todos os ambientes aquáticos possuem microrganismos quanto substâncias
inorgânicas, considerando características ambientais, interações com o meio, transmissão de patógenos humanos na água e método para manter suprimentos aquáticos seguros. Ambiente de Água doce incluem águas de superfícies como lagos naturais, tanques ou lagos artificiais, rios, córregos, e as águas subterrâneas que ocorrem nas camadas de rochas, embora essa por sua vez possua poucos microrganismos, a água superficial é de uma variedade maior de organismos. Tanques e lagos se dividem em zonas, sendo, zona litorânea quando a área é rasa e próxima a costa onde a luz penetra até o fundo. A zona limnética representa a água iluminada pelo sol a partir da costa, dentre os microrganismos temos algas e cianobactérias. A zona profunda fica entre a zona limnética e o sedimento, quando os indivíduos da zona limnética morrem afundam gerando nutrientes para outros organismos, composto por lodo e restos orgânicos. Nos ambientes aquáticos com variante entre 0 a 100 c°, em sua maioria há desenvolvimento em temperaturas moderadas, sendo que algumas bactérias termofílicas encontradas em gêiseres com temperaturas acima de 90°c, fungos e bactérias psicrofílicas encontradas a 0°c. o pH da água é variável de 2 a 9, embora a maioria cresça em com pH proximo a neutralidade. A maioria das águas é rica em nutrientes. O oxigênio pode ser um fator limitante no desenvolvimento de microrganismos, com a baixa solubilidade do mesmo na água o mesmo nunca ultrapassa 0,007 g por 100g de água, quando o número de matéria orgânica, os decompositores rapidamente esgotam seu fornecimento de oxigênio, oxidando a matéria orgânica, sendo seu esgotamento mais frequente em águas paradas como lagos e tanques que em rios ou córregos. Outro fator importante nos ambientes aquáticos é a profundidade do alcance da luz solar e sua penetração, pouco importante na água doce, porém significante no mar, pois os organismos fotossintéticos são limitados a locais com luz adequada. O tipo de microrganismos presentes dependem da temperatura e pH da água, dos minerais dissolvidos, profundidade e penetração de luz solar somados com a quantidade de nutrientes na água. As bactérias anaeróbicas são encontradas em águas esgotadas de oxigênio, as bactérias metanogênicas são encontradas em sedimentos de lagos e os protistas em diferentes ambientes de água doce AMBIENTES MARINHOS Corresponde a 75% da superfície terrestre, seu pH é constante, ligeiramente neutro e alcalino apropriado para o crescimento de muitos microrganismos, apresentam variação de pressão hidrostática maior que em água doce, aumentando conforme a profundidade, outros fatores que variam pela profundidade da água é penetração de luz solar e a concentração de oxigênio, a luz que permite fotossíntese acontece até a profundidade de 50 à 125 m, dependendo da estação do ano, transparência da água. Microrganismos de todos os principais grupos taxonômicos são encontrados em ambientes marinhos. Os organismos fotossintéticos são encontrados mais próximos a superfície e na camada abaixo e decompositores nos sedimentos no fundo. POLUIÇÃO DA ÁGUA Considerada poluída quando há uma substancia ou condição, tornando a água inutilizável para um propósito, muitos patógenos podem ser transmitidos na água.