BIOLOGÍA CELULAR Y

MOLECULAR

EL NÚCLEO
  Es el organelo más grande de las cel
eurcariotas

  Rodeado por 2 membranas, c/u bicapa

fosfolipídica

  Las 2 membranas están separadas por un

intersticio (espacio perinuclear) de 20 a 40
nm

  A intervalos frecuentes las membranas se

fusionan creando pequeños poros nucleares
 Poros nucleares
  Por medio de los poros circulan  
los materiales entre el núcleo y
el citoplasma
 
Forman canale estreechos que
atraviesan las bicapas lipídicas
fusionadas
Están formados por una elaborada
estructura llamada complejo del
poro nuclear

  El complejo está formado por mas

de 100 proteínas diferentes que se
disponen en una distribución
simétrica octagonal
  En muchas células la membrana y luz se
continúa con RE

  Contiene al DNA

  El DNA en células eucarióticas es lineal y

esta fuertemente unido a proteínas
especiales llamadas histonas y a otras
proteínas no histónicas
  Cada molécula de DNA con sus proteínas
constituye un cromosoma

  Cuando una célula no se está dividiendo, los

cromosomas se ven como una maraña de
hilos delgados (cromatina)

  Cuando se divide la cromatina se condensa y

los cromosomas se hacen visibles como
entidades independientes.

  Sintetiza al RNA ribosómico en el nucléolo

 Nucléolo
 
  Hay 2 por cada núcleo,
aunque solo uno es visible
por microfotografía
  Es el sitio donde se
construyen las subunidades
que forman el ribosoma
 
Se ve como un conjunto de
gránulos y fibras diminutas.
Formados por filamentos de
cromatina, rRNA que se está
sintetizando y partículas de
ribosomas inmaduros
Varían en tamaño, pueden llegar
a ser el 25% del volumen
nuclear
 Funciones del núcleo

  Es el portador de la información hereditaria

  Cada vez que la célula se divide esta

información pasa a las células hijas

  El núcleo dirige las actividades de la célula,

asegurando que las moléculas complejas que
se requieren se sinteticen en la cantidad y el
tipo necesarios
 El cromosoma eucariótico

  Es un filamento extremadamente fino

  Cada cromosoma eucariótico está formado

por una única molécula de DNA

  En el cromosoma humano mide de 3 a 4 cm

  Por lo que cada célula diploide humana con

sus 46 cromosomas posee 2 m de doble
hélice
  El DNA de cadena doble adopta la forma de
una hélice enrollada que gira hacia la
derecha, es dextrógira

  Esta conformación es la forma B y fue la

descrita por Watson y Crick, y es la forma
fisiológica

  Puede asumir in vitro otras conformaciones

l  Forma A, dextrógira pero menos enrollada 11

bases por giro,bases inclinadas, compacta puede
adoptase por híbridos DNA-RNA y por RNA de
cadena doble originados por apareamientos de
bases en la misma molécula
l  Forma Z, gira hacia la izquierda o levógira. Se
encuentra en regiones cuyasecuencia está
formada por pirimidinas y purinas alternadas, en
condiciones fisiológicas es termodinámicamente
poco favorable a menos que las bases sufran
modificaciones

l  Estructura con hebra triple

 Estructura del cromosoma

  En el núcleo de las célula eucariótica el DNA

está siempre combinado con proteínas que
pueden ser histónicas o no histónicas

  El complejo DNA y proteínas forman la

cromatina (hebras teñidas)

  Mas de la mitad de la cromatina consiste en

proteínas, en su mayor parte histonas que
son polipéptidos pequeños
  Las histonas se encuentran únicamente en los
eucariotas y son ricas en los a.a básicos lisina y
arginina (tienen carga +)

  Por esto son atraídas por el DNA que está

cargado negativamente

  Las histonas son los principales responsables

del plegamiento y empaquetamiento del DNA

  Son de 5 tipos: H1, H2A, H2B, H3 y H4

  La unidad de empaquetamiento fundamental
de la cromatina es el nucleosoma

  Cada nucleosoma consiste en un núcleo

central formado por dos moléculas de cada
una de las histonas nucleosómicas

  En total son 8 moléculas de histona alrededor

de las cuales el filamento de DNA da 2
vueltas
  La histona tipo H1 está fuera de la parte central
del nucleosoma, y no es imprescindible para la
formación del nucleosoma

  A excepción de H1 las secuencias de a.a de las

histonas son muy conservadas

  En el siguiente nivel de organización de la

cromatina los nucleosomas están
empaquetados unos sobres otros y generan
arreglos regulares en los que la cromatina
forma fibras de 30 nm
  Este nivel se encuentra tanto
en la cromatina interfásica
como en los cromosomas
mitóticos.

  La fibra tiene una estructura

enrollada con aprox 6
nucleosomas por cada giro

  Esta estructura para su

formación requiere la histona
H1

  De manera que cada µm de

esta fibra enrrollada son 40
µm de DNA
  El modelo la la fibra de 30 nm es un
solenoide

  Después existe una condensación cuando

esta fibra forma una serie de bucles llamados
dominios en bucle
  Cada dominio en bucle se enrolla hasta que
finalmente ramilletes de dominios en bucle
vecinos se condensan formando los
cromosomas compactos que se ven durante
la mitosis y la meiosis

  Otras proteínas asociadas con el cromosoma

son las enzimas vinculadas con la síntesis de
DNA y RNA, y proteínas regulatorias las
cuales no son conservadas
 Condensación del cromosoma

  El grado de condensacion del DNA regula la

expresión génica de las células eucarióticas

  La tinción revela 2 tipos de cromatiina:

l  Eucromatina, mas abierta y tiñe debilmente

l  Heterocromatina, mas condensada y tiñe fuerte

  Algunas regiones heterocromáticas son

constantes entre células y nunca se expresan
y se llama heterocromatina constitutiva
  Otras regiones de hetrocromatina varía entre tipos de
células

  La proporción de hetrocromatina aumenta respecto a

la eucromatina a medida que la célula es mas
especializada

  El DNA sufre modificaciones por la unión de

proteínas como las histonas y no histonicas
 ACIDOS NUCLÉICOS

TRANSCRIPCIÓN
DNA
REPLICACIÓN

mRNA

tRNA

rRNA

PROTEINA
 DNA Y RNA

  Son polímeros compuestos por monómeros

(nucleótidos)

  RNA 100 – varios miles de nucleótidos de

longitud

  DNA hasta varios cientos de millones de

nucléótidos

  Se componen de 4 nucleótidos diferentes

 Nucleótidos
  Estructura común: gpo fosfato unido por
enlace fosfoéster a una pentosa y a una
base orgánica
l  Ribosa
l  Desoxiribosa

  Las bases A, C y G están en ambos

  La T en DNA y U en RNA

  Se clasifican en:
l  Purinas A y G
l  Pirimidinas C, T y U
 Nucleótidos (continuación)

  Son ácidos por el fosfato que se disocia en el

pH intracelular

  Existen los nucléósidos, combinación de una

base con un azucar sin o con hasta 3
fosfatos

  Los trifosfato de nucléósido se usan para

sintetizar ácidos nucléicos, como ATP, GTP
 ACIDOS NUCLÉICOS
  Una hebra es un polímero
de fosfatos y pentosas con
bases púricas y pirimídicas
como grupos laterales.

  Los nucleótidos se unen

por enlace fosfodiéster

  Tiene orientación:

l  Extremo 5´ posee un
fosfato libre
l  Extremo 3´ posee un
grupo hidroxilo libre
  La síntesis va de 5´ a 3´ por lo que se lee asi

  Se pliegan para tener conformación 3D

  DNA 2 hebras y RNA 1 hebra

 DNA
  Formado por 2 hebras
entrelazadas para
formar una doble hélice

  Columnas de azúcar-
fosfato

  Bases hacia adentro

  Las hebras tienen

orientación antiparalela
  Existe apareamiento de las
bases entre las hebras por
enlaces H (2 ó 3)

  Las hebras son complementarias

  La hélice gira hacia la derecha

  Cada 10 pares se completa un

giro = forma B del DNA (común
en la célula9

  Se forman 2 hendiduras: mayor y

menor
 Las cadenas de DNA pueden
separarse reversiblemente
  Durante la replicación del DNA donde se crean 2
nuevas cadenas idénticas a la original

  Cuando se copia el DNA para mRNA

  Desnaturalización, proceso de desenrrollar y

separar.

  Calentando puede inducirse (Temp de fusión T)

 DESNATURALIZACIÓN
  Depende de proporción de G-C (a >G-C
>Temp)

  Soluciones con bajas concentración de iones

inducen desnaturalización con baja temp

  Por exposición a agentes como sol´n

alcalinas o de formamida o urea

  Las cadenas monocatenarias se enrollan

aleatoriamente pueden renaturalizarse
 DNA circular

  Se encuentra en:
Procariotes virus
Mitocondrias cloroplastos
Eucariotes unicelulares

  Cada cadena de DNA es una estructura

cerrada sin extremos

  Al desnaturalizarse no pueden separarse

 SUPERENROLLAMIENTO

  Ocurre cuando se interrumpe el

apareamiento de bases y una región se
desenrolla

  Es el enrollamiento de la doble hélice sobre

sí misma para disminuir el estrés

  Tienen lugar durante la replicación, la

transcripción y fijación de proteínas

  Se regula por enzimas topoisomerasas

 RNA

  Tiene U en lugar de T

  En sol´n alcalina se rompe en mononucleótidos

  Puede ser mono o bicaternario y lineal o circular

  Los tipos tienen conformacíones distintas

  Hebilla: apareamiento de bases
complementarias en monocatenario 5-10
nucleótidos de distancia

  Tallos de asa, 50-cientos de nucleótidos de

distancia

  Seudonudo: estructura terciaria compleja

  Los dominios plegados tienen actividad

catalítica llamados ribozimas (eliminan
intrones y pegan exones)
REPLICACIÓN
  La replicación es
SEMICONSERVADOR
A, una cadena original
se aparea con una
cadena nueva
copiada.

  Otro modelo era que

la replicación era
conservadora

  Un tercer modelo
suponía que era
dispersadora
  En humanos la velocidad de replicación es de 100
pares de bases por segundo

  El genoma humano tiene 3 x 10 9 pares de bases

  Se replica en 8 hrs

  Debe tener entre 10-100 mil replicones

 LA REPLICACIÓN ENPIEZA EN
SITIOS ESPECÍFICOS

  Comienza en una secuencia definida de

bases, el Origen de replicación
  Los orígenes tiene secuencias repetidas
cortas que reconocen algunas proteínas
uniéndose y reclutando enzimas.

  3 tipos de origen de replicación:

l  oriC de E.coli
l  Secuencias de replicación autónoma de
levadura
l  Origen del virus de los simios 40 (SV40)
PROBLEMAS DE LA DNA POLIMERASA

  NO pueden disociar la doble hélice para separar

las 2 cadenas

  Solo pueden alargar una cadena de DNA o RNA

preexistente, el iniciador

  Solo catalizan la adición de nucleótidos en el

extremo hidroxílico 3´ de una cadena, por lo tanto
crece ne dirección 5´ a 3´
 La proteína DnaA

  Se une al ori C y forma un complejo inicial de 10 –

20 subunidades protéicas

  Solo puede iniciar la replicación si el DNA está

superenrollado negativamente (compactas y se
disocian)

  La unión de la DnaA facilita la separación de las

cadenas,requiere ATP y genera el complejo
abierto
 REPLICACION EN CELULAS
BACTERIANAS
  Empieza en un sitio específico, el origen,
donde se unen diferentes proteínas

  Tras empezar la replicación se aleja del

origen en ambas direcciones (bidireccional)
formando asi las horquillas de replicación

  Cada horquilla es:

l  La doble hélice parental se separa
l  Los nucleótidos se incorporan a las nuevas
cadenas
  Al irse abriendo y desenrrollando la doble
hélice se genera un superenrrollamiento
positivo, por lo tanto una gran tensión

  Para ayudar a esto la célula posee enzimas

topoisomerasa que cambian el estado de
enrollamiento.

  La girasa de DNA (topo II) libera la tensión

durante la replicación, va delante de la
horquilla y corta la cadena para dejar que
rote libre y luego liga los cortes. Esto es
mediante energía de la hidrólisis de ATP
Dirección de la replicación

  Los nuevos nucleótidos

solo pueden pegarse en
dirección 5´ a 3´
  La polimerasa se
mueve en dirección 3´ a
5´ a lo largo del molde

  Una cadena crece hacia

la horquilla pero la otra
crece en dirección
opuesta alejándose de
ella
  La replicación será semidiscontínua

  Las 2 cadenas hijas se sintetizan por

procesos diferentes

  La que se sintetiza de modo contínuo se

llama cadena adelantada

  La que se sintetiza de modo discontínuo se

llama cadena retrasada
  La cadena
retrasada se
sintetiza por
fragmentos
llamados de
Okazaki

  La enzima ligasa
del DNA une los
fragmentos
  Ya que ninguna polimerasa de DNA puede
iniciar la replicación es necesaria otro tipo de
enzima, la primasa que es una polimerasa de
RNA

  Los iniciadores de RNA se eliminan después

y los espacios se llena por una ligasa de DNA

  La probabilidad de cometer errores es mayor

al inicio que en el alargamiento por lo que al
eliminar el iniciador elimina las bases que
pudieron ponerse de manera errónea
  En la horquilla de replicación se unen un grupo
de enzimas y proteínas que intervienen para
ayudar a separar, desenrrollar, iniciar la
replicación, alargar la cadena

  Las proteínas SSB se unen a cada cadena

separada y las mantienen de manera extendida
y previene que de nuevo vuelvan a unirse y
enrollarse. Es decir las estabiliza durante la
replicación
 Las helicasas
  Son enzimas capaces de desplazarse a lo
largo de una DNA dúplex usando la energía
de la hidrólisis de ATP para separar las
cadenas

  Posee direccionalidad de 5´a 3´

  No se desencadena hasta llegar al final de

dicha cadena o hasta ser descargada del
DNA por otra proteína.
 La DnaB

  Hexámero de subunidades idénticas

  Es una helicasa

  Su une como abrazadera alrededor de cada

una de las cadenas del complejo abierto

  Requiere ATP y la proteína DnaC que lleva a

la DnaB a la Dna A para aformar el complejo
preiniciador
 La primasa

  Los iniciadores usados tanto en procariotes

como en eucariotes son moléculas cortas de
RNA
  Su síntesis es catalizada por una RNA
polimerasa, la primasa.

  Se une a la DnaB formando el primosoma

(primasa + helicasa)

  Una vez que las primasas sintetizan

iniciadores cortos de RNA complemtarios a la
cadena de DNA se disocian.
 Estructura y función de las
polimerasas de DNA
  La DNA III sirve durante la replicación para
agregar nucleótidos

  La DNA II en procariotes no se conoce

función

  La DNA I interviene en la reparación del DNA

y también elimina los iniciadores de RNA en
dirección 5´ 3´
La replicación en eucariotes es
similar.

  Hacer un cuadro comparativo entre

las diferencias y similitudes de la
replicación entre E,coli y eucariotes
(virus SV40)
REPARACIÓN
 DAÑOS AL DNA

  Puede modificarse la secuencia por errores de la

DNA pol o por agentes mutagénicos (radiación,
sustancias químicas)

  Si no se corrigen las células somáticas no tendrían

un buen funcionamiento

  Las germinales producirian descendencia no viable

  Todos los agentes carcinogénicos son mutágenos

 LECTURA DE PRUEBA

  Durante la adición de nucleótidos a veces se inserta

una base errónea.

  En E.coli tiene una frecuencia de error de 1 / 104pb

  Pero la frecuencia de mutaciones medida es 1 /109pb

  Esto debido a la lectura de prueba de las

polimerasas y su actividad de exonucleasas.
  Reparación por escisión de nucleótidos,
mecanismo de corte y pegado.

  Reparación de la unión deficiente, una enzima de

reparación reconoce el cambio de conformación
por mal apareamiento, para reconocer la molde la
enzima busca metilaciones

  Reparación de la rotura de doble cadena

mediante la unión de extremos no homólogos
Molecular Cell Biology, 6e - Content

http://
http://www.youtube.com/watch?
v=teV62zrm2P0
 Los telómeros

  Los cromosomas eucariotes son lineales y

tienen extremos especializados, telómeros.

  Son secuencias oligoméricas repetitivas

  Sin los telómeros la cadena retrasada se

acortaría con cada división celular
 La telomerasa

  Transcriptasa inversa modificada

  Alarga el DNA plantilla de la cadena
retrasada en su extremo 3´
  Posee sitio catalítico que polimeriza
desoxirribonucleótidos dirigidos por una
plantilla de RNA
  La secuencia depende del RNA asociado y
varía según el origen de la enzima
  Células somáticas humanas se replica sin
esta actividad. Está asociado a la longevidad.
 LAS TOPOISOMERASAS

  Controlan la topología del DNA

  Actúan en diferentes pasos de la replicación

tanto de eucariotes como de procariotes

  Hay 2 clases:
l  Topoisomerasas I

l  Topoisomerasas II
 Topoisomerasa I

  En procariotes puede eliminar superenrollamientos

negativos

  En eucariotes elimnina tanto negativos como

positivos

  Esta reacción no necesita energía

  Son importantes par regular transcripción y repara

el DNA dañado
Topoisomerasa I

Figura 12.14
 Topoisomerasa II
ej. DNA girasa de E.coli

  Compuesta por 2 subunidades idénticas

  Cortan ambas cadenas del DNA bicaternario

(descatenación) y las vuelven a unir (catenación)

  Se utiliza ATP

  Este proceso cambia de negativo a positivo o

aumenta el superenrollamiento negativo

  Elimina el superenrollamiento positivo delante de

la horquilla de crecimiento durante la replicación.
 Capacidad procesiva
  La subunidad b forma un dímero alrededor del
DNA dúplex
  Se asocia con el núcleo polimerásico
  Puede deslizarse a lo largo del DNA

  5 subunidades forman el complejo g:

l  Unir la subunidad b al DNA por hidrólisis de
ATP
l  quitar la abrazadera una vez terminada la
replicación

  La subunidad t dimeriza dos núcleos

polimerásicos, corrdina las síntesis de las
cadenas adelantada y retrasada
Topoisomerasa II

Fig 12.16
 Topo IV

  En la replicación de DNA circulares (procariotas)

las nuevas moléculas de DNA bicatenario
quedarían enlazadas (catenanos)

  Interviene la topo IV (otra topoisomerasa tipo II)

junto con la DNA girasa que separan las cadenas

  En eucariotes la una Topo II desenreda ovillos

entre los cromosomas lineales.
 Topo IV

Fig 12.19