27:18
Sobre el concepto de especie en Microbiologa
Ramon Rosell-Mora
Molecular Ecology Group. Max-Planck Institute for Marine Microbiology.
Celsiusstrass 1, 28359 Bremen. Alemania.
E-mail: rrossell@mpi-bremen.de
P ap, cuantos pelos tenemos en la cabeza?
Vaya pregunta! Qu contestar? Una
barbaridad? Decirle que estas cosas no se
preguntan? La respuesta, me imagino, depender
d e l a c a p a c i d a d de improvisacin de cada
progenitor, pero probablemente no ser capaz de
contestarla correctamente.
En la misma situacin nos encontramos
frecuentemente los microbilogos cuando se nos
pregunta por el nmero total de especies de
procariotas sobre la tierra. Muchas, pero
muchas muchas, o slo muchas? Especie, entre
otras, es una de las unidades ms utilizadas para
medir biodiversidad, algo que est tan de moda
ltimamente. En todos los intentos realizados
para medir la diversidad total de organismos en la
tierra parece que los microbilogos estamos en
desventaja. El total de casi 5000 especies de
microorganismos clasificadas hasta el momento
es irrisorio si lo comparamos con el casi un milln
de especies de insectos catalogadas. Y es que
estos nmeros, que todos los microbilogos
sabemos que son fruto de un sesgo, juegan
un papel primordial a la hora de repartir los
royalties que genera el negocio de la biodiversidad.
Se ha calculado que en la biosfera se encuentran
un total de 4 a 6 1030 clulas procariotas, y que
el total de su biomasa protoplasmtica supera con
creces la supuesta para eucariotas. Lo ms curioso
del asunto es que el 90% de los procariotas habitan
en el subsuelo, y por tanto, el 10% restante lo
conforman todos aquellos que se encuentran
habitando suelos, sedimentos, masas de agua,
aire, y los parsitos, simbiontes y comensales de
eucariotas; en fin, los que centran nuestro inters.
Existiendo tal nmero de procariotas es de
esperar, tal y como lo demuestran indirectamente
los estudios realizados mediante tcnicas
moleculares, que el nmero de especies sea enorme.
Diversos clculos llevados a cabo por algunos
eclogos apuntan a que tirando por lo b a j o
existiran un total de 109 especies de procariotas.
Y consideran este nmero una infravaloracin de
la verdadera diversidad, debido a que el concepto
actual de especie en microbiologa puede ser
demasiado general.
Qu importan uno, dos o incluso tres rdenes existe unanimidad. Hasta el momento se han
Actualidad
de magnitud en el clculo, si no somos capaces de
ponernos de acuerdo sobre cual es nuestra
unidad de referencia? Y es que al ojear la literatura
parece que los microbilogos eclogos hablan de
peras cuando los taxnomos hablamos de manzanas.
Lo que ocurre es que tenemos bsicamente dos
problemas: uno, que pocos son los microbilogos
no taxnomos que entienden cual es el concepto
de especie que hemos diseado; y dos, que los
taxnomos estamos asistiendo a un perodo de
incertidumbre y desacuerdo sobre como definimos
una especie.
Los taxnomos tenemos como misin el generar
un cdigo de comunicacin entre cientficos que
facilite el intercambio de conocimientos. Este cdigo
tiene que ser til en todos los mbitos en que se
desarrolla nuestra especialidad, y no tiene que
responder solamente a las necesidades especficas
de algunos. Taxonoma es el estudio terico de la
clasificacin de los organismos, incluyendo sus
bases, principios, procedimientos y reglas.
El sistema que se genera tras la aplicacin de sus
fundamentos tericos es el esquema de clasificacin
o simplemente, 'la clasificacin'. Creo que es
importante entender que siempre ser artificial, a
pesar de que existe la tendencia de reflejar de una
manera lo ms fiel posible las relaciones de
parentesco entre organismos. Sera ideal contar
con un sistema de clasificacin vlido para todos
los seres vivos, y que por tanto nos permitiera
poder establecer comparaciones entre eucariotas
y procariotas, algo que hasta la fecha no es posi-
ble. Los niveles jerrquicos supraespecficos
(gnero, familia, orden, clase...) son entidades
abstractas que pueden ser comparadas con las
establecidas para eucariotas. Las especies, sin
embargo, son entidades prcticas y los requi-
sitos p a r a s u circunscripcin dependen del tipo
de concepto adoptado en cada uno de los
esquemas de clasificacin (biolgico, fentico,
evolutivo...).
La taxonoma se debate entre los fundamentos
tericos filosficos y el pragmatismo. Y aqu es
donde encontramos la mayora de los problemas,
al querer definir qu es una especie Qu bagaje
terico tiene que tener el concepto de especie? No

Actualidad
conseguido establecer unos 22 conceptos distintos
de especie. Entre ellos existe toda una gradacin
que va desde el puro pragmatismo y ausencia de
carga terica, el concepto fentico de especie, a un
concepto puramente terico de difcil aplicacin
universal, el concepto evolutivo de especie. La
polmica sobre cul es el concepto de especie a
adoptar afecta predominantemente a los esquemas
de clasificacin de eucariotas, para los cuales el
tradicional concepto biolgico de especie (aquella
poblacin de organismos capaces de intercambiar
material gentico con descendencia frtil y que
sufre un aislamiento reproductivo, debido a
causas como el reconocimiento de pareja, la
infertilidad o el aislamiento geogrfico) parece
resultar cada da ms impracticable.
Los microbilogos estamos relativamente alejados
de la polmica filosfica que gira en torno al
concepto de especie. La razn principal hay que
buscarla en las caractersticas intrnsecas de los
microorganismos. La simplicidad morfolgica, la
ausencia de ciclos ontognicos, la ausencia de un
registro fsil til, entre otros aspectos, han hecho
que el estudio de las relaciones de parentesco
entre microorganismos sea una tarea ardua,
subordinada al desarrollo de tcnicas de anlisis.
Tal es as, que durante el presente siglo el
concepto de especie para procariotas, y por tanto
el esquema de clasificacin, se ha ido modificando
a medida que han ido evolucionando los mtodos
de obtencin de informacin. Todos podemos coin-
cidir en que hoy en da la microbiologa es una de
las disciplinas tcnicamente ms avanzadas, y
que por ello podemos obtener un volumen enorme
de informacin sobre nuestros microorganismos,
tanto de su fenotipo como de su genotipo. El
establecimiento de relaciones de parentesco
entre microorganismos se realiza tras el anlisis
de todos los datos obtenidos en un estudio que
todos conocemos como taxonoma numrica, y
que permite el manejo de grandes cantidades de
informacin.
Es muy importante entender el significado de
los tipos de relaciones que se generan tras los
anlisis de taxonoma numrica. Tenemos
bsicamente dos posibilidades para el establecimiento
de relaciones:
1. Relaciones fenticas
Muy frecuente es la errnea confusin entre
fentico y fenotpico. Las relaciones fenticas
estn basadas en la comparacin del nmero
mayor posible de caracteres independientes (tanto
fenotpicos como genotpicos), a los que en general
se les atribuye el mismo peso. La unidad de medida
27:19
es el porcentaje de similitud o disimilitud, y tras el
anlisis se produce una agrupacin de los
individuos en funcin de sus semejanzas. Los
resultados se suelen expresar en forma de
dendrogramas. De la topologa de estos rboles no
se puede deducir ningn tipo de relaciones evolu-
tivas ni filogenticas. No se puede, por ejemplo,
hablar de lneas de descendencia, ya que los
nodos en el dendrograma no indican ningn tipo
de evento en la historia de la evolucin, sino tan
slo puntos de agrupacin por similitud. Este tipo
de tratamiento es un fallo frecuente entre
investigadores que debe evitarse, ya que puede
generar conclusiones falsas. Los estudios fenti-
cos son frecuentes en anlisis fenotpicos, anlisis
de patrones electroforticos de ADN (Ribotyping,
RFLP, PFGE, ARDRA, ERIC, RAPD...), en
Multilocus Enzyme Electrophoresis (MLEE), etc.
2. Relaciones cladsticas.
Se trata bsicamente de inferir relaciones de
ascendencia-descendencia entre organismos.
Este tipo de anlisis se basa en la existencia
previa de un modelo de evolucin de caracteres
homlogos. En microbiologa las relaciones
cladsticas se basan generalmente en la comparacin
de secuencias genmicas, y el gen que codifica el
ARN ribosmico 16S es el ms utilizado. Sera
ideal poder expresar estas relaciones en unidades
de tiempo. Sin embargo, la falta de un registro
fsil til no permite dar una dimensin temporal a
los resultados de los anlisis cladsticos en
p r o c a r i o t a s . Los resultados se expresan en
porcentaje de similitud o identidad de secuencias,
y nunca en porcentajes de homologa. Dos genes o
caracteres son homlogos o no, pero no existe
n i n g u n a gradacin. De los resultados de un
anlisis cladstico de secuencias de genes
homlogos se produce un rbol o cladograma
que es fundamentalmente la reconstruccin de
las relaciones genealgicas o filogenticas entre
stos, y los nodos representan puntos de
diversificacin. Se supone que el anlisis del gen
del ARNr 16S r e f l e j a l a f i l o g e n i a d e l o s
microorganismos, al asumir que su tasa de
mutacin es muy baja, ya que se encuentra
bajo una fuerte presin conservadora. Con
los resultados de este tipo de anlisis no podemos
hablar de evolucin de microorganismos, ya que
nada nos indica la trayectoria evolutiva de un
organismo, sino tan slo la afiliacin filogentica
de un organismo o secuencia con respecto a otros.
En resumen, este anlisis nos indica el camino
seguido, pero no lo que ha ocurrido durante
ese camino.
27:20
U na vez aclarados estos puntos, podemos
discutir cual es el tipo de concepto de especie
que podemos adoptar en microbiologa. Existen
bsicamente tres conceptos que se consideran,
entre los filsofos, como los ms adecuados para
servir como conceptos universales:
Concepto evolutivo de especie: Es el concepto
con ms carga terica, y se basa en la definicin
de especie como una lnea de desarrollo, donde se
puede reconocer una trayectoria evolutiva.
Concepto fentico de especie: Es el concepto
ms pragmtico y con menos carga terica; se
concibe la especie como una unidad basada en el
grado de semejanza entre los organismos que lo
conforman.
Concepto filogentico de especie: Algo cargado
de teora, se basa en el reconocimiento de grupos
monofilticos que se pueden definir por un nmero
determinado de caracteres, en principio
autapomorfos (nicos y exclusivos del taxn).
N o podemos conocer, hasta ahora, una
trayectoria evolutiva de los microorganismos,
y adems el ARNr 16S carece de resolucin
cuando tratamos de circunscribir una especie
procariota tal y como est en este momento
concebida. Por tanto, slo podemos adoptar el
concepto fentico de especie para procariotas.
Puede resultar sorprendente, pero el concepto
que en este momento est aceptado para
procariotas es puramente fentico. La especie
procariota est circunscrita por la combinacin de
un buen nmero (desgraciadamente, hoy la
tendencia es la de minimizarlo) de caracteres
independientes, tanto fenotpicos como genotpicos.
Es lo que entre los microbilogos se conoce como
especie polifsica (fruto de un estudio taxonmico
polifsico) que no es ms que un sinnimo
inadecuado de concepto fentico o polittico de
especie. La presente circunscripcin de especie
resulta ms del empirismo que de una discusin
filosfica de lo que debe significar esta unidad. Y
creo que por este motivo hemos diseado
una unidad pragmtica que carece de una base
terica significativa. Es por tanto el mejor concepto
que hemos podido disear, y resulta vlido (siempre
con limitaciones) en todos los mbitos de la
microbiologa.
U na especie procariota es aquel grupo de
organismos que muestran un elevado grado
de similitud global, y que se diferencian conside-
rablemente de otros grupos relacionados con
respecto a muchos caracteres fenotpicos y
genotpicos independientes. Las fronteras de
especie se estn demarcando bsicamente en
funcin del grado de similitud genmica que se
Actualidad
obtiene por hibridaciones ADN-ADN. Los resultados
de este anlisis se expresan en porcentaje de
hibridacin (RBR) o en diferencias en grados cent-
grados de temperatura de fusin homlogo-hbri-
do (Tm). Es importante entender que sta es una
medida indirecta de la semejanza de secuencia entre
genomas, y que para que dos ADN muestren un
mnimo grado de hibridacin es necesario que
ambas secuencias compartan al menos un 80% de
identidad. Por tanto, entre 0 y 100% de similitud
se distribuyen genomas que comparten entre el 80
y el 100% de identidad en las secuencias. De
forma emprica se ha observado que una especie
procariota agrupa organismos con una similitud
interna superior al 70% de RBR o inferior a 5C de
Tm. Sin embargo, es muy importante tener en
cuenta que estos lmites numricos no son
absolutos, y que pueden oscilar entre 50%
RBR ( 9C Tm) y 80% RBR ( 3C Tm). Es por
tanto un error intentar forzar la clasificacin de
especies nuevas utilizando el 70% de RBR (o 5C
Tm) o reclasificacin de especies son, adems de
los datos de hibridacin ADN-ADN, el reconocimiento
de un fenotipo caracterstico e identificativo del
grupo en cuestin, as como encontrar una
coherencia con otros datos genotpicos (por ejem-
plo el contenido G+C).
La secuencia del ARNr 16S es un parmetro
adicional que aporta informacin importante. La
obtencin de estas secuencias es una tarea
relativamente fcil y barata, y probablemente sea
imprescindible para futuras clasificaciones de
procariotas. El mayor problema, que no voy a
discutir aqu, es la confeccin de los rboles que
expresan la afiliacin filogentica de una secuencia
determinada. La reconstruccin filogentica no es
un trabajo sencillo, ya que requiere de la realizacin
de diversos clculos con distintos algoritmos y
variaciones en el nmero y tipos de secuencias. Es
recomendable el asesoramiento por un experto en
reconstrucciones filogenticas si uno no est muy
acostumbrado a este tipo de anlisis, ya que
puede llevar fcilmente a conclusiones errneas.
La afiliacin filogentica de un organismo nos
aclara datos, como el parentesco de ste con otros
organismos ya secuenciados, as como la
naturaleza monofiltica de los taxones que uno
analiza. Sin embargo, la informacin que contiene
este gen es limitada, y se encuentra en el umbral
de resolucin en la circunscripcin de una especie
procariota. Podemos encontrar variaciones
sorprendentes en la secuencia de organismos
pertenecientes a una misma especie, as como
especies claramente distintas con secuencias
prcticamente idnticas. No es posible establecer

Actualidad
unos valores numricos de similitud de secuencias
d e A R N r 1 6 S c o m o frontera de una especie
bacteriana.
Por tanto, para la clasificacin de una especie
bacteriana nueva es necesario disponer al menos
de un fenotipo identificativo del grupo de cepas en
cuestin, del grado de similitud genmica interna
y al menos con las cepas tipo de las especies ms
cercanas, as como disponer del grado de
oscilacin interno del porcentaje G+C. Al disponer
de la secuencia del ARNr 16S podemos conocer la
posicin de los organismos en un esquema de
relaciones genealgicas, as como identificar
cuales son los taxones ms cercanos. La des-
cripcin ideal es aquella que se realiza con un
nmero significativo de cepas, y en la que se
aporta el mayor nmero de datos posible, tanto
fenotpicos como genotpicos, y en la cual queda
patente que este grupo se trata de una unidad
coherente, aislada del resto de organismos conocidos.
M e gustara recomendar una serie de pautas a
seguir cuando uno quiere clasificar una especie
nueva. stas son:
1. Hacer un esfuerzo por disponer de un
nmero adecuado de cepas del taxn en estudio.
Es recomendable evitar, aunque a veces imposi-
ble, la descripcin de una especie basndose en
una sola cepa. Ello puede provocar dificultades
en la identificacin de futuros aislamientos.
2. Reconocer, mediante la afiliacin filogentica y
las caractersticas fenotpicas, los taxones ms
cercanos y utilizar al menos las cepas tipo de
stos en los anlisis taxonmicos.
3. No ceirse exclusivamente a los valores de 70%
de RBR (o 5C Tm) para la circunscripcin de
una especie. Comprender que sta puede estar
compuesta por distintos grupos genmicos (a los
que llamamos genomovares) que no necesa-
riamente deben ser clasificados como espe-
cies distintas.
4. Hacer un esfuerzo en la descripcin fenotpica del
grupo de organismos en estudio. A pesar de ser
tiles, los sistemas comerciales (por ejemplo,
API o BIOLOG) pueden ser insuficientes para la
descripcin de la variabilidad metablica.
El fenotipo no es slo el metabolismo, sino que
hay parmetros como los perfiles de cidos gra-
sos, poliaminas, quinonas..., que pueden apor-
tar informacin importante en la clasificacin.
5. No ser tacaos en el tiempo ni en el esfuerzo a la
hora de analizar taxonmicamente un grupo de
organismos. La clasificacin de una especie no
es una tarea fcil, y en muchas ocasiones se
encuentra infravalorada.
6. Seguir las normas de nomenclatura, que es la
27:21
Ramon Rossell Mora es
Licenciado y Doctor en Biologa
por la Universidad de las Islas
Baleares (Abril 1992). Al finalizar
su tesis, sobre la taxonoma de
Pseudomonas stutzeri y la
capacidad de degradacin de
hidrocarburos aromticos por
algunas de sus cepas, obtuvo una
beca posdoctoral en el
Departamento de Microbiologa de la Universidad
Tcnica de Munich. Durante dos aos trabaj con
K.H. Schleifer sobre filogenia bacteriana y bacterias
que llevan a cabo la reduccin desasimilativa de
xidos de hierro. En 1995 obtuvo un contrato de
reinsercin en el IMEDEA (CSIC-UIB), donde prosigi
sus estudios en taxonoma y filogenia de bacterias.
Ante la imposibilidad de seguir contratado en Espaa,
retorn a Alemania, incorporndose de nuevo como
becario posdoctoral al Departamento de Ecologa
Molecular del Instituto Max Planck de Microbiologa
Marina (Bremen), donde dirige desde Junio de 1997 el
grupo de Bentos, cuyas investigaciones se centran
fundamentalmente en el estudio de la estructura y
funcin de las comunidades anaerbicas de sedimentos
marinos.
Es colaborador asiduo del International Journal of
Systematic Bacterology, del Systematic and Applied
Microbiology y del Applied and Environmental
Microbiology (totaliza 18 publicaciones en esas revistas)
y es autor del captulo sobre Ferrimonas en la nueva
edicin del Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology.
nica parte de la taxonoma que est regla-
mentada y profundamente discutida. No dar
nombres absurdos ni impronunciables para que
no se enfaden nuestros colegas.
A
s estn las cosas. La taxonoma, as como los
dems mbitos en la investigacin de
microorganismos, es una disciplina dinmica. Es
posible que con el tiempo, estos conceptos vayan
evolucionando y lo que consideramos ahora
vlido, se considere en un futuro inadecuado.
Estamos entrando en la era genmica. Muchos
sern los genomas que se secuencien completamente.
Esta informacin va a suponer importantes
cambios en la concepcin de las relaciones de
parentesco entre microorganismos, e incluso es
posible aventurar un esquema de clasificacin
puramente basado en las secuencias de sus genomas.
Este futuro no est muy lejos, pero para entonces
estaremos todos calvos, y esa pregunta de tan dif-
cil respuesta que se nos abord al principio de este
manuscrito ser mucho ms fcil de responder que
la que nos puedan seguir haciendo los eclogos.
27:22
Bibliografa
Claridge, M. F., Dawah, H. A., Wilson, M. R. 1997.
Species: the units of biodiversity, Chapman & Hall,
Londres. Libro que reune la mayora de conceptos de
especie diseados para los seres vivos. En el se dis-
cuten los aspectos filosficos, as como se proporcio-
Sneath, P. H. A., Sokal, R. R. 1973. Numerical taxo-
na al lector la visin ms moderna sobre el tema.
Cowan, S.T. 1971. Sense and nonsense in bacterial
taxonomy. J. Gen. Microbiol. 67, 1-8. Una publica-
cin antigua, pero interesante. En ella se esclarecen
Whitman, W. B., Coleman, D. C., Wiebe, W. J. 1998.
conceptos importantes, y permite hurgar en la histo-
ria de la taxonoma.
Ludwig, W., Strunk, O., Klugbauer, S., Klugbauer, N.,
Weizenegger, M., Neumaier, J., Bachleitner, M.,
Schleifer, K.-H. 1998. Bacterial phylogeny based on
Actualidad
comparative sequence analysis. Electrophoresis. 19,
554-568. A pesar de no ser discutido en el manus-
crito, es importante su lectura para comprender
como se deben confeccionar los rboles filogenticos,
as como para conocer las limitaciones del anlisis
de la secuencia del ARNr 16S.
nomy. W. H. Freeman and Company, San Francisco.
Fundamental para comprender conceptos bsicos
sobre taxonoma y anlisis numrico.
Prokaryotes: the unseen majority. Proc. Natl. Acad.
Sci. USA. 95, 6578-6583. En esta publicacin se cal-
cula la abundancia de procariotas as como su
importancia en la biosfera.