El mtodo ms ampliamente utilizado en biologa molecular para alinear conjuntos de secuencias

de nucletidos o aminocidos, consiste en construir una alineacin mltiple progresivamente (1-

2). Los grupos de secuencias ms estrechamente relacionados se alinean primero y luego estos
grupos se alinean gradualmente juntos, manteniendo las alineaciones precoces fijadas. Este
enfoque funciona bien cuando las secuencias estn suficientemente estrechamente relacionadas.

Sin embargo, no se puede garantizar una solucin globalmente ptima (o biolgicamente

significativa). En los casos ms difciles, donde muchas secuencias tienen <30% de identidad de
residuos, este mtodo automtico se vuelve menos fiable. Cualquier regin desalineada
introducida en etapas previas de la alineacin progresiva no se corregir ms tarde a medida que
se aada nueva informacin de otras secuencias. En esos casos,

Las alineaciones automticas necesitan ser refinadas, manualmente o automticamente.

Se han desarrollado numerosos editores de secuencias que permiten al usuario visualizar y hacer
manualmente o modificar una alineacin (por ejemplo, 3-7). Estos programas son tiles para hacer
refinamientos pequeos a una alineacin, pero la alineacin totalmente manual de un gran
nmero de secuencias no es factible. La alineacin manual tambin es altamente subjetiva, por lo
tanto, es al menos tan probable como el proceso de alineacin automtica para dar lugar a errores
en la alineacin.

La interfaz CLUSTAL X se ha escrito para proporcionar un entorno en el que el usuario puede

realizar mltiples alineaciones, ver los resultados y, si es necesario, afinar y mejorar la alineacin.

Herramientas para el anlisis de calidad de alineacin han sido desarrolladas que permiten al
usuario destacar las regiones de baja puntuacin en la alineacin. Las opciones estn disponibles
para corregir estas regiones de baja puntuacin realineando una alineacin desalineada secuencia
o una regin seleccionada de una alineacin.

En anteriores programas CLUSTAL (8-11), mens de texto anidados proporcion todas las opciones
para realizar mltiples alineaciones de secuencia / perfil y la simple generacin de rboles
filogenticos. Las alineaciones de salida fueron escritas en un archivo para su visualizacin,
impresin o manipulacin adicional.

Con estos sencillos mens, los programas CLUSTAL podran ser altamente porttil, y funcionan en
esencialmente todas las computadoras. La portabilidad ha sido un factor importante en el uso
generalizado de la serie CLUSTAL alineacin de secuencias. Por otro lado, mucho ms atractivo y
poderosas interfaces de usuario pueden ser construidas utilizando ventanas no porttiles
sistemas.

El kit de desarrollo de software NCBI (versin 1.8, Centro de Informacin Biotecnolgica,

Bethesda, MD) proporciona una solucin al problema de la portabilidad de las ventanas. Interfaces
entre el cdigo de aplicacin y varios sistemas de ventanas del sistema X Window, las ventanas
Macintosh y Microsoft Windows. Hemos hecho uso del kit de herramientas para proporcionar un
interfaz de Windows, denominado CLUSTAL X.