TECNOLÓGICO NACIONAL DE MÉXICO «Ciencia es verdad, técnica es libertad»

Instituto Tecnológico de La Paz Agosto – Diciembre 2017

Departamento de Ingenierías, Ingeniería Bioquímica [REPORTE DE INVESTIGACIÓN]

GLUTAMATO DESHIDROGENASA 1

Fecha: 2017-11-24

Resumen
Glutamato deshidrogenasa 1 (EC. 1.4.1.3), es una enzima matriz mitocondrial (estructuralmente un
homohexámero) que cataliza la desaminación oxidativa de glutamato a alfa-cetoglutarato y amoníaco.
Esta enzima tiene un papel importante en la regulación de la secreción de insulina inducida por ácido
amino. Alostéricamente es activado por ADP e inhibida por GTP y ATP. La localización del gen
GLUD1 en humanos se encuentra en el cromosoma 10q23.3, dicho gen contiene 13 exones y su tamaño
es de 44,818 bases, con un comienzo de 87050202 pb de PTER y un fin de 87095019 pb de PTER. La
activación de mutaciones en este gen es una causa común de hiperinsulinismo congénito. Su
modificación transduccional se basa en que el ADP-ribosilado se modifica por SIRT4, lo que lleva a
inactivar la actividad del glutamato deshidrogenasa. (La ADP-ribosilado se produce en una subunidad
por homohexámero catalíticamente activo).Como objetivo principal del presente documento, se plantó
realizar una recopilación de información precisa acerca de la enzima GLUD1, debido a la gran
importancia de esta para el ser humano. Para ello se llevó a cabo una búsqueda exhaustiva en distintas
bases de datos tales como UniProt y NCBI, entre algunos otros sitios web. Obteniendo como resultado
una útil y amplia información acerca de dicha enzima, con lo cual se corrobora que el objetivo
planteado fue cumplido exitosamente.

Palabras clave: Enzima, cromosoma, hiperinsulinemia, regulación, homohexámero.

Summary
Glutamate dehydrogenase 1 (EC 1.4.1.3), is a mitochondrial matrix enzyme (structurally a
homohexamer) that catalyzes the oxidative deamination of glutamate to alpha-ketoglutarate and
ammonia. This enzyme plays an important role in the regulation of insulin secretion induced by amino
acid. Allosterically it is activated by ADP and inhibited by GTP and ATP. The location of the GLUD1
gene in humans is found on chromosome 10q23.3, said gene contains 13 exons and its size is 44.818
bases, with a start of 87050202 bp of PTER and an end of 87095019 bp of PTER. The activation of
mutations in this gene is a common cause of congenital hyperinsulinism. Its transductional
modification is based on the fact that ADP-ribosylated is modified by SIRT4, which leads to inactivate
the activity of glutamate dehydrogenase. (The ADP-ribosylate is produced in a subunit by catalytically
active homohexamer). As the main objective of this document, a compilation of precise information
about the GLUD1 enzyme was planted, due to the great importance of this for the human being. For
this, an exhaustive search was carried out in different databases such as UniProt and NCBI, among
some other websites. Obtaining as result a useful and ample information about said enzyme, which
corroborates that the proposed objective was fulfilled successfully.

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Introducción
Glutamato deshidrogenasa 1 (EC. 1.4.1.3), es una
enzima mitocondrial, que cataliza la desaminación
oxidativa de glutamato a alfa-cetoglutarato y
amoníaco. Esta enzima tiene un papel importante
en el metabolismo del nitrógeno, del glutamato y
de la homeostasis energética. Se expresa en altos
niveles en el hígado, cerebro, páncreas y riñones,
pero no en los músculos, en las células
pancreáticas la GLUD1 participa en el mecanismo
de secreción de insulina inducida por acido
amino. En los tejidos nerviosos, en donde la
concentración de glutamato es superior que en
otros tejidos, la GLUD1 participa tanto en la
síntesis como en el catabolismo del glutamato y
quizás en la detoxificación del amoniaco. La
GLUD1 puede estar involucrada en las reacciones
del aprendizaje y de la memoria incrementando la
producción del neurotransmisor glutamato1.1
Estructura de GLUD1
GLUD1 estructuralmente un homohexámero
compuesto por 6 monómeros idénticos de peso
molecular 5,7 x 104. del cual cada uno de ellos
contiene; un dominio N-terminal de unión del
glutamato (Glu-BD), que está casi totalmente
compuesto de filamentos β, un dominio de unión
del NAD+ o NADP+ (NAD-BD), y 48 residuos
parecidos a una antena que se extienden desde la
parte superior de cada NAD-BD. La antena
consiste en una hélice ascendiente y un filamento
descendiente que contiene una pequeña α-hélice
que se dirige hacia el lado C-terminal del
filamento.2
Figura 1. Estructura de la GLUD1 ( Glu-BD, NAD (P)-
BD, antena, la hélice pivote)
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Regulación
La enzima GLUD 1 es regulada cuando está
altamente saturada por los ligandos (sustratos) de
los sitios activos, se forma un complejo inhibitorio
en el sitio activo: NAD (P) H-Glu en la reacción
de desaminación oxidativa a pH alto, y NAD
(P)+-2-oxoglutarato en la reacción de aminación
reductiva a pH bajo.
La GLUD1 asume su configuración basal en la
ausencia de efectores alostéricos. Los reguladores
alostéricos de la GLUD1 (ADP, GTP, Leu, NAD+
y NADH) ejercen sus efectos cambiando la
energía requerida para la transformación de la
ranura catalítica en abierta o cerrada, en otras
palabras desestabilizando o estabilizando
respectivamente los complejos inhibitorios. Los
activadores no son necesarios para la función
catalítica de la GLUD1, ya que es activa en la
ausencia de estos compuestos (estado basal). Se
ha sugerido que la GLUD1 asume en su estado
basal una configuración (ranura catalítica abierta)
que permite la actividad catalítica con
independencia de si sus sitios alostéricos son
funcionales. La regulación de la GLUD1 es de
particular importancia biológica, ejemplificado
por las observaciones de que las mutaciones
regulatorias de la GLUD1 están asociadas con
manifestaciones clínicas en los niños.
Figura 2.Tabla resumen de regulación de GLUD1
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El ADP es uno de los dos principales activadores
de la enzima (siendo el NAD+ el segundo). Actúa
desestabilizando los complejos inhibitorios y
anulando la cooperación negativa. En la ausencia
de sustratos y con el ADP unido, la ranura
catalítica está en la conformación abierta y los
hexámeros de GLUD1 forman largos polímeros
con más interacciones (PDB 1NQT) que en la
forma inhibida. Esto es consistente con el hecho
que el ADP promueve la agregación en solución.
Cuando la ranura catalítica se abre, el residuo
Arg-516 rota hacia abajo sobre los fosfatos del
ADP.3 La abertura de la ranura catalítica está
correlacionada con la distancia entre la Arg-516 y
los fosfatos del ADP. De esta forma, el ADP
activa la GLUD1 facilitando la abertura de la
ranura catalítica que disminuye la afinidad por los
productos y facilita la liberación de los mismos.5
1 se ha sugerido que la inhibición por una alta
concentración de ADP es debida a la competencia
en el sitio activo entre el ADP y la parte adenosina
de la coenzima.
La concentración de ATP tiene complejos efectos
sobre la actividad de la GLUD1. Una baja
concentración de ATP significa inhibición de la
enzima. La afinidad del ATP por el sitio del GTP
es 1000 veces inferior a la del GTP, ya que las
interacciones de los fosfatos β y γ son
determinantes para la unión en el sitio del GTP. Si
la concentración de ATP es media, se produce una
activación de la enzima, mediada a través del sitio
efector del ADP. Por último, se produce una
inhibición de la proteína si la concentración de
ATP es alta. Se ha sugerido que esto es debido al
mismo efecto que tiene una concentración alta de
ADP, es decir a la competencia en el sitio activo
entre el ATP y la parte adenosina de la coenzima.
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El GTP inhibe la enzima en un amplio abanico de
condiciones incrementando la afinidad de la
GLUD1 por el producto de reacción. El GTP hace
que la etapa limitadora de la velocidad de reacción
sea la liberación del producto. El GTP actúa
manteniendo la ranura catalítica en una
conformación cerrada estabilizando por tanto los
complejos inhibitorios. Los efectos del GTP en la
GLUD1 no son solamente locales a la subunidad a
la que está unida, la antena juega un papel
importante en comunicar esta inhibición a las
otras subunidades.
El NAD (P) (H) se puede unir a la enzima en un
segundo sitio en cada subunidad. El NAD (H) se
une 10 veces mejor que el NADP (H), y la forma
reducida mejor que la oxidada. Se ha sugerido que
la unión de la coenzima reducida inhibe la enzima
y que la unión de la coenzima oxidada la activa,
aunque los efectos aún no están claros.
Otros reguladores de la enzima son:
• La leucina (Leu) activa la GLUD1
uniéndose a ésta en cualquier sitio, quizás
directamente en la ranura catalítica.
• El fosfato y otros aniones estabilizan la
GLUD1. Estudios estructurales recientes muestran
que las moléculas de fosfato se unen al sitio del
GTP.
Gen de la GLUD1
Los pseudogenes relacionados de esta enzima
mitocondrial han sido identificados en los
cromosomas 10, 18 y X. Específicamente
hablando en humanos dicho gen contiene 13
exones y está localizado en el cromosoma 10. Hay
evidencias de que el gen GLUD1 ha sido retro-
puesto en el cromosoma X en donde codifica la
GLUD2.4
Figura 3.Ubicacion de genómica de GLUD1.
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Figura 4.Estructura exón/intrón del gen
GLUD1( Glu-BD, NAD(P)-BD, antena, la
hélice pivote).
Transcripción
Las mutaciones activadoras en este gen son una
causa común de hiperinsulinismo congénito.
Empalme alternativo del gen GLUD1 da como Figura 6.Dominios conservados.
resultado múltiples variantes de transcripción5.
Enfermedades
1. Glutamato deshidrogenasa
mitocondrial b
Variante de la transcripción: esta variante (2)
contiene una alternativa de 5 'exón terminal, y por
lo tanto difiere en su codificación 5 'UTR y 5'
región, en comparación con la variante 1. La
isoforma codificada (b) tiene una N-terminal
distinto y más corto, en comparación con la
isoforma a.
Numero de acceso: NM_001318900.1
Secuencia (s) de origen: AF086070, AK294685,
BC112946
Figura 5.Dominios conservados
2. Glutamato deshidrogenasa
mitocondrial c
Variante de transcripción: Esta variante (3)
contiene estructura de exón 5 'alternativa, y por lo
tanto difiere en su UTR 5' e inicia la traducción en
un codón de inicio en marco descendente, en
comparación con la variante 1. La isoforma
codificada (c) es más corta en el extremo N, en
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comparación con la isoforma a. Las variantes 3, 4,
5, 6 y 7 codifican la isoforma c.
Numero de acceso: NM_001318901.1
Secuencia (s) de origen: AF086070, AK122685,
AK294685, BC112946
1, isoforma
La deficiencia en Glutamato deshidrogenasa 1
causa el Síndrome de hiperinsulinismo-
hiperamonemia (HHS), también conocido como el
hiperinsulinismo congénito, nesidioblastosis, o
persistente hipoglucemia hiperinsulinemia de la
infancia (PPHI), es la causa más común de
hipoglucemia persistente en la infancia y es
debido a la defectuosa regulación de la
retroalimentación negativa de la insulina la
secreción por los bajos niveles de glucosa. La
velocidad de oxidación elevada de glutamato a
alfa-cetoglutarato estimula la secreción de insulina
en las células beta pancreática, antes de que se
deteriora la desintoxicación de amonio en el
hígado6.
1, isoforma
Imagen 1. Hiperinsulinemia.
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Discusión
El principal aporte de la investigación fue dar a
conocer distintos puntos de importancia en cuanto
a la enzima glutamato deshidrogenasa
recaudando datos relevantes acerca de dicha
enzima, tal como se muestra en secciones
anteriores, glutamato deshidrogenasa es una
enzima de matriz mitocondrial, que cataliza la
desaminación oxidativa de glutamato a alfa-
cetoglutarato y amoníaco. Esto corrobora la
importancia de dicha enzima en el organismo
humano, pues tiene un papel importante en el
metabolismo del nitrógeno, del glutamato y de la
homeostasis energética (UniProt, 2017).
Además de que participa en el mecanismo de
secreción de insulina inducida por acido amino.
Sabemos que para la transferencia de información
genética entre los organismos de este enzima y
muchos otros, no solo la replicación es
importante sino también la transcripción, pues es
uno de los procesos clave para que las enzimas
puedan expresar su información genética ya que
dan lugar a moléculas que van a realizar funciones
específicas (ARNr o ARNt) o que, a su vez, van a
servir de modelo para la síntesis de otras
moléculas funcionales. A diferencia de lo que
ocurre en la replicación, la transcripción no
supone la copia de todo el material genético de
una célula, si no solo de los fragmentos que son
necesarios en un momento determinado
(Buchholz, 2005). En consecuencia de empalme
alternativo del enzima pueden presentarse como
resultado múltiples variantes de transcripción .Tal
es el caso del enzima de la presente investigación
la GLUD1, la cual presente alrededor de 7
variantes de transcripción , dentro de las más
relevantes se encuentran la glutamato
deshidrogenasa 1, isoforma mitocondrial b y c .
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Conclusiones.
En base a lo estipulado en el objetivo principal
del presente documento se llega a la conclusión de
que este fue cumplido exitosamente, puesto que
se obtuvo una recopilación adecuada y útil de
información acerca de la enzima GLUD1.
Resaltando con ello, la gran importancia de
conocer a fondo tanto su estructura, ubicación
genómica, mecanismos de acción, así como sus
distintas variantes de transcripción, entre otros,
que son de suma importancia en el estudio y
comprensión transferencia de la información
genética entre los distintos individuos.
Bibliografía
1. Dallon, B. W. (1 de abril de 2002).
PortLand. Obtenido de Biochemical
Journal: http://www.biochemj.org/
2. Dominguez, D. (10 de diciembre de 2012).
Homologia. Obtenido de
http://hormonologiahoy.blogspot.mx/2012/
12/la-glutamato-deshidrogenasa-yla.html
3. GeneCards . (enero de 2016). Obtenido de
http://www.genecards.org/cgi-
bin/carddisp.pl?gene=GLUD1&keywords
=GLUD1
4. NCBI. (23 de noviembre de 2017).
Obtenido de
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2746
5. UniProt. (23 de 11 de 2017). Obtenido de
UniProt:
http://www.uniprot.org/uniprot/P00367
6. : Krause-Buchholz U, et al. (2005)