ENZIMAS

Con la excepción de un pequeño grupo de moléculas de RNA catalítico (ribozimas), todos los
enzimas son proteínas. Su actividad catalítica depende de la integridad de su conformación
proteica nativa. Si un enzima se desnaturaliza o se disocia en sus subunidades, la actividad
catalítica suele desaparecen. Si se descompone en sus aminoácidos constituyentes, siempre se
destruye su actividad catalítica. Así, las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria
de las proteínas enzimáticas son esenciales para su actividad catalítica. Los enzimas, al igual
que otras proteínas, tienen masas moleculares relativas que van desde unos 12.000 hasta más
de 1 millón. Algunos enzimas no requieren para su actividad más grupos quimicos que sus
residuos aminoácidos. Otros requieren un componente químico adicional llamado cofactor,
puede ser uno o varios iones inorgánicos, o una molécula orgánica o metaloorgánica compleja
denominada coenzima, actúan como transportadores transitorios de grupos funcionales
específicos, la mayoría de ellos son derivados de vitaminas, nutrientes orgánicos que son
necesarios en pequeñas cantidades en la dieta. Un coenzima o ión metálico unido
covalentemente o de manera muy fuerte a la proteína enzimática se denomina grupo
prostético. Un enzima completo y catalíticamente activo junto con su coenzima y/o iones
metálicos se denomina holoenzima. La parte proteica del enzima se denomina apoenzima o
apoproteína. Algunos enzimas son modificados covalentemente por fosforilación, glucosilación
y otros procesos, gran parte de estas alteraciones intervienen en la regulación de la actividad
enzimática.

CLASIFICACIÓN Y NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS

1. El nombre histórico (pepsina, tripsina, etc)

2. El nombre recomendado (amilasa, lipasa, etc)
3. El nombre sistemático
a. Sustrato sobre el que actúa
b. Acción química que cataliza
c. Terminación –asa
4. El código numérico: EC seguido de cuatro números
a. El primer número indica la clase de reacción, clases de reacción de la tabla:
FUNCIONAMIENTO DE LAS ENZIMAS

Una reacción catalizada enzimáticamente tiene lugar dentro de los confines de una bolsa del
enzima denominada sitio activo. La molécula alojada en el sitio activo y sobre la que actúa el
enzima se denomina sustrato. La superficie del sitio activo del enzima está revestida con
residuos aminoácidos con grupos sustituyentes que se unen al sustrato y catalizan su
transformación química. A menudo, el sitio activo recubre el sustrato y lo secuestra
completamente de la disolución.

Los enzimas alteran las velocidades de reacción pero no los equilibrio, se puede escribir una
reacción enzimática sencilla como

E + S  ES  EP  E + P

Un equilibrio favorable no indica que la conversión S=>P sea rápida. La velocidad de una
reacción depende de un parámetro totalmente diferente. Existe una barrera energética entre S
y P que representa la energía requerida para las transformaciones que se requieren para que
la reacción tenga lugar en cualquiera de las dos direcciones. Esto viene representado por la
“colina” energética. Para que haya reacción las moléculas han de superar esta barrera por lo
que se deben llevar a un nivel energético superior. En la cumbre de la colina energética existe
un punto en el que la caída hacia el estado S o P es igualmente probable), el estado de
transición. El estado de transición es un momento molecular fugaz, la diferencia entre los
niveles de energía del estado basal y del estado de transición se denomina energía de
activación,∆Gº. La velocidad de una reacción refleja esta energía de activación: a una energía
de activación más elevada corresponde una reacción más lenta. Las velocidades de reacción
pueden aumentarse incrementando la temperatura y/o la presión, mediante las que se
aumenta el número de moléculas con energía suficiente para superar la barrera energética, la
catálisis aumenta las velocidades de reacción disminuyendo las energías de activación. Cuando
en una reacción existen varios pasos, la velocidad global viene determinada por el paso (o
pasos) cuya energía de activación es la más elevada; este paso se denomina paso limitante de
velocidad. En un caso sencillo, el paso limitante de velocidad es el punto de energía más
elevado en el diagrama de interconversión de S y P.

La energía de fijación, ∆GB, puede utilizarse para disminuir la entropía del sustrato o para
producir un cambio de conformación en el enzima (encaje inducido). La energía de fijación es
también la responsable de la exquisita especificidad de los enzimas por sus sustratos.

Entre los mecanismos catalíticos adicionales empleados por los enzimas se cuentan la catálisis
ácido-base general, la catálisis covalente y la catálisis por iones metálicos. La catálisis suele
implicar la existencia de interacciones covalentes transitorias entre el sustrato y el enzima, o
transferencias de grupos desde o al enzima, con el fin de adoptar un camino de reacción nuevo
y de menor energía.
LA CINÉTICA ENZIMÁTICA

 La concentración de sustrato afecta a la velocidad de las reacciones catalizadas por

enzimas

El estudio de los efectos de la concentración de sustrato es complicado debido al hecho de que

[S] cambia durante el transcurso de una reacción in vitro a medida que el sustrato se convierte
en producto. Una aproximación que sirve para simplificar los experimentos cinéticos consiste
en medir la velocidad inicial, designada VO. Si sólo se toman datos del inicio de la reacción los
cambios en (S) se limitan a un pequeño porcentaje y puede considerarse que la concentración
permanece constante. A concentraciones de sustrato relativamente bayas, VO aumenta casi
linealmente con el incremento de [S]. A mayores concentraciones de sustrato, VO aumenta a
incrementos cada vez menores en respuesta a incrementos de [S]. Finalmente, se alcanza un
punto más allá del cual se dan incrementos muy pequeños de VO a medida que aumenta [S], es
la velocidad máxima, Vmax.

E + S  ES ES  E + P

El enzima se combina en primer lugar de forma reversible con su sustrato formando un

complejo enzima-sustrato en un paso reversible relativamente rápido. El complejo ES se
descompone seguidamente en un segundo paso más lento dando el enzima libre y el producto
de la reacción P. Puesto que la segunda reacción es la más lenta y limita la velocidad de la
reacción global, dicha velocidad global ha de ser proporcional a la concentración de la especie
que reacciona en el segundo paso, ES. En cualquier momento de una reacción catalizada por
un enzima, existe en dos formas, la forma libre o sin combinar E y la forma combinada ES. A
baja [S], la mayor parte del enzima estará en la forma sin combinar E, aquí la velocidad será
proporcional a [S] porque el equilibrio será empujado hacia la formación de más ES a medida
que [S] aumenta. La velocidad inicial máxima de la reacción catalizada (Vmax) se observará
cuando todo el enzima esté en forma de complejo ES y la concentración de E sea
extremadamente pequerña. En estas condiciones, el enzima está “saturado” con su sustrato
de modo que el aumento adicional de [S] no tendrá efecto sobre la velocidad. Esta condición
se producirá cuando (S) sea lo suficientemente alta como para que todo el enzima libre se haya
convertido en la forma ES. Cuando el complejo ES se descompone dando el producto P, el
enzima queda libre para catalizar la reacción con otra molécula de sustrato.

Cuando el enzima se mezcla inicialmente con un gran exceso de sustrato, existe un período
inicial, denominado estado preestacionario, durante el cual aumenta la concentración del
complejo ES, muy rápido. La reacción alcanza rápidamente un estado estacionario en el que
[ES] (y la concentración de otros intermedios) permanece aproximadamente constante con el
tiempo.
La curva que representa la relación entre [S] y VO tiene la misma forma general para la
mayoría de enzimas, se puede expresar mediante la ecuación de Michaelis-Menten.

𝑉𝑚𝑎𝑥·[𝑆]
V0 = 𝐾𝑚+[𝑆]

En los primeros momentos de la reacción, la concentración del producto, [P], es despreciable y

se contempla la simplificación de que puede ignorarse la reacción inversa P=>S (descrita por
k-2).

Dado que [ES] no se puede medir experimentalmente con facilidad, hemos de empezar por
encontrar una expresión alternativa para este término. En primer lugar introduciremos el
término [Et] que representa la concentración total de enzima (la suma de enzima libre y
enzima unido al sustrato). Debido a que [S] es ordinariamente mucho mayor que [E], la
cantidad de sustrato fijada por el enzima en cualquier momento de la reacción es despreciable
comparado con la [S] total. El término (k2+ k-1/ k1) se define como la constante de Michaelis.
Despejando obtenemos Km + [SI = 2(S], o Km= IS], cuando V0=1/2 Vmax

Ésta es una definición práctica muy útil de Km, es equivalente a la concentración de sustrato a
la cual V0 es la mitad de Vmax.