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31-1-2018

Biología de sistema y
bioinformática
Estudiante: Ángel Joel Iturralde Hungría
paralelo: 7

ESCUELA SUPERIOR POLITECNICA DEL LITORAL


Parte I
¿Qué es la biología de sistemas?

Es un enfoque holístico para descifrar la complejidad de los sistemas biológicos


que parte de la comprensión de que las redes que forman el conjunto de los
organismos vivos son más que la suma de sus partes. Es colaborativo,
integrando muchas disciplinas científicas como biología, informática, ingeniería,
bioinformática, física y otras, para predecir cómo estos sistemas cambian con el
tiempo y en diferentes condiciones, y para desarrollar soluciones a los problemas
sanitarios y ambientales más acuciantes del mundo. (González, 2013).
Esta capacidad para diseñar modelos predictivos y multiseculares permite a
científicos descubrir nuevos biomarcadores de enfermedades, estratificar a los
pacientes basándose en perfiles genéticos únicos y seleccionar medicamentos
y otros tratamientos. La biología de sistemas, en última instancia, crea el
potencial para tipos completamente nuevos de exploración e impulsa la
innovación constante en tecnología y computación basadas en la biología.
(González, 2013).

Historia
La biología de sistemas está actualmente experimentando una enorme
expansión, pero parece que hay poca conciencia de la historia de la biología de
sistemas o del comportamiento de los sistemas que los hace emocionantes para
estudiar. Uno de los teóricos que puede ser visto como precursor de la biología
de sistemas es Ludwig von Bertalanffy, por su teoría general de sistemas. En
1952, los neurofisiólogos británicos y los ganadores del premio nóbel Alan Lloyd
Hodgkin y Andrew Fielding Huxley construyeron un modelo matemático
describiendo el potencial de acción que se propagaba a través del axón de una
neurona. En 1960, Denis Noble desarrolló el primer modelo computacional de un
corazón latente. (Gregory & Goode, 2002).
La década de 1960 vio el desarrollo de varios enfoques para el estudio de
sistemas moleculares complejos, como el análisis del control metabólico y la
teoría de los sistemas bioquímicos. El éxito de la biología molecular durante la
década de 1980, junto con un escepticismo hacia la biología teórica, hizo que la
modelización cuantitativa de los procesos biológicos se convirtiera en un campo
científico menor. (Gregory & Goode, 2002).

Sin embargo, el nacimiento de la genómica funcional en la década de 1990


significó que se dispuso de una gran cantidad de información de alta calidad,
mientras que las posibilidades de la informática crecieron a pasos agigantados,
lo que permitió construir modelos más complicados y realistas. En 1997, el grupo
de Masaru Tomita publicó el primer modelo cuantitativo del metabolismo
completo de una célula hipotética (simplificada). (Gregory & Goode, 2002).
Cerca del año 2000, cuando los institutos de sistemas de biología se
establecieron en Seattle y Tokio, la biología de sistemas surgió como un
movimiento en sí mismo, impulsado por la finalización de varios proyectos de
genoma, el largo aumento de la información de ómicas (por ejemplo, genómica,
metabolómica y proteómica), y los avances que acompañaron a los
experimentos y la bioinformática. Desde entonces, se han desarrollado varios
institutos de investigación dedicados a la biología de sistemas. Desde 2006,
debido a la escasez de personas que trabajan en biología de sistemas, se han
establecido varios doctorados en biología de sistemas en diversas partes del
mundo. (Gregory & Goode, 2002).

Aplicaciones de la biología de sistemas (campo médico, bioquímico, ambiental


y de conservación (ecológico))
Los avances en el campo han sido posibles gracias a los avances en biología
molecular, en particular, las nuevas tecnologías para determinar la secuencia de
ADN, los perfiles de expresión génica, las interacciones proteína-proteína, etc.
Otra aportación de la biología de sistemas a la biología sintética es que nos invita
considerar la importancia de las interacciones entre los elementos de los circuitos
sintéticos y los componentes nativos del organismo modificado, los cuales, a su
vez interaccionan con el ambiente. Además, la información proveniente de los
experimentos de biología sintética puede aportar conocimiento a la biología de
sistemas al dilucidar las relaciones entre los componentes estudiados.
Finalmente, es importante mencionar que siempre es necesario tomar en cuenta
el contexto biológico, pues ningún organismo es un sistema aislado. En México
existen algunos grupos de investigación dedicados a la biología de sistemas
desde perspectivas muy variadas. A continuación se encuentra una breve
descripción del trabajo de algunos de ellos:(González, 2013).
–Osbaldo Resendis (Instituto Nacional de Medicina Genómica) estudia el
metabolismo en líneas celulares de cáncer. Anteriormente, participó en la
reconstrucción de la red metabólica de Rhizobium etli, una bacteria que al
establecer una relación simbiótica con ciertas leguminosas como el frijol recibe
refugio y alimento a cambio de proporcionarle nitrógeno a la planta. (González,
2013).
-Alexander de Luna (Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad,
IPN) estudia fenotipos complejos en levadura, tales como el envejecimiento, a
partir de la interacción entre los genes tomando en cuenta al ambiente.
(González, 2013).
-Elena Álvarez Buylla (Instituto de Ecología, UNAM) trabaja en el desarrollo en
meristemos apicales de plantas, es decir, los nichos de células troncales. Ella
busca integrar más allá de los genes. Por ejemplo, tomar en cuenta información
posicional, epigenética, hormonas, interacción con bacterias, etc. (González,
2013).
Conclusión.
Se puede decir que la biología de sistemas es un paradigma integrativo, busca
estudiar a los componentes y a las interacciones entre ellos, además de estudiar
a los organismos como sistemas. Las aproximaciones que se han hecho para
ver a algunos sistemas biológicos como un todo han sido limitadas. En parte esto
se debe al tipo, cantidad y calidad de la información disponible, así como al
campo del que provengan los investigadores que lleven a cabo tales estudios.

Parte II
¿Qué es la bioinformática?
La bioinformática es un campo interdisciplinario que desarrolla y aplica métodos
computacionales para analizar grandes colecciones de datos biológicos, como
secuencias genéticas, poblaciones de células o muestras de proteínas, para
hacer nuevas predicciones o descubrir nueva biología. Los métodos
computacionales utilizados incluyen métodos analíticos, modelos matemáticos y
simulación. (Luscombe, Greenbaum, & Gerstein, 2001).

Historia
La disciplina surgió a partir de la enorme cantidad de información acumulada por
el Proyecto del Genoma Humano, que ha requerido tecnología informática
avanzada para ayudar a secuenciar todo el genoma humano, que asciende a
unos 3 mil millones de pares de bases. Gracias a la investigación del genoma
humano, las aplicaciones para bioinformática se extienden a una serie de
ámbitos. (Gerstein et al., 2001).

¿Que constituye el proyecto del genoma humano y cuál es su horizonte de


investigación?
El Proyecto del Genoma Humano (P.G.H.) es un esfuerzo de investigación
internacional para determinar la secuencia de ADN de todo el genoma humano.
El P.G.H. constituye un ejemplo paradigmático, en concreto ahora, gracias a las
nuevas líneas de investigación genética a que ha dado lugar su culminación, así
la proteómica y la farmacogenética. Entre sus múltiples aplicaciones, en el
campo de la salud es destacable el diagnóstico de las enfermedades genéticas
y la posibilidad de realizar una medicina individualizada, que es la disponibilidad
de medicamentos más adaptados tanto a las características propias de la
patología que se quiere tratar o prevenir cuanto a las del propio paciente, de tal
manera que se gane en eficacia y eficiencia, al tiempo que se reduzcan al
máximo cualquier riesgo de eventos adversos. En esta línea, los estudios sobre
farmacogenómica y farmacogenética abren inmensas perspectivas de mejora en
la salud de los pacientes, pues gracias a ellas también será posible el desarrollo
de una medicina personalizada, mediante fármacos adaptados a las
características genéticas de aquéllos. (Casabona & Maria, 2011).

El horizonte de esperanza que ofrecen los avances en la investigación sobre el


genoma humano implica una mejora realmente importante en la esperanza de
vida del ser humano, tanto en términos de calidad como en términos de su
extensión. Por un lado, estas infinitas posibilidades que se abren ante nuestros
ojos son motivo de optimismo. Por otro lado, existe inevitablemente una
preocupación por las posibles consecuencias a las que nos puede conducir una
interpretación errónea de los valores en juego o, simplemente, un uso
inadecuado de estos nuevos conocimientos y las tecnologías que surgen a su
sombra.(Casabona & Maria, 2011).

Conclusión
La bioinformática emplea una amplia gama de técnicas computacionales que
incluyen alineamiento secuencial y estructural, diseño de bases de datos y
extracción de datos, geometría macromolecular, construcción de árboles
filogenéticos, predicción de estructura y función de proteínas, hallazgo de genes
y agrupación de datos de expresión. El énfasis está en los enfoques que integran
una variedad de métodos computacionales y fuentes de datos heterogéneas.
Finalmente, se puede decir que la bioinformática es una disciplina práctica.
Bibliografía
 Freyre-González JA (2013). Notas del curso “Biología de Sistemas”.
Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM
 Gregory Bock and Jamie A. Goode (eds), (2002) "In Silico" Simulation of
Biological Processes, Novartis Foundation Symposium 247, John Wiley &
Sons Ltd,
 Luscombe, N. M., Greenbaum, D., & Gerstein, M. (2001). What is
bioinformatics? An introduction and overview. Yearbook of Medical
Informatics, 1(83-100), 2.
 Miralles, Á. A. (1997). El proyecto genoma humano: algunas reflexiones
sobre sus relaciones con el derecho. Universitat de València
 R. Casabona, C. Maria (2011). Los nuevos horizontes de la investigación
genética, editorial comares, S.l.