BiochimicaMatricoledispari1

Biochimica Matricole dispari 1^

lezioneProf.Spina
p

LA BIOCHIMICA
LABIOCHIMICA
1520miliardidiannifaluniversocomparvesottoformadieruzioni
l d d f l f d
inimmaginabilidiparticelesubatomichericchedienergiaecalore.
HeHesiformarononeiprimisecondi;conilprogressivoraffreddamentoi
p ; p g
materialisicondensavanosottolinfluenzadellagravitgenerandole
stelle.Alcunestellediventaronoenormiedesploserocomesupernove,
rilasciando lenergia
rilasciandol energiachedeterminlacondensazionedeinucleidegli
che determin la condensazione dei nuclei degli
elementisempliciinelementicomplessicheinmiliardidiannigenerarono
lacomplessitodierna.Circa4miliardidiannifasioriginlavita,piccoli
organismi capaci di estrarre energia dai composti organici e dalla luce e
organismicapacidiestrarreenergiadaicompostiorganiciedallalucee
operaremutazioninellaformamolecolaredeicompostiorganicichenel
tempogeneraronomolecolesemprepicomplesse,lebiomolecole.
Labiochimicasichiedecomelediversemigliaiadibiomolecole
interagiscanotradiloroconferendoagliesseriviventicaratteristiche
uniche.DaLeheninger:IprincipidiBiochimica.
g p p

WWW.SUNHOPE.IT
 STRUTTURA E FUNZIONE
DELLE PROTEINE

Le PROTEINE sono i biopolimeri maggiormente presenti all allinterno

interno delle
cellule, dal momento che costituiscono dal 40 al 70% del peso secco.

Svolgono funzioni biologiche di fondamentale importanza e possono essere

divise in 7 gruppi principali:

SOSTEGNO proteine strutturali (collagene, cheratina, elastina, fibroina)

CATALISI (enzimi)

TRASPORTO ((emoglobina,
g , albumina,, lipoproteine,
p p ,pproteine di membrana))

ORMONI proteine regolatorie (es. insulina e glucagone)

DIFESA proteine di protezione (anticorpi, trombina)

MOVIMENTO proteine contrattili (actina, miosina)

RISERVA (ovoalbumina, caseina)

ATTACCO (tossine batteriche, veleni dei serpenti)

WWW.SUNHOPE.IT
Le proteine sono Ligando
biomolecole in grado di
comunicare tra di loro e
con altre molecole.
Le relazioni possibili sono
alla base della scelta dei Falso Ligando
partner e della Falso Ligando
costruzione dei
pathway.
Il profilo di superficie
determinato dalle catene
laterali degli aa. alla
base di questa propriet

Esempi di modalit di interazione

ALLOSTERIA (ad es
es. nei recettori
recettori, nei canali ionici
ionici,
nella contrazione).

MOVIMENTO (ad
( d es. il colpo
l generato
t dalla
d ll miosina
i i a
seguito dellazione ATPasica delle 2 teste, e
dellactina che dopo il legame con lATP polimerizza
consentendo alla miosina di attaccarsi)

TRASFORMAZIONE (Gli Enzimi che trasformano il

ligando Substrato in Prodotto)

FOSFORILAZIONI ((legame
g covalente con il ligando
g
PO4 che
h modifica
difi lla struttura
t tt e quindi
i di lle iinterazioni
t i i
successive)

WWW.SUNHOPE.IT
 PROTEINE

Formaefunzione

Strettacorrelazionefraformae
funzione delle proteine
funzionedelleproteine

laconformazionetridimensionale
che conferisce alla proteina
checonferisceallaproteina
l'attivitbiologicaspecifica

La caratteristica
Il dogma centrale della genetica
distintiva di ogni Espressione genica
Espressionegenica.
proteina la
particolare sequenza
di aminoacidi ungeneunaproteina
i

WWW.SUNHOPE.IT
 PerIniziarecioccuperemodellorganizzazione
p p g
strutturaledelleproteinelepigrandi
molecolefinoraincontrate.
CLASSIFICHIAMOLE
LeproteinepossonoessereFibroseeGlobulari

Le proteine di sostegno e alcune di

ll contrattili
quelle l hhanno una fforma
fibrosa

Sono costituite da catene polipeptidiche

allungate, disposte in fasci lungo uno stesso
asse a costituire le fibre
Sono insolubili in acqua

Gli enzimi, gli anticorpi e le proteine di

trasporto hanno invece una forma
globulare

Le catene sono strettamente avvolte in

forma compatta, sferica o globulare, come
un gomitolo
Sono solubili in acqua

WWW.SUNHOPE.IT
 La struttura delle proteine ne
determina la funzione
Le proteine costituiscono il 40-70% del peso secco di una
cellula
Le proteine sono singole catene, non ramificate di monomeri amino
acidici
Nellorganismo umano ne sono presenti centinaia ma solo 20
compongono
p g le p
proteine .
Per la sintesi di una proteina devono essere presenti tutti
contemporaneamente
La sequenza
q degli
g amino acidi di una proteina
p responsabile
p della sua
struttura tridimensionale
idi i l ((conformazione)
f i )
A sua volta, la struttura di una proteina ne determina la funzione

Tutti g
gli amino acidi hanno la stessa
struttura generale ma ciascuno differisce
per il gruppo R

WWW.SUNHOPE.IT
WWW.SUNHOPE.IT


Zwitterion

Glicina.Unicoaa.con2sostituentialC identici(2H)

WWW.SUNHOPE.IT
 Enantiomeri:molecolenonsovrapponibiliimmagini
speculari

WWW.SUNHOPE.IT
ConvenzionediFischerperdescrivere
molecoleconcentrichiralici,siusala
gliceraldeide per confrontare
gliceraldeideperconfrontare.

Isomeria,stereoisomeria,
enantiomeri

WWW.SUNHOPE.IT
Il potererotatorio lamisuradell'attivitottica diunasostanza,quest'ultimarappresentala
proprietdiruotareilpianodivibrazionedella lucepolarizzata posseduta
dai composti
p otticamenteattivi.Dalpuntodivista
p otticorappresentauncasoparticolare
pp p
di birifrangenza dovutaaldiverso indicedirifrazione dellecomponentidestrogiraelevogira
dellalucelinearmentepolarizzata.
Lacondizionenecessaria manonsufficiente affinchvi
siaattivitotticachelamolecolasia
i tti it tti h l l l i chirale,cioessa
hi l i
nondeveesseresovrapponibileallasuaimmagine
speculare
Unasostanzacapacediruotareilpianodivibrazionedella
l
lucepolarizzatainsensoorario(dasinistraadestra)
l i t i i (d i i t d t )
detta destrogira,mentreunasostanzaingradodiruotare
talepianoinsensoantiorariodetta levogira

Ilpolarimetrodi
Il l i di
Laurent

AmminoAcido
Dopoavervalutateleproprietotticheespazialidegliaminoacididefiniamoil
l l h l d l d d f l
comportamentodiquestafamigliamolecolarechehasiaungruppoacidocheunobasico,
allevariazionidipH

WWW.SUNHOPE.IT
 H

FormaIIpHintornoa
FormaIpH<2
neutralit

FormaIIIpH>7

EquazionediHendersonHasselbach

HAH++A
[ac.debole][protone][baseconiugata]
Costdidiss.

Ka=[H+][A ]
[HA]
Risolvendoper[H],considerandoillogdientrambei,membridelleq.
Ri l d [H] id d il l di t b i b i d ll
moltiplicandoliper1esostituendoillogconpHepKarispettivamente:

pH=pKa+log[A
pH pKa + log[A]
[ ]
[HA]

WWW.SUNHOPE.IT
 Tamponediacidoaceticoeacetatopk:4,8;poteretamponetra3,8
e4,8,massimaapH4,8.

Latitol.diuna.puessereconsideratasimileaquellaperlac.acet.,magliaa.
presentanoduegruppifunzionalidissociabili,ilcarbossilicoelamminico.ApHacido
la.nellaformaI,collaumentaredelpHilcarbossilesidissociainformacarbossilato
sigeneraunozwitterione(formaII),chedarlaformaIII,adunpHmoltomaggiore,
infattiilgruppoNH3unacidodebole.

K1=[H+][II]
[I]
[II]
pH=pK1+log
[I]
WWW.SUNHOPE.IT
WWW.SUNHOPE.IT
WWW.SUNHOPE.IT
WWW.SUNHOPE.IT
 P.Champe,R.Harvey,D.R.Ferrier,LEBASI
DELLABIOCHIMICA,Zanichelli Editore
S.p.A. Copyright 2006

P.Champe,R.Harvey,D.R.Ferrier,LEBASI
DELLABIOCHIMICA,Zanichelli Editore
S.p.A. Copyright 2006
WWW.SUNHOPE.IT
 P.Champe,R.Harvey,D.R.Ferrier,LEBASIDELLA
BIOCHIMICA,Zanichelli Editore S.p.A.
Copyright 2006

degradazionedelle
proteine
alimentari

Usometabolico
delloscheletro
carboniosodellaa.

P.Champe,R.Harvey,D.R.Ferrier,LEBASIDELLA
BIOCHIMICA,Zanichelli Editore S.p.A.
Copyright 2006

WWW.SUNHOPE.IT
 Le proteine sono macromolecole costituite
d ll i
dallunione di un grande
d numero di uniti
elementari: gli amminoacidi (AA)
Sebbene in natura esistano pi di 300
amminoacidi, soltanto 20 sono incorporati
p
nelle proteine dei mammiferi poich sono gli
unici codificati dal DNA
La caratteristica strutturale comune a
tutte
u proteine di essere dei p
le p polimeri
m
lineari di amminoacidi
Ciascuna proteina ha per una propria
struttura tridimensionale che la rende
capace di svolgere specifiche funzioni
biologiche

WWW.SUNHOPE.IT
 Struttura degli amminoacidi
Ogni amminoacido (eccetto la prolina)
possiede un carbonio centrale
centrale,
chiamato carbonio D(chiralico), al
quale
l sono legati
l ti quattro
tt diff
differentiti
gruppi:
un gruppo amminico basico (-NH2)
un gruppo carbossilico acido ((-COOH)
COOH)
un atomo di idrogeno
g (-H)
una catena laterale, diversa per
ciascun amminoacido (-R)

WWW.SUNHOPE.IT
 Gliaminoacidi

Anatomiadiunamminoacido.Adeccezionedellaprolinaedeisuoiderivati,tuttigli
amminoacidi che si trovano comunemente nelle proteine possiedono questo tipo di struttura.
amminoacidichesitrovanocomunementenelleproteinepossiedonoquestotipodistruttura.

Tutti gli amminoacidi (tranne la glicina) hanno

l
latomo di carbonio
b i D legato
l a quattro gruppii
diversi: il carbonio D ((asimmetrico)) qquindi
un centro chiralico o otticamente attivo

Gli amminoacidi che hanno un centro

asimmetrico nel carbonio Dpossono esistere
in due f
forme
m speculari
p (D ed L) dette
stereoisomeri, isomeri ottici o enantiomeri

Le p
proteine contengono
g solo L- amminoacidi

WWW.SUNHOPE.IT
 Gliaminoacidinaturalie,inparticolare,quellichecostituisconole
l d l l ll h l
proteine,appartengonotuttiallaserieL.Gidatempoperaminoacidi
dellaserieDsonostatiriscontratiinnatura,inparticolarenei
microrganismi,inalcuniinsetti,negliinvertebratimarini,nellepiante
superiorie,ultimamente,ancheneimammiferi.Recentiricerchein
mutantiditopoprividiDaminoacidoossidasihannoinfatticonfermatola
p p
presenzaneitessutideimammiferidiDaminoacidiinquantitsuperioria
quellestimateprecedentemente.
Gli aminoacidi della serie D possono anche formarsi in seguito alla cottura
GliaminoacididellaserieDpossonoancheformarsiinseguitoallacottura
deglialimentioatrattamentitecnologici.LacapacitditrasformareiD
aminoacidinellaformaLinvecespeciespecifica:nell'uomosololeforme
D della metionina e della fenilalanina possono essere convertite nelle
Ddellametioninaedellafenilalaninapossonoessereconvertitenelle
formeLcorrispondenti.

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

WWW.SUNHOPE.IT
 Quando un amminoacido viene sciolto in
H2O diventa uno ione dipolare
(zwitterione) che pu agire sia come
acido
id (donatore
(d t di protoni)
t i) che
h come
base (accettore di protoni)
Le sostanze che hanno questa doppia
natura si definiscono anftere o anfoliti.
Al pH fisiologico (valore attorno a 7,4)
tutti gli amminoacidi hanno:
il gruppo carbossilico dissociato,
si forma lo ione negativo carbossilato
((-COO
COO-)
il gruppo amminico protonato (-NH3+)

Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

WWW.SUNHOPE.IT
 Oltre alla parte funzionale, comune a tutti,
ogni amminoacido presenta un gruppo -R R
proprio

La natura del gruppo -R

R conferisce propriet
diverse a ciascun amminoacido

Punto isoeletrico (pI): il valore di pH al

quale un amminoacido ha carica netta 0 cio
elettricamente neutro
Il pI una caratteristica di ogni singolo
amminoacido

Nelle proteine quasi tutti i gruppi carbossilici

e amminici degli amminoacidi sono uniti in
legami peptidici

Le propriet di ciascun amminoacido dipendono

dalle catene laterali (-R) che sono i gruppi
funzionali responsabili della struttura
struttura, delle
funzioni e della carica elettrica delle proteine

Ci che sostanzialmente determina il ruolo di

un amminoacido in una proteina la natura
della catena laterale (-R)
( R)

WWW.SUNHOPE.IT
 Gli amminoacidi possono essere classificati in
base alle propriet delle loro catene laterali
(-R), considerando la loro polarit o non
polarit
l all pH
H fisiologico
f l e quindi
d lla tendenza
d
ad interagire
g con lacqua
q

Gli amminoacidi con catene laterali cariche

cariche,
idrofiliche, sono generalmente esposti sulla
superficie
fi i ddelle
ll proteine
i

I residui idrofobici, non polari, si trovano in

genere all
allinterno
interno delle proteine,
proteine protetti dal
contatto con lacqua

Amminoacidi con gruppi -R alifatici

(non polari)
Glicina,, alanina,, valina,, leucina,, isoleucina,, metionina,,
prolina.
Le loro catene laterali sono costituite da una catena
idrocarburica satura: sono idrofobici.
La metionina uno dei due amminoacidi contenenti
zolfo.
L prolina
La li ha h una caratteristica
tt i ti struttura
t tt add anello,
ll
formato dalla catena laterale e dal suo gruppo
amminico,
i i e diff
differisce
i d
dagli
li altri
lt i amminoacidi
i idi
perch contiene un gruppo imminico (R-NH-R).
E solo moderatamente polare.
WWW.SUNHOPE.IT
Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Amminoacidi con gruppi -R

aromatici
Fenilalanina, tirosina, triptofano
Le loro catene laterali sono aromatiche
Sono relativamente non polari (idrofobici)
Possono partecipare tutti ad interazioni
idrofobiche
f
I gruppi -OH della tirosina ed NH del
triptofano possono formare legami a idrogeno

WWW.SUNHOPE.IT
 Amminoacidi aromatici
ionizzabile Nonpolare Nonpolare

Amminoacidi con gruppi -R polari,

non carichi
Serina, treonina, cisteina, asparagina, glutammina
Sono
n ppolari m n condizioni
ma in n z n ffisiologiche
g n p
sono privi di
carica elettrica.
I loro gruppi -RR sono pi idrofilici di quelli degli AA
non polari: contengono gruppi funzionali che formano
legami idrogeno con llacqua.
acqua.
La polarit di serina e treonina dovuta al gruppo
( OH), quella della cisteina al gruppo
ossidrilico (-OH)
sulfidrilico (-SH), quella di asparagina e glutammina ai
gruppi ammidici ((-CONH
CONH2), dove sia la porzione
carbonilica che quella amminica possono entrare in
g
gioco.

WWW.SUNHOPE.IT
 Amminoacidi con gruppi -R carichi
positivamente (basici)

Lisina
Lisina, arginina,
arginina istidina
Sono accettori di protoni
Le loro catene laterali, contenenti gruppi
amminici, a ppH fisiologico
g sono ionizzate
ed hanno carica positiva
L istidina debolmente basica (pKa = 6
Listidina 6,0)
0)
ed a pH fisiologico lamminoacido libero
in gran parte non ionizzato; quando si
trova incorporata in una proteina pu
recare una carica positiva o essere
neutra (propriet molto importante!)
WWW.SUNHOPE.IT
 Struttura degli
g amminoacidi

Amminoacidi polari con carica

Sidispongonoallesterno
della molecola proteica a
dellamolecolaproteicaa
contattoconilsolvente

WWW.SUNHOPE.IT
 Amminoacidi con gruppi -R carichi
negativamente
i ( idi)
(acidi
Acido aspartico, acido glutammico.

Sono donatori di protoni.

p

I gruppii carbossilici
b ili i d
delle
ll lloro catene
t
laterali, al pH fisiologico, sono ionizzati ed
hanno carica negativa.

PROTEINE ACIDE E BASICHE

Le proteine nelle quali il rapporto:

(6lys +6arg )/(6asp +6glu )>1sono basiche.

Quando tale rapporto

(6lys +6arg )/(6asp +6glu )<1sono acide.

WWW.SUNHOPE.IT
 Strutturadegliamminoacidi

Amminoacidi con caratteristiche particolari

WWW.SUNHOPE.IT
Champe et al., Le basi della biochimica, Ed. Zanichelli

Dal punto di vista biochimico gli

amminoacidi si possono classificare in:
Essenziali: quegli AA che una determinata specie
non in
n grado
gra o di ssintetizzare
nt t zzar (o li ssintetizza
nt t zza in
n
quantit non sufficienti *);
- devono essere introdotti con la dieta
- Phe, Val, Thr, Try, Ile, Met, Leu, Lys, His*, Arg*
(* sono necessarii nella
ll dieta
di t solo
l d
durante t llo stadio
t di
giovanile di crescita)

Non essenziali: q
quegli
g AA che una determinata
specie in grado di sintetizzare.
WWW.SUNHOPE.IT
 Glucogenici: tutti gli AA dal cui catabolismo
otteniamo acido piruvico o un intermedio del ciclo di
Krebs e che quindi possono essere utilizzati per
riformare glucosio (Asp,
(Asp Glu
Glu, Asn,
Asn Gln,
Gln His,
His Pro,
Pro Arg,
Arg
Gly, Ala, Ser, Cys, Met, Val).
Chetogenici: gli AA dal cui catabolismo otteniamo
acetilCoA o acetoacetilCoA, che quindi non possono
essere utilizzati per riformare glucosio (leucina e
lisina).
Sia
Si chchetogenici
t nici ch
che glucogenici:
luc nici: dal
d l lloro
catabolismo otteniamo acido piruvico o un
intermedi del cicl
intermedio ciclo di Krebs,
Krebs oltre
ltre che acetil CCoA
Ao
acetoacetilCoA (Phe, Tyr, Trp, Ile, Thr).

WWW.SUNHOPE.IT