BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Morfologi bakteri Sarcina lutea. Sarcina lutea adalah bakteri yang berbentuk bulat dengan diameternya 1 - 1,5 mikron, berupa gram positif, aerobik dan non fotosintetik. Bakteri ini ditemi hidup peda tanah, air, udara dan permukaan kulit, dan bersifat parasit fakultatif yang hidup secara saprofit. Koloni bakteri Sarcina lutea terdiri dari 8-16 sel yang berbentuk paket kubus dan bewarna kuning (5)(4). Klasifikasi bakteri Sarcina lutea adalah termasuk divisi Protophyta, klas Schizomycetes, ordo Eubac - teriales, famili Micrococcoceae dan genus Sarcina(33)- (20)(11). 2.2. Membran plasma bakteri. Membran plasma bakteri adalah merupakan pembatas yang semipermiabel antara isi sel dan lingkungannya. Model struktur membran yang diusulkan oleh Robertson berupa hipotesa unit membran(Unit Membran - Hypothesis) adalah merupakan pengembangan deri hipote- sa yang dikemukakan oleh Danielli dan Davson. Unit - membran adalah merupakan lapis lipid berganda(lipid- bilayer) yang berada diantara lapisan protein(22)(14)(23). Model mosaik cair(Fluid Mosaic Model) adalah model mem- bran yang diusulkan oleh Singer dan Nicolson(8)(24)(38) dan model struktur ini seperti tertera pada gambar II.1. 4df} 5 HOS Gambar II.1. Model struktur membran Mosaic Gair(Fluid Mosaic Model) (24) A dan C = protein integral, B = karbohidrat, D = lapis lipid berganda, dan E = protein periferal,Komponen-komponen utama yang dikandung membran plasma adalah protein dan lipid, dimana lipid berupa fosfolipid dalam bentuk lapis cair berganda(fluid bilayer), seddngkan protein dan glikoprotein terikat longgar dan terbenam me- lintang dalam lapis cair berganda. Sel bakteri mengandung 95 % fosfolipid dan fosfolipid ini berada dalam membran plasma. Kerbohidrat dalam membran plasma berikatan dengan protein (glikoprotein) dan yang berikatan dengan lipid (glikolipid). Membran lipid mengandung lipid amfifetik (amphipethic lipid) termasuk juga fosfolipid dan glikoli- pid. Pada membran plasma bakteri gram positif mengandung bebe- rapa macam fosfolipid diantaranya, fosfatidil etanolamina, fosfatidil gliserol, lisil fosfatidil gliserol, asam fos- fatidat, fosfatidil inositol dan kardiolipin, Disamping itu 90 % dari asam lemak bakteri ini dari residu asam le- mak yang mempunyai rantai cabang dari C-15, dan umumya merupakan asam lemak jenuh. Penyusun fosfolipid adalah gliserol dimana 2 atom H nya diganti oleh bermacam-macam asam lemak, atom H yang lain digantikan oleh fosfat dan gugus lain (22)(6)(32) yaitu: Hy¢ - 0 - CO - ( CH, ), ~ cH, HC - 0 - co - ( cH, ), 2 BoC -0- Pp ~ OR In ~ Cs,dimana: Gpgus R -&=# bs CH) 7 i - CHj~ OH OH - CH, ~ CH, - NH OH OB Dh on a Be BAe pig gag eg ED oH °° AL AL H t Ha Ho OT (CHa ata . OH 0 NH Nama_senyawa asam fosfatidat fosfatidil gliserol fosfatidil etanolamina fosfatidil inositol kardiolipin lisil fosfatidil gliserol. Perbandingan antara asam lemak jenuh dan asamlemak - tak jenuh dipengaruhi oleh temperatur pertumbuhan bakteri (22),dimana bakteri yang ditumbuhkan pada temperatur ren- dah (20°C) menghasilkan jauh lebih banyak asam lemak yang tidak jenuh, sedangkan pada pertumbuhan dengan temperaturyang lebih tinggi didapat.kan lebih banyak asam lemak jenuh. Fosfolipid merupakan senyawa yang sangat khas mem- punyai gugus hidrofobik(lipofillik) dan gugus hidrofilik (1ifofobik) (8)(6) yang dapat digambarkan seperti beri- kut: #5 + CH: He CHS CH gugus hidrofilik 1 CH I in oO PO | 0 | CH. CH CH, CH i 2 oO 0 1 1 c Oo co | I CHS r | CH. CH, phe rie gugus- CHD CHD hidrofobik l | kg kg ig kg re 12 fe re (Clty), (cH, )q cH CHBerdasarkan topografinya protein mengandung dua macam protein yaitu, protein periferal dan protein integral. Protein periferal terikat lemah dalam matrik lipid dan da- pat dipisahkan dari membran dengan larutan hipotonis dan larutan garam yang pekat. Sitokhrom C dan protein periferal plasma(periplasmic binding protein) yang terdapat pada membran plasma bakteri termasuk dalam golongan protein periferal, Sedangkan protein integral terdiri dari ekto - protein yang terletak menempel pada permukaan luar membran dan endoprotein mempunyai penonjolan kepermukaan dalam membran yaitu kebagian sitoplasma dari sel, dan protein integral ini merupakan protein yang terikat kuat dalam lapis lipid berganda. Termasuk golongan protein integral adalah protein pengemban untuk transport (Transport carrier protein), antigen dan berbagai enzim. Adanya kedua klas protein ini maka membran plasma ber ~ bentuk tidak simetris dimana permukaan luar membran akan berbeda dengan permukaan dalam membran, Membran plasma bersifat selektif dan permiabel. Transpor molekul besar dan molekul-molekul keeil seperti ion, asam amino dan gula adalah melalui molekul spesifik (Specific moleculer) yang berfungsi sebagai pompa dan pintu-pintu. Molekul spesifik ini akan mengatur komposisi molekul didalam sel bakteri. Beberapa zat melewati mem- bran plasma secara transpor aktif, tetapi yang lain dapat melewati membran plasma secara difusi(22)(32).10 Disamping itu membran plasma berfungsi juga sebagai tempat untuk menghasilkan energi, dan tempat terikatnya enzim- enzim. Pada membran plasma ditemukan juga enzim-enzim ok- sidase, dehidrogenase, sistim sitokhrom dan ATPase yang berfungsi sebagai penghasil ATP (2)(28). Karotenoida adalah senyawa yang berwarna kuning sam - pai merah jingga. Banyak terdapat dialam dan mikroorganis- me, merupakan senyawa yang larut dalam pelarut-pelarut le- mak dan mengandung 20 sampai dengen 50 atom karbon untuk tiap molekulnya. Senyawa ini dalam bakteri berada dalam membran plasma dan diantera bakteri non-fotosintetik yang paling banyak mengandung karotenoida adalah dari famili Micrococcoceae, Bakteri Sarcina lutea mengandung turunan karoten berupa@-karoten, xanthophyll, luteol, sarcina- xanthin dan sarcinen (21)(7)(19). Sintesa karotenoida pada mikroorganisme dipengaruhi oleh macam media pertumbuhan, temperatur dan oleh adanya caha- ya (12). Cahaya adalah merupakan penginduksi dalam biosin- tesa karotenoida dalam mikroorganisme. Untuk mikroorganis- me yang mengandung kerotenoida, adanya cahaya juga mem - pengaruhi biosintesa protein dan asam nukleat (37). Karotenoida adalah senyawa yang mempunyai banyak ika- tan rangkap(poliene), 40 atom karbon dan dibentuk dari unit isopentenil pirofosfat(IPP). Pada umumnya senyawa isopentenil pirofosfat berasal dari asetil-KoA melalui Jalur@ -hidroksi @ -metil glutaril KoA(HMG-KoA). Pada bakteri pembentukan HMG-KoA berasal dari asam amino1 leusin, Beberapa penelitian yang dilakukan, menyatakan pen- bentukan HNG-KoA berasal dari asam amino leusin(21 )(7)(13). Reaksi pembentukan HMG-KoA dari asam amino leusin adalah sebagai berikut: _ X-ketoglutarat Glutamat cH. cH. ° XN H Q | (BO -G-¢- coon <¢<——> _Hit - ¢ - ¢ - coon i trancaninase, chs NE piridokeal- CH, leusin foofet asam % -ketoisokaproat Coa-SH C0, 2H CH ° HC - CH-G-S ~ Coa A-ketoasil drnlipogynest Cus isovaleril CoA pospat flavin seiidentdrogenase C biotin flavin-H, ADP ATP 9 Rep cH, ° i HOOC ~cH., ~Gat-G-s-CoA. <————~_> SH-CH=C-S~Cok Cit festotetfase "ony 6 -metilglutakonil Coa @ ,@-dimetilakrilil CoA 6 -netilgiutakonase HO CH. ° 13 i HOOC ~ CH, - C - CH, -¢ - § - Coa 207 2 on @ -hidroksi 6 -metil glutaril CoA Selanjutnya @ -hidroksi @ -metilglutaril KoA(HMG-KoA) di- reduksi menjadi asam mevalonat oleh enzim HNG-KoA reduk- tase. Untuk tiap molekul HMG-KoA dibutuhkan dua molekul NADPH, . Asam mevalonat dirubah menjadi asam mevalonat5-fosfat dengan adanya enzim mevalonat kinase, dan kemudi- an menjadi 5,5-difosfomevalonat dengan enzim fosfomevalo- nat kinase. Seterusnya dengan enzim oligofosfomevalonat anhidrokarboksilase merubah 5,5-difosfomevalonat menjadi isopentenil pirofosfat(IPP). Isopentenil pirofosfat diru- bah oleh enzim isomerase menjadi ¥, 8 -dimetilallil piro- fosfat. Kondensasi isopentenil pirofosfat dengan 8, ¥ -di- metilallil pirofosfat dikatalisa oleh enzim farnesil piro- fosfat sintetase membentuk geranil pirofosfat. Geranil pirofosfat adalah senyawa yang mengandung G=10 dan bereaksi dengan IPP sehingga akan bertambah 5 atom C untuk tiap-tiap reaksi, dan reaksi ini berlangsung dengan enzim farnesil pirofosfat sintetase. Dimana tiap reaksi dengan IPP akan terbentuk farnesil pirofosfat(farnesil-P-P) senyawa dengan atom C-15, geranil-geranil pirofosfat, senyawa dengan atom C-20. Dengan 2 molekul C-20 akan ter- bentuk Fhytoene(C-40) yang merupakan senyawa karotenoida. Phytoene dengan mengalami dehidrogenasi, siklisasi akan membentuk senyawa-senyawa A-karoten dan turunan-turunan senyawa karoten lainnya. 2.35 Isolasi membran plasma dari bakteri Sarcina lutea. Isolasi membran plasma dari bakteri gram positif me- rupakan peker jaan yang rumit, karena membran plasma dike- lilingi oleh dinding sel yang dibangun oleh peptidoglikan dengan struktur tulang punggung polisakarida yang terdiri dari asam N-asetil muramat(N-acetylmuramic acid, NAM) dan13 N-asetilglukosamin(N-acetylglukosamine,NAG) yang bergabung membentuk ikatan 1,4 glikosida antera C, dari NAM dengan Cy dari NAG (2 2)(20)(8)(14). Untuk mendapatkan membran plasma yang utuh, sehingga dapat ditentukan komponen-komponen yang ada dalam membran diperlukan enzim untuk memecah dinding sel. Lisozim,enzim yang dapat memecah dinding sel bakteri gram positif yang tidak merusak membran plasma banyak digunakan sehingga merupakan cara yang baik untuk selanjutnya menentukan kom- Ponen-komponen yang terdapat pada membran plasma. Beberapa metoda untuk memecah dinding sel bakteri telah dilakukan oleh Patni N.J.(29) dan Jiunn (5) dengan menggunakan tekanan tinggi untuk memecah sel(frech pressure cell), tetapi cara ini tidak mendapatkan membran plasma yang utuh, melainkan homogenat sel. Dinding sel dan membran plasma tereampur bersama-sama. Rottem dan Razin (31) me- mecah dinding sel dengan menggunakan digitonin. Kelemahan cara ini digitonin akan bereaksi dengan komponen lipid da- ri membran plasma, sehingga membran plasma tidak didapat Kan utuh untuk menentukan berat kwatitatif. 2.4. Biosintesa protein membran. Protein umumnya dibangun oleh 20 macam asam amino yang susunannya sangat bervariasi. Asam amino yang satu dengan Tinnya berikatan secara kovalen(ikatan peptida) membentuk polipeptida. Protein mempunyai berat molekul yang besar, terdiri dari ratusan sampai ribuan asam amino14 dan urutan asam amino adalah spesifik untuk tiap molekul protein (25). Persyaratan yang diperlukan untuk biosintesa protein bera- da didalam sitoplasma seperti t-RNA, m-RNA, r-RNA( dari transkripsi DNA), enzim-enzim dan lain-lainnyd. Biosintesa protein melalui beberapa tahapan (16), yaitustahapan pengaktifan asam amino yang berlangsung pada sitosol, pada tahap ini dibutuhkan ATP, Tahapan selanjut- nya adalah tahap inisiasi, reaks{ ini dikatalisa oleh enzim amino asil t-RNA sintetase, dimana asam amino yang telah diaktifkan akan berikatan dengan t-RNA, yang akan membawa asam amino menuju komplek ribosom. Proses ini membutuhkan GTP dan didorong oleh tiga buah protein yang apesifik di- namakan faktor inisiasi(initiation faktor). Tahap pemanjang an rantai polipeptida adalah penambahan unit-unit esam amino yang dibawa oleh t-RNA sesuai dengan urutan kodon- kodon m-RNA. Pemanjangan ini didorong oleh faktor peman- jangan (elongation factor). Tahap penghentian dan pelepas- an rantai polipeptida, adalah bila kodon-kodon dari i-RNA berupa UAA,UAG dan UGA atau r-RNA sampai pada ujung 3° dari m-RNA, Rantai polipeptida yang terbentuk akan lepas dari kompleks ribosom dan didorong oleh faktor pelepas (releasing faktor). Tahap akhir biosintesa protein adalah merupakan tahap penyelesaian dan pembentukan pelipatan (folding) yang dinamakan pasca translasi(post translation). Sebelum rantai polipeptida membentuk folding akan melalui15 Broses enzimatik untuk melepaskan asam amino pemula, dan selanjutnya akan berikatan dengan gugus fosfat, oligosaka- rida dan gugus prostetik. Pembentukan konfigurasi folding adalah untuk mendapatkan bentuk yang aktif dan kadang-ka dang merupakan struktur tiga dimensi. felah diketahui bahwa semua persyaratan pembentuk - protein berada dalam sitoplasma, sedangkan terdapatnya protein dalam membran dapat dijelaskan dengan dua hipotesa (24) (18) (34) yaitu, "Signal Peptide Hypothesis" dan "Membran Triggered Folding Hypothesis". Masuknya rantai polipeptida kedalam membran menurut "Signal Peptide Hypothesis" berlangsung selama proses pe- manjangan rantai polipeptida. Signal kodon dalam proses biosintesa polipeptida menghasilkan urutan asam amino dengan ujung-N yang spesifik, yang bersifat hidrofobik, dinamakan "signal peptide". Dari hasil penelitian menunjuk kan bahwa panjang signal peptida ini ada diantara 20 - 30 residu asam amino. Interaksi antara signal peptida dengan molekul reseptor yang spesifik pada membran menghasilkan terbentuknya suatu rongga atau saluran melintang pada membran, yang dibentuk oleh agregasi protein-protein resep- tor. Signal peptida masuk melalui saluran tersebut dan Proses pemanjangan rantai polipeptida berlangsung terus sepanjang saluran sampai berakhirnya proses biosintesa protein (tahap penghentian) yang menghasilkan protein membran. Signal peptida dengan adanya enzim signal peptida se yang terdapat dalam membran akan diputus, begitu16 pemanjangan rantai polipeptida melewati membran, seperti gambar 11.2. Hipotesa lainnya , "Membran Triggered Folding", me- nerangkan bahwa protein berintegrasi dengan membran sete- lah selesainya proses translasi(proses biosintesa polipep tida) yaitu terbentuknya lipatan(folding) molekul protein itu. Dalam hal ini interaksi antara molekul protein dengan berlangsung dengan bantuan protein reseptor yang terdapat pada permukaan dalam membran, yang menghasilkan terjadi- nya suatu ruang sedemikian rupa untuk masuknya protein tersebut, seperti tertera pada gambar II.3. Mekanismenya adalah sebagai berikut: Ujung-N dari polipep tida yang terdiri dari residu asam amino yang hidrofobik, dan disebut "Leader Peptide", membimbing molekul protein menuju permukaan membran. Kontak yang terjadi antara pro- tein leader dengan reseptor pada permukaan membran meng- hasilkan terjadinya perubahan konformasi polipeptida se- demikian rupa sehingga bagian lainnya yang hidrofobik deri polipeptida itu mengarah keluar(Membrane Triggered Folding Mechanism). Dengan demikian bagian polipeptida yang hidrofilik berubah menjadi hidrofobik yang lebih m- dah dapat masuk kedalam bagian yang hidrofobik dari mem- bran lapis lipid berganda. Selanjutnya setelah kedua bagi- an dari polipeptida terbenam didalam membran , terjadi lagi perubahan konformasi sedemikian rupa, sehingga meng- hasilkan bagian polipeptida yang menonjol keluar (loop)18 Gambar II.3. Hipotesa "Membrane Triggered Folding {24) A = proses pembentukan rantai poli- peptida, B-1 = polipeptida "Leader Peptide", B-2 dan B-3 = rantai polipeptida yang lain hasil bio- sintesa protein, LP = leader pepti- dase.19 Gerd permukaan dalam membran kesitoplasma. Dengan adanya enzim leader peptidase , loop itu dipotong menghasilkan dua polipeptida (protein) yang merupakan bagian integral dari membran. Polipeptida pertama mempunyai ujung-N diluar dan ujung-C didalam sitoplasma, sedangkan polipeptida ke~ dua mempunyai ujung-N didalam dan wjung-C diluar. 2.5. Penentuan kadar protein. Dalam menentukan kadar protein dari sediaan, dikenal deberapa cara antara lain: cara Kjeldahl; cara biuret; Towry; dan cara spektrofotometri pada panjang gelonbang 280 nm (9)(17)(3)(10). Pada cara Kjeldahl yang ditentukan adalah kadar Nitro- gen yang ada dalam sediaan, karena protein selalu mengan- dung unsur Nitrogen. Cara ini dapat dicoba ulang dan cukup telity, namun terdapat kekurangan-kekurangan yaitu, Nitro- gen yang ditentukan tidak hanya dari protein saja, tetapi duga Nitrogen dari senyawa-senyawa lain, misalnya dari deoksi ribonuklease(DNA) dan Riboso nuklease (RNA). Kekurang an-kekurangan ini dapat ditanggulangi dengan cara mengendap kan protein terlebih dahulu dengan penambshan larutan asam triklorasetat. Dengan demikian protein dapat dipisahkan deri senyawa lainnya yang bukan protein. Disamping itu ter= dapat nya masaleh lain, ialeh tidak samanya kadar Nitrogen yang dikandung oleh setiap protein. Hal ini mengakibatkan sulitnya diperoleh faktor perkalian yang pasti untuk per- hitungan kadar protein, Analisa Kjeldahl ini memerlukan20 waktu satu hari atau lebih, karena protein yang akan di - tentukan harus didestruksi dulu, dan cara ini sangat ja- rang digunakan untuk penentuan kadar protein dari sediaan yang mengandung protein sedikit, dan sediaan yang diguna- kan juga lebih banyak. Cara biuret adalah cara yang lebih baik untuk penen- tuan protein karena mempunyai beberapa kelebihan, dianta- venya menggunakan sediaan yang lebih sedikit, dan penger- jaannya cepat. Peptida-peptida kecil dapat mengganggu da- lam penentuan cara biuret ini, sehingga hasilnya kurang menunjukkan kadar protein yang sebenarnya. Untuk mengatasi nya dapat dilekukan pula seperti pada penanggulangan ; gangguan penentuan cara Kjeldahl. Untuk penentuan dengan cara ini memerlukan contoh protein antara 1 ~ 10 mg per ml. Cara lain yang banyak digunakan adalah cara Lowry, suatu cara mikrokolorimetrik yang berdasarkan atas per- paduan dari reaksi biuret dan reaksi reduksi pereaksi fosfomolibdat-fosfotungstat oleh tirosin dan triptopan dari protein, Untuk protein yang kadarnya 5 = 25 ug per ml, maka penetapan serapan dilakukan pada panjang gelom bang 750 nm, dan untuk kadar yang lebih pekat serapan di- amati pada panjang gelombang 500 nm. Kebaikan cara Lowry adalah cepat,sederhana, dapat dicoba ulang serta cukup teliti. Disamping itu dapat digunakan untuk menentukan contoh protein dalam jumlah yang lebih kecil, yaitu anta- ra 30 ~650 ug per ml,241 Kepekaan cera ini adalah 100 kali dari pada‘penentuan dengan cara biuret atau 10 -20 kali dari pada cara spektrofotometri dengan panjang gelombang 280 nm. Cara spektrofotometri juga sering digunakan untuk pe- nentuan protein. Dasar penentuannya adalah bahwa tirosin dan triptopan yang terdapat dalam protein memberikan serapan maksimum pada panjang gelombang 280 nm. Selain protein, bila asam nukleat tercampur dalam sediaan juga akan memberi- kan’ serapan pada panjang gelombang 260 nm, walaupun serapan maksimumnya pada panjang gelombang 260 nm. Gangguan ini dapat diatasi dengan jalan memasukkan faktor koreksi pada perhitungan proteinnya, seperti terlihat pada rums empiris dibaweh int, Kadar protein (mg/ml) = 1,55 Dogo - 0.76 D260 Dogo dan Dy¢q adalah serapan pada panjang gelombang 280 nm dan 260 nm, Adapun kebaikan cara ini adalah sederhana, mudah dicoba ulang, cukup teliti serta hanya memerlukan contoh protein dalam jumlah sekitar 300 ug per ml. 2.6. Elektroforesa Gel Poliakrilamida dengan Natrium- Dodesil Sulfat(SDS Gel Poliakriamide Blectrophoresis). Sistim elektroforesa ini banyak digunakan untuk me- nentukan protein subunit dari suatu protein oligomer, dan berat molekul dari subunit yang berupa rantai polipepti- da. Ikatan disulfida pada rantai polipeptida dipecah22 dengan ¢ -merkaptoetanol. Rantai polipeptida membentuk ikatan kompleks yang kaku (a long rigid complex) dengan Natrium Dodesil Sulfat, dima- na rantai hidrokarbon dari SDS yang hidrofobik bergabung dengan rantai polipeptida, sedangkan gugus sulfat berupa anion menghadap ke media ionik (air), dengan demikian maka keseluruhan rantai polipeptida akan bermatan negatif. Dengan elektroforesa SDS gel poliakrilamida, perbedaan da- ri besar molekul rantai polipeptida akan terpisah dalam matrik gel berupa pola protein (30)(26). Metoda untuk menentukan pola dan berat molekul protein pada umumnya telah dikembangkan oleh Klaus Weber dan Mary Osbor (39) dan dimodifikasi oleh John M, Clark dan Robert L. Switzer (9 ) untuk penentuan pola dan berat molekul protein dalam membran biologi. Sebagai gel dipakai poli - akrilamida yang dibuat dari ekrilamida dan N,N'-metil bis- akrilamid yang dengan adanya radikal ion sulfat yang ber- asal dari ammoniumpersulfat akan membentuk ikatan sulfat akrilamida, Radikal tersebut akan mengadakan polimerisasi dengan akrilamida lainnya sehingga terbentuk rantai poli- akrilamida yang panjang. Untuk berlangsungnya polimerisasi diatas diperlukan katalisator N,N,N‘ ,N'-tetrametiletilen diamina (TEMED). Selanjutnya dengan adanya N,N’ metilen bis-akrilamida akan terbentuk ikatan silang antar poli- akrilamida, sehingga akan terbentuk gel yang berpori. ferjadinya pemisahan dari rantai polipeptida pada gelpoli akrilamida adalah, rantai polipeptida yang dilarutkan23 dalam Natrium Dodesil Sulfat, akan membentuk rantai polis peptida yang bermuatan negatif dari gugus sulfat. Diberikan medan listrik terhadap rantai polipeptida yang bermuatan akan menyebabkan bergeraknya senyawa tersebut menuju kutub yang berlawanan. Kecepatan bergeraknya ( v) tergantung pada besarnya matan( q ),medan listrik yang diberikan ( E ) serta hambatan karena adanya gaya gesekan dengan koefisien gesekan ( f ) antara protein dengan me- diumnya. Besarnya koeffisien gesekan sangat dipengeruhi oleh ukuran molekul protein. Dari parameter yang berpenga~ xuh tersebut, diperoleh persamaan yaitu sebagai berikut: axE ft v q E f Didalam peristiwa elektroforesa sendiri, sifat spesifik yang dimiliki protein adalah mobilitas ( u ) yang merupa- kan kecepatan gerak protein tiap satuan medan listrik yang - diberikan kepadanya, sehingga: a q us EB f£ Oleh karena itu terjadinya pemisahan suatu protein pada elektroforesa sangat ditentukan oleh mobilitasnya yang24 dipengaruhi oleh faktor muatan listrik serta besarnya koef fisien gesekan protein yang bersangkutan. Untuk mengetahui lokasi protein dalam gel tersebut dapat ditentukan dengan menggunakan pewarna antara lain dengan memakai zat warna “amido black" atau coomassie brilliant blue". Akan ter- lihat pita-pita protein yang bewarna. . Mobilitas relatif dari pita-pita itu, yang merupakan pola protein ditentukan dengan menggunakan persamaan sebagai berikut: a P * d t dimana: M, = mobilitas relatif a = jarak migrasi protein b = panjang gel setelah pewarnaan P = panjang gel sebelum pewarnaan t = jarak migrasi werna pelacak. Bagan Elektroforesa SDS gelpoliakrilamida tertera pada gambar II.4,25 Gambar II.4. Bagan elektroforesa SDS gel. A = katoda, B = bejana atas dan bejana bawah berisi pereaksi A yang diencerkan dengan air 1:1, D = gel poliakrilamida, E = Anoda, C = larutan sediaan.