Tema 5.

Secuenciacin y exomas

Blga. Wendy Morales Oviedo 2017

5.1. Secuenciacin del DNA y genmica
Genmica Estudio de los genomas en su totalidad.
Secuenciacin Determina orden de nucletidos en un fragmento de DNA o genoma.
Cmo se determina una secuencia de DNA?

Estas bandas no nos

indican la identidad del
nucletido terminal
5.2. Cmo obtener los fragmentos de
DNA?
Mtodos:
- Mtodo de Maxam Gilbert

- Mtodo de Sanger
Mtodo de Maxam Gilbert
Mtodo de Sanger

Ms utilizado en secuenciacin
Elementos de la reaccin del mtodo de Sanger:

- Molde de DNA
- Cebadores:
1. Universales
2. Especficos

- dNTPs
- ddNTPs
- Polimerasa
1. Fragmento Klenow (=250 pb)
2. Sequenasa (=750 pb)

Primer universal Primer especfico

Estrategias de secuenciacin

- Determinacin de secuencia exacta de un fragmento clonado

- Obtencin de datos preliminares para una visin previa general

1. Secuenciacin de novo Determinacin de la secuencia completa de un fragmento de DNA clonado

2. Secuenciacin para la confirmacin de datos Anlisis de corto alcance
3. Otros factores a considerar:
- Naturaleza del material de partida
- Tipo de resultados buscados
- Medios disponibles
Secuenciacin automtica
5.3. Cmo se secuencia un genoma?
- Secuenciacin al azar (shotgun sequencing)
- Secuenciacin jerrquica (clone contig sequencing)

Secuenciacin al azar Secuenciacin jerrquica

Secuenciacin al azar
Principales problemas:
- Lecturas cortas( aprox. 550 pb)
- Elevado nmero de secuencias repetidas

Lecturas cortas

Elevado nmero de
secuencias repetidas
Secuenciacin jerrquica
Cmo se determinan los clones contiguos?

1. Secuenciacin de los extremos de los clones

2. Clone Fingerprinting
3. Intersperced repeat element PCR (IRE PCR)

4. Sequence tagget site

5.4. Mtodo Sanger vs Nuevos Sistemas de
Secuenciacin

- PCR en emulsin
- Pirosecuenciacin
- Secuenciacin por ligacin
- PCR en fase slida (Bridge PCR)
PIROSECUENCIACIN

a)

b)
c)
Pirosecuenciacin
Pirosecuenciacin
SECUENCIACIN POR LIGACIN
SECUENCIACIN POR PCR EN FASE SLIDA
5.5. Exomas
Constituido por exones.
Secuenciacin de exoma:
- Tcnica para secuenciar todos los genes codificadores
- Representa 1% del genoma
- Contiene 85% de mutaciones causantes de enfermedad
- til en diagnstico gentico
Bibliografa

- GRIFFITHS, A.J.F. (et al). An Introduction to Genetic Analysis. 11th ed. W. H. Freeman, 2015
- MENEELY, P. Genetic Analysis: Genes, Genomas, and Networks in Eukaryotes. 2nd edition. Oxford: Oxford
University Press, 2009
 MUCHAS GRACIAS POR SU ATENCIN
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