorillonita (no se muestra).

3. Resultados y análisis de resultados.

Fig. 2. Adsorción de la guanina en función de la cantidad de montmorillonita.

En la Fig. 2 se tiene la cantidad de arcilla empleada en los experimentos contra el porcentaje de la disolución
(5x10-4 M) de guanina que no fue adsorbida por el mineral. En la gráfica se observa el aumento en el
sobrenadante de la guanina al disminuir la cantidad de arcilla. Obteniendo como resultado que con 3 mL de
disolución de guanina, a partir de ~0.01 g ya se encuentran saturados los canales interlaminares de
montmorillonita de sodio.

El sobrenadante que se usó como blanco fue analizado mediante espectrofotometría UV. El espectro se
muestra en la Fig. 3a y su segunda derivada en 3b. El espectro electrónico generado en HyperChem 8.0.1 se
muestra en la Fig. 3c. Al comparar los espectros observamos un mayor número de bandas en la simulación
computacional. Esto no se ve en los espectros experimentales, tal vez, debido a la sobreposición de señales
por la resolución del espectrofotómetro. La señal experimental puede dar datos más claros si se usa la segunda
derivada en éstos, por lo que se usó este método, dando más resolución a los espectros experimentales (Fig.
3b).

Fig. 3. Comparación del espectro UV obtenido experimentalmente (a), su segunda derivada (b) y el espectro de la
simulación computacional (c).

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El espectro UV-Vis obtenido en la simulación computacional, muestra respuesta en las siguientes longitudes
de onda: 235.74, 237.78, 254.20, 287 y 297.09 nm (guanina en interacción con moléculas de agua). La
superficie de montmorillonita no afecta la estructura covalente de la base nitrogenada. A primera vista, el
espectro de UV experimental de guanina, muestra sólo dos máximos (λ= 248 nm y λ= 272 nm). Al comparar
la gráfica de la segunda derivada del espectro experimental, con el espectro simulado en computadora, se
observa una señal confirmando absorbancias similares para las longitudes de onda a 235.74, 237.78, 254.20 y,
287 nm.

3.1 Simulación computacional con radicales libres de la guanina

Se simuló la saturación de los canales de la fase mineral en una disolución de guanina haciéndola interactuar
con un área reducida de la montmorillonita de sodio. Adicionalmente al acoplamiento estructural orgánico-
inorgánico, se simuló el posible efecto de la radiación sobre las moléculas dispersas en el sobrenadante y la
posible protección que pueda proporcionar la arcilla. La interacción de radiación de alta energía, como la
radiación gamma al interactuar con el agua, genera radicales libres (Draganic & Draganic, 1971) que atacan a
la guanina, generando radicales en esta molécula (Naumov & von Sonntag, 2008). El modelo se diseñó
considerando la interacción débil de un radical libre de guanina, con moléculas de agua y montmorillonita
(Fig. 4 y 5).

Fig. 4. Simulación computacional con radical libre. En el cuadro azul se señala la guanina .

Fig. 5. Espectro electrónico obtenido para el modelo molecular con un radical libre de la guanina, montmorillonita y
moléculas de agua.

El nuevo espectro con la simulación del radical libre UV-Vis (Fig. 4 y 5) presenta un desplazamiento en
algunas bandas y cambios de intensidad en otras, que puede deberse a errores de cálculo procedentes de la
optimización en los distintos niveles de teoría o un rearreglo en la estructura del radical.

4. Comentarios finales.

El espectro UV-Vis del sobrenadante con guanina, obtenido experimentalmente, es semejante al observado de
la disolución sin interacción con el mineral (control). Esto indica que la adsorción no está induciendo cambios
4
aparentes en la molécula de guanina. Con estos resultados podemos dar un mejor seguimiento a los
experimentos con irradiación gamma.. Asimismo, hay similitudes entre el espectro modelado y la segunda
derivada del espectro experimental (sobrenadante de la base púrica). Las diferencias entre los resultados
simulados y obtenidos experimentalmente se deberían a errores de la optimización computacional del
compuesto orgánico y a la especificidad de los algoritmos en el proceso de simulación, que genera bandas
UV-Vis con pequeños cambios moleculares . Para confirmar estos resultados preliminares y analizar mejor
estos cambios, se requieren nuevos experimentos con un aumento en el tiempo de simulación. El espectro
UV-Vis del modelo con radicales libres de la guanina, muestra absorbancias diferentes (en intensidad y
longitudes de onda) lo que podría indicar un rearreglo en la estructura de la guanina para estabilizar el radical
formado; estas diferencias nos será útiles para entender las interacciones finas de los compuestos orgánicos en
las superficies minerales, estos cambios a nivel molecular resultarían en cambios en los espectros UV-Vis.
Los radicales producto de la interacción radiación-materia, siguen en estudio y aún no están identificados . Se
espera que este estudio sirva a futuro para coadyuvar en la determinación de los cambios moleculares
experimentales causantes de la estabilidad de la guanina al interactuar con el mineral, así como determinar las
interacciones guanina-montmorillonita.

Agradecimientos:
Al M. en C.. Benjamín Leal Acevedo y T.A. Francisco García Flores por su ayuda para la realización de la
irradiación de las muestras y (AH) al proyecto PAPIIT IA203616.

Referencias

A.L. Meléndez-López, & A. Negrón. (2008) “Sitio de adsorción de guanina en montmorillonita de sodio”
(Tesis de licenciatura), Universidad Nacional Autónoma de México, México DF.

Brack, A. (2013). Clay Minerals and the Origin of Life. En Developments in Clay Science (Vol. 5, pp. 507-
521). Elsevier. Recuperado a partir de http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/B978008098258800016X

Deer, W. A., Howie, R. A., & Zussman, J. (2001). Rock-forming Minerals: Feldspars, Volume 4A. Geological
Society of London.

Draganic, I. G. & Draganic (1971). The Radiation Chemistry of Water. Academic Press. New York.

Meléndez-López, A. L., Ramos-Bernal, S., & Ramírez-Vázquez, M. L. (2014). Stability of guanine adsorbed
in a clay mineral under gamma irradiation at temperatures (77 and 298 K): Implications for chemical
evolution studies (pp. 111-115). http://doi.org/10.1063/1.4890710

Naumov, S., & von Sonntag, C. (2008). Guanine-derived radicals: dielectric constant-dependent stability and
UV/Vis spectral properties: a DFT study. Radiation Research, 169(3), 364-372.
http://doi.org/10.1667/RR1082.1

Negron Mendoza, A., & Albarran, G. (1992). Chemical effects of ionizing radiation and sonic energy in the
context of chemical evolution. Recuperado a partir de http://inis.iaea.org/Search/search.aspx?
orig_q=RN:24018254

Ponnamperuma, C. and Chela-Flores, J. (Eds.). (1995). Chemical evolution--the structure and model of the
first cell. Dordrecht ; Boston: Kluwer Academic Publishers.