Clustal

Clustal es un programa de computadora ampliamente utilizado

para realizar alineamientos múltiples de secuencias. La última
Clustal
versión es la 2.0.12 (2009), cuya principal novedad es que fue
completamente reescrita en C++.1 Hay dos variantes: Clustal

ClustalW: interfaz de línea de comandos

ClustalX: esta versión tiene una interfaz gráfica. Está
disponible para Unix/Linux, Mac OS y Windows.
El programa está disponible en European Bioinformatics Institute
ftp server o en www.clustal.org.

Índice
Entrada/Salida
Alineamiento múltiple de secuencias
Alineamientos de perfiles
Información general
Configuraciones
Versión acelerada
Desarrollador(es) University College Dublin

Referencias Última versión 2.1

estable 14. Octubre de 2008
Enlaces externos
Género Herramienta
bioinformática
Sistema operativo UNIX, Linux, Mac,
Entrada/Salida Windows
Este programa acepta un amplio rango de formatos de entrada. Licencia Libre para uso académico
Incluyendo NBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal,
[editar datos en Wikidata]
GCC/MSF, GCG9 RSF y GDE.

El formato de salida puede ser alguno de los siguientes: Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF
, PHYLIP, GDE, NEXUS.

Alineamiento múltiple de secuencias

Hay tres etapas importantes:

1. Hacer un alineamiento por pares

2. Crear un árbol filogenético (o usar un árbol definido por el usuario)
3. Usar el árbol filogenético para llevar a cabo el alineamiento múltiple
Esto es hecho automáticamente cuando seleccionas "Do Complete Alignment" ("Hacer el alineamiento completo", en español). Otras
opciones son "Do Alignment from guide tree" ("Hacer el alienamiento con el árbol guía) y "Produce guide tree only" ("Sólo producir
el árbol guía).

Alineamientos de perfiles
Los alineamientos de parejas son computados con un método todos contra todos y las similitudes son guardadas en una matriz. Esta
es luego convertida en una matriz de distancias, donde la longitud de la distancia refleja la distancia evolutiva entre cada par de
secuencias.

De esta matriz de distancias, es creado un árbol de guía o filogenético utilizando un algoritmo de clustering neighbour-joining para
determinar el orden en que los pares de secuencias serán alineados y combinados con alineamientos previos. Las secuencias son
alineadas progresivamente en cada punto de ramificación empezando por los pares de secuencias más cercanos.

Configuraciones
Los usuarios pueden alinear las secuencias usando las configuraciones por defecto, pero ocasionalmente es más útil personalizar los
parámetros. Los principales parámetros son la penalización por abrir huecos ("gaps") y por extenderlos.

Versión acelerada
Una versión basada en FPGA del algoritmo ClustalW es ofrecida por Progeniq, mostrando ser 20 veces más veloz que otras
implementaciones.

Referencias
1. ClustalW and Clustal X version 2.0(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17846036)

1. Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). The ClustalX windows interface: flexible
strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools.
Nucleic Acids Research, 25:4876-4882.
2. Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD (2003). Multiple sequence
alignment with the Clustal series of programs.Nucleic Acids Res, 31:3497-3500.
3. Larkin, M.A.et al. (2007): Clustal W and Clustal X version 2.0. In: Bioinformatics. Bd. 23, S. 2947-2948. PMID
17846036

Enlaces externos
ClustalW y ClustalX (descarga gratuita paraUnix/Linux, Mac OS y Windows)
"White Paper - Accelerating Intensive Applications at 10x-50x Speedup to Remove Bottlenecks in Computational
Workflows". Progeniq Pte Ltd.

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