La inquisición fue una institución eclesiástica que combatió y suprimió la herejía.
Esta característica se ejerció enfáticamente en términos de la fe, a manera de suprema autoridad eclesiástica, no de carácter temporal o para casos individuales, sino de índole universal y de atributos permanentes. Durante las primeras tres décadas del siglo XIII, en la Edad Media la Inquisición, como institución, no existió. Pero eventualmente la Europa cristiana estaba en peligro por la herejía, y la legislación penal referente al catarismo estaba en tal condición que la Inquisición parecía una necesidad política. Que estas sectas eran una amenaza a la sociedad cristiana había sido reconocido por la mayor parte por los gobernantes del área bizantina. Desde el siglo X la Emperatriz Teodora había condenado a muerte a una multitud de paulicianos y en el año 1118 el Emperador Alexius Comnenus trató a los Bogomili con igual severidad; pero este hecho no evitó que estas sectas se propagaran por toda la Europa occidental. Por otra parte, estas sectas eran muy agresivas, hostiles al cristianismo, a la Misa, a los sacramentos, a la jerarquía eclesiástica y a su organización; ellos eran también hostiles al gobierno feudal por su actitud hacia los juramentos, de los cuales declararon impermisibles bajo ninguna circunstancia. Ni eran sus opiniones simplemente menos fatales a la continuación de la sociedad humana, porque por un lado prohibieron el matrimonio y la propagación de la raza humana, y por otra parte hicieron del suicidio un deber por la institución de la Endura. Se ha dicho que más cátaros fallecieron con la Endura que con la Inquisición. Era, por lo tanto, bastante natural para los guardianes de la orden existente en Europa, especialmente de la religión cristiana, adoptar medidas represivas contra tales enseñanzas revolucionarias. El papa no estableció la Inquisición como tribunal distinto y separado; lo que hizo fue designar a los jueces especiales pero permanentes, que ejecutaron sus funciones doctrinales en el nombre del papa. El procedimiento comenzó regularmente con un término de un mes "de la tolerancia", proclamado por el inquisidor cuando él viniera a un distrito en donde se sospechaba había herejía. Convocaba a los habitantes a aparecer ante el inquisidor. A los que confesaron por cuenta propia, un castigo apropiado (por ejemplo, un peregrinaje) fue impuesto, pero nunca fue impuesto un castigo severo como el encarcelamiento o la entrega a los poderes civiles. Sin embargo, estas relaciones con los residentes de un lugar a menudo daban paso a situaciones más graves, indicaban la área apropiada para la investigación, y a veces mucha evidencia contra individuos era obtenida así. Estas personas, entonces fueron citados ante jueces - generalmente por el sacerdote de la parroquia, aunque de vez en cuando por las autoridades seculares- y el proceso daba inicio. Si el acusado inmediatamente daba una confesión completa y libre, el asunto era pronto concluído, y no operaba a desventaja del acusado. Pero en la mayoría de los casos el acusado se negó, aun después de jurar en los cuatro Evangelios, y esta negación era obstinada en la medida que el testimonio le incriminaba.después de jurar en los cuatro Evangelios, y esta negación era obstinada en la medida que el testimonio le incriminanaban. La tortura no fue mirada como modo del castigo, sino puramente como un método de sacar la verdad. No estaba en el precepto eclesiástico, y fue prohibida por mucho tiempo en las cortes eclesiásticas. Ni era originalmente un factor importante en el procedimiento inquisidor, siendo desautorizada hasta veinte años después de la institución de la Inquisición. Primero fue autorizada por Inocencio IV en su Bula Pontífica "Ad exstirpanda" del 15 de mayo del año 1262 que fue confirmada por Alejandro IV el 30 de noviembre del año 1259 y por Clemente IV el 3 de noviembre del año 1265. El límite puesto sobre la tortura era citra membri diminutionem et mortis periculum - quiere decir, no podía causar la pérdida de vida o miembro o poner en riesgo la vida del acusado. La tortura debía ser usado solamente una vez, y después de ser aplicada a menos que los acusados fueran inciertos en sus declaraciones, y se parecía ser ya condenados virtualmente por las pruebas múltiples y abundantes. En general, este testimonio por métodos violentos debía estar diferido por el mayor tiempo posible, y su uso se permitía sólo cuando todas las otras medidas fueran agotadas. Los jueces concienzudos y sensibles correctamente no daban ninguna gran importancia a las confesiones extraídos por la tortura. Después de la experiencia Eymerico declaró: -la tortura es engañosa e ineficaz. Las penas más duras fueron el encarcelamiento en varios grados, la exclusión de la comunión de la iglesia y la entrega generalmente a la autoridad civil. El encarcelamiento no fue siempre considerado castigo en el sentido apropiado: fue más bien visto como una oportunidad para el arrepentimiento, una precaución contra la reincidencia o el afectar a otros. No era oficialmente la iglesia quien condenaba a muerte a herejes impertinentes, más preciso a la estaca. Como legados de la iglesia romana incluso Gregorio IV nunca fue más lejos que las ordenanzas penales requeridas de Inocencio III, ni nunca infringió un castigo más severo que la ex-comunicación. No fue hasta cuatro años después del comienzo de su pontificado que él admitió la opinión, entonces frecuente entre los jurisconsultos, que herejía debería debía ser castigada con pena de muerte, viendo que esta confesión no era una ofensa menos seria que la alta traición La inquisición española propiamente, principio no obstante, en el reino de Fernando e Isabel, los Reyes Católicos. La fe católica se percibió que estaba en riesgo debido a la influencia de los judíos y del mahometanismo. El 1 de noviembre de 1478, Sixto IV dio poder a los reyes soberanos para establecer la inquisición.