DOCKING MOLECULAR: AUTODOCK Y VINA

INTRODUCCIN

El docking molecular es una herramienta computacional que ha tomado gran relevancia en la biologa molecular
durante los ltimos aos. El diseo de medicamentos, por ejemplo, utiliza el docking para predecir la manera a
travs de la cual un posible frmaco se une a su molcula diana o receptor, generalmente protenas. De aqu, la
necesidad de optimizar este proceso para garantizar mejores estimaciones y resultados ms satisfactorios.

En el presente trabajo se evaluaron algunos de los parmetros ms influyentes en el docking molecular,

seleccionando como ptimos aquellos que arrojaron los modelos con el mnimo nivel de energa. Para ello, se
compararon los resultados obtenidos de los dockings realizados para el Danoprevir y la protena NS3/4A del virus
de la hepatitis C, con la estructura resulta en cristalografa para ese mismo sistema como referencia.

Es preciso recordar, antes de empezar con el anlisis, que Danoprevir es una pequea molcula, inventada por los
cientficos de Array e InterMune, capaz de inhibir la funcin hidroltica de la proteasa NS3/4A del virus de la hepatitis
C. El antiviral posee una gran afinidad por el sitio activo de la protena, pues interacta con la serina cataltica 139A,
responsable de romper los enlaces peptdicos necesarios para la liberar aquellas protenas virales indispensables
para la replicacin del virus.

METODOLOGA

Se evaluaron cuatro de los parmetros ms relevantes en el proceso de docking: tamao de poblacin, mtodo de
simulacin, nmero de evaluaciones y tamao de la grid box. Para ello, se realizaron cuatro bloques de dockings,
en los cuales, se variaba nicamente el parmetro que se deseaba evaluar mientras que el resto de valores
permanecan constantes y correspondan a los que Autodock estableca por defecto o a los recomendados por la
literatura.

Parmetros constantes:

Nmero de torsiones: es el nmero de enlaces de la molcula antiviral

con el mayor grado de libertad rotacional; para este caso, equivale a 8.

Nmero de runs: indica cuntos modelos se construirn durante el

docking. Se recomienda un mnimo de 50 para garantizar la validez del
cluster (a mayor nmero de runs, mayor precisin en el resultado).

Nmero de generaciones: en un foro de discusin recomendaban

mantener este nmero constante (27.000).

Spacing (Angstrom): se estableci, por defecto, en 0.4A

Centro de la Grid Box: se tom como referencia la coordenada

(45,40,105) del carbono gamma de la Arg155A de la protena viral, pues
se sabe que el aminocido es fundamental para la ruptura del enlace
peptdico. Tabla 1.
 Parmetros evaluados (variables):

La razn por la cual se escogieron los parmetros que a continuacin

se mencionan radica en la importancia que los usuarios les daban en
el foro de discusin oficial de AutoDock (FAQ).

Nmero de evaluaciones: se establecieron dependiendo del

nmero de torsiones en el ligando de acuerdo a la siguiente tabla:

Ntese que, para el caso de 8 torsiones, como el Danoprevir, el

intervalo sugerido para el nmero de evaluaciones es [250.000
25000.000]. En la Tabla 2, se observan los 3 valores que fueron
seleccionados para evaluar la incidencia de este parmetro sobre el
Tabla 2.
docking.

Tamao de poblacin: lo recomendado, segn un foro de discusin de AutoDock, es variar el tamao de

poblacin desde 150 hasta 300 con pasos de 50. En la Tabla 2 se muestran los valores escogidos para este
parmetro,

Mtodo de simulacin: en algunos artculos cientficos destacaban la importancia de ejecutar un docking a

travs de varios algoritmos, pues dependiendo del sistema trabajado la respuesta podra ser ms favorable de
acuerdo al mtodo usado. Por lo anterior, se decidi evaluar dos mtodos de
simulacin: el algoritmo gentico y el lamarkiano.

Tamao de la Grid Box: a travs de PyMol, se midieron las distancias ms largas

entre los tomos ubicados en los puntos extremos del antiviral, suponiendo que
la molcula se encontraba completamente extendida. Se obtuvo un tamao
aproximado de 25A x 18A x 9.6A para el largo, ancho y alto respectivamente.
Posteriormente, se determinaron tres posibles volmenes para la Grid Box
acorde a estas dimensiones, los cuales se encuentran reportados en la Tabla 2.

DISCUSIN DE RESULTADOS
Tabla 3.
 En la Tabla 3 se muestran los datos ms relevantes para cada uno de los dockings realizados. All, se presenta la
informacin de acuerdo a cada uno de los parmetros evaluados. A continuacin, se presenta la discusin para
cada uno de ellos.

Tamao de poblacin: se corri un total de dos dockings, para el primero se fij un tamao de poblacin de
150 mientras que para el segundo de 300. En la Tabla 3, se puede ver que los resultados no variaron
significativamente entre ambos, pues tanto el nmero de conformaciones con mnima energa, presentados en
el cluster, como la mnima constante de inhibicin difieren en menos del 6%. Por consiguiente, se recomienda
trabajar con un tamao de poblacin de 150, ya que presenta el menor tiempo de modelacin.

Mtodo de simulacin: los resultados de los dockings 2.1 y 2.2, presentados en la Tabla 3, muestran resultados
ms satisfactorios para el mtodo lamarkiano respecto al gentico; la razn de ello se ve reflejada en el cambio
de la energa libre de gibbs. Mientras que el algoritmo gentico genera sus mejores modelos, segn el cluster,
con una energa de enlace alrededor de -4.4Kcal, el mtodo lamarkiano genera el 60% de las conformaciones
con una energa mucho menor, equivalente al -10.6Kcal, sabiendo que, a menor energa mayor afinidad del
ligando por el receptor; de aqu, que se recomiende trabajar con el mtodo lamarkiano.

Nmero de evaluaciones: sin duda alguna, fue este parmetro el que mostr mayor efecto sobre el resultado
del docking, notndose que a mayor nmero de evaluaciones mejor prediccin para los modelos resueltos. No
obstante, el costo de correr el docking con un nmero de evaluaciones elevado radica en el tiempo de
modelacin, incrementado significativamente conforme el parmetro crece. Para el caso del Danoprevir, por
ejemplo, se alcanz una constante de inhibicin de 403.8pM, lo cual es excelente, con 250 millones de
evaluaciones energticas y un tiempo de modelacin de 24 horas (docking 3.3). Por otro lado, un aspecto muy
interesante que vale la pena destacar, es el hecho de que a medida que aumenta el nmero de evaluaciones
aumenta tambin la cantidad de modelos con una energa de enlace baja; garantizando como consecuencia,
que el xito de los resultados se atribuya a la seleccin correcta de los parmetros y no tanto al factor azar,
que, evidentemente, juega un papel muy importante en este tipo de procedimientos. (Ver Figura 1).

Figura 1. Cada diagrama representa el cluster para los dockings 3.1, 3.2 y 3.3 respectivamente. (Se recomienda hacer zoom a la imagen para detallar las
observaciones con mayor claridad).

Tamao de la Grid Box: se evaluaron tres volmenes para la Grid Box que se encuentran reportados en la Tabla
3. Ntese que, para el docking 4.3, las energas de enlace dieron positivas, lo que indica que el cambio en la
energa libre de Gibbs tambin lo es. En otras palabras, se dice que la unin entre el Danoprevir y la proteasa
viral es no espontnea. La razn de ello, probablemente, se debe a que el tamao de la caja es muy pequeo
como para abarcar el medicamento en su conformacin real, obligndolo a adoptar geometras que a nivel
termodinmico implican un gasto energtico muy elevado para llevarse a cabo de manera natural. Por otro
lado, no se encontr diferencias significativas entre los tamaos de 603 y 503 asignados para la Grid Box.
Finalmente, se concluye en la Tabla 4, cul sera la combinacin de parmetros recomendada para optimizar el
proceso de docking, en el programa AutoDock, para el sistema ligando-receptor: Danoprevir-Proteasa NS3/4A. Cabe
decir que, dichos resultados, fueron establecidos segn el anterior anlisis y se recomienda, para futuros trabajos,
optimizar an ms las variables.

Tabla 4.

Anlisis estructural de los dockings:

A continuacin, se presentan tres estructuras en 3D para el complejo Danoprevir - Protena Viral. La primera de
ellas, se extrajo del Protein Data Bank con el cdigo 4ktc y corresponde a la estructura resuelta por cristalografa,
la cual se tomar como referencia; para la segunda, se seleccion el mejor docking obtenido en AutoDock (docking
3.3 Tabla 3); y, finalmente, la tercera estructura se gener a partir del programa VINA.

Docking (Autodock) vs PDB (Referencia).

En la Figura 2, el sistema de la izquierda es el resultado de la prediccin del docking en Autodock; por otro lado, el
de la derecha corresponde a la interaccin real entre el Danoprevir y la proteasa que fue tomada como referencia.

Como se puede observar, la prediccin fue bastante precisa (Figura 3). En la Tabla 5, se comparan las distancias
entre las interacciones que presenta cada ligando con su respectiva protena, notndose que la mayora de ellas se
preservan. Sin embargo, se destacan dos diferencias importantes:

-El nitrgeno de la Gly137 en el PDB interacta con el oxgeno 49 del Danoprevir, mientras que en el docking
interacta con el oxgeno 50 del antiviral. La razn de ello se debe a la rotacin espacial del sulfato.

-En el docking, el Danoprevir presenta un puente de hidrgeno intramolecular (encerrado en un crculo), lo que
evita que esta regin del ligando pueda interactuar con otras regiones de la protena.

Figura 2

Figura 3
 Tabla 5. Comparacin entre las distancias de las interacciones de los residuos del sitio activo de la protena y el medicamento Danoprevir,
tanto para la referencia como para el docking.

Docking (VINA) vs PDB (Referencia)

Se generaron 20 modelos en Vina; de los cuales, se seleccion aquel que present menor energa de enlace (-
7.7Kcal). De acuerdo a los datos consultados en la literatura, este docking debera presentar mejores resultados
que AutoDock; sin embargo, en esta ocasin, se evidencia que no es as. Las mejores aproximaciones se obtuvieron
con AutoDock como se ha mostrado anteriormente.

Se evaluaron las interacciones entre el ligando, Danoprevir, y la proteasa del virus de la hepatitis C de la estructura
resuelta mediante el programa VINA. Los resultados no fueron satisfactorios pues, como se observa en la Figura 4,
los aminocidos del sitio activo como la Ser139, Gly137 y Ala157 no presentan ningn tipo de interaccin con el
medicamento. La nica interaccin que es posible destacar es el puente de hidrgeno que se forma entre el oxgeno
del grupo ceto de la Arg155 y uno de los hidrgenos del grupo ciclo-propil del antiviral. Por otro lado, en la Figura
5, se superponen las dos conformaciones del Danoprevir: la real y la predicha, notndose una semejanza
geomtrica relativamente baja.

Figura 4. Prediccin del docking del sistema Danoprevir-Proteasa con el

programa VINA. Figura 5.

COMENTARIOS

Comparando el sistema Danoprevir-Proteasa NS3/4A con el de mi compaera, Sofa Bustamante, quien trabaj
el mismo sistema, se analiz el estado de protonacin de la histidina 57 cerca del sitio cataltico. Se concluy,
segn el LigPlot, que el puente de hidrgeno formado por este aminocido y el medicamento se origina a travs
de un hidrgeno donado por la Danoprevir y aceptado por el nitrgeno de la histidina. Por tanto, en un estado
inicial, la histidina se encontraba desprotonada para as haber podido formar la interaccin antes mencionada.
De aqu, que no haya sido necesario configurar la protonacin del residuo de histidina en el comando de
AutoDock.
 La construccin del ligando utilizado en los dockings se realiz en el programa Avogadro, se consider relevante
asegurar que los enlaces no rotables de esta molcula coincidieran en su configuracin y distribucin espacial
con los presentados por el ligando original. Esto para garantizar que el docking solo estuviera influenciado por
la ubicacin de los enlaces rotables y no por la configuracin de la parte rgida de la molcula

BIBLIOGRAFA

Foro de discusin de AutoDock:

Morris, The Scripps Research Institute, our statistics and clustering are likely to b, 2008. [Online]. Available:
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/which-values-of-the-genetic-algorithm-parameters-do-you-normally-
use. [Accessed: 16-Nov-2016].