11.

PLEGAMIENTO DE PROTEINAS

Vernica Gonzlez Nez

Universidad de Salamanca
ESQUEMA. Plegamiento de protenas

1. Introduccin & consideraciones previas

2. Fuerzas que estabilizan la conformacin proteica

3. Importancia del plegamiento de protenas

4. Enfermedades relacionadas con mal plegamiento de las protenas

5. Hiptesis sobre el plegamiento espontneo de las protenas

6. Los chaperones moleculares en el plegamiento de las protenas

- Protenas de choque trmico (HSP) y chaperoninas

- Otras protenas implicadas en el plegamiento
INTRODUCCION. CONSIDERACIONES PREVIAS (I)

Estructura de las protenas

1. Estructura primaria: secuencia aminoacdica

2. Estructura secundaria: hlice, lmina, codos, coiledcoil

3. Estructura terciaria: formacin de dominios proteicos
4. Estructura cuaternaria: asociacin con otros monmeros, cofactores y
grupos prostticos

Consideraciones sobre la estructura de las protenas

- Las protenas no son estructuras lineales, aunque estn formadas

por una cadena lineal de aminocidos

- La estructura proteica es clave para su funcionalidad

- Las diferentes propiedades qumicas de los son las responsables
de las interacciones entre ellos
Introduccin. Consideraciones previas (II)

- El plegamiento comienza durante la traduccin

- Las protenas tienden a adoptar espontneamente la conformacin de

mnima energa (<10 Kcal/mol) en base a su secuencia de aminocidos
para ello, los residuos hidrfobicos se entierran en un ncleo interior

- Las estructuras secundarias ms frecuentes son la -hlice y la -lmina

Causa: son las estructuras que ms aumentan el nivel de compactacin

- Las protenas suelen interaccionar con iones y otras cadenas polipeptdicas

para formar multmeros
Introduccin. Consideraciones previas (III)

A veces las protenas no pueden plegarse per se, y necesitan de otras protenas

Proteinas tutoras o los chaperones moleculares (HSP60 & HSP70)

Los chaperones moleculares colaboran junto con otras protenas en el

plegamiento de las protenas recin sintetizadas, evitando que se plieguen
de forma incorrecta

La mayora de las modificaciones y el plegamiento de las protenas suelen

tener lugar en ER y en la mitocondria
FUERZAS QUE ESTABILIZAN LA CONFORMACION PROTEICA

Interacciones no covalentes
Puentes de hidrgeno
Interacciones electrostticas
Fuerzas de Van der Waals (dipolo dipolo)
Interacciones hidrofbicas

Puentes disulfuro interaccin covalente

La interaccion hidrofbica es la fuerza ms importante que dirige el

plegamiento de las protenas

Las interacciones moleculares que estabilizan una protena pueden ser

alteradas por la temperatura, pH y fuerza inica

Desnaturalizacin de protenas

El plegamiento y la desnaturalizacin de protenas son procesos cooperativos

IMPORTANCIA DEL PLEGAMIENTO DE LAS PROTEINAS (I)

Una protena sin estructura nativa

- es afuncional
- tiende a agregarse con otras cadenas polipeptdicas
- suele ser degradada
- consume recursos celulares (materia y )

Amiloidosis

Enfermedades relacionadas con plegamientos anmalos de las protenas

Encefalopatas espongiformes causadas por priones

Enfermedades neurodegenerativas hereditarias dominantes
Creutzfeldt-Jakob (CJD), Gerstmann-Strussler-Sheinker (GSS)
Insomnio familiar fatal (FFI)

Enfermedades neurodegenerativas adquiridas

Kuru, variante del Creutzfeldt-Jakob (vCJD)

Importancia del plegamiento de las proteinas (II)

Enfermedad de Alzheimer
Depsitos de -amiloide, formando las placas neurticas

Enfermedad de Parkinson
Depositos de -sinuclena, formando los cuerpos de Lewy

Enfermedad de Huntington
Inclusiones de huntingtina mal plegada

Enfisema hereditario
La 1-antitripsina se pliega muy lentamente, por lo que no puede bloquear
la accin de su diana, la elastasa, y sta ultima destruye el tejido pulmonar

Anemia falciforme
La hemoglobina alterada HbSC promueve la agregacin de la Hb dentro de
los eritrocitos, disminuyendo su flexibilidad y provocando que adopten una
forma de hoz
PRIONES (I)

Prion Proteinaceous infectious particle (PrP)

El nombre procede del scrapie (enfermedad ovina)

Caractersticas de los priones

- glicoprotena hidrofbica de 208 con un GPI-anchor

- se localiza en la superficie de las neuronas

- la alta hidrofobicidad determina la formacin de agregados y el depsito

tipo placas de amiloide

- es el producto del gen endgeno Prn-p sin funcionalidad aparente

(estudios de knock-out en ratones)

Se transcribe con igual intensidad en organismos sanos que enfermos

Priones (II)

Mecanismo de accin de los priones

PrPsc (infeccioso) cataliza la transformacin del PrPc (celular) PrPsc

PrPc y PrPsc son qumicamente idnticas

pero de conformacin diferente

PrPc: 3% de -lmina y 42% de -hlice

PrPsc: 54% de -lmina y 21% de -hlice

(Rogue conformer: modelo especulativo)

Fuente de la imagen: Estructura de la protena prinica

RCSB PDB. N. acceso: 1QM0
humana, fragmento 90 230
Priones (III)

Caractersticas de PrPsc

- Insoluble

- Resistente a la accin de proteasas

- Tiende a formar agregados

alteraciones autocatalticas en la conformacin tridimensional

- Se deposita en vesculas citoslicas en vez de unir GPI

- Parece que es una forma termodinmicamente ms estable

La proteina PrPscposee un ncleo de 26-30 KDa C-terminal resistente a

proteasas y con estructura mayoritaria de -lmina que se agrega formando
placas tipo amiloide, ltimas responsables de la degeneracin neuronal
HIPOTESIS SOBRE EL PLEGAMIENTO DE PROTEINAS (I)

Paradoja de Levinthal

Debido a los grados de libertad de una cadena polipeptdica, encontrar el

estado nativo de una protena mediante bsqueda aleatoria entre todas
las configuraciones posibles llevara muchsimo tiempo, mientras que las
protenas se pliegan en nanosegundos

Ejemplo
Polipptido de 100

Si cada pudiera adoptar 2 conformaciones (rotacion de los angulos y ),

sin tener en cuenta las conformaciones de las cadenas laterales:
2100 1030 conformaciones

Si la interconversin entre dos conformaciones durase 10-12s:

Tiempo para que ocurra el plegamiento: 1030 * 10-12 = 1018s 1010 aos
Hiptesis sobre el plegamiento de las protenas (II)

Consecuencia

El plegamiento de protenas no puede tener lugar por un proceso de

prueba y error (trial & error)

Solucin a la Paradoja de Levinthal

El plegamiento de protenas est guiado por la formacin de interacciones

locales entre aminocidos que actan como ncleos de plegamiento

Prueba a favor de esta hiptesis

Se han encontrado estados intermedios en el plegamiento de una protena

Hiptesis termodinmica. Dogma de Afinsen

Autoensamblamiento

La estructura nativa de una protena viene determinada por su secuencia

de aminocidos, es nica, estable y se corresponde con un mnimo
de energa libre

Hiptesis vlida para protenas globulares

Ejemplo

La ribonucleasa pancretica presenta 4 puentes disulfuro

(Cys26 -Cys84, Cys58 - Cys110, Cys40 - Cys95 & Cys65-Cys72)

Desnaturalizacin con urea y mercaptoEtOH: se reducen los enlaces disulfuro

Renaturalizacin progresiva: se forman los enlaces disulfuro correctos

La RNasa pancretica se renaturaliza espontneamente

Hiptesis actual - Folding funnel (I)

Versin de la hiptesis termodinmica

El estado nativo de una protena se corresponde con un mnimo de

energa libre (G)

Existen mnimos locales que se corresponden con estados parcialmente

plegados que pueden actuar como trampas termodinmicas

Colapso hidrofbico hiptesis del glbulo fundido

La fuerza motora que determina el plegamiento de una protena

es la estabilizacin energtica que se logra secuestrando los residuos
hidrofbicos en el ncleo interior de la protena

Posteriormente, la G se minimiza mediante interacciones no covalentes

entre las cadenas laterales cargadas y contactos polares con el solvente
 % en la conformacin nativa
Hiptesis actual - Folding funnel (II)

Inicio de formacin de la hlice y colapso

Energa
Glbulo fundido

Intermediarios en
el plegamiento

Mnimos locales de G
Estructura nativa Estados parcialmente plegados
Mnimo a G Trampas termodinmicas
Hiptesis actual - Folding funnel (III)

Glbulo fundido

Al suceder el colapso hidrofbico, la protena adopta una estructura de glbulo

fundido (molten globule)

El glbulo fundido se corresponde con una conformacin con cierta

estructura secundaria pero sin estructura terciaria

El estado en glbulo fundido se corresponde con una serie de intermediarios

en los que el colapso hidrofbico ya ha tenido lugar, pero no se han
establecido todas las interacciones entre aminocidos

Posteriormente, el glbulo ha de franquear unas barreras de activacin,

transformndose en una serie de intermediarios hasta alcanzar su estado nativo

Aproximaciones bioinformticas y simulaciones moleculares

- Prediccin de la estructura de una protena

- Importancia en el diseo de frmacos
Plegamiento en varios pasos

1. Formacin de estructuras secundarias (-hlice y -lmina)

Actan como ncleos de plegamiento, estabilizando otras regiones
ordenadas de la protena

2. Formacin de dominios

Por agregacin cooperativa de distintos ncleos de plegamiento

3. Formacin del glbulo fundido

En protenas con varios dominios, dichos dominios se agregan formando un

glbulo fundido

4. Transformacion del glbulo fundido en una estructura terciaria que

adopta la estructura nativa de una protena monomrica
Se logra mediante pequeos cambios conformacionales

5. Adquisicin de la estructura cuaternaria y obtencin de la forma nativa

Estructura cuaternaria exclusivamente en protenas multimricas

Los chaperones moleculares en el plegamiento de protenas (I)

Chaperones moleculares

Protenas que se unen a polipptidos en una conformacin inestable,

facilitando su correcto plegamiento, estado oligomrico destino final

Actan como enzimas al disminuir la barrera energtica que separa el

estado nativo de otros mal plegados aceleran el correcto plegamiento

No contienen informacin sobre modelos particulares de plegamiento, sino

que ayudan a las protenas mal plegadas a encontrar su conformacin nativa
Los chaperones moleculares en el plegamiento de protenas (II)

Presentes en las tres divisiones, Bacteria, Archaea y Eucarya

No todas las distintas familias de chaperones estn presentes en las tres

divisiones, sino que algunas son exclusivas

Los eucariontes presentan ms familias de chaperones y con ms miembros

que las otras dos divisiones. Causas: compartimentacin celular, mayor
diversidad de funciones?

Las protenas en el ER necesitan de las chaperoninas para plegarse, ya que la

alta concentracin de protenas en el lumen del ER dara lugar a interacciones
intermoleculares indeseadas

Agregosoma

Estructura que contiene varios chaperones as como componentes del

proteasoma
PROTEINAS DE CHOQUE TERMICO -HSP- (I)

Situacin de estrs (Q, radicales libres) cadenas polipeptdicas

desnaturalizadas Aumento en la expresin de HSP

HSP se expresan habitualmente en muchos compartimentos celulares

Conservadas durante la evolucin Localizacin y expresin ubicua

Familia HSP60 chaperoninas 60

GroEL: en el citosol de bacterias
Hsp60: en la matriz mitocondrial
Protena de unin a RUBISCO: en cloroplastos

Familia HSP70 estrs70

HSP70: en el citosol del mamferos
BiP (binding protein): 78 KDa, en el lumen del ER
Grp75: en mitocondrias
DnaK: en bacterias

Familia HSP 90 estrs 90

Hsp83: en el citosol de eucariontes
Grp94: en el lumen del ER en mamferos
HtgP: en bacterias
Proteinas de choque trmico -HSP- (II)

Calnexina

Chaperonina anclada a la cara luminal del ER

Se une a protenas glicosiladas, permitiendo su correcto plegamiento

Cuando la protena est plegada correctamente, la glicosilacin se detiene

se eliminan los restos de Glc y la protena se separa de la calnexina

la protena madura est lista para ser exportada al Golgi

Proteinas de choque termico -HSP- (III)

HSP70

Localizacin ubicua: citosol, mitocondria, cloroplasto, ER, y en bacterias

Se une a protenas que estn siendo sintetizadas por los ribosomas

Se une a pequeos segmentos hidrofbicos, los estabiliza y evita un

plegamiento temprano y la agregacin con otras protenas

Cataliza el plegamiento de novo

Transfiere los polipptidos a otros chaperones, paso al ER, transporte a la

mitocondria etc.

HSP70 es una ATPasa: la unin y separacin de pptidos es ATP-dependiente

CHAPERONINAS

Chaperoninas = ATPasas lentas

ADP-chaperonina: gran afinidad por protenas desnaturalizadas

Unin de un fragmento proteico: ADP ATP

ATP-chaperonina se separa del polipptido

Hidrlisis ATP ADP Nuevo ciclo

El intervalo entre liberacin y unin del polipptido determinado por la

velocidad de hidrlisis del ATP

El plegamiento de la protena viene determinado por las

leyes termodinmicas

La chaperonina simplemente suministra ms tiempo para que el

proceso tenga lugar
GroEL & GroES (I)

GroEL & GroEs

GroEL

-14 subunidades de 60 Kda

- forman 2 anillos concntricos con 7 subunidades por anillo
- cavidad interior para una protena de 90 KDa

GroES

- 7 subunidades de 10 KDa que forman un anillo

GroEL y GroES

- trabajan conjuntamente en un proceso ATP-dependiente

- encierran a un polipptido desplegado en una cavidad favorable para que
adopte su conformacin nativa
GroEL & GroES (II)

GroES

GroEL

vista lateral vista desde abajo

Estructura de GroEL & GroES

Fuente de las imgenes: RCSB PDB
N. acceso: 1PF9
Mecanismo de GroEL y GroES

1. GroEL-14 ADPs + GroES se unen a un polipptido desplegado

Las paredes interiores de GroEL abierto son hidrofbicas

Se separan los 14 ADPs y GroES

2. GroEL une 14 ATPs

interaccin polipptido # GroEL

GroES se une a la otra cara de GroEL

Las paredes interiores de GroEL cerrado se vuelven hidroflicas

20s para que se pliegue antes de hidrolizar el ATP

3. Hidrlisis simultnea: ATP ADP + Pi

El polipptido se libera dentro de la cavidad

4. Si el polipptido se ha plegado en su forma nativa, es liberado de la cavidad

Si no es as, se repite el ciclo cuando GroEL gira 180

OTRAS PROTEINAS IMPLICADAS EN EL PLEGAMIENTO

PDI isomerasa Protena isomerasa de los puentes disulfuro

Cataliza la interconversin de los puentes disulfuro entre los residuos de
Cys correctos
Posee 3 Cys, una de las cuales ha de estar en la forma SH para ser
catalticamente activa

Mecanismo
La enzima cataliza la rotura aleatoria de puentes disulfuro en los
polipptidos y formando transitoriamente enlaces enzima sustrato
La protena retiene las conformaciones termodinmicamente ms estables
hasta que se obtiene la estructura nativa

Prolil isomerasas (PPIase)

Catalizan la isomerizacin cistrans de enlaces XPro

Trigger Factor (TF): prolil isomerasa bacteriana que suele estar unida a
ribosomas (interacciona con el RNA de la subunidad 50S), interaccionando
con pptidos que estn siendo traducidos